单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-12-15	ITGB4/GNB5 axis promotes M2 macrophage reprogramming in NSCLC metastasis 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113564 PMID:39577216	研究论文	研究探讨了ITGB4/GNB5轴在调节M2巨噬细胞重编程及影响非小细胞肺癌（NSCLC）转移中的作用和潜在机制	首次揭示了ITGB4/GNB5轴通过促进M2巨噬细胞极化，增强其在肿瘤微环境中的功能，从而促进NSCLC的侵袭和转移	研究主要集中在体外细胞实验和体内小鼠模型，尚未在临床样本中验证其机制	探讨ITGB4/GNB5轴在NSCLC转移中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）中的M2巨噬细胞及其相关分子ITGB4和GNB5	数字病理学	肺癌	单细胞测序技术、流式细胞术、免疫组化、RNA测序、蛋白质组分析	NA	单细胞数据、RNA数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验和体内小鼠模型
422	2024-12-15	Downregulation of CD36 alleviates IgA nephropathy by promoting autophagy and inhibiting extracellular matrix accumulation in mesangial cells 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113672 PMID:39616852	研究论文	本研究探讨了CD36在IgA肾病中的作用，发现CD36下调通过促进自噬和抑制细胞外基质积累减轻了肾小球系膜细胞的损伤	首次揭示了CD36在IgA肾病中的关键作用，并证明了CD36下调通过抑制细胞外基质积累和恢复自噬来减轻肾小球系膜细胞的损伤	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨CD36在IgA肾病中的作用及其潜在的治疗价值	IgA肾病患者肾组织和肾小球系膜细胞	NA	肾病	单细胞测序 RNA-seq	NA	基因表达数据	包括IgA肾病患者和正常对照的肾组织数据，以及小鼠肾小球系膜细胞
423	2024-12-15	Identification of an immune-related gene panel for the diagnosis of pulmonary arterial hypertension using bioinformatics and machine learning 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113694 PMID:39616855	研究论文	本研究旨在通过生物信息学和机器学习筛选与肺动脉高压（PAH）诊断相关的免疫相关基因（IRG）面板，并开发一种新的诊断方法	本研究首次通过机器学习算法筛选出与PAH诊断相关的免疫相关基因面板，并验证了其在肺组织和外周血单核细胞中的诊断效用	本研究主要基于小鼠模型和公共数据库中的基因表达数据，未来需要在更大规模的人类样本中进行验证	筛选与肺动脉高压诊断相关的免疫相关基因面板，并开发新的诊断方法	肺动脉高压（PAH）的诊断	生物信息学	肺动脉高压	机器学习	LASSO, 随机森林, 提升回归树, XGBoost, 支持向量机递归特征消除	基因表达数据	36个上调和17个下调的免疫相关基因差异表达基因（IRG-DEGs），以及来自PAH小鼠模型的肺组织样本和外周血单核细胞样本
424	2024-12-15	SARS-CoV-2 N protein induces alveolar epithelial apoptosis via NLRP3 pathway in ARDS 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113503 PMID:39591821	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2核衣壳蛋白N通过NLRP3途径诱导肺泡上皮细胞凋亡，从而加重急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的分子机制	首次揭示了SARS-CoV-2 N蛋白通过激活NLRP3信号通路，促进M1巨噬细胞极化和释放促炎因子，导致肺泡上皮细胞凋亡	研究主要集中在体外和动物模型中，尚未在人体中进行验证	探讨SARS-CoV-2 N蛋白如何通过NLRP3途径诱导肺泡上皮细胞凋亡，从而加重ARDS	SARS-CoV-2 N蛋白、肺泡巨噬细胞、肺泡上皮细胞、ARDS患者和ARDS小鼠模型	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序、免疫沉淀、拉下实验、酶联免疫吸附测定（ELISA）、逆转录定量PCR（RT-qPCR）、蛋白质印迹、流式细胞术	NA	RNA	ARDS患者的单细胞RNA测序数据、MH-S巨噬细胞和MLE-12上皮细胞的体外实验、CLP手术或N蛋白给药诱导的ARDS小鼠模型
425	2024-12-15	FAP+ gastric cancer mesenchymal stromal cells via paracrining INHBA and remodeling ECM promote tumor progression 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113697 PMID:39615112	研究论文	研究探讨了FAP阳性胃癌间质细胞通过旁分泌INHBA和重塑ECM促进肿瘤进展的机制	首次揭示了FAP阳性胃癌间质细胞通过旁分泌INHBA和重塑ECM促进胃癌进展的机制	研究主要基于体外实验和临床病理数据，缺乏体内实验验证	探讨FAP阳性胃癌间质细胞在胃癌进展中的作用及其分子机制	FAP阳性胃癌间质细胞及其对胃癌细胞的影响	数字病理学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、ELISA、免疫组化、Masson三色染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据	临床病理数据和胃癌患者的单细胞RNA测序数据库
426	2024-12-15	Immunogenic clearance combined with PD-1 blockade elicits antitumor effect by promoting the recruitment and expansion of the effector memory-like CD8+T cell 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102209 PMID:39608213	研究论文	本研究探讨了免疫原性清除与PD-1阻断联合治疗在促进效应记忆样CD8+T细胞招募和扩增中的抗肿瘤作用	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫原性清除联合PD-1阻断治疗在肿瘤微环境中增加效应记忆样CD8+T细胞的机制	研究中对免疫原性清除增强ICB反应的具体机制仍不完全清楚	阐明免疫原性清除增强免疫检查点阻断反应的细胞机制	效应记忆样CD8+T细胞在肿瘤微环境中的作用	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
427	2024-12-15	Dynamic changes in serum adenosine and the adenosine metabolism-based signature for prognosis in HER2-positive metastatic breast cancer patients 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39545 PMID:39669152	研究论文	研究探讨了HER2阳性转移性乳腺癌患者中血清腺苷及其代谢相关标志物在预后中的作用	首次动态监测HER2阳性转移性乳腺癌患者的血清腺苷水平，并验证了其在曲妥珠单抗治疗中的预测价值	研究样本量较小，且仅限于HER2阳性转移性乳腺癌患者	探索腺苷在HER2阳性转移性乳腺癌中的预后意义及其在曲妥珠单抗治疗中的预测作用	HER2阳性转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	DESeq2	Cox回归模型	基因表达数据	109名HER2阳性转移性乳腺癌患者
428	2024-12-15	Cancer specific up-regulated lactate genes associated with immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39491 PMID:39669156	研究论文	本文通过比较TCGA队列中的恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌上调乳酸评分，并评估了其在非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤中的免疫治疗效果	首次识别出癌症内在的乳酸特征，并揭示了其与免疫检查点抑制剂抵抗的相关性	研究主要基于TCGA和CPTAC数据集，可能存在数据偏倚；验证性研究仅限于NSCLC队列	识别与免疫治疗抵抗相关的癌症特异性上调乳酸基因，并探讨其潜在机制	非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤患者	数字病理学	肺癌	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	转录组学和蛋白质组学数据	涉及TCGA、CPTAC以及内部NSCLC队列的多个样本
429	2024-12-15	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2024-Dec-13, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定WTAP通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤恶性进展的机制	首次揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和去泛素化协同增强其蛋白稳定性，进而通过m6A修饰促进LOXL2 mRNA稳定性和蛋白分泌，从而调控胶质母细胞瘤干细胞和巨噬细胞的相互作用	实验主要在体外和体内模型中进行，缺乏更大规模的人体临床试验验证	探讨WTAP在胶质母细胞瘤恶性进展中的作用及其机制，并评估其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞、巨噬细胞及其相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、质谱、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA	涉及单细胞和bulk RNA测序数据，具体样本数量未明确
430	2024-12-15	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2024-Dec-13, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	研究论文	研究系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示其激活、信号通路和治疗反应的机制	首次揭示了FcγR表达的巨噬细胞在SSc中的促吞噬和促炎作用，并提出了尼达尼布可能的治疗潜力	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	揭示驱动系统性硬化症和其他风湿性疾病中巨噬细胞增强吞噬作用的机制	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴性脊柱炎（axSpA）患者的巨噬细胞	NA	风湿性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RT-qPCR、Western blot	NA	RNA	健康对照和SSc患者的皮肤和肺巨噬细胞，以及来自健康对照、SSc、RA、PsA和axSpA患者的单核细胞衍生的巨噬细胞
431	2024-12-15	Methionine-driven YTHDF1 expression facilitates bladder cancer progression by attenuating RIG-I-modulated immune responses and enhancing the eIF5B-PD-L1 axis 2024-Dec-13, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01434-y PMID:39672819	研究论文	本研究探讨了蛋氨酸对膀胱癌免疫治疗的影响，发现蛋氨酸通过上调YTHDF1表达，抑制RIG-I介导的I型干扰素通路，并增强eIF5B-PD-L1轴，从而促进膀胱癌进展	首次揭示了蛋氨酸通过YTHDF1调控RIG-I和eIF5B-PD-L1轴，抑制膀胱癌免疫治疗的机制，并提出了靶向蛋氨酸 depletion 的治疗策略	研究主要基于体外实验和动物模型，需进一步验证在人体中的有效性和安全性	探讨蛋氨酸对膀胱癌免疫治疗的影响及其分子机制	膀胱癌及其免疫治疗	数字病理学	膀胱癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫沉淀、质谱分析	NA	RNA	包括MB49小鼠肿瘤模型和膀胱癌免疫治疗患者样本
432	2024-12-15	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes in circulating immune cells from patients with severe asthma induced by biologics 2024-Dec-13, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01368-y PMID:39672815	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者在接受生物制剂治疗后外周血免疫细胞的转录变化	首次揭示了靶向T2的生物制剂在治疗严重嗜酸性粒细胞性哮喘时对循环免疫细胞中NF-κB信号通路相关基因表达的抑制作用	样本量较小，且仅关注了特定类型的生物制剂，未来需要进一步研究以确定与治疗反应和长期结果相关的潜在生物标志物	描述靶向T2的生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响	严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者的外周血单核细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8名接受生物制剂治疗的严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者的外周血单核细胞
433	2024-12-15	Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2024-Dec-13, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01855-5 PMID:39672966	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
434	2024-12-15	iFlpMosaics enable the multispectral barcoding and high-throughput comparative analysis of mutant and wild-type cells 2024-Dec-13, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02534-w PMID:39672980	研究论文	本文介绍了一种名为iFlpMosaics的工具包，用于多光谱条码标记和高通量比较分析突变细胞和野生型细胞	iFlpMosaics工具包包含了一系列新的遗传工具和老鼠品系，能够实现重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪，并在相同的组织微环境中进行多色荧光标记的野生型和Cre突变细胞的追踪	NA	研究基因功能，比较突变细胞和正常细胞的差异	突变细胞和野生型细胞	NA	NA	多光谱成像、荧光激活流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA	NA
435	2024-12-15	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Dec-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92091 PMID:39665620	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经元再生的化合物	利用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子 profiling，筛选并验证了两种促进体内神经发生的化合物	目前该过程的效率有限	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经元再生能力	小鼠Müller胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
436	2024-12-15	Multiparameter imaging reveals clinically relevant cancer cell-stroma interaction dynamics in head and neck cancer 2024-Dec-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.046 PMID:39471809	研究论文	本文报道了一种通过多参数成像量化头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中癌细胞与基质相互作用动态的方法	首次结合细胞状态标记与形态特征，以单细胞分辨率量化HNSCC的表型多样性，并揭示了部分上皮-间充质转化（pEMT）对疾病预后的影响	NA	研究癌细胞与基质相互作用对头颈部鳞状细胞癌表型多样性和临床特征的影响	头颈部鳞状细胞癌中的癌细胞与基质相互作用	数字病理学	头颈部癌症	多参数成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
437	2024-12-15	Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701 PMID:39626676	研究论文	研究探讨了在异质性分化培养物中，细胞类型和动态状态如何调控基因表达的遗传机制	利用异质性分化培养物系统，研究了53个人类供体的单细胞RNA测序数据，揭示了与发育和疾病相关基因的新型调控变异	研究主要集中在体外系统，可能无法完全反映体内复杂的调控机制	探讨人类遗传变异在不同细胞环境中的分子效应，以理解与疾病相关位点的机制	异质性分化培养物中的细胞类型和发育阶段	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	53个人类供体的900,000多个细胞
438	2024-12-15	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Pseudo-temporal Dynamic Evolution Characteristics of ADSCs to Neuronal Differentiation 2024-Dec-11, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01524-y PMID:39661257	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的伪时间动态进化特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	揭示脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	脂肪来源基质细胞及其向神经元分化的过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共收集了38,453个细胞，分为0-13个簇
439	2024-12-15	Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis 2024-Dec-10, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645 PMID:39667460	研究论文	通过转录组分析识别与幽门螺杆菌感染相关胃癌的诊断基因CTSK、C3和IFITM1	首次通过转录组分析识别出CTSK、C3和IFITM1作为幽门螺杆菌感染相关胃癌的关键免疫相关诊断基因，并构建了随机森林模型评估其诊断性能	研究主要基于GEO数据库的基因表达数据，缺乏临床样本的验证	识别与幽门螺杆菌感染相关胃癌的诊断基因及其机制	幽门螺杆菌感染相关胃癌的诊断基因	基因表达分析	胃癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、随机森林模型、单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	GEO数据库中的基因表达数据
440	2024-12-15	Itaconate Ameliorates Experimental Autoimmune Uveitis by Modulating Teff/Treg Cell Imbalance Via the DNAJA1/CDC45 Axis 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.23 PMID:39661355	研究论文	本研究探讨了衣康酸（ITA）对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的影响及其潜在机制，并确定了潜在的治疗靶点	本研究首次揭示了衣康酸通过调节DNAJA1/CDC45轴来改善Teff/Treg细胞失衡，从而减轻EAU的炎症反应	本研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	阐明衣康酸对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其潜在机制，并确定潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）及其相关细胞和分子机制	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型和葡萄膜炎患者样本