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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4181 | 2025-11-18 |
Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals neutrophil diversity and spatial heterogeneity in acute kidney injury
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148478
PMID:41135905
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示急性肾损伤中中性粒细胞的多样性和空间异质性 | 首次在AKI中鉴定出6个中性粒细胞亚群,其中3个为全新发现;发现了以中性粒细胞为中心的新型微环境单元 | NA | 阐明急性肾损伤中中性粒细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 急性肾损伤模型中的中性粒细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4182 | 2025-11-18 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
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综述 | 探讨自然语言嵌入结构理解如何为单细胞数据集分析提供启示 | 将语言模型中的标记概念与细胞嵌入相类比,提出高维几何结构的相似性分析 | NA | 探索语言模型分析方法在单细胞数据分析中的应用前景 | 单细胞测序数据和语言模型嵌入结构 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型, 语言模型 | 单细胞数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4183 | 2025-11-18 |
Advancing Precision Medicine in Inflammatory Skin Disease
2025-Nov, American journal of clinical dermatology
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s40257-025-00963-7
PMID:40819342
|
观点文章 | 本文探讨精准医学在慢性炎症性皮肤病治疗中的应用前景与挑战 | 提出将单细胞RNA测序和空间转录组学等精准技术整合到皮肤病诊疗框架中,通过分子表型分析提升治疗精准度 | 生物标志物验证有限、成本高昂、研究队列广度不足 | 推动精准医学在皮肤病学领域的临床应用 | 慢性炎症性皮肤病患者 | 精准医学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 分子表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4184 | 2025-11-18 |
Specificity of brassinosteroid perception and its integration at signaling crossroads in vascular development
2025-Nov, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70570
PMID:41235729
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综述 | 本文综述了油菜素甾醇信号感知的特异性及其在维管发育信号交叉点的整合机制 | 揭示了BR感知主要具有细胞自主性和强烈环境依赖性,并作为模块化局部调节器通过典型和非典型途径协调植物发育 | NA | 探讨油菜素甾醇信号感知的特异性及其与其他信号通路的整合机制 | 植物维管发育系统 | 植物分子生物学 | NA | 组织特异性CRISPR、先进成像技术、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4185 | 2025-11-18 |
CluVar: clustering of variants using autoencoder for inferring cancer subclones from single cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf603
PMID:41240059
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研究论文 | 提出基于自编码器的CluVar框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断癌症亚克隆的系统发育关系 | 开发了针对scRNA-seq数据高缺失率特点的自定义损失函数和多隐藏层聚类优化方法 | 未明确说明样本规模和对不同癌症类型的普适性验证 | 从单细胞RNA测序数据重建癌症亚克隆的进化轨迹 | 肿瘤组织中的恶性亚克隆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4186 | 2025-11-18 |
Integrated spatial transcriptome and metabolism study reveals metabolic heterogeneity in human bladder cancer
2025-Nov, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00947-z
PMID:40819112
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和空间代谢组技术,揭示了人类膀胱癌的代谢异质性 | 首次结合空间转录组学和空间代谢组学技术系统研究膀胱癌的分子机制 | NA | 探索膀胱癌恶性转化的分子机制 | 人类膀胱癌组织及癌旁正常组织 | 空间生物学 | 膀胱癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 4187 | 2025-11-18 |
Bone morphogenetic protein 1 as a macromolecular pan-cancer biomarker modulating the immune microenvironment and malignant phenotypes in glioblastoma
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148136
PMID:41067356
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示骨形态发生蛋白1(BMP1)在胶质母细胞瘤中的致癌作用,并发现AH.6809化合物能有效抑制肿瘤生长 | 首次系统阐明BMP1在胶质母细胞瘤免疫微环境中的调控机制,并通过分子对接发现新型抑制剂AH.6809 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索BMP1在胶质母细胞瘤进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接,动态模拟,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 利用TCGA、CGGA、GEO、CPTAC、TISCH、HPA、SpatialTME等多个公共数据库 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4188 | 2025-11-18 |
GPX2 induces macrophage M2 polarization through the MIF signaling pathway to promote colorectal cancer progression
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148341
PMID:41106750
|
研究论文 | 本研究揭示了GPX2通过MIF信号通路诱导巨噬细胞M2极化从而促进结直肠癌进展的新机制 | 首次发现GPX2通过USP7介导的去泛素化稳定MIF表达,进而促进巨噬细胞M2极化的新信号轴 | NA | 阐明GPX2在结直肠癌进展中的作用机制 | 结直肠癌细胞、巨噬细胞、动物模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4189 | 2025-11-18 |
Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09435-8
PMID:40903571
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人整个生命周期中的基因表达和基因组变化 | 首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术,系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化 | 研究主要聚焦前额叶皮层,未涵盖其他脑区;样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明 | 探索人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制 | 人类前额叶皮层细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单核RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据, 空间表达数据 | 从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4190 | 2025-11-18 |
Disease-associated microglia in neurodegenerative diseases: Friend or foe?
2025-Oct, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003426
PMID:41118343
|
综述 | 本文探讨神经退行性疾病中疾病相关小胶质细胞(DAM)的动态特征、起源及其治疗潜力 | 首次系统讨论DAM是否在所有神经退行性疾病中发挥通用传感器作用 | DAM在阿尔茨海默病模型外的普适性尚未明确验证 | 阐明疾病相关小胶质细胞在神经退行性疾病中的功能角色 | 疾病相关小胶质细胞(DAM) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4191 | 2025-11-18 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-Sep-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用进展 | 首次系统总结单细胞测序在CCM疾病中揭示不同细胞类型转录景观的研究进展 | NA | 探索单细胞测序技术在脑 cavernous 血管畸形研究中的应用价值 | 脑 cavernous 血管畸形中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4192 | 2025-11-18 |
Dynamic modulation of claudin18.2 expression and remodeling of the tumor microenvironment in gastric cancer during chemo-immunotherapy
2025-Sep-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012683
PMID:41027671
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌化疗免疫治疗期间Claudin18.2表达的动态变化及其与肿瘤微环境重塑的关系 | 首次系统揭示了CLDN18.2在化疗免疫治疗过程中的动态表达规律及其与免疫抑制性、纤维化肿瘤微环境的关联 | 单臂二期临床试验设计,样本量有限(57例患者),生存结果在CLDN182阳性和阴性组间无显著差异 | 阐明CLDN18.2在胃癌化疗免疫治疗中的动态表达模式及其对肿瘤微环境的影响 | 晚期胃癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学, 全转录组测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 组织图像, 基因组数据, 转录组数据 | 57例晚期胃癌患者系列肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 4193 | 2025-11-18 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-Sep-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络,并验证新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果 | 首次绘制尤文肉瘤的细胞间通讯图谱,并发现新型多激酶抑制剂KC1036相比现有药物具有更优的抗肿瘤效果 | 研究仅限于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发尤文肉瘤的替代治疗策略 | 尤文肉瘤细胞系、细胞系来源异种移植模型和患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | CDX模型、PDX模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4194 | 2025-11-18 |
Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673874
PMID:40950147
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了毛细血管畸形中血管病理景观及NR2F2介导的平滑肌细胞表型获得机制 | 首次在单血管水平构建毛细血管畸形的空间转录组图谱,发现NR2F2在调控平滑肌细胞表型获得中的核心作用 | 研究样本量有限,主要基于体外iPSC模型验证,需要更多临床样本验证 | 探究毛细血管畸形的血管发病机制及病理重塑过程 | 毛细血管畸形病变组织及iPSC分化的血管细胞 | 空间转录组学 | 血管畸形 | 空间全转录组分析,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学,免疫荧光染色 | iPSC分化模型,Tet-on系统基因调控 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,磷酸化蛋白质组数据,免疫荧光图像 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,磷酸化蛋白质组学 | GeoMx | 空间全转录组分析平台 |
| 4195 | 2025-11-18 |
Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution
2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040
PMID:40029262
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化 | 首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示肿瘤转录异质性、克隆进化及免疫抑制微环境,并发现TSPAN8作为潜在治疗靶点 | 样本量较小(7名未治疗患者),循环肿瘤细胞验证使用独立队列 | 探究尤文肉瘤肿瘤异质性及其对治疗的意义 | 尤文肉瘤患者肿瘤组织、肿瘤微环境和循环肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 7名未治疗尤文肉瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4196 | 2025-11-18 |
Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590
PMID:40701368
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Sox10Dom突变小鼠肠神经系统发育,揭示了Hox基因在肠神经元轨迹分配中的作用 | 首次将Hox基因表达变化(特别是Hoxa6)与肠神经元轨迹改变相关联 | 研究仅限于小鼠模型,样本量相对较小 | 探究Sox10缺陷如何改变肠神经元比例及其在肠神经系统早期发育中的作用机制 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统祖细胞、发育中神经元和肠胶质细胞 | 单细胞组学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 杂交链式反应 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4197 | 2025-11-18 |
CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606
PMID:40812683
|
研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎模型中驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制,发现CREB持续激活可导致不可逆的腺泡-导管化生 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+等)的胰腺组织 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,Western blotting,磷酸化激酶阵列,定量PCR | NA | 基因表达数据,组织学图像,蛋白质印迹数据 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4198 | 2025-11-18 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制,并证明靶向铁死亡可恢复其抗病毒活性 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞在慢性感染中发生铁死亡,并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进该过程的机制 | NA | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞功能失调的机制及干预策略 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞,特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术, 电子显微镜, 单细胞RNA测序, MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4199 | 2025-11-18 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在状态与肿瘤微环境的共同影响 | 首次在单细胞分辨率上证明耐药命运同时受细胞内在状态和肿瘤微环境共同塑造,并发现不同耐药程序在个体肿瘤中共存 | 研究主要基于异种移植模型,人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 探索黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在因素与微环境因素的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者肿瘤样本和异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 共识非负矩阵分解 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个细胞系和患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4200 | 2025-11-18 |
Multiomic analysis of cervical squamous cell carcinoma identifies cellular ecosystems with biological and clinical relevance
2023-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01570-0
PMID:37985817
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研究论文 | 通过多组学分析揭示宫颈鳞状细胞癌的肿瘤细胞状态多样性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次在宫颈鳞癌中系统绘制高分辨率空间转录组图谱,发现三种肿瘤状态及其特异性免疫微环境,揭示FABP5介导的免疫排斥机制 | 临床样本分析尚属初步,需要更大规模验证 | 解析宫颈鳞癌肿瘤异质性及其对免疫治疗响应的机制 | 宫颈鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学,遗传扰动,药理学扰动 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |