单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-13	Targeting p53 for immune modulation: Exploring its functions in tumor immunity and inflammation 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217614 PMID:40054656	review	本文综述了p53在肿瘤免疫和炎症中的双重作用及其在免疫调节中的功能	详细探讨了p53在免疫动态中的影响，包括其对多种免疫细胞的作用及其在免疫原性细胞死亡中的关键角色	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探索p53在肿瘤免疫和炎症中的功能及其治疗潜力	p53蛋白及其在免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞、T细胞和B细胞）中的作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
422	2025-05-13	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化，并重建了表皮细胞分化的轨迹	研究仅针对牦牛，结果可能不适用于其他物种	探究毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	分子生物学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
423	2025-05-13	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并突出了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和软骨	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
424	2025-05-13	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	该研究比较了不同小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫环境差异，并进行了小鼠与人类的跨物种免疫比较	揭示了常见小鼠品系在健康和疾病状态下肝脏免疫环境的显著差异，并验证了小鼠模型可以部分重现人类肝脏免疫变化	研究仅涉及三种小鼠品系，可能无法完全代表所有小鼠模型的免疫差异	探究不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)和肝细胞癌(HCC)模型中的肝脏免疫环境差异	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每种条件4只小鼠
425	2025-05-13	A Germline Heterozygous Dominant Negative IKZF2 Variant Causing Syndromic Primary Immune Regulatory Disorder and ICHAD 2025-Apr-28, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-025-01882-2 PMID:40295428	research paper	本文详细描述了一例携带IKZF2基因变异的儿科患者的免疫学评估，揭示了该变异导致的免疫失调综合征ICHAD的免疫表型	首次报道了种系显性负性HELIOS缺陷的免疫表型，并在单细胞水平上扩展了对自身免疫性溶血性贫血发病机制的理解	研究仅基于单个病例，样本量有限	研究IKZF2基因变异导致的免疫失调综合征的免疫学特征	携带IKZF2基因变异的儿科患者	免疫学	原发性免疫调节障碍	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床样本数据、单细胞转录组数据	1例儿科患者
426	2025-05-13	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Apr-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向MMP12抑制M2型肿瘤相关巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为新型MMP12抑制剂调节肿瘤微环境中TAMs的功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其分子机制	肝细胞癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、TCGA数据库分析、细胞热转移实验、表面等离子共振	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型和细胞系）
427	2025-05-13	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Apr-21, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在转录组水平上存在异质性，特别是多倍体细胞表现出促纤维化特征，并鉴定出SPP1作为多倍体细胞的关键枢纽基因	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），未涵盖AKI-to-CKD转变的全过程	探究近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	近端肾小管上皮细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
428	2025-05-13	MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376 PMID:40054322	研究论文	通过多组学分析乳腺癌中的代谢失调和免疫特征，构建代谢风险模型以预测患者预后	首次全面整合代谢和免疫因素，构建基于代谢相关特征基因的乳腺癌预后预测模型	样本量相对较小（247例），且仅基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据	评估代谢和免疫因素在乳腺癌预后预测中的作用	乳腺癌患者	多组学分析	乳腺癌	GSVA、单细胞测序分析、机器学习算法	代谢风险模型	基因表达数据、临床病理数据	247例乳腺癌样本（来自TCGA和GEO数据库）
429	2025-05-13	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	research paper	通过单细胞转录组分析研究鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞的异质性响应	研究仅针对gilthead seabream，结果可能不适用于其他鱼类	探究鱼类肠道细胞对甲基汞暴露的特定响应机制	gilthead seabream的肠道细胞	单细胞转录组学	重金属中毒	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
430	2025-05-13	TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data 2025-Apr-15, ArXiv PMID:40321945	research paper	提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性	TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息，提高了从空间转录组学数据中提取真实生物信号的可靠性	技术限制包括相对较低的分辨率和测序深度不足	提高空间转录组学数据分析的准确性和可靠性	空间转录组学数据	生物医学研究	乳腺癌	空间转录组学	迁移学习框架TransST	空间转录组学数据	多个真实研究和模拟设置
