单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-12-17	Advancements in Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Central Nervous System Disease 2024-Oct-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01499-w PMID:39387975	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在中枢神经系统（CNS）疾病研究中的应用	通过scRNA-seq和ST技术，揭示了CNS疾病的细胞异质性和功能特异性，发现了新的细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，并发现了潜在的治疗靶点和生物标志物	NA	探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统疾病，包括慢性神经退行性疾病和急性中枢神经系统损伤等	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
382	2024-12-17	A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023 2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01484-3 PMID:38856921	综述	本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势	首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络	文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态	分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势	2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献	NA	NA	文献计量分析	NA	文本	1467篇论文和综述
383	2024-12-17	PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01887-5 PMID:37524958	研究论文	PhyloVelo通过使用单调表达基因（MEGs）增强转录组速度场映射	引入PhyloVelo框架，利用单调表达基因（MEGs）估计转录组动力学的速度，并通过整合单细胞RNA测序数据与谱系信息重建转录组速度场	NA	提高在疾病条件下准确追踪细胞命运转变的能力	单细胞RNA测序数据和谱系信息	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	七个谱系追踪的单细胞RNA测序数据集
384	2024-12-17	Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease 2024-04-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06124-6 PMID:38641668	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著	研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞	揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础	儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
385	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集
386	2024-12-17	Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types 2024-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44742-0 PMID:38233398	研究论文	本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和基因表达（scRNA-seq）数据，识别了与疾病相关的重要胎儿和成人脑细胞类型	首次将GWAS与scATAC-seq数据整合，识别出更多与疾病相关的重要脑细胞类型	研究仅限于28种脑相关疾病/特征，且样本量和细胞类型数量有限	通过整合GWAS与单细胞功能数据，优先识别与疾病相关的重要细胞类型	胎儿和成人脑细胞类型	数字病理学	神经系统疾病	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	28种脑相关疾病/特征的GWAS汇总统计数据（平均N=298K），320万scATAC-seq和scRNA-seq数据，83种细胞类型
387	2024-12-17	Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease 2023-05-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac138 PMID:35994249	研究论文	本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制	揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的	NA	理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展	心血管疾病	心血管疾病	共聚焦显微镜、单细胞转录组学	NA	图像、RNA-seq数据	使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究
388	2024-12-17	SPADE: Spatial Deconvolution for Domain Specific Cell-type Estimation 2023-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.14.536924 PMID:37131788	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的比例	SPADE通过结合单细胞RNA测序数据、空间位置信息和组织学信息，能够成功识别现有反卷积方法未能识别的细胞类型特定空间模式	本文仅展示了在合成数据和鸡心脏发育数据集上的应用，未来需要在更多不同类型的数据集上验证其有效性	开发一种能够准确估计异质组织中细胞类型空间分布的方法	细胞类型的空间分布及其在复杂生物系统中的变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	基因表达数据	合成数据和鸡心脏发育数据集
389	2024-12-17	Granzyme K+ CD8 T cells form a core population in inflamed human tissue 2022-06-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abo0686 PMID:35704599	研究论文	研究发现在炎症组织中，表达颗粒酶K（GzmK）的CD8 T细胞构成了一个核心群体，并在类风湿性关节炎（RA）等疾病中发挥重要作用	首次发现CD8 T细胞在类风湿性关节炎等疾病中具有显著的炎症驱动作用，并且这些细胞在多种组织和疾病中广泛存在	研究主要集中在类风湿性关节炎和少数其他疾病，未来需要进一步验证这些发现在更广泛疾病中的适用性	探讨CD8 T细胞在炎症组织中的作用及其在不同疾病中的分布	类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的CD8 T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA数据、流式细胞数据	涉及类风湿性关节炎、肠道、肾脏和COVID-19患者的多种组织样本
390	2024-12-17	Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2022-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01022-8 PMID:35260865	研究论文	本文探讨了单细胞测序实验中酶解组织对基因表达的影响，并提出了一种新的方法来减少这种影响	提出了一个严格验证的协议，保留了体内转录组特征和细胞类型多样性，并揭示了人类死后脑组织中单核RNA测序数据中的类似特征	仅在鼠脑和人脑组织中进行了验证，尚未在其他物种或组织类型中进行测试	解决单细胞测序中酶解组织引起的基因表达变化问题	鼠脑和人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼠脑和人脑组织样本
391	2024-12-17	Dynamic Molecular Profiles of Bone Marrow-Derived Osteoblasts at the Single-Cell Level 2022, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2022068030097 PMID:36689316	研究论文	研究探讨了单细胞水平上骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓来源成骨细胞的异质性及其发育轨迹，并识别了不同亚群的特征基因和信号通路	研究仅限于小鼠骨髓细胞，未涉及人类样本	揭示成骨细胞的异质性及其发育机制，为骨骼系统疾病的研究提供新思路	骨髓来源的成骨细胞及其在单细胞水平上的分子特征	数字病理学	骨骼系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠骨髓细胞的单细胞测序数据
392	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
393	2024-12-16	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-Dec-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	研究论文	研究探讨了TGF-β信号在糖尿病心肌病中的作用，特别是通过纤维母细胞特异性TbR2和Smad3的缺失来减轻心脏功能障碍、纤维化和肥大	首次揭示了纤维母细胞特异性TGF-β/Smad3信号在2型糖尿病中导致心室纤维化、肥大和功能障碍的作用	体外实验未发现基质细胞或细胞内TSP-4对心脏纤维母细胞的显著激活作用，可能需要进一步研究	研究TGF-β诱导的纤维母细胞激活在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖糖尿病db/db小鼠的心脏功能、纤维化和肥大	NA	糖尿病	转录组学研究、单细胞RNA测序、Ingenuity路径分析	NA	基因表达数据	肥胖糖尿病db/db小鼠及纤维母细胞特异性TbR2和Smad3缺失的小鼠
394	2024-12-16	Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2024-Dec-14, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.067504 PMID:39673349	研究论文	本文研究了心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF模型中减少纤维化和改善舒张功能障碍的效果	首次证明了Gata4过表达在心脏纤维化中的抑制作用，并改善了HFpEF中的舒张功能障碍	研究仅在动物模型和人类心脏成纤维细胞中进行，尚未在临床试验中验证	探讨心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF中的治疗潜力	HFpEF模型小鼠和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病	心力衰竭	RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA	Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞
395	2024-12-16	Prevention of Intrauterine Adhesion with Platelet-Rich Plasma Double-Network Hydrogel 2024-Dec-14, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400336 PMID:39673358	研究论文	研究探讨了使用富血小板血浆双网络水凝胶（DN gel）预防宫腔粘连的效果	首次提出使用富血小板血浆双网络水凝胶（DN gel）进行宫腔粘连的预防，并通过单细胞测序分析其作用机制	研究结果主要基于实验数据，临床应用效果仍需进一步验证	探讨富血小板血浆双网络水凝胶在预防宫腔粘连中的应用效果	宫腔粘连患者	NA	妇科疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
396	2024-12-16	SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes 2024-Dec-14, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1203 PMID:39673807	研究论文	研究探讨了非洲锥虫中RNA加工和稳定性对基因表达的独立贡献	开发了SLAM-seq技术，结合TT-seq和scRNA-seq数据，量化了RNA加工速率和半衰期，揭示了RNA加工和稳定性对mRNA水平的独立影响	NA	研究非洲锥虫中RNA加工和降解过程对基因表达的控制机制	非洲锥虫（Trypanosoma brucei）中的RNA加工和稳定性	基因表达调控	寄生虫病	SLAM-seq, TT-seq, scRNA-seq	NA	RNA	NA
397	2024-12-16	Homoharringtonine synergizes with venetoclax in early T cell progenitor acute lymphoblastic leukemia: Bench and bed 2024-Dec-13, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.07.018 PMID:39151422	研究论文	研究评估了homoharringtonine（HHT）与venetoclax（VEN）联合治疗早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）的协同效应及其机制	首次展示了HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的强协同效应，并通过单细胞RNA测序和western blot验证了其机制	研究样本量较小，仅包括6名患者，需要进一步的大规模临床试验验证	探索HHT与VEN联合治疗ETP-ALL的疗效及其机制	早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）患者	NA	白血病	单细胞RNA测序，western blot	NA	细胞	6名ETP-ALL患者
398	2024-12-16	Single-cell transcriptomics of vomeronasal neuroepithelium reveals a differential endoplasmic reticulum environment amongst neuronal subtypes 2024-Dec-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98250 PMID:39670989	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，揭示了不同神经元亚型之间的内质网环境的差异	首次通过单细胞转录组学揭示了犁鼻器感觉上皮细胞中不同神经元亚型的内质网环境差异，并提供了可搜索的基因表达模式网络资源	研究仅限于小鼠犁鼻器感觉上皮细胞，未涉及其他物种或其他类型的细胞	探究犁鼻器感觉上皮细胞中的细胞类型、发育基因表达模式以及神经元之间的功能差异	小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的神经元亚型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠犁鼻器感觉上皮细胞中的多个单细胞样本
399	2024-12-16	Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018 PMID:39674503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索年轻和老年牙髓组织的异质性，并鉴定老年牙髓组织中的新标记物IGFBP7	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定老年牙髓组织中的IGFBP7，并验证其对细胞衰老的影响	需要进一步研究以明确IGFBP7影响牙髓老化的具体机制	探索年轻和老年牙髓组织的异质性，并寻找老年牙髓组织的新标记物及其机制	年轻和老年牙髓组织	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色，RNA测序	NA	RNA	8个牙髓样本，共测序32,012个细胞
400	2024-12-16	CAR T cells secreting NGF-neutralizing scFv enhance efficacy in clear cell renal cell carcinoma by relieving immunosuppression through immunosympathectomy 2024-Dec-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009910 PMID:39653553	研究论文	本研究探讨了通过CAR T细胞分泌NGF中和scFv来缓解肾透明细胞癌免疫抑制微环境，从而增强CAR T细胞的抗肿瘤效果	首次提出通过CAR T细胞分泌NGF中和scFv实现肿瘤免疫交感神经切除，从而减弱肿瘤微环境的免疫抑制	研究主要集中在肾透明细胞癌，其结果在其他类型肿瘤中的适用性尚不明确	探索通过免疫交感神经切除增强CAR T细胞在实体瘤中的疗效	肾透明细胞癌的免疫抑制微环境和CAR T细胞的抗肿瘤效果	免疫学	肾癌	RNA测序	CAR T细胞	RNA	多种癌症类型的基因集和肾透明细胞癌样本