单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4181	2025-03-04	Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636355 PMID:39975076	研究论文	本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制	Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率	NA	开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能	肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体	空间组学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
4182	2025-03-04	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征	scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性	未明确提及具体局限性	开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	高分辨率空间组学数据	空间组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	空间组学数据	19,950个基因和181,367个点
4183	2025-03-04	The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03938-5 PMID:39891785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制	首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用	样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性	研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点	15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM）	NA	RNA测序数据、图像数据	15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜
4184	2025-03-04	Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628715 PMID:39975293	研究论文	本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测	结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq）	机器学习	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据	七个scRNA-seq基准数据集
4185	2025-03-04	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634747 PMID:39974899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关	首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用	人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞	生物医学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大鼠肠道样本
4186	2025-03-04	Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634753 PMID:39975227	研究论文	本文通过多组学方法研究了在免疫检查点抑制剂pembrolizumab和去甲基化药物decitabine联合治疗下，难治性或复发性急性髓性白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞之间的时空相互作用	结合单细胞RNA测序数据和单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，实现了更准确的肿瘤微环境分析	研究样本量有限，可能影响结果的普遍性	研究免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的重塑作用	难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本
4187	2025-03-04	SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634756 PMID:39975319	研究论文	本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来预测空间转录组学（ST）数据中未测量的基因表达，从而提高基因覆盖率和表达	SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题，显著优于现有的12种方法	NA	利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学（ST）数据，解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题	空间转录组学（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风格迁移学习模型	基因表达数据	53个不同的ST数据集，涵盖多种组织类型
4188	2025-03-04	Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity 2025-Jan-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1 PMID:39975899	研究论文	本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，并结合空间转录组学，揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程	淀粉样斑块	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	10至18个月大的小鼠
4189	2025-03-04	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索针对坏死性凋亡的潜在治疗药物	首次系统性地识别了与哮喘相关的坏死性凋亡标志物，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究结果需要进一步的临床验证，以确认其在实际治疗中的应用效果	识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索潜在的治疗药物	哮喘患者与健康对照	生物信息学	哮喘	机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）、Western blot、qPCR、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接研究	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据、临床数据	哮喘患者与健康对照的基因表达数据
4190	2025-03-04	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯中的4CL基因家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定了50个Me4CL基因，并进行了全面的家族分析，揭示了Me4CL32基因在应对非生物胁迫和激素刺激中的表达变化	研究主要基于生物信息学分析和实验室条件下的基因表达分析，未涉及田间试验验证	研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长、发育和抗逆性中的作用	木薯（Manihot esculenta Crantz）及其4CL基因家族	植物分子生物学	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	50个Me4CL基因
4191	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域
4192	2025-03-04	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网页应用程序，旨在简化空间转录组学数据的分析	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程专业知识的用户能够通过多种分析流程，包括质量控制、标准化、域检测、表型分析和多种空间分析	NA	旨在使更广泛的科学界能够更容易地进行空间转录组学数据分析	空间转录组学数据	数字病理学	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	NA
4193	2025-03-04	Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158 PMID:38479598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨相关间充质细胞进行了详细分类和比较，旨在澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	通过整合已发表的数据集和内部数据，创建了小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11个主要细胞簇，并定义了新的细胞类型Osteo-X	研究主要集中在小鼠模型上，结果可能无法直接推广到人类	增加骨母细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据，比较骨膜和骨内细胞，澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨相关间充质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
4194	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
4195	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本
4196	2025-03-04	A framework for defining mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567528 PMID:38014179	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，定义了与小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞类型，并创建了一个小鼠骨相关细胞的图谱	首次比较了骨膜细胞与骨内膜和骨小梁细胞的差异，并揭示了11个主要的细胞簇，包括新定义的Osteo-X细胞类型	现有数据集包含的成熟成骨细胞和骨细胞数量相对较少，且研究仅限于小鼠模型	增加成骨细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据量，比较骨膜细胞与骨内细胞的差异，明确与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨膜和骨内膜的间充质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
4197	2025-03-03	Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107396 PMID:39874886	研究论文	本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点	研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	皮肤疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	NA
4198	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
4199	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
4200	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本