单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3861 - 3880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3861 | 2025-10-06 |
Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures
2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631928
PMID:39829741
|
研究论文 | 开发DeepTopics方法分析类风湿关节炎滑膜空间转录组数据，识别异位淋巴结构的细胞组成和微环境特征 | 提出基于狄利克雷变分自编码器的无参考解卷积方法DeepTopics，首次在类风湿关节炎滑膜中发现两种不同的异位淋巴结构细胞模式 | 仅分析6名患者的8个滑膜组织样本，样本量有限 | 研究类风湿关节炎滑膜中细胞类型相互作用和微环境对细胞状态的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和异位淋巴结构 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 狄利克雷变分自编码器 | 空间转录组数据 | 6名患者的8个滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3862 | 2025-10-06 |
scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae990
PMID:39526396
|
研究论文 | 构建了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱数据库 | 开发了首个整合多种空间蛋白质组学技术的综合性功能注释知识库，包含近1,750万个细胞的详细空间信息 | 与空间转录组学相比，空间蛋白质组学检测的蛋白质数量有限 | 帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景 | 人类组织中的细胞空间分布 | 数字病理学 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 空间蛋白质组学图像数据 | 17,468,394个细胞，来自15种组织的945个感兴趣区域 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 八种空间蛋白质成像技术 |
| 3863 | 2025-10-06 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析阿尔茨海默病患者大脑中长链非编码RNA的空间表达模式 | 首次系统绘制人类大脑中lncRNA的空间表达图谱，发现lncRNA比mRNA具有更强的亚区域特异性表达 | 样本量相对有限（78个脑切片，21名参与者），仅分析前额叶皮层区域 | 探索长链非编码RNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达和功能作用 | ROSMAP研究参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 网络分析，统计建模 | 空间转录组数据 | 78个脑切片来自21名ROSMAP参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3864 | 2025-10-06 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
|
研究论文 | 本研究通过比较幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中的胃化生细胞，发现两者均可诱导具有致癌潜能的ANPEP/CD13阳性化生细胞 | 首次在单细胞水平系统比较两种不同病因胃炎中的化生细胞特征，并鉴定出共有的癌症相关化生细胞亚型 | 样本量有限，需要更大规模研究验证发现 | 探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎诱导的化生细胞差异及其癌症风险 | 小鼠模型和人类参与者（幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎患者） | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序，免疫荧光 | NA | 转录组数据，图像数据 | 小鼠模型和人类活检标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3865 | 2025-10-06 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了糖尿病对视网膜不同细胞类型的特异性影响，并发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用 | 首次在单细胞水平系统描绘糖尿病进程中视网膜细胞类型的转录组变化，并鉴定出Müller胶质细胞特异性保护通路 | 研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本验证 | 阐明糖尿病引起视网膜病变的细胞特异性分子机制 | 糖尿病大鼠模型的视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病大鼠视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3866 | 2025-10-06 |
Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206
PMID:40201184
|
研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序分析二期梅毒皮肤病变的免疫浸润特征 | 首次揭示表皮TLR通过MYD88感知梅毒螺旋体的机制，以及病原体在皮肤中逃避免疫反应的策略 | 研究样本仅限于皮肤活检和体外细胞实验，未涵盖其他组织或临床阶段 | 阐明梅毒螺旋体在皮肤中的免疫逃避机制和宿主免疫反应特征 | 二期梅毒患者的皮肤活检组织、健康人PBMCs、原代和MyD88敲除角质形成细胞 | 数字病理学 | 梅毒 | 免疫组织化学, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 二期梅毒皮肤活检样本、健康人PBMCs、原代角质形成细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3867 | 2025-10-06 |
FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032
PMID:40677242
|
研究论文 | 介绍FlyPhoneDB2计算框架，用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯，整合了AlphaFold-multimer预测 | 显著扩展了配体-受体对知识库，整合哺乳动物物种注释和AlphaFold-Multimer结构预测，优化算法性能并增加新功能 | 原始FlyPhoneDB受限于可用配体-受体对数量较少 | 开发改进的计算工具来分析细胞间通讯 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，AlphaFold-Multimer预测 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇全身单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3868 | 2025-10-06 |
Medulloblastoma: biology and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930
PMID:40677711
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的生物学特征及免疫治疗最新进展 | 整合单细胞转录组学对髓母细胞瘤亚型的新发现，系统探讨肿瘤微环境与免疫治疗的关联机制 | NA | 探讨髓母细胞瘤生物学特性与免疫治疗策略的协同应用 | 髓母细胞瘤及其肿瘤微环境组分 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3869 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1592044
PMID:40678065
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析4NQO诱导的舌癌，揭示细胞谱系多样性和进化轨迹 | 首次结合人工智能算法和空间转录组学技术系统描绘4NQO诱导舌癌的空间时间演化过程，识别出13个细胞亚群和肿瘤侵袭相关开关基因 | 基于化学诱导的舌癌模型，与人类自发舌癌可能存在差异 | 阐明化学诱导舌癌的细胞谱系多样性和肿瘤进化轨迹 | 4NQO诱导的舌癌组织 | 空间转录组学 | 舌癌 | 空间转录组测序, AI算法 | AI分类器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3870 | 2025-10-06 |
FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1595523
PMID:40678072
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞中FN1通过整合素-PI3K/AKT信号轴驱动胰腺癌转移的分子机制 | 首次发现FN1在转移性CAF亚群中高表达，并通过整合素受体激活PI3K/AKT通路，同时证明其双重作用：直接促进肿瘤侵袭和间接形成免疫抑制微环境 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌转移中的具体分子机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)、癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 转录组测序、单细胞测序、Western blotting、qRT-PCR、Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据、单细胞数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、转录组测序 | NA | NA |
| 3871 | 2025-10-06 |
Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5132158
PMID:40678620
|
研究论文 | 本研究探讨凉血解毒方通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力 | 首次结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统揭示凉血解毒方治疗银屑病的作用机制，并发现RHCG是关键作用靶点 | 需要进一步的临床验证和机制研究 | 探索凉血解毒方治疗银屑病的治疗潜力和作用机制 | 银屑病实验模型 | 生物医学 | 银屑病 | 网络药理学,单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3872 | 2025-10-06 |
Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.004
PMID:40683680
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用微阵列转录组分析评估肿瘤对免疫治疗反应的实验方案 | 提供了一种在不需要单细胞RNA测序详细程度的情况下，经济有效地评估肿瘤微环境对免疫治疗转录反应的方法 | 该方法分辨率低于单细胞RNA测序，仅适用于研究广泛的转录反应 | 评估肿瘤微环境对免疫治疗的转录反应 | 肿瘤组织和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肿瘤 | 微阵列转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 微阵列分析 | NA | NA |
| 3873 | 2025-10-06 |
Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.001
PMID:40683671
|
指南 | 本文开发了评估高内皮微静脉在应激条件下功能状态的操作指南 | 首次建立了系统性评估HEV在炎症和淋巴结转移等应激条件下功能变化的标准化方法 | 未提及具体验证数据或临床应用范围 | 建立高内皮微静脉功能评估的共识指南 | 高内皮微静脉 | 病理学 | 炎症性疾病 | 免疫荧光染色，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据，RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3874 | 2025-10-06 |
KMT2D regulates tooth enamel development
2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608898
PMID:39411159
|
研究论文 | 本研究通过构建KMT2D条件性敲除小鼠模型，揭示了KMT2D在牙釉质发育中的关键作用机制 | 首次系统阐明了KMT2D通过直接调控关键基因参与成釉细胞分化的分子机制，为Kabuki综合征牙釉质发育异常提供了直接证据 | 研究仅使用小鼠模型，人类临床样本验证不足；单细胞RNA-seq数据为重新分析现有数据集 | 探究KMT2D基因在牙釉质发育过程中的具体功能和分子机制 | KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙胚组织 | 发育生物学 | 牙釉质发育不全 | 条件性基因敲除, micro-CT, 扫描电镜, RNA-seq, CUT&RUN-seq, 单细胞RNA-seq | 条件性敲除小鼠模型 | 基因组数据, 转录组数据, 影像数据, 组织学数据 | KMT2D条件性敲除小鼠及其对照 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CUT&RUN-seq | NA | NA |
| 3875 | 2025-10-06 |
Side- and Disease-Dependent Changes in Human Aortic Valve Cell Population and Transcriptomic Heterogeneity Determined by Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15121623
PMID:39766890
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类主动脉瓣细胞群体和转录组异质性，揭示瓣膜疾病发展的侧向依赖性机制 | 首次使用新的内皮细胞富集方法独立分析主动脉瓣纤维面和心室面的单细胞转录组，发现侧向依赖性和疾病相关的细胞亚型 | 样本量较小（5名供者），无法完全代表疾病发展的所有阶段 | 探究钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)在瓣膜不同侧面的发展机制 | 人类主动脉瓣叶细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5名供者的82,356个主动脉瓣细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3876 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV
2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgae369
PMID:38820087
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示HIV感染者皮下脂肪中促纤维化细胞与内脏脂肪体积的关联 | 首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序鉴定皮下脂肪中间巨噬细胞和成纤维细胞亚群与内脏脂肪体积的关联 | 需要额外的纵向研究来确定因果关系和机制 | 研究HIV感染者皮下脂肪细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪体积的关系 | 接受长期抗逆转录病毒治疗的HIV感染者 | 单细胞组学 | HIV感染和代谢疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 计算机断层扫描 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 92名参与者进行bulk RNA测序, 43名进行单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3877 | 2025-10-06 |
Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome
2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415119121
PMID:39621903
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征中CD8+ T细胞趋向耗竭状态的转录重编程机制 | 首次整合单细胞RNA测序、RNA测序和ATAC测序对ME/CFS患者T细胞亚群进行多组学分析，发现CD8+ T细胞效应记忆亚群的耗竭特征 | 样本量有限，需要更大规模研究验证；未明确T细胞耗竭与疾病症状间的因果关系 | 阐明肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征中T细胞失调的基因调控机制 | 肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征患者的T细胞亚群，特别是CD8+ T细胞和先天T细胞 | 免疫学 | 肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq, 流式细胞术 | NA | 基因组学数据，表观基因组学数据，蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 3878 | 2025-10-06 |
Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures
2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626649
PMID:39677686
|
研究论文 | 本研究通过先进成像技术和激光捕获显微切割定义了卵巢衰老中的多核巨细胞，揭示了其独特的分子特征和功能 | 首次系统定义了卵巢衰老中多核巨细胞的分子特征，发现其形成复杂互连网络并随年龄增加，具有独特的降解和免疫功能特征 | 多核巨细胞的大尺寸限制了通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析 | 研究卵巢衰老过程中多核巨细胞的功能和分子特征 | 小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢衰老 | 先进成像技术，激光捕获显微切割，转录组分析 | NA | 图像，转录组数据 | 小鼠和非人灵长类动物卵巢组织 | NA | 转录组分析 | NA | NA |
| 3879 | 2025-10-06 |
Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation
2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173593
PMID:39621314
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现心脏移植后慢性排斥反应中IL-33通过诱导Tregs产生amphiregulin促进纤维化进程 | 首次揭示IL-33- amphiregulin轴在调节性T细胞介导的修复反应失调导致慢性排斥中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限 | 探究心脏移植后慢性排斥反应的分子机制 | MHC II类不匹配的心脏移植模型和临床移植样本 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠移植模型和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3880 | 2025-10-06 |
Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03011-9
PMID:39122969
|
研究论文 | 本研究建立了涵盖不同遗传背景女性乳腺组织的单核染色质可及性与转录组图谱 | 首次整合多遗传背景女性样本的单核染色质可及性和基因表达数据，揭示了乳腺细胞类型的祖先依赖性变异 | 样本量相对有限（92名女性），未涵盖所有遗传背景群体 | 构建健康乳腺组织的综合细胞图谱并探索遗传背景对细胞组成的影响 | 92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本 | 单细胞组学 | 乳腺疾病 | 单核染色质可及性测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因组学数据, 转录组数据 | 92名女性乳腺组织样本 | NA | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |