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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3721 | 2025-11-29 |
Discovery and validation of proliferative exhausted T cells as a favorable prognostic biomarker in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25535-x
PMID:41286177
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现并验证了增殖性耗竭T细胞作为食管鳞癌预后生物标志物的重要价值 | 首次在食管鳞癌中发现增殖性耗竭T细胞亚群,并证明其高浸润与患者生存改善显著相关 | NA | 探索T细胞耗竭异质性在食管鳞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 食管鳞癌患者样本中的T细胞亚群 | 生物信息学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序,TCR测序,微阵列,批量RNA测序,qRT-PCR | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个发现和验证队列的食管鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 3722 | 2025-11-29 |
Single-cell transcriptomic analysis of HPV-related multiphenotypic sinonasal carcinoma uncovers MYB-HPV association
2025-Nov-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01164-5
PMID:41286405
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中MYB与HPV的关联 | 首次在单细胞水平证明HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中HPV阳性细胞与MYB表达的相关性,并发现与预后相关的基因特征 | 样本量较小,仅分析单个HMSC肿瘤,需要进一步验证 | 探究HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌的分子特征及其与MYB的关联 | HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌肿瘤样本 | 单细胞组学 | 鼻腔鼻窦癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1个HMSC肿瘤样本,与已发表的ACC和OPSCC数据集比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3723 | 2025-11-29 |
scKGBERT: a knowledge-enhanced foundation model for single-cell transcriptomics
2025-Nov-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03862-6
PMID:41286991
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞转录组数据和蛋白质相互作用知识的基础模型scKGBERT | 首次将4100万单细胞RNA-seq图谱与890万蛋白质相互作用数据整合,采用高斯注意力机制强调关键基因 | NA | 提高单细胞转录组数据的生物解释性和预测性能 | 单细胞转录组数据和蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BERT, 基础模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 4100万单细胞RNA-seq图谱, 890万蛋白质相互作用 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3724 | 2025-11-29 |
Integrative transcriptomic profiling and machine learning reveal hypoxia-associated molecular signatures for precision diagnosis in thyroid eye disease
2025-Nov-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00860-4
PMID:41287009
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和机器学习方法,开发了一种基于缺氧相关分子标志物的甲状腺眼病精准诊断模型 | 首次将缺氧相关基因特征与机器学习算法结合,构建甲状腺眼病诊断模型,并在单细胞水平验证关键基因的表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发甲状腺眼病的早期精准诊断方法和探索潜在治疗靶点 | 甲状腺眼病患者、无眼部受累的Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 甲状腺眼病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 随机森林, 逻辑回归 | RNA测序数据 | 甲状腺眼病患者、Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3725 | 2025-11-29 |
HMGA2 links morphological evolution and microenvironment dynamics to systemic therapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012568
PMID:41290257
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研究论文 | 本研究探讨HMGA2在透明细胞肾细胞癌形态演变和肿瘤微环境动态中的作用及其对系统治疗反应的影响 | 首次通过空间转录组学揭示HMGA2表达与ccRCC形态演变的关联,并发现HMGA2高表达肿瘤对免疫检查点抑制剂联合治疗更敏感 | 需要额外的实验研究来验证这些机制 | 研究HMGA2在ccRCC形态演变、肿瘤微环境动态和系统治疗反应中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,bulk RNA测序 | NA | 转录组数据,图像数据 | 原发性ccRCC样本和转移性ccRCC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3726 | 2025-11-29 |
Chemically Defined, Efficient Megakaryocyte Production from Human Pluripotent Stem Cells
2025-Nov-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14221835
PMID:41294888
|
研究论文 | 开发了一种化学限定、无饲养层的人类多能干细胞高效生成巨核细胞的方法 | 使用小分子MPL激动剂Butyzamide替代重组TPO,结合M-CSF和3D悬浮培养,实现高效、可重复的巨核细胞生产 | NA | 建立标准化、供体独立的巨核细胞生产平台,用于研究和治疗开发 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生的巨核细胞(PSC-MKs) | 干细胞与再生医学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序,三维悬浮培养 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3727 | 2025-11-29 |
Genetic Evidence Prioritizes Neurocognitive Decline as a Causal Driver of Sleep Disturbances: A Multi-Omics Analysis Identifying Causal Genes and Therapeutic Targets
2025-Nov-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47110967
PMID:41296471
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研究论文 | 通过多阶段遗传学和多组学分析,揭示了神经认知衰退是睡眠障碍的因果驱动因素,并识别了相关因果基因和治疗靶点 | 首次通过大规模双向孟德尔随机化分析确定了神经认知衰退与睡眠障碍之间的不对称因果关系模式,并结合多组学分析识别了细胞类型特异性的基因调控机制 | 研究主要基于遗传数据,需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 阐明睡眠障碍与神经退行性疾病之间的因果关系并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和睡眠障碍的遗传关联 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析,多组学分析,机器学习,分子对接 | 机器学习模型 | 遗传数据,转录组数据 | 大规模遗传样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3728 | 2025-11-29 |
Dysregulated ITGA3/FAK/YAP axis mediates impaired alveolar type II epithelial cells function in COPD
2025-Nov-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.033
PMID:41270956
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞基因组学、临床前模型和功能类器官研究,阐明了ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在慢性阻塞性肺疾病中肺泡II型上皮细胞更新功能障碍的核心调控作用 | 首次揭示ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在COPD肺泡再生缺陷中的核心调控机制,并证明ROS/ITGA3可作为COPD再生治疗的新靶点 | 研究主要基于动物模型和类器官实验,需要在人体组织中进一步验证 | 阐明COPD中肺泡II型上皮细胞功能受损的分子机制和再生缺陷 | 肺泡II型上皮细胞、慢性香烟烟雾暴露小鼠模型、肺泡类器官 | 单细胞基因组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、类器官培养、遗传操作、药理学干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像数据 | 患者和香烟烟雾暴露小鼠来源的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3729 | 2025-11-29 |
Facial Clefts and the Trigeminal Nerve: A Narrative Review of the Literature and Clinical Considerations in the Era of Personalized Medicine
2025-Nov-15, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm15110556
PMID:41295258
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综述 | 探讨三叉神经发育与面部裂畸形之间的关联,为个性化医疗时代提供神经发育视角的临床考量 | 提出三叉神经发育障碍在面部裂畸形发病机制中的关键作用,并建立基于神经支配区域的新型分类框架 | 叙述性综述方法存在文献选择性覆盖和缺乏定量综合的局限性 | 探索三叉神经发育对面部裂畸形的影响及其在个性化医疗中的应用 | 面部裂畸形患者、畸形胎儿和正常人类胚胎的组织学数据 | 医学胚胎学 | 面部裂畸形 | 组织学分析、单细胞转录组学、类器官模型、胎儿MRI纤维束成像 | NA | 胚胎学、解剖学和临床数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3730 | 2025-11-29 |
Single-cell resolution spatial transcriptomic signature of the retrosplenial cortex during memory consolidation
2025-Nov-04, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03331-3
PMID:41188622
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了压后皮层在空间记忆巩固过程中的分子特征 | 首次在单细胞分辨率下解析了压后皮层在记忆巩固过程中的转录组特征,并发现了阿尔茨海默病模型中的神经元激活异常 | 研究主要聚焦于早期记忆巩固阶段,未涵盖完整记忆过程 | 探索压后皮层在空间记忆巩固中的分子机制 | 小鼠压后皮层神经元 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病及相关痴呆 | 空间转录组学,化学遗传学,深度学习 | 深度学习计算工具 | 空间转录组数据 | 成年小鼠压后皮层样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析 |
| 3731 | 2025-11-29 |
Single-cell profiling of blood and cerebrospinal fluid in tuberculous meningitis
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf186
PMID:40795373
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性脑膜炎患者脑脊液和血液的免疫细胞特征 | 首次在脑感染领域应用单细胞RNA测序技术分析脑脊液样本,揭示了脑脊液特异性免疫细胞亚群和炎症特征 | 样本量较小(仅4例患者),且仅分析了治疗前的样本 | 探索结核性脑膜炎患者脑脊液和血液中的免疫病理机制 | 结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核性脑膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3732 | 2025-11-29 |
IGF1R deficiency mitigates acute lung injury by promoting anti-inflammatory transcriptional profiles
2025-Oct-22, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03339-x
PMID:41126254
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,揭示IGF1R缺陷通过调控转录和表观遗传特征减轻急性肺损伤 | 首次系统阐明IGF1R缺陷通过调节细胞因子风暴、DNA损伤、代谢重编程和表观遗传调控等多重机制缓解急性肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未涉及临床治疗应用 | 探究IGF1R在急性肺损伤发病机制中的作用及潜在治疗价值 | 人类COVID-19患者肺组织、小鼠肺组织、原代小鼠胚胎成纤维细胞 | 生物医学研究 | 急性肺损伤/COVID-19 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质检测, DNA损伤评估, 甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 表观遗传数据 | 人类COVID-19病例和对照捐赠者肺组织、博来霉素诱导的Igf1r缺陷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3733 | 2025-11-29 |
Entrywise splitting cross-validation in generalized factor models: from sample splitting to entrywise splitting
2025-Oct-08, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf153
PMID:41311195
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研究论文 | 本文提出了一种基于条目分割的交叉验证方法,用于确定广义因子模型中的因子数量 | 提出条目分割而非样本分割的交叉验证方法,并引入带惩罚项的条目分割交叉验证准则 | NA | 解决广义因子模型中因子数量确定的挑战 | 广义因子模型和因子数量确定方法 | 机器学习 | NA | 交叉验证,信息理论准则 | 广义因子模型 | 多元数据(包括二元选择、计数和连续观测值) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3734 | 2025-11-29 |
Multi-omics integration at cell type resolution uncovers gene-metabolite mechanisms underlying osteoarthritis heterogeneity
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678886
PMID:41256619
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学数据,在细胞类型分辨率下揭示骨关节炎异质性的基因-代谢物机制 | 首次在细胞类型分辨率下构建基因-代谢物关联网络,发现细胞类型特异性和泛细胞类型枢纽分子 | 样本量相对有限(119例患者),未涉及其他组学数据整合 | 揭示骨关节炎代谢失调的分子机制和异质性基础 | 119例骨关节炎患者的骨髓样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | 代谢组学, 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | 119例骨关节炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 3735 | 2025-11-29 |
Deciphering the molecular mechanism of YY1/HIF1A modulating ovarian cancer angiogenesis based on single-cell transcriptomics technology
2025 Jul-Dec, Mutation research
DOI:10.1016/j.mrfmmm.2025.111916
PMID:41072350
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术揭示了YY1通过调控FBXW7/HIF1A轴促进卵巢癌血管生成的具体分子机制 | 首次发现YY1通过竞争性结合FBXW7来稳定HIF1A表达,从而促进卵巢癌血管生成基因转录激活的新机制 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 深入探究YY1在卵巢癌血管生成中的作用机制 | 卵巢癌肿瘤样本和癌旁样本 | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,共免疫沉淀,染色质免疫沉淀,双荧光素酶报告基因检测,qRT-PCR,血管生成实验,Western blotting | NA | 单细胞转录组数据 | 从GEO数据库下载的卵巢癌肿瘤和癌旁样本单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3736 | 2025-11-29 |
Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Defines N7-Methylguanosine (m7G)-Mediated Modifications' Role in Prognosis and the Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma
2025-Jun, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70992
PMID:40485623
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,研究m7G修饰在肝细胞癌预后和肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次系统分析m7G修饰模式在肝细胞癌中的临床意义,建立m7Gscore评分系统并验证其预后价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探讨m7G修饰在肝细胞癌预后、肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用 | 肝细胞癌患者样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 主成分分析, ssGSEA, GSVA, 蛋白质印迹, 免疫组化, RT-qPCR | 无监督聚类, 主成分分析 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 来自GEO、TCGA、ICGC数据库的多中心数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3737 | 2025-11-29 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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研究论文 | 开发了一种名为RAEFISH的新型空间转录组技术,可在完整组织中实现全基因组覆盖和单分子空间分辨率 | 首次实现无需测序的全基因组空间转录组分析,同时保持单分子空间分辨率 | 技术尚未在更广泛的生物医学应用中验证 | 开发高覆盖度高分辨率的空间转录组技术 | 人类和小鼠的完整组织切片及培养细胞 | 空间转录组学 | NA | RAEFISH(反向挂锁扩增子编码荧光原位杂交) | NA | 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学,图像分析 | RAEFISH | 反向挂锁扩增子编码荧光原位杂交技术,可检测23,000种人类转录本或22,000种小鼠转录本 |
| 3738 | 2025-11-29 |
New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease
2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.30097
PMID:39812497
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综述 | 本文综述了多组学技术在帕金森病细胞多样性和神经元易感性研究中的最新进展 | 整合空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学等多组学方法研究帕金森病 | NA | 揭示帕金森病中神经元易感性网络和疾病修饰因子 | 帕金森病患者和啮齿类动物模型中的神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,表观基因组学,蛋白质组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3739 | 2025-11-29 |
A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii
2025-02, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2024.102577
PMID:39778479
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas9基因组编辑技术在弓形虫基因筛选研究中的应用现状与发展前景 | 重点介绍了将CRISPR-Cas9筛选技术应用于非生存相关表型研究的最新进展,包括条件系统与成像、单细胞RNA测序等创新方法 | 存在当前技术局限性,需要进一步开发完善 | 探讨CRISPR-Cas9筛选技术在顶复门寄生虫弓形虫研究中的应用 | 弓形虫及其与宿主的相互作用 | 基因组编辑 | 寄生虫感染 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术 | NA | 基因组数据, 表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3740 | 2025-11-29 |
The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨胆固醇摄取基因在三阴性乳腺癌中的预后意义 | 首次系统评估LDLR、LDLRAP1和PCSK9等胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的预后价值差异 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性研究验证 | 评估胆固醇摄取基因对乳腺癌患者总生存期的预后意义及其在不同亚型间的差异 | 乳腺癌患者肿瘤样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | mRNA测序,单细胞测序 | DESeq2,Fisher检验 | 基因表达数据 | 癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌肿瘤样本 | NA | mRNA测序,单细胞测序 | NA | NA |