单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 35760 篇文献，本页显示第 3881 - 3900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3881 | 2025-11-26 |
Depletion of microenvironmental syndecan-2 impairs hematopoietic stem cell self-renewal and cytokine responses
2025-Nov-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687077
PMID:41279398
|
研究论文 | 本研究探讨骨髓微环境中syndecan-2对造血干细胞自我更新能力的调控作用 | 首次揭示间充质基质细胞表达的syndecan-2通过细胞外在机制支持造血干细胞自我更新 | 研究主要聚焦小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明骨髓微环境表达的syndecan-2在造血和造血干细胞自我更新中的功能 | 小鼠骨髓造血干细胞、间充质基质细胞和内皮细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、竞争性移植实验、共培养实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 转基因小鼠模型和细胞系共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3882 | 2025-11-26 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化抑制其转录，从而破坏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 分子生物学 | 肝脏炎症疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3883 | 2025-11-26 |
Distinct Sarcoma Microenvironments Predict Benefit from Addition of Pembrolizumab to Preoperative Radiotherapy and Surgery in SU2C-SARC032
2025-Nov-04, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.01.25339299
PMID:41282894
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析识别了两种不同的肉瘤微环境，揭示了帕博利珠单抗联合术前放疗对不同微环境亚型患者的疗效机制 | 首次构建了UPS和LPS的单细胞RNA-seq图谱，发现两种相反的肿瘤微环境均能从帕博利珠单抗治疗中获益，并阐明了不同的免疫应答机制 | 研究样本量有限，仅针对特定肉瘤亚型，需要更大规模的验证研究 | 精确识别能从帕博利珠单抗联合术前放疗中获益的肉瘤患者 | III期未分化多形性肉瘤和去分化/多形性脂肪肉瘤患者 | 数字病理学 | 肉瘤 | bulk RNA-seq, 流式细胞术, 飞行时间细胞术, 单细胞RNA-seq, 数字细胞术 | NA | RNA测序数据, 细胞计数数据 | 65,786个细胞来自UPS和LPS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 3884 | 2025-11-26 |
Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia
2025-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03664-6
PMID:40956397
|
研究论文 | 通过多组学方法识别环境内分泌干扰物与男性非梗阻性无精子症相关的关键基因 | 整合转录组学、毒理基因组学和孟德尔随机化分析，首次系统识别EDC相关基因在NOA中的因果作用 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索环境内分泌干扰物导致男性不育的基因机制 | 非梗阻性无精子症患者及相关基因 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,基因组数据 | GEO数据库数据集及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 3885 | 2025-11-26 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02832-x
PMID:41203866
|
研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法Monod，通过拟合随机转录动力学来分析单细胞RNA测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数，在生物物理转录模型下进行有意义的整合，揭示传统方法无法识别的转录调控 | NA | 开发新方法以区分单细胞RNA测序数据的生物学和技术层面，同时揭示基础调控过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3886 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3887 | 2025-11-26 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
|
研究论文 | 通过空间分析技术揭示急性间质性肾炎中细胞微环境、炎症机制和肾损伤的分子通路 | 首次使用高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组学识别CXCL9-CXCR3轴为AIN的特异性免疫特征，并发现烟酰胺磷酸核糖转移酶协调代谢-炎症微环境 | 研究样本仅限于人类肾活检组织，样本量未明确说明 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织（包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤和参考组织） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式技术, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 3888 | 2025-11-26 |
Cardiomyocyte-specific plakophilin-2 loss is sufficient to induce aging and senescence of nonmyocytes. Relevance to arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.682160
PMID:41279511
|
研究论文 | 本研究通过心肌细胞特异性PKP2敲除模型，首次证实仅心肌细胞中plakophilin-2缺失足以诱导非心肌细胞衰老和心脏整体早衰 | 首次将细胞衰老和早衰机制与桥粒性心律失常心肌病相关联，揭示了心肌细胞基因缺陷通过旁分泌机制引发非心肌细胞衰老的新路径 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；衰老机制的具体信号通路尚未完全阐明 | 探究PKP2缺陷是否仅通过心肌细胞即可引发非心肌细胞衰老和心脏早衰 | 心肌细胞特异性PKP2敲除小鼠模型中的心肌细胞和非心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心律失常性心肌病 | 多重成像、细胞因子阵列、表观遗传时钟、空间转录组学、扩展显微镜、结构照明显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 图像、转录组、蛋白质组、表观遗传数据 | PKP2cKO小鼠模型，具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学、多重免疫组化 | NA | NA |
| 3889 | 2025-11-26 |
Glutamine synthetase loss in β-catenin-mutant hepatocellular carcinoma promotes tumor burden through macrophage metabolic reprogramming
2025-Oct-23, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001591
PMID:41129335
|
研究论文 | 本研究探讨β-连环蛋白突变肝细胞癌中谷氨酰胺合成酶缺失如何通过巨噬细胞代谢重编程促进肿瘤负荷 | 首次揭示肿瘤细胞GS缺失后巨噬细胞通过代谢适应维持mTOR激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 阐明β-连环蛋白突变肝癌中谷氨酰胺合成酶缺失对肿瘤进展的影响机制 | 肝细胞癌小鼠模型和TCGA数据库中的肝癌患者数据 | 癌症代谢研究 | 肝细胞癌 | 单细胞空间转录组学，基因条件性敲除，巨噬细胞清除 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据，组织学数据 | TCGA数据库中的CTNNB1突变肝癌患者和小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 3890 | 2025-11-26 |
Modeling Alzheimer's Disease with APOE4 Neuron-Glial Brain Assembloids Reveals IGFBPs as Therapeutic Targets
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683162
PMID:41279729
|
研究论文 | 本研究开发了一种模拟阿尔茨海默病的3D脑类组装体模型，揭示了IGFBP通路在疾病进展中的新作用 | 首次创建包含神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的3D类组装体模型，能够完整模拟阿尔茨海默病病理特征 | 模型仍需进一步验证其与人类疾病进展的完全一致性 | 开发能够准确模拟阿尔茨海默病进展的人类遗传背景模型，并探索治疗靶点 | iPSC来源的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 疾病建模 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，iPSC分化技术 | 3D类组装体模型 | 基因表达数据 | APOE4/4和同基因对照细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3891 | 2025-11-26 |
Activated fatty acid synthesis pathway in macrophages propagates pathogenic fibroblast expansion after myocardial infarction
2025-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681697
PMID:41279812
|
研究论文 | 本研究揭示心肌梗死后巨噬细胞中脂肪酸合成通路通过ACLY和FASN促进致病性成纤维细胞扩增的机制 | 首次发现心脏巨噬细胞通过脂肪酸合成通路调控成纤维细胞扩增，并阐明ACLY通过乙酰化调控促纤维化细胞因子IL-33产生的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究巨噬细胞脂肪酸合成通路在心肌梗死后炎症和心脏重塑中的作用 | 心肌梗死小鼠模型和人类心脏样本中的巨噬细胞与成纤维细胞 | 代谢组学与单细胞生物学 | 心血管疾病 | 空间代谢组学,CUT&RUN,RNA测序,单细胞RNA测序,空间多组学 | 基因敲除小鼠模型 | 代谢组数据,基因组数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间多组学 | NA | NA |
| 3892 | 2025-11-26 |
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
2025-Oct-13, ArXiv
PMID:41281202
|
研究论文 | 提出ST2HE跨平台生成框架，能够从高分辨率空间转录组数据直接合成虚拟H&E图像 | 首次开发了基于一步扩散模型的跨平台框架，整合细胞核形态和空间转录坐标生成组织学忠实的虚拟H&E图像 | NA | 为高分辨率空间转录组数据开发标准化的组织学注释框架 | 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤组织样本 | 计算病理学 | 多种癌症 | 空间转录组学 | 扩散模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 高分辨率空间转录组学 | NA | NA |
| 3893 | 2025-11-26 |
Transposable Elements and Homotypic Niches Drive Immune Dynamics and Resistance in Melanoma Epigenetic-based immunotherapy
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.679175
PMID:41278906
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学和高分辨率空间转录组学分析，揭示了表观遗传免疫疗法如何重塑黑色素瘤生态系统 | 发现转座子元件激活和同型生态位驱动免疫动态，识别NFATC2作为神经嵴样表型的主调控因子和耐药促进因子 | 样本来源于单一临床试验队列，需要更大规模验证 | 探索表观遗传免疫疗法对黑色素瘤生态系统重塑的机制 | 黑色素瘤患者纵向活检样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 单细胞多组学，空间转录组学 | 空间建模 | 单细胞多组学数据，空间转录组数据 | NIBIT-M4临床试验患者纵向活检样本 | NA | 单细胞多组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 3894 | 2025-11-26 |
Nutritional hyperketonemia by dietary medium-chain fatty acids is driven by the liver without contribution from the intestine
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681190
PMID:41279942
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型和细胞实验证明膳食中链脂肪酸诱导的营养性高酮血症主要由肝脏介导，肠道几乎不参与此过程 | 首次明确区分肝脏和肠道在膳食中链脂肪酸诱导酮体生成中的具体作用，挑战了通过门静脉代谢物测量推断肠道贡献的常规做法 | 研究主要聚焦于C8:0中链脂肪酸，其他类型中链脂肪酸的作用尚未验证；细胞实验可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明膳食中链脂肪酸诱导营养性高酮血症的主要器官来源 | 基因敲除小鼠、原代肝细胞、人和小鼠肠道细胞系 | 代谢研究 | 代谢疾病 | RNA测序、细胞培养、代谢物测量 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、代谢物浓度数据 | 多种基因型小鼠、原代细胞和细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3895 | 2025-11-26 |
Transcriptional and epigenetic repression of hematopoietic stem cells underlies bone marrow failure after spinal cord injury
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.05.680535
PMID:41279599
|
研究论文 | 本研究揭示了脊髓损伤通过转录和表观遗传抑制导致造血干细胞功能受损和骨髓衰竭的机制 | 首次发现脊髓损伤通过抑制造血干细胞的转录程序和染色质可塑性导致骨髓衰竭的系统性后果 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究脊髓损伤对造血干细胞功能和长期造血的影响机制 | 造血干细胞(HSCs) | 表观遗传学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学,染色质可及性分析,体内移植实验 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 3896 | 2025-11-26 |
Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos
2025-Oct, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014
PMID:40581241
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类胚胎早期发育过程中外胚层细胞特化的动态信号通路 | 首次系统揭示BMP、WNT、FGF、LIF和TGFβ等多条信号通路在人类胚胎外胚层发育中的动态作用模式 | 研究结果基于RNA表达模式推断，需要蛋白质水平和功能验证 | 探索人类胚胎外胚层细胞特化和分化过程中的细胞间通讯机制 | 人类早期胚胎发育过程中的外胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涵盖植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的人类胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3897 | 2025-11-26 |
Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells
2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178960
PMID:40644411
|
研究论文 | 本研究揭示了1型常规树突状细胞通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达，进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏移植物耐受的机制 | 首次发现cDC1细胞在移植物耐受诱导中的关键作用，并阐明线粒体代谢-TGF-β1信号轴调控抗原特异性Treg生成的新机制 | 研究基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证；cDC1特异性基因敲除模型可能存在脱靶效应 | 探究1型常规树突状细胞在实体器官移植物耐受诱导中的作用机制 | 小鼠心脏移植模型、1型常规树突状细胞、CD4+CD25+FoxP3+调节性T细胞 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除 | NA | 基因表达数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3898 | 2025-11-26 |
Integrated multi-omics analysis identifies lipid metabolism biomarkers in ONFH and reveals therapeutic potential of retinoic acid
2025-Aug-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13703-y
PMID:40841396
|
研究论文 | 通过多组学分析识别股骨头坏死中脂质代谢生物标志物并揭示视黄酸的治疗潜力 | 首次整合多组学分析与机器学习技术识别ONFH脂质代谢生物标志物，并通过单细胞测序验证生物标志物与免疫细胞的关联 | 未明确说明样本量大小及数据来源的具体细节 | 识别股骨头坏死的潜在生物标志物并为疾病治疗提供参考 | 股骨头坏死相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 股骨头坏死 | 多组学分析、机器学习、分子对接、单细胞测序 | 列线图模型、ROC曲线分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3899 | 2025-11-26 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633627
PMID:39896613
|
研究论文 | 研究HPV整合在头颈癌中对下游剪接事件和基因表达比例的影响及其与不良预后的关联 | 首次基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现特定HPV-人类融合转录本和HPV基因转录比例与较差临床结局相关 | 主要基于RNA分析而非DNA分析，样本量相对有限 | 探索HPV整合在头颈鳞状细胞癌中的致癌机制及其与临床预后的关系 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 261个HPV相关HNSCC样本（包括bulk和单细胞RNA-seq），其中102名HPV阳性患者的DNA整合事件 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3900 | 2025-11-26 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 提出了一种名为Piscis的深度学习算法，通过新颖的SmoothF1损失函数实现荧光显微镜图像中RNA转录本斑点的自动检测 | 开发了SmoothF1损失函数，可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性以用于深度学习训练 | NA | 开发无需手动参数调优的自动斑点检测算法，用于空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学, 单分子RNA荧光原位杂交 | NA | NA |