431	2025-05-13	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	research paper	该研究探讨了在转移性肾细胞癌（mRCC）患者中，治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性对一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗预后的影响	首次揭示了肌脂肪变性在PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂治疗组和PD-1抑制剂联合TKI治疗组中对预后的相反影响，并结合单细胞RNA测序分析了免疫微环境差异	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究	评估LSMM和肌脂肪变性对mRCC患者ICI治疗预后的影响	90例接受一线ICI治疗的转移性肾细胞癌患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者（26.7%女性，中位年龄60.5岁）
432	2025-05-13	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪神经支配的背根神经节神经元中作为主要机械感受器，并揭示了其在脂肪组织感觉调控中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织的感觉神经支配	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
433	2025-05-13	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Apr, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖采集（DIA）方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现了与细胞大小变化相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其在治疗抵抗和癌症进展中的作用	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	NA
434	2025-05-13	Deciphering the role of pyroptosis-related genes and natural killer T cells in sepsis pathogenesis: a comprehensive bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2025-Apr, Journal of physiology and pharmacology : an official journal of the Polish Physiological Society IF:2.0Q3 DOI:10.26402/jpp.2025.2.10 PMID:40350654	research paper	该研究通过生物信息学和孟德尔随机化分析，探讨了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	首次综合分析了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症中的角色，并发现了多个潜在的诊断生物标志物	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	阐明焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	脓毒症患者样本和健康对照样本	生物信息学	脓毒症	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	机器学习方法	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57065, GSE95233, GSE65682, GSE167363）
435	2025-05-13	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	介绍了一种名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断酶活性，并应用于肝癌亚型分类和肿瘤微环境中的代谢与免疫调节研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体局限性	开发高精度推断代谢酶活性的方法，并研究肿瘤代谢偏好及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	代谢酶活性、肝癌亚型、肿瘤微环境	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播策略	基因表达数据	NA
436	2025-05-13	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法和单细胞签名训练模型CLIER，生成可解释的潜在变量	协议的具体应用和效果依赖于特定数据集和生物学背景	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
437	2025-05-13	Immunomodulatory role of the stem cell circadian clock in muscle repair 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8538 PMID:40043110	research paper	本研究探讨了肌肉干细胞中生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	揭示了肌肉干细胞生物钟通过NAD代谢调控炎症基因的昼夜节律性表达，并发现CCL2介导的干细胞-中性粒细胞互作具有时间依赖性	未明确说明实验所用动物模型的具体种类和数量	探究昼夜节律如何通过干细胞代谢调控肌肉再生过程中的免疫微环境	肌肉干细胞及其免疫调控功能	细胞生物学	肌肉损伤修复	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
438	2025-05-13	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	通过转录组分析揭示鼻咽癌中癌症干性特征的作用机制、治疗潜力及预后价值	首次结合单细胞RNA-seq和大规模转录组数据集，利用生物信息学和机器学习技术，识别并验证了与鼻咽癌干性相关的特征（STEM-signature），并发现了四种增强鼻咽癌细胞干性特征的miRNA	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分较少，且样本量可能不足以代表所有鼻咽癌患者	探究鼻咽癌干性特征的机制及其在治疗和预后中的潜在价值	鼻咽癌细胞及其干性特征	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA-seq, 转录组分析, LASSO Cox回归模型	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据, 转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单细胞和批量转录组数据集
439	2025-05-13	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	该研究通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），使其携带双特异性多价肽，有效抑制中性粒细胞过度浸润并增强治疗效果	利用DNA自组装技术构建双特异性多价肽修饰的MSCs，提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在小鼠急性肝衰竭模型中验证，尚未在人类疾病中进行测试	提高MSCs在治疗炎症性疾病中的治疗效果	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞治疗	肝病	DNA自组装技术、单细胞RNA测序	小鼠急性肝衰竭模型	基因表达数据	NA
440	2025-05-13	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	research paper	研究心肌细胞命运决定机制及其在心肌模式形成中的作用	揭示了心肌细胞命运决定的遗传和细胞相互作用机制，特别是通过单细胞RNA测序和活体成像技术观察到表达变异与心肌小梁命运的关联	未提及具体样本数量，可能影响结果的普遍性	探究心肌细胞命运决定的机制及其在心肌模式形成中的作用	心肌细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	NA