单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3981	2025-04-26	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	研究论文	本研究通过SM/J小鼠模型探讨了遗传背景和年龄对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	首次在野生型小鼠中建立了研究自发性椎间盘突出病理生理学的模型，并揭示了神经免疫和椎间盘变化的分子机制	研究仅使用SM/J小鼠这一特定品系，结果可能不适用于其他遗传背景的小鼠或人类	探究遗传和年龄因素如何影响椎间盘突出的易感性及相关疼痛行为	SM/J小鼠的腰椎间盘、背根神经节、脊髓和外周血单个核细胞	神经科学	椎间盘疾病	转录组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序	SM/J小鼠模型	基因表达数据、细胞组成数据	未明确说明具体数量，但涉及多个年龄段的SM/J小鼠组织样本
3982	2025-04-26	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Apr-25, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）病毒感染过程中中性粒细胞外诱捕网（NETs）的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	首次揭示了SFTSV感染触发NETosis的机制，并发现NETs通过下调特定炎症因子影响免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚需在人体中进一步验证	探究SFTSV感染过程中NETs释放对炎症因子和器官损伤的影响机制	SFTS患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	传染病学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
3983	2025-04-26	M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration 2025-Apr-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416159 PMID:40277454	研究论文	本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有促修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群	发现了M2-EVs通过破坏中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生的新机制	未明确M2-EVs对其他免疫细胞的影响及长期治疗效果	探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响	牙周炎模型中的M2巨噬细胞、中性粒细胞及其亚群	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3984	2025-04-26	Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy 2025-Apr-25, Journal of molecular histology IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s10735-025-10427-1 PMID:40278950	研究论文	本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制	揭示了NRF1/PGC-1α通路在ICP孕妇血清胆汁酸升高导致胎盘滋养层细胞线粒体损伤中的作用机制	研究主要基于细胞模型，需要进一步在动物模型或临床样本中验证	探究ICP中胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制，为ICP治疗提供精准靶点	人类胎盘组织和ICP细胞模型	生殖医学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜	ICP细胞模型	单细胞测序数据、显微镜图像数据	人类胎盘组织样本和建立的ICP细胞模型
3985	2025-04-26	Association Between T2DM, TyG Index, Multiple Sclerosis, and Rheumatoid Arthritis: Insights into Potential Mechanisms 2025-Apr-25, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04961-y PMID:40279037	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）和胰岛素抵抗（IR）指标TyG指数与自身免疫相关疾病（ARDs）之间的因果关系，并评估了免疫细胞的影响	首次通过综合Mendelian随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了T2DM和TyG指数与多发性硬化症（MS）和类风湿性关节炎（RA）的因果关联，并发现特定免疫细胞和基因位点在其中的作用	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且需要进一步实验验证发现的分子机制	探索T2DM和IR指标与自身免疫疾病之间的因果关系及其潜在机制	2型糖尿病（T2DM）、TyG指数、多发性硬化症（MS）、类风湿性关节炎（RA）和免疫细胞	遗传流行病学	多发性硬化症, 类风湿性关节炎, 2型糖尿病	Mendelian随机化分析, 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组关联研究（GWAS）数据, 单细胞RNA测序数据	NA
3986	2025-04-26	Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf009 PMID:39835675	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征，并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化	发现了一种新的巨噬细胞亚群'Myoz2+ MAC'，并揭示了Lgals9在巨噬细胞极化中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及其在移植排斥反应中的作用	小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA	小鼠心脏移植模型	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，使用小鼠心脏移植模型
3987	2025-04-26	Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace 2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00234-0 PMID:40261503	研究论文	本研究利用SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台，绘制了胚胎13.5天胎儿肝脏中造血干细胞和多能祖细胞（HSC/MPPs）及其下游受限祖细胞（RPs）的空间分布图	首次构建了胎儿肝脏造血的单细胞空间转录组图谱，揭示了HSC/MPPs和RPs在胎儿肝脏中的活跃扩张过程及其与成人骨髓中的行为差异	研究仅针对胚胎13.5天的胎儿肝脏，未涵盖其他发育阶段	解析胎儿肝脏造血过程中不同造血祖细胞群体的空间组织	胎儿肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞及其下游受限祖细胞	空间转录组学	NA	SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台	NA	空间转录组数据	胚胎13.5天的胎儿肝脏样本
3988	2025-04-26	Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development 2025-Apr-22, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-025-02236-5 PMID:40261519	综述	探讨心血管和造血系统在发育过程中的相互调控关系，特别是心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的重要性	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序，并阐明这些心源性巨噬细胞对心脏形态发生的独特贡献	NA	阐明心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和稳态中的关键作用	心血管系统和造血系统的发育调控机制	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3989	2025-04-26	Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes 2025-Apr-22, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02614-y PMID:40263451	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白的方法，用于在批量及单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率	病毒多样性监测及病毒与疾病相关性研究	恒河猴外周血单核细胞数据中的埃博拉病毒病相关病毒	生物信息学	埃博拉病毒病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
3990	2025-04-26	Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system 2025-Apr-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96683-3 PMID:40263498	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习算法构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统	结合多组学数据和机器学习算法，首次构建了NEP100模型，能够有效诊断和分型神经内分泌前列腺癌，并揭示了四种具有独特生物学特征的亚型	样本量相对有限，特别是空间转录组学数据仅包含1个样本	开发准确的神经内分泌前列腺癌诊断和分型工具	神经内分泌前列腺癌(NEPC)	数字病理学	前列腺癌	多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学)	随机森林(RF)	转录组数据	70个样本(包含196,309个细胞)，其中9%被鉴定为神经内分泌细胞
3991	2025-04-26	Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats 2025-Apr-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08091-y PMID:40263515	研究论文	本研究探讨了睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降	首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境影响精子质量的机制	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制	10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠	生殖医学	男性不育症	孟德尔随机化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确说明大鼠数量，但涉及对照组和实验组
3992	2025-04-26	Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics 2025-Apr-22, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13947-x PMID:40264064	研究论文	探讨批量RNA测序在骨髓增生性肿瘤(MPN)常规临床中的潜在应用	提出批量RNA测序作为单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的高成本替代方案，用于评估MPN患者的基因突变和免疫状态	未提及样本量是否足够大以支持广泛临床应用	评估批量RNA测序在MPN临床诊断和治疗决策中的实用价值	未经治疗的真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)和原发性骨髓纤维化(PMF)患者的外周血和骨髓样本	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	RNA测序(RNA-Seq), 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量，但包括来自GSE26049和GSE2191数据集的数据
3993	2025-04-26	Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis 2025-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03775-1 PMID:40264164	研究论文	本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中R-loop的关键调控因子	首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的R-loop调控机制	探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	机器学习	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq	RGPSM	基因表达数据	多个骨肉瘤患者队列的RNA-seq和scRNA-seq数据集
3994	2025-04-26	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和体外细胞实验
3995	2025-04-26	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，识别了神经母细胞瘤的三种亚型，并探讨了它们与预后和治疗脆弱性的关联	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤的预后和治疗脆弱性联系起来，并识别了三种具有不同特征的亚型	研究未涉及具体的临床试验验证，仅基于生物信息学分析	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其相关基因表达数据	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3996	2025-04-26	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制性肿瘤微环境的机制	发现FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在TAMs中对调节抗肿瘤T细胞免疫及免疫治疗效果的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类HCC肿瘤样本，临床转化需进一步验证	探究脂质代谢如何增强TAMs的促肿瘤作用及其机制	小鼠和人类HCC肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
3997	2025-04-26	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次在单细胞水平上揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群	阐明原发性骨髓纤维化（PMF）从前纤维化阶段进展到明显阶段的细胞和分子机制	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞组学	骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括pre-PMF、明显PMF和其他MPN患者的骨髓样本
3998	2025-04-26	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次描述了MASH纤维化中基因表达的谱系特异性变化、亚群组成及伪时间分析，揭示了纤维化区域的特异性基因表达模式	研究样本量有限，且仅基于特定数据集（GSE189175）进行分析	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点	健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、病理图像	未明确提及具体样本数量，涉及健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者
3999	2025-04-26	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示GLS作为牙周炎中铜死亡相关关键基因的作用	研究基于公开数据集GSE10334，可能受限于数据质量和样本量	阐明铜诱导的细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的联系	牙周炎患者样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归、逻辑回归分析	NA	RNA测序数据	基于GSE10334数据集，具体样本量未明确说明
4000	2025-04-26	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	research paper	提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用预训练的移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识且无需人工标注	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于移位窗口的自注意力模型	基因表达数据	399,760个细胞