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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3841 | 2026-01-20 |
Multi-omics atlas of ovarian cellular and molecular responses to diabetes
2026-Jan, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2025.102307
PMID:41397560
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、DNA甲基化分析和代谢组学,全面表征了糖尿病雌性小鼠卵巢的细胞景观、表观遗传改变和代谢重编程 | 首次在糖尿病背景下,利用多组学方法系统揭示了卵巢功能障碍的细胞和分子机制,特别是发现了颗粒细胞中关键基因表达下降与DNA甲基化增加的相关性 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证,且糖尿病模型的特定类型和病程可能影响结果的普适性 | 阐明糖尿病对卵巢功能的细胞和分子影响机制 | 糖尿病雌性小鼠的卵巢组织 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 代谢数据 | 未明确指定样本数量,但基于糖尿病雌性小鼠卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 3842 | 2026-01-20 |
TOGAR: Token-gated generative refinement for high-fidelity spatial transcriptomics and robust spatial domain clustering
2026-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111179
PMID:41422986
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研究论文 | 本文介绍了TOGAR模型,一种用于空间转录组学的令牌门控生成式精炼模型,旨在通过去噪、空间增强和聚类统一处理,提高数据保真度和空间域聚类鲁棒性 | TOGAR模型首次结合了图卷积网络损失和零膨胀负二项分布损失来减少噪声,并采用基于UGate的扩散骨干网络,集成令牌门控、门控线性注意力和旋转位置嵌入进行生成式空间精炼,同时通过相似性引导平均沿扩散轨迹提供稳定的点级估计 | NA | 提高空间转录组学数据的保真度,实现鲁棒的空间域聚类 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络, 扩散模型 | 基因表达数据 | 12个切片 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3843 | 2026-01-20 |
Differentiation-induced reduction in functional diversity restricts the ability of cytomegalovirus-specific CD8 T cells to eliminate virus-infected cells
2026-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.106107
PMID:41494240
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研究论文 | 本研究通过多模态分析揭示了巨细胞病毒特异性CD8 T细胞分化程度与其功能多样性及清除病毒能力之间的关系 | 首次系统比较了高频率和低频率NLV-T细胞在分化表型、细胞因子分泌和清除病毒感染细胞能力方面的差异,并发现分化程度较低的细胞在HLA下调情况下仍能有效清除病毒 | 研究样本仅来自健康HCMV阳性供体,未涵盖免疫功能受损个体;实验主要在体外进行,体内验证有限 | 探究巨细胞病毒特异性CD8 T细胞分化状态如何影响其免疫控制能力 | 来自116名健康HCMV阳性供体的NLV-T细胞 | 免疫学 | 巨细胞病毒感染 | 多色光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、TCR谱分析 | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据 | 116名健康HCMV阳性供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3844 | 2026-01-20 |
Integrating multiple key molecules in uveal melanoma to uncover metastatic and immune microenvironment-related gene signatures
2026, International journal of ophthalmology
IF:1.9Q2
DOI:10.18240/ijo.2026.01.02
PMID:41523997
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,在葡萄膜黑色素瘤中鉴定出与转移和预后相关的七个关键基因,并构建了一个用于生存预测的风险评分模型 | 整合了TCGA和GEO的转录组数据、单细胞RNA-seq数据以及体外细胞实验验证,构建了一个与转移和免疫微环境相关的七基因特征,并首次在单细胞水平揭示了这些基因在具有高转移潜能的肿瘤细胞亚群中的特异性表达 | 样本量相对较小(TCGA队列80例,GEO验证集13例,单细胞数据11个肿瘤),且为回顾性研究,需要更大规模的前瞻性队列进行验证 | 鉴定葡萄膜黑色素瘤中与转移相关的预后基因,并构建一个稳健的分子特征用于患者生存预测 | 葡萄膜黑色素瘤患者(来自TCGA-UVM队列和GEO数据集)、葡萄膜黑色素瘤细胞系(92.1, OMM1, MEL270)以及成人视网膜色素上皮细胞(ARPE-19) | 生物信息学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 转录组测序、微阵列、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blotting | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据、临床数据、单细胞数据、体细胞突变数据、拷贝数变异数据 | TCGA队列80例患者,GEO数据集GSE73652中13例(8例非转移 vs 5例转移),单细胞数据集GSE139829中11个肿瘤 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3845 | 2026-01-20 |
Sex in Immune Cells and Parasitic Diseases - A Complex Relationship
2026-Jan, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70097
PMID:41546136
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综述 | 本文综述了性别在免疫细胞与寄生虫病关系中的作用,重点探讨了生物学性别差异如何通过免疫系统影响寄生虫感染的易感性和控制 | 结合经典免疫学与单细胞转录组学,揭示了激素和染色体因素驱动的先天与适应性免疫细胞的性别特异性差异 | 许多寄生虫病研究仍缺乏充分的性别分层数据,且未应用最先进的免疫学分析来全面表征生物学性别效应 | 总结当前关于先天和适应性免疫关键细胞成分中性别差异的知识,并讨论其对全球重要寄生虫病的相关性 | 利什曼病、恰加斯病、阿米巴病、血吸虫病和疟疾等寄生虫病 | 自然语言处理 | 寄生虫病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3846 | 2026-01-20 |
GSTO1 as a Potential Risk Factor for Diabetic Nephropathy: Evidence From Mendelian Randomisation and Multi-Omics Analyses
2026-Jan, Nephrology (Carlton, Vic.)
DOI:10.1111/nep.70165
PMID:41549440
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和多组学分析,探讨了GSTO1作为糖尿病肾病潜在风险因素的因果关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序技术,系统评估GSTO1在糖尿病肾病中的因果作用 | 研究主要基于观察性数据和体外细胞实验,需要进一步的功能验证和临床研究 | 探究GSTO1与糖尿病肾病风险的潜在因果关系 | 糖尿病肾病患者样本、HK-2细胞系 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3847 | 2026-01-20 |
Erythrocyte-microglia crosstalk contributing to sex differences in pediatric brain tumorigenesis
2025-Dec-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6323329/v1
PMID:41510281
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研究论文 | 本研究揭示了红细胞与小胶质细胞之间的相互作用如何导致儿童脑肿瘤(以髓母细胞瘤为模型)发病率的性别差异,并发现新生儿高胆红素血症是潜在的可干预风险因素 | 首次发现红细胞膜糖蛋白GYPA表达差异通过影响小胶质细胞的红细胞吞噬作用及脂质代谢,导致神经前体细胞分化速度的性别差异,从而解释男性儿童脑肿瘤发病率更高的机制 | 研究主要基于髓母细胞瘤模型,其他儿童脑肿瘤类型的普适性需进一步验证;临床数据的meta分析可能存在混杂因素 | 探究儿童脑肿瘤发病率性别差异的细胞与分子机制 | 发育中的人和小鼠小脑组织、神经前体细胞、小胶质细胞、红细胞 | 肿瘤生物学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人和小鼠的发育小脑组织及临床数据meta分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3848 | 2026-01-20 |
Hypoxia-induced USP13 expression drives ferroptosis resistance and tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma through the stabilization of ACLY
2025-Dec-02, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02869-z
PMID:41330897
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的USP13通过稳定ACLY蛋白,驱动肝细胞癌的铁死亡抵抗和肿瘤免疫逃逸,并验证了靶向USP13的治疗潜力 | 首次阐明了缺氧/HIF-1α/USP13/ACLY轴在肝细胞癌中介导铁死亡抵抗和免疫逃逸的分子机制,并发现USP13抑制剂2-Methoxyestradiol具有抗肿瘤疗效 | 研究主要基于临床前模型(细胞系、动物模型、PDOs),尚未进行人体临床试验;USP13抑制剂的特异性和潜在脱靶效应需进一步评估 | 探索USP13在肝细胞癌进展中的作用,并评估其作为诱导铁死亡和增强免疫反应的治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌患者来源的类器官、肝细胞癌细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术分析、蛋白质稳定性分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞表型数据 | 未明确具体样本数量,但使用了患者来源的类器官、多种细胞系和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3849 | 2026-01-20 |
Folic acid prevents inner hair cell degeneration via genomic stability
2025-Dec-02, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02880-4
PMID:41330911
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研究论文 | 本研究揭示了钙稳态破坏在内毛细胞损伤中的作用,并发现叶酸可能是一种有前景的保护毛细胞的治疗剂 | 首次揭示了低频率与高频率内毛细胞在钙清除率上的差异与PMCA1表达相关,并利用特异性敲除小鼠模型结合单细胞RNA-seq分析,发现叶酸通过降低DNA损伤标志物γ-H2A.X水平来保护内毛细胞 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需进一步验证,且具体分子机制细节有待深入探索 | 探究内毛细胞损伤的机制及预防策略 | 内毛细胞,特别是Pmca1特异性敲除小鼠模型中的内毛细胞 | NA | 听力损失 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3850 | 2026-01-20 |
HDAC4 Promotes Neuroprotection of Retinal Ganglion Cells After Optic Nerve Injury
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.60
PMID:41533933
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研究论文 | 本研究探讨了HDAC4在视神经损伤后视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的作用 | 首次将HDAC4鉴定为视神经损伤后RGC生存和轴突再生的关键调节因子,并展示了其突变体对基因表达变化的调控能力 | 研究基于小鼠视神经挤压模型,可能无法完全模拟人类青光眼或其他视神经病变的复杂性 | 探索HDAC4在视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的功能,以开发针对青光眼等视神经病变的治疗策略 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3851 | 2026-01-20 |
CHD7 regulates cardiac neural crest cell differentiation through SOX5-mediated self-activation
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113726
PMID:41210995
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CHD7通过SOX5介导的自激活机制调控心脏神经嵴细胞分化,为CHARGE综合征相关心脏缺陷提供了新见解 | 首次发现CHD7通过SOX5介导的自激活机制调控其自身表达,并证明SOX5过表达可恢复CHD7单倍体不足细胞中的基因表达和心肌细胞分化能力 | 研究主要基于体外细胞培养模型,体内验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究CHD7在心脏神经嵴细胞分化中的作用机制及其与CHARGE综合征心脏缺陷的关联 | 心脏神经嵴细胞 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3852 | 2026-01-20 |
HNRNPA2B1 confers immune escape of non-small cell lung cancer through targeting lactate/ferroptosis
2025-Nov-21, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08232-5
PMID:41271615
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研究论文 | 本研究探讨了m6A阅读蛋白HNRNPA2B1通过调控LDHA mRNA稳定性和乳酸积累,促进非小细胞肺癌免疫逃逸和铁死亡抵抗的机制 | 首次揭示了HNRNPA2B1作为m6A阅读器,通过靶向LDHA mRNA的m6A修饰位点增强其稳定性,进而通过乳酸积累和干扰素-γ分泌抑制,介导非小细胞肺癌的免疫逃逸和铁死亡抵抗 | 研究主要在体外共培养体系中进行,体内模型验证相对有限;机制研究聚焦于LDHA通路,可能存在其他下游靶点 | 探究HNRNPA2B1在非小细胞肺癌免疫逃逸和铁死亡抵抗中的作用及分子机制 | 非小细胞肺癌细胞、活化的CD8 T细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序、体外共培养实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 非小细胞肺癌临床样本及单细胞测序数据(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3853 | 2026-01-20 |
The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.658716
PMID:40611896
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研究论文 | 本文介绍了空间人体解剖学图谱(SAHA),这是一个跨多器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考图谱 | 首次创建了跨多器官系统的多模态亚细胞分辨率健康成人组织参考图谱,整合了空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征 | NA | 构建一个全面的健康人体组织图谱,以支持空间诊断和下一代精准医学的发展 | 健康成人组织,包括胃肠道和免疫组织,以及结直肠癌和炎症性肠病的比较分析 | 数字病理学 | 结直肠癌, 炎症性肠病 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单核RNA-seq | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 组织学图像 | 超过100名捐赠者的超过1500万个细胞 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP | CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP, 单核RNA-seq |
| 3854 | 2026-01-20 |
Integrated single-cell transcriptomics and spatial metabolomics unveil cellular differentiation and ginsenosides biosynthesis in Panax root tips
2025-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf202
PMID:41180020
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间代谢组学分析,揭示了人参属植物根尖的细胞分化轨迹和人参皂苷生物合成的细胞异质性 | 首次在人参属植物根尖中整合单细胞转录组和空间代谢组学,识别了新的转录因子并验证了其在内皮层木栓化和人参皂苷生物合成中的调控作用 | 研究仅聚焦于三种人参属物种,可能无法完全代表该属的多样性,且功能验证实验范围有限 | 探究人参属植物根尖早期发育过程中的细胞命运转变及人参皂苷生物合成的细胞异质性 | 三种人参属植物(Panax ginseng、Panax quinquefolius和Panax notoginseng)的根尖组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间代谢组学、LC-MS/MS、RNA原位杂交、双荧光素酶报告基因检测(dual-LUC)、电泳迁移率变动分析(EMSA) | NA | 转录组数据、代谢组数据、图像数据 | 三种人参属物种的根尖样本 | NA | 单细胞RNA-seq、空间代谢组学 | NA | NA |
| 3855 | 2026-01-20 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases
2025-Oct-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017
PMID:40961941
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研究论文 | 本文介绍了RetiGene,一个专为遗传性视网膜疾病设计的专家策划基因图谱,整合了变异数据、批量与单细胞RNA测序以及功能注释 | 开发了首个综合性的专家策划基因图谱,整合多源数据以支持遗传性视网膜疾病的基因发现、功能研究和治疗开发 | 未提及样本量或具体技术限制,可能依赖于现有数据源的完整性和准确性 | 解决遗传性视网膜疾病中基因目录不完整和变异解释困难的问题,促进分子诊断和遗传研究 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因变异数据、RNA测序数据、功能注释 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3856 | 2026-01-20 |
Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70814
PMID:40913484
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析,揭示了胶质母细胞瘤中NUCB2作为肿瘤侵袭和免疫功能障碍的关键调控因子 | 首次将NUCB2鉴定为胶质母细胞瘤中协调肿瘤细胞增殖和免疫调节功能的多功能调控因子,并揭示了其在肿瘤中心区域神经祖细胞样肿瘤细胞中的特异性上调 | 研究基于公共数据集,缺乏实验验证NUCB2在体内模型中的具体作用机制 | 阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制 | 胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个公共数据集中的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3857 | 2026-01-20 |
Numbat-multiome: inferring copy number variations by combining RNA and chromatin accessibility information from single-cell data
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf516
PMID:41104806
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Numbat-multiome的新算法,该算法通过结合单细胞RNA测序和染色质可及性数据来推断拷贝数变异 | Numbat-multiome扩展了原始Numbat算法的功能,使其能够从scRNA-seq和scATAC-seq数据中单独或整合地进行CNV推断,通过基于共同基因组坐标系统的分箱策略统一不同模态的数据 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中准确推断拷贝数变异的算法,以更好地理解癌症中的遗传和表观遗传变化 | 癌症样本,包括早期多发性骨髓瘤和由慢性淋巴细胞白血病引发的Richter综合征 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3858 | 2026-01-20 |
Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL
2025-Aug-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08533-7
PMID:40770488
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研究论文 | 介绍一种基于多核学习(scMKL)的创新方法,用于单细胞多组学数据的可解释和整合分析 | 结合复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性,在单细胞多组学数据整合中实现高精度且可解释的结果,识别关键转录组和表观遗传特征及多模态通路 | NA | 提供一种可解释且整合的单细胞多组学分析方法,以增强对癌症生物学和肿瘤进展的理解 | 健康与癌性细胞群体,包括乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌和肺癌 | 机器学习 | 乳腺癌, 淋巴癌, 前列腺癌, 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学分析 | 多核学习(MKL) | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | 10x Multiome | NA |
| 3859 | 2026-01-20 |
Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938
PMID:40608517
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研究论文 | 本文介绍了一种使用人淋巴结切片作为功能性模型系统,研究疫苗佐剂早期炎症反应的方法 | 开发了精确切割的人淋巴结切片作为保持组织结构完整的全器官模型系统,结合单细胞转录组学和多重成像技术,揭示了先天淋巴细胞和基质细胞在疫苗佐剂反应中的新作用 | 模型系统可能无法完全模拟体内复杂免疫环境,且研究聚焦于早期炎症反应,长期效应未涉及 | 研究人类免疫系统对疫苗佐剂的早期炎症反应机制 | 人淋巴结切片中的免疫细胞和基质细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学,多重成像 | NA | 转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3860 | 2026-01-19 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to identify disulfidptosis-related gene signature, immune landscape, and immunotherapy targets in cutaneous melanoma
2026-Feb-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.116046
PMID:41500176
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序,识别了皮肤黑色素瘤中与二硫键死亡相关的基因特征、免疫景观及免疫治疗靶点 | 首次在皮肤黑色素瘤中系统探索二硫键死亡的分子机制及其临床价值,并识别出关键基因B2M、HLA-A和HLA-B作为潜在治疗靶点 | 研究样本量有限,单细胞数据仅来自四名患者,且体外实验仅使用A-375细胞系,需进一步验证 | 阐明二硫键死亡在皮肤黑色素瘤中的分子机制及其对免疫治疗和预后的潜在影响 | 皮肤黑色素瘤细胞(A-375细胞系)及患者样本(单细胞数据来自4名患者,bulk数据来自472名患者) | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4名患者的单细胞数据,472名患者的bulk RNA数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |