本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4161 | 2025-11-18 |
Claudin-1 is a mediator and therapeutic target in primary sclerosing cholangitis
2025-Dec, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.005
PMID:40846184
|
研究论文 | 本研究揭示Claudin-1在原发性硬化性胆管炎发病机制中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次系统证实CLDN1在PSC中的病理作用,并开发特异性单克隆抗体作为新型治疗策略 | 主要依赖临床前模型验证,需要进一步临床试验确认疗效 | 探究CLDN1在PSC发病机制中的作用并评估其作为治疗靶点的可行性 | PSC患者队列、小鼠模型和患者来源的细胞模型 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,组织图像数据 | 五个PSC患者队列的肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4162 | 2025-11-18 |
Biological and Therapeutic Potentials of MXenes in Tumor Microenvironment-Driven Oncology
2025-Nov-17, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00982
PMID:41200882
|
综述 | 探讨MXenes二维纳米材料在肿瘤微环境驱动肿瘤学中的生物学和治疗潜力 | 首次系统阐述MXenes在直接肿瘤消融和肿瘤免疫微环境调控中的双重作用机制 | NA | 探索MXenes在精准肿瘤学中的治疗应用潜力 | MXenes二维纳米材料及其在肿瘤治疗中的应用 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞测序, 高维免疫分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 4163 | 2025-11-18 |
CELLama: Foundation Model for Single Cell and Spatial Transcriptomics by Cell Embedding Leveraging Language Model Abilities
2025-Nov-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513210
PMID:41243712
|
研究论文 | 开发了一个名为CELLama的基础模型,利用语言模型能力将单细胞和空间转录组数据转换为句子表示,实现通用细胞嵌入 | 首次将语言模型应用于单细胞和空间转录组数据分析,通过将细胞数据转化为句子形式实现通用细胞嵌入 | NA | 解决单细胞RNA测序和空间转录组数据分析中的复杂性挑战,包括细胞分型、数据整合和空间关系理解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 自然语言处理,数字病理 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | 语言模型 | 基因表达数据,元数据 | 大规模细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组 | NA | NA |
| 4164 | 2025-11-18 |
Mechanistic Insights Into Recurrent Implantation Failure: The Lactate-H3K18la-SLC7A11 Axis Explored via Endometrial Organoid and Blastoid-Endometrial Cell Implantation Models
2025-Nov-16, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70147
PMID:41242872
|
研究论文 | 本研究通过子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型,揭示了乳酸-H3K18la-SLC7A11轴在调控子宫内膜容受性中的新机制 | 首次发现乳酸通过H3K18la表观遗传修饰调控SLC7A11表达,进而促进上皮-间质转化和胚胎植入的新机制 | NA | 探索复发性植入失败的分子机制 | 人类子宫内膜类器官和胚泡-子宫内膜细胞植入模型 | 生殖医学 | 复发性植入失败 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4165 | 2025-11-18 |
Deciphering the nexus of aging and pan-cancer: Single-cell sequencing reveals microenvironmental remodeling and cellular drivers
2025-Nov-15, Bioscience trends
IF:5.7Q1
DOI:10.5582/bst.2025.01307
PMID:41139485
|
综述 | 通过单细胞测序技术解析衰老与泛癌发展的关联机制及肿瘤微环境重塑 | 整合单细胞测序数据揭示衰老细胞通过分泌SASP因子重塑肿瘤微环境的具体机制 | 单细胞测序数据存在批次效应,衰老细胞丰度低(<5%)影响分析灵敏度 | 探讨衰老作为泛癌发展风险因素的生物学机制 | 衰老细胞亚群(如CDKN2A/LMNB1细胞)及肿瘤微环境组成细胞 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多组学整合分析 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | 基于TCGA和GEO等公共数据库的泛癌分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4166 | 2025-11-18 |
PIEZO1 gain-of-function mutation drives cardiomyopathy by disrupting myocardial lipid homeostasis besides iron overload
2025-Nov-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady9242
PMID:41237237
|
研究论文 | 本研究揭示了PIEZO1功能获得性突变通过破坏心肌脂质代谢导致心肌病的机制 | 首次发现PIEZO1功能获得性突变除铁超载外,还通过钙信号-CaMKII-FOXO3轴破坏脂质代谢导致心肌病 | 研究样本量有限,仅基于一名患者和动物模型数据 | 探究PIEZO1突变与心肌病发展的关系及其分子机制 | 31岁男性先证者、PIEZO1 D674Y突变小鼠模型、心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1名患者和转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4167 | 2025-11-18 |
Integrating machine learning and experimental validation identifies a post-translational modification gene signature for prognosis and treatment response in breast cancer
2025-Nov-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23772-8
PMID:41238648
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习与实验验证,开发了乳腺癌预后和治疗响应的翻译后修饰基因特征 | 首次系统整合多种翻译后修饰(PTM)信息,从117个机器学习模型中筛选最优组合构建PTM相关基因特征(PTMRS),并在单细胞和空间转录组水平验证基因表达模式 | 研究样本量未明确说明,验证主要依赖公共数据集和有限实验验证 | 阐明多种翻译后修饰与乳腺癌预后的关联,开发预后预测模型 | 乳腺癌患者和肿瘤组织 | 机器学习 | 乳腺癌 | GSVA、PCR、单细胞RNA-seq、空间转录组 | 机器学习集成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 4168 | 2025-11-18 |
Exploring mitochondrial ribosomal protein S12 as a novel target for non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01128-9
PMID:41238733
|
研究论文 | 本研究探讨线粒体核糖体蛋白S12(MRPS12)在非小细胞肺癌发病机制中的表达和功能意义 | 首次将MRPS12确定为非小细胞肺癌的新型治疗靶点,并系统验证其通过调控线粒体功能促进肿瘤恶性进展的机制 | 未涉及MRPS12靶向治疗的临床转化研究,缺乏在更广泛肺癌亚型中的验证 | 探索MRPS12作为非小细胞肺癌新型治疗靶点的潜力 | 非小细胞肺癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, shRNA基因沉默, CRISPR-Cas9基因敲除, 线粒体功能分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 功能实验数据 | 癌症基因组图谱数据集, 多种NSCLC细胞类型, 裸鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4169 | 2025-11-18 |
STPath: a generative foundation model for integrating spatial transcriptomics and whole-slide images
2025-Nov-14, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02020-3
PMID:41238784
|
研究论文 | 提出STPath生成式基础模型,通过整合空间转录组学和全切片图像来预测基因表达 | 首次开发能够直接预测38,984个基因在17个器官中表达的基础模型,无需下游微调 | NA | 开发可扩展的空间转录组学病理应用 | 空间转录组数据和全切片图像 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学,全切片图像分析 | 几何感知Transformer | 图像,基因表达数据 | 23个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4170 | 2025-11-18 |
Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing uncover tumor microenvironment diversity in invasive Retinoblastoma
2025-Nov-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23779-1
PMID:41238845
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析揭示了侵袭性视网膜母细胞瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次在视网膜母细胞瘤中发现锥体前体细胞亚群的功能多样性,并鉴定出DOK7作为侵袭关键基因 | 样本量较小(仅10例患者),且使用公开数据可能限制实验设计的灵活性 | 探索视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与肿瘤侵袭的关系 | 10例视网膜母细胞瘤患者的原发肿瘤组织 | 单细胞测序分析 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 10例视网膜母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4171 | 2025-11-18 |
Exploration of the roles of CAFs in melanoma based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03868-3
PMID:41238964
|
研究论文 | 基于单细胞转录组学和空间转录组学探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq数据系统解析黑色素瘤中CAF的分子程序,并构建CAF中心的免疫排斥网络 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞在黑色素瘤中的功能异质性和空间生态作用 | 黑色素瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA-seq,WGCNA,CellChat分析 | 风险评分模型 | 转录组数据,空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4172 | 2025-11-18 |
Integrative Mendelian randomization and spatial transcriptomics analysis reveals causal links between plasma lipidome and non-small cell lung cancer
2025-Nov-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03823-2
PMID:41239138
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和空间转录组学分析,揭示血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的因果关系 | 首次结合双向孟德尔随机化与空间转录组学,发现PVT1作为脂质相关关键基因在肿瘤密集区域高表达 | 基于汇总级GWAS数据,无法完全排除多效性偏倚 | 探讨血浆脂质组与非小细胞肺癌之间的潜在因果关系 | 非小细胞肺癌患者和健康人群 | 生物信息学 | 肺癌 | 孟德尔随机化, 空间转录组学, 机器学习基因优先排序 | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, MR-PRESSO | 基因组关联研究汇总数据, 空间转录组数据 | 基于GeneRISK和FinnGen GWAS的大规模样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4173 | 2025-11-16 |
Correction: Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2025-Nov-14, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03610-4
PMID:41239358
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4174 | 2025-11-18 |
Aldolase a in pan-cancer and lung squamous cell carcinoma: prognostic value and macrophage-driven immune suppression unveiled by multi-omics and cohort validation
2025-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04043-y
PMID:41239433
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和队列验证揭示了醛缩酶A在泛癌和肺鳞癌中的预后价值及其通过巨噬细胞驱动的免疫抑制机制 | 首次系统评估ALDOA在肺鳞癌中的预后价值,并通过空间转录组学和免疫荧光证实其与肿瘤相关巨噬细胞的共定位关系 | 机制研究仍需进一步深入,治疗干预策略需要更多实验验证 | 探究ALDOA在肺鳞癌中的预后价值和其在巨噬细胞介导的免疫抑制中的作用 | 泛癌数据集和肺鳞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 肺鳞癌 | 免疫组织化学染色,单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光染色 | 生物信息学算法 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,临床数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | TISCH2数据库 |
