单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-05-15	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Jun, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼的长期治疗反应	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次在分子水平上探索了伊布替尼治疗期间克隆惰性的机制	研究样本量较小，仅包含两名患者的数据	评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的长期分子和临床反应	两名接受伊布替尼单药治疗的慢性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学, 多组学分析	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
402	2025-05-15	Novel Aortic Dissection Model Links Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2025-May-14, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326230 PMID:40365676	research paper	该研究通过创建一种新型的自发性主动脉夹层小鼠模型，揭示了内皮功能障碍和免疫浸润在主动脉夹层发病机制中的作用	首次将非综合征性家族性主动脉夹层患者的FBN1基因错义变异（p.G234D）通过CRISPR/Cas9系统引入小鼠，创建了新型自发性AD模型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证相关发现	揭示主动脉夹层的分子机制，特别是内皮细胞和免疫细胞在疾病起始中的作用	携带Fbn1G234D/G234D突变的小鼠主动脉组织	分子病理学	心血管疾病	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、同步辐射成像、Western blot分析	小鼠疾病模型	基因测序数据、影像数据、蛋白质印迹数据	Fbn1G234D/G234D突变小鼠（具体数量未明确说明）
403	2025-05-15	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-May-14, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了急性MRV感染对鳜鱼幽门盲囊的全球响应机制，特别是浆膜炎的形成及其后续腹水症状的病理过程	首次在单细胞分辨率水平解析MRV感染诱导鳜鱼幽门盲囊浆膜炎的细胞组成变化及关键免疫细胞亚群的作用	研究仅聚焦于急性感染阶段的病理变化，未涉及慢性感染或不同鱼种间的比较分析	阐明MRV感染导致鳜鱼特征性腹水症状的分子病理机制	感染MRV病毒的鳜鱼幽门盲囊组织	鱼类病理学	病毒性鱼病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（鳜鱼个体及幽门盲囊组织）
404	2025-05-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-May-14, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭状态	首次在口腔扁平苔藓中使用单细胞RNA测序技术分析T细胞的组成和异质性，揭示了CD8+耗竭T细胞的关键作用	样本量较小（仅3名患者和3名健康对照），且小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病	探究口腔扁平苔藓免疫微环境中T细胞的组成和功能状态	口腔扁平苔藓患者和小鼠模型的T细胞	免疫学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、HE染色、免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞转录组数据、组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康对照的口腔黏膜组织
405	2025-05-15	Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics 2025-May-14, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10889-6 PMID:40366552	研究论文	通过单细胞转录组学和批量蛋白质组学技术，识别脂肪基质血管部分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节功能的亚群	整合单细胞RNA测序和批量蛋白质组学数据，首次识别出脂肪基质血管部分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	解析脂肪来源干细胞/基质细胞的异质性免疫调节潜能	脂肪基质血管部分(SVF)和脂肪来源干细胞/基质细胞(ASCs)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA seq), 批量蛋白质组学	Scissor算法	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
406	2025-05-15	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-May-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒感染与多发性硬化症早期活动之间的关联	发现TBX21+CD21loCXCR3+非典型B细胞(ABCs)在早期多发性硬化症患者中的扩增与疾病活动相关	未检测到EBV直接感染ABCs的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	NA	单细胞基因表达数据	来自ITN STAyCIS试验的纵向收集样本，包括早期MS患者、健康对照和其他疾病对照
407	2025-05-15	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-May-13, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，首次将ALDH2激活与免疫-血管调节相结合，针对糖尿病伤口的多重挑战	未提及临床前或临床试验的具体样本量及长期效果评估	解决糖尿病伤口因持续感染、免疫反应受损和血管化不足带来的治疗难题	糖尿病伤口组织中的中性粒细胞外陷阱（NETs）和ALDH2酶	生物医学工程	糖尿病	单细胞测序分析、光动力水凝胶技术	NA	临床标本的单细胞测序数据	NA
408	2025-05-15	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示Müller细胞在视网膜自身免疫炎症中的功能动态	首次通过AI辅助的单细胞分析识别出视网膜炎症中Müller细胞的九个亚群及T细胞的五个亚群，并发现激活的Müller细胞呈现巨噬细胞样表型	研究仅基于Aire-/-小鼠模型，未在人类样本中验证	探索视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态及其与T细胞的相互作用	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq	SCassist（AI辅助单细胞分析工作流）	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集（未明确样本量）
409	2025-05-15	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学识别玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化	研究仅关注早期感染阶段，未涉及症状表现后的过程	探究植物病毒早期系统性感染过程中宿主基因表达与病毒积累的关系	甘蔗花叶病毒(SCMV)感染的玉米叶片	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及五种细胞类型
410	2025-05-15	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	通过单细胞RNA测序和细胞条形码技术，研究人类乳腺癌单细胞克隆的适应性和转录可塑性	结合表达型慢病毒细胞条形码与单细胞RNA测序，首次在体内将单细胞转录组与克隆生长直接关联	仅针对5种乳腺癌模型进行了单细胞转录组分析，样本代表性可能有限	探究乳腺癌克隆适应性和转录可塑性对肿瘤异质性的影响	26例患者来源的乳腺癌异种移植模型中的单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 慢病毒细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	26个患者来源模型中的110个异种移植体，超过20,000个单细胞衍生克隆，167,375个单细胞RNA图谱
411	2025-05-15	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-May-12, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	研究连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的机制	首次发现PHN作为GSK-3β抑制剂，通过促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	PHN的具体作用机制仍需进一步研究，且临床疗效尚未验证	探究PHN在脓毒症相关ALI/ARDS中的治疗作用及其分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、巨噬细胞极化、中性粒细胞募集	药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征（ALI/ARDS）	分子对接、分子动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	8331个ALI/ARDS相关靶基因，体外和体内实验（斑马鱼和小鼠）
412	2025-05-15	The upregulation of TNKS1 drives the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in aortic dissection through the activation of ferroptosis 2025-May-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114722 PMID:40359887	研究论文	本研究探讨了TNKS1在主动脉夹层中对人类主动脉平滑肌细胞表型转换的影响及其通过激活铁死亡的作用机制	首次揭示了TNKS1通过激活铁死亡途径驱动主动脉平滑肌细胞表型转换的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证有限	探究TNKS1在主动脉夹层发病机制中的作用	人类主动脉平滑肌细胞(HASMCs)	心血管疾病研究	主动脉夹层	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、RT-q-PCR、划痕实验、Co-IP	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
413	2025-05-15	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	研究论文	通过空间转录组学、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学分析，研究一名可切除NSCLC患者对化疗免疫疗法的完全病理反应和持久无事件生存	揭示了B淋巴细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	仅基于单个病例的研究，结果可能需要更大样本量验证	探索化疗免疫疗法在可切除NSCLC患者中的治疗效果及其机制	一名可切除NSCLC伴同步脑转移的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、血清蛋白质组学	NA	分子表达数据、蛋白质组数据	1名患者（包括治疗前脑转移组织和治疗后原发肺肿瘤组织）
414	2025-05-15	Integrated bioinformatic analysis identifies GADD45B as an immune-related prognostic biomarker in skin cutaneous melanoma 2025-May-11, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00437-0 PMID:40350499	研究论文	该研究通过整合多个数据库和实验方法，全面探讨了GADD45B在皮肤黑色素瘤(SKCM)中的功能及其作为免疫相关预后生物标志物的潜力	首次系统研究GADD45B在SKCM中的作用机制，发现其可作为新型免疫检查点并促进M1型巨噬细胞极化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证有待进一步加强	探究GADD45B在皮肤黑色素瘤中的功能及其临床意义	皮肤黑色素瘤细胞系和患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	转录组测序、单细胞分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	26个SKCM相关数据集、30个人类SKCM细胞系转录组数据、29个SKCM细胞系表型特征分析
415	2025-05-15	Mapping the molecular signature of ABA-regulated gene expression in germinating barley embryos 2025-May-10, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-06654-z PMID:40348990	研究论文	本研究通过整合转录组学、代谢组学和空间转录组学技术，揭示了ABA在发芽大麦胚胎中调控基因表达的分子特征	首次在植物组织中成功应用空间转录组学技术，实现了对胚胎不同区域基因表达的精确定位	空间转录组学技术在植物组织中的应用仍存在技术挑战	探究ABA调控大麦种子发芽的分子机制	ABA处理的大麦(Hordeum vulgare)胚胎	植物分子生物学	NA	Visium Spatial Transcriptomics (10× Genomics), RNA-seq	NA	转录组数据, 代谢组数据	六个胚胎区域
416	2025-05-15	Thioredoxin: a key factor in cold tumor formation and a promising biomarker for immunotherapy resistance in NSCLC 2025-May-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03259-w PMID:40349025	研究论文	该研究探讨了硫氧还蛋白（TXN）在非小细胞肺癌（NSCLC）中作为免疫治疗耐药性生物标志物的作用及其在冷肿瘤形成中的关键影响	发现TXN在NSCLC患者中高表达并与冷肿瘤特征相关，揭示了TXN通过调节CD40促进肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内动物模型的验证	探究TXN在NSCLC免疫治疗耐药性中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本及A549和SK-MES-1细胞系	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NSCLC患者组织样本及两种肺癌细胞系（A549和SK-MES-1）
417	2025-05-15	Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index 2025-May-08, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161 PMID:40348015	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别出人类脂肪细胞中一个具有独特基因表达和功能特征的亚群，该亚群与代谢活性增加相关，并与BMI呈负相关	发现了一个新的脂肪细胞亚群（C7∗），该亚群具有肌肉细胞基因特征和更高的代谢活性，且其丰度与BMI呈负相关	研究样本量较小（11名捐赠者），且机制研究仍需进一步深入	探究脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性，及其与代谢疾病（如肥胖）的关联	人类去分化脂肪细胞（DFAT）及其亚群	代谢研究	肥胖	单细胞RNA测序（10x Genomics）、FACS、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、临床参数数据	11名人类捐赠者的脂肪细胞样本，以及1759名捐赠者的皮下脂肪组织基因表达数据
418	2025-05-15	Blocking LIF and PD-L1 enhances the antitumor efficacy of SBRT in murine PDAC models 2025-May-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010820 PMID:40341024	研究论文	研究探讨了在鼠胰腺导管腺癌模型中，通过阻断LIF和PD-L1增强立体定向体部放疗（SBRT）的抗肿瘤效果	首次展示了LIF和PD-L1同时抑制与SBRT联合治疗的显著协同效应，并深入分析了其免疫调节机制	研究仅在鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索胰腺导管腺癌的新型联合治疗方案	鼠胰腺导管腺癌模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、Luminex检测、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	鼠原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	多个鼠胰腺肿瘤模型
419	2025-05-15	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	本研究介绍了一种优化的方法，通过外周血细胞将体细胞转化为神经元，避免了诱导多能干细胞（iPSC）中间步骤	使用NEUROD1和四种Yamanaka重编程因子的独特组合，在3周内生成谷氨酸能神经元，提供了一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法	虽然外周血细胞提供了潜在的替代方案，但其在神经元重编程中的广泛应用仍需进一步验证	开发一种非侵入性、高效、快速且便捷的方法，将外周血细胞转化为神经元，用于神经系统疾病建模和药物发现	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
420	2025-05-15	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学等方法，分析了接受抗PD-1治疗的基底细胞癌患者，发现B细胞受体（BCR）克隆多样性的诱导与PD-1抑制治疗的成功反应相关	揭示了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗反应中的动态作用，并开发了基于基线肿瘤RNA测序的机器学习模型来预测PD-1诱导的BCR克隆多样性	研究样本量有限，且需要进一步验证机器学习模型在其他癌症类型中的普适性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	单细胞RNA测序, 高清空间转录组学, 空间免疫受体分析	machine learning model	RNA测序数据, 空间转录组数据	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大规模的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列