| 4175 | 2025-11-18 |
Pan-cancer analysis identifies LMBR1L as a prognostic and immunological biomarker with validation in colorectal cancer
2025-Nov-14, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-03404-7
PMID:41239456
|
研究论文 | 通过泛癌分析鉴定LMBR1L作为预后和免疫生物标志物,并在结直肠癌中进行实验验证 | 首次系统揭示LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗预测标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库和结直肠癌模型,需要在更多癌种中进一步验证 | 探索LMBR1L在肿瘤免疫微环境中的功能及其临床意义 | 多种癌症组织和结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,生存分析,GSEA,GSVA,免疫浸润分析,体外实验,体内实验 | NA | 基因表达数据,临床样本数据 | 公共数据库中的多种癌症数据及结直肠癌临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4176 | 2025-11-18 |
Glutamine metabolism reprogramming promotes bladder cancer progression via PYCR1: a multi-omics and functional validation study
2025-Nov-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07386-2
PMID:41233804
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和功能验证揭示了谷氨酰胺代谢重编程通过PYCR1促进膀胱癌进展的机制 | 首次构建基于谷氨酰胺代谢的预后模型GMscore,并发现PYCR1作为关键调控基因通过P5CS促进脯氨酸合成并激活PI3K/AKT/mTOR信号通路 | 未明确说明样本规模,研究主要聚焦于PYCR1机制,可能忽略其他代谢调控因子 | 探索谷氨酰胺代谢在膀胱癌中的临床意义及其与免疫治疗反应的关系 | 膀胱癌细胞系、患者队列数据、异种移植模型 | 多组学分析 | 膀胱癌 | 靶向代谢组学、单细胞RNA测序、批量转录组分析、随机森林分析、PCA | 预后模型GMscore、随机森林 | 代谢组数据、RNA测序数据、功能实验数据 | 多个患者队列(包括IMvigor210和GSE91061免疫治疗队列) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 靶向代谢组学 | NA | NA |
| 4177 | 2025-11-18 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Nov-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示骨髓细胞介导的干扰素信号传导导致肾细胞癌对免疫检查点阻断治疗的耐药机制 | 开发了推断性建模方法解析肿瘤微环境中细胞因子信号效应,首次发现骨髓细胞而非肿瘤细胞是干扰素驱动免疫治疗耐药的关键介质 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证机制 | 研究干扰素信号在肾细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗疗效的影响 | 肾细胞癌患者的肿瘤免疫微环境 | 单细胞基因组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞转录组数据 | 多个临床试验队列的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4178 | 2025-11-18 |
Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls
2025-Nov-07, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.20.25334075
PMID:40909829
|
研究论文 | 本研究通过多祖先群体的全基因组关联分析,探索了乳腺癌的遗传结构和细胞特征 | 迄今为止规模最大的多祖先乳腺癌GWAS研究,整合单细胞RNA-seq图谱识别跨祖先共享的细胞类型关联 | 样本量在不同祖先群体间分布不均,某些群体间的遗传相关性估计存在较大标准误 | 探索乳腺癌在多祖先群体中的遗传结构和细胞基础 | 159,297例乳腺癌患者和212,102例对照,涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙/拉丁裔祖先群体 | 基因组学 | 乳腺癌 | GWAS, 单细胞RNA-seq | 稀疏正态混合效应模型 | 基因组关联汇总统计数据 | 159,297病例和212,102对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens单细胞RNA-seq图谱 |
| 4179 | 2025-11-18 |
Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population
2025-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032
PMID:40669566
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析发现OR2A25基因中的rs61731397-C变异会增加中国人群慢性鼻窦炎的发病风险 | 首次在中国人群中鉴定出OR2A25基因变异与慢性鼻窦炎的关联,并通过功能实验证实该变异通过降低蛋白稳定性影响疾病发生 | 研究主要聚焦于中国人群,结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 识别中国人群慢性鼻窦炎的遗传风险变异并阐明其作用机制 | 中国人群(昆山队列和北京队列) | 遗传学 | 慢性鼻窦炎 | 全基因组关联分析、单细胞RNA测序、结构预测、体外表达研究、Western blot分析 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 两个独立队列(昆山队列和北京队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4180 | 2025-11-18 |
Novel Genetic Loci for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease and Potential Protective Effect of Body Mass Index
2025-Nov, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202406-1253OC
PMID:40938630
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析识别了非结核分枝杆菌肺病的新遗传位点,并发现体重指数可能具有保护作用 | 发现了两个新的NTM-PD相关遗传位点,并验证了一个已知位点,首次通过孟德尔随机化证明体重指数与NTM-PD存在潜在因果关系 | 研究样本主要来自亚洲人群,欧洲队列样本量相对较小 | 识别NTM-PD的遗传结构并探索其与风险因素的关联 | 非结核分枝杆菌肺病患者和健康对照者 | 基因组学 | 肺部疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 韩国队列: 1,949例患者和2,955例对照; 日本队列: 1,137例患者和1,546例对照; 欧洲队列: 243例患者和570例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |