本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3681 | 2025-11-30 |
Pharmacological induction of acetyl-CoA carboxylase 1 autophagic degradation attenuates lipid accumulation and cholangiocarcinoma progression
2025-Nov-25, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03564-8
PMID:41291880
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高通量筛选发现Withaferin A可通过诱导ACC1自噬降解抑制脂质积累和胆管癌进展 | 首次揭示Withaferin A通过抑制ACC1活性并诱导其自噬降解来阻断脂质合成的分子机制 | 临床前研究阶段,尚未进行人体临床试验 | 探索靶向脂质代谢的胆管癌治疗新策略 | 胆管癌细胞系和动物模型 | 癌症代谢研究 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序, 高通量筛选, 液相色谱-串联质谱 | NA | 基因表达数据, 代谢组学数据 | 994种生物活性化合物筛选 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 3682 | 2025-11-30 |
Biphasic inflammation control by fibroblasts enables spinal cord regeneration in zebrafish
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116469
PMID:41134665
|
研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼成纤维细胞通过双相炎症控制促进脊髓再生的机制 | 首次发现成纤维细胞具有诱导和消退炎症的双重功能,并鉴定出瞬时cthrc1a成纤维细胞状态 | 研究仅限于斑马鱼模型,未在哺乳动物中验证 | 探究中枢神经系统再生过程中成纤维细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 斑马鱼脊髓损伤模型 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3683 | 2025-11-30 |
Oncogenic Ras activation in permissive somatic cells triggers rapid-onset phenotypic plasticity and elicits a tumor-promoting neutrophil response
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116478
PMID:41138187
|
研究论文 | 本研究通过斑马鱼模型揭示了致癌Ras激活在24小时内诱导表型可塑性并触发促肿瘤中性粒细胞反应的机制 | 首次在单细胞水平实时观察致癌Ras激活后24小时内的细胞内在反应和先天免疫响应,揭示了表型可塑性与促肿瘤炎症之间的早期关联 | 研究基于斑马鱼模型,在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证 | 探究致癌突变如何触发表型可塑性和肿瘤促进性炎症的早期机制 | 斑马鱼模型中的基底角质形成细胞和中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序, 活体实时成像 | 斑马鱼HRAS介导的皮肤肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据, 活体成像数据 | 斑马鱼模型中的基底角质形成细胞亚群 | NA | 单细胞RNA-seq, 活体成像 | NA | NA |
| 3684 | 2025-11-30 |
Exploring the role of β2-microglobulin in the relationship between physical activity and DNAm-predicted PhenoAge: Evidence from a population-based and mice single-cell RNA-sequencing study
2025-Nov-22, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.047
PMID:41285310
|
研究论文 | 本研究通过人群数据和单细胞测序探索β2-微球蛋白在体力活动与表观遗传年龄关系中的中介作用 | 首次结合人群流行病学研究和动物单细胞测序揭示β2M在体力活动延缓衰老中的分子机制 | 观察性研究设计无法确定因果关系,样本量相对有限 | 探究体力活动通过β2M影响表观遗传衰老的分子机制 | 936名美国人群和运动干预的小鼠 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 | 加权多元回归, 中介效应模型 | 血液样本, 表观遗传数据, 单细胞转录组数据 | 936名人群参与者+小鼠外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 3685 | 2025-11-30 |
Applications of Genome-wide Screening of CRISPR/Cas9 Knockout Library in Identifying Novel Molecular Targets for Xenobiotics
2025-Nov-21, Environment & health (Washington, D.C.)
DOI:10.1021/envhealth.5c00072
PMID:41306301
|
综述 | 本文综述了全基因组CRISPR/Cas9敲除库筛选在识别外源性物质新型分子靶点中的应用 | 系统总结了CRISPR/Cas9文库筛选技术在外源性致病因子机制研究中的创新应用,包括与单细胞测序和类器官技术的结合 | 未提及具体实验数据或案例研究的局限性 | 探讨全基因组CRISPR/Cas9敲除库筛选在识别外源性物质分子靶点中的应用价值 | 外源性致病因子(环境致癌物、病原体、化学污染物) | 基因组编辑技术 | 肿瘤、感染性疾病、中毒性疾病 | CRISPR/Cas9基因组编辑、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 全基因组筛选、单细胞测序 | NA | NA |
| 3686 | 2025-11-30 |
TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens
2025-Nov, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105747
PMID:40902342
|
研究论文 | 本研究通过鉴定TGFB2和IGFBP5的启动子区域,结合DNA pull-down和单细胞RNA测序数据分析,揭示了STAT2和SMAD3转录因子在鸡卵泡闭锁过程中调控颗粒细胞退化的分子机制 | 首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子,并揭示了JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用 | NA | 阐明鸡卵泡闭锁过程中颗粒细胞退化的分子调控机制 | 鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程 | 分子生物学 | 生殖系统疾病 | DNA pull-down, 质谱分析, 单细胞RNA测序, SCENIC分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3687 | 2025-11-30 |
Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing
2025-Nov, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105715
PMID:40884870
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了10周龄和23周龄鸭睾丸细胞图谱并进行差异分析 | 首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞图谱,发现了新的分子标记物和调控网络 | 仅研究了两个发育阶段,未涵盖完整的发育过程 | 探索鸭睾丸发育和精子发生的分子机制 | 10周龄和23周龄鸭睾丸细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 54,702个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3688 | 2025-11-30 |
Cleanet: Robust Doublet Detection in Cytometry Data Based on Protein Expression Patterns
2025-Nov, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24961
PMID:41065042
|
研究论文 | 提出了一种基于蛋白质表达模式的自动化双联体检测方法Cleanet,用于流式细胞术和质谱流式细胞术数据 | 首次将单细胞转录组学中的双联体模拟方法应用于细胞术领域,能够自动检测同型和异型双联体并进行分类 | NA | 开发自动化双联体检测方法以改进细胞术数据分析 | 流式细胞术和质谱流式细胞术数据中的双联体事件 | 生物信息学 | 免疫学相关疾病 | 质谱流式细胞术,流式细胞术,成像流式细胞术 | 基于蛋白质表达模式的相似性检测算法 | 蛋白质表达数据,细胞图像数据 | NA | Luminex, Millipore Sigma | 质谱流式细胞术,流式细胞术,成像流式细胞术 | ImageStream, Discover A8 | 成像流式细胞术平台 |
| 3689 | 2025-11-30 |
Tumor-intrinsic MHC-II activation in pancreatic ductal adenocarcinoma enhances immune response and treatment efficacy
2025-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.21.683745
PMID:41278823
|
研究论文 | 本研究探讨胰腺导管腺癌中恶性细胞固有MHC-II表达对免疫微环境和治疗效果的调控作用 | 首次系统揭示恶性细胞固有MHC-II表达在PDAC中的预后价值及其通过增强抗原呈递促进抗肿瘤免疫的机制 | 研究主要基于临床前模型,需要在更大规模的人类队列中验证 | 探究MHC-II在PDAC恶性细胞中的表达特征及其对免疫治疗疗效的影响 | 人类PDAC样本和KPC小鼠PDAC模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,多重免疫组织化学,体外培养实验 | NA | 基因表达数据,空间定位数据,组织切片图像 | 人类PDAC样本和KPC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 3690 | 2025-11-30 |
Identification of Apically Localized Endogenous Dental Pulp Stem Cells
2025-Oct-18, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251378094
PMID:41108143
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和谱系追踪技术识别了小鼠磨牙根尖定位的内源性Axin2+牙髓干细胞 | 首次在牙根尖部位发现内源性Axin2+牙髓干细胞,并揭示其在牙髓组织形成和损伤修复中的动态过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类牙髓干细胞的特性和行为可能存在差异 | 探索牙髓干细胞在牙髓和牙本质再生中的原位作用机制 | 小鼠磨牙牙髓组织和根尖乳头组织 | 干细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学,谱系追踪 | NA | 基因表达数据,细胞谱系数据 | 小鼠磨牙组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3691 | 2025-11-30 |
Age- and Sex- Driven Transcriptional and Metabolic Diversity in Myeloid-Derived Suppressor Cells After Mouse Sepsis
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680736
PMID:41278644
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了年龄和性别对脓毒症诱导的髓源性抑制细胞转录组和代谢状态的显著影响 | 首次在单细胞水平系统揭示年龄和性别因素对脓毒症中MDSC转录组和代谢状态的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 阐明年龄和性别因素如何影响脓毒症诱导的髓源性抑制细胞生物学特性 | 年轻和老年雄性和雌性小鼠的脾脏白细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻组(3-4个月)和老年组(18-24个月)雄性和雌性小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3692 | 2025-11-30 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211
PMID:40892543
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示柯萨奇病毒B3感染在人胰岛中引发独特的细胞类型特异性反应 | 挑战了关于胰岛特异性病毒靶向的长期假设,发现导管细胞而非β细胞表现出最强的干扰素和HLA相关反应,并鉴定长非编码RNA MIR7-3HG在调节病毒感染中的作用 | 使用人尸体胰岛可能无法完全反映活体状态,干细胞衍生的胰岛模型可能与原代胰岛存在差异 | 探究柯萨奇病毒B感染对不同类型人胰岛细胞的特异性影响及其与1型糖尿病的关联 | 原代人胰岛细胞和干细胞衍生的胰岛 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人尸体胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3693 | 2025-11-30 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
|
研究论文 | 通过深度表型分析揭示人类皮肤中黑色素细胞亚群的体细胞突变特征及其空间分布 | 首次发现低突变负荷黑色素细胞亚群在日光损伤皮肤中的持续存在,并揭示其干细胞特性及毛囊保护性微环境 | 样本量相对有限(31名供体),主要关注体细胞突变而未深入探讨其他分子机制 | 探究人类皮肤黑色素细胞的稳态调控机制和亚群异质性 | 人类皮肤黑色素细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组测序 | NA | 基因表达数据、突变数据、形态学数据 | 31名供体的297个黑色素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium单细胞空间转录组平台 |
| 3694 | 2024-11-30 |
Dissecting the effect of genetic variants on atherosclerosis: integrating bulk and single-cell transcriptomics
2025-Jan-16, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae489
PMID:39607792
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3695 | 2025-11-30 |
Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制 | 首次识别出两个具有放疗抵抗特性的少突胶质细胞亚群ODC3和ODC4,并揭示它们通过不同分子通路获得放疗抵抗性 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制及关键影响因素 | 胶质母细胞瘤组织样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle2, AUCell, maftools | 单细胞RNA测序数据,基因突变数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3696 | 2025-11-30 |
Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,筛选出绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物 | 首次结合单细胞转录组图谱和WGCNA分析骨质疏松症,识别出单核细胞亚型特异性表达的新型生物标志物 | 未提及样本量的具体数字和验证队列的详细信息 | 探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物,为早期诊断和治疗靶点提供依据 | 绝经后骨质疏松症患者样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 基因集富集分析 | 列线图诊断模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3697 | 2025-11-30 |
Proximity-based proteomics (BioID) uncovers the Rho GTPase interactome in kidney podocytes
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1625950
PMID:41306285
|
研究论文 | 本研究通过邻近标记技术绘制了肾足细胞中Rho GTPases的相互作用网络 | 首次在足细胞中系统绘制RhoA、Rac1和Cdc42的相互作用组,发现约50%的相互作用是足细胞特有的,并鉴定出KIAA1522作为新型Cdc42效应子和ARHGEF12作为关键RhoA调节因子 | NA | 揭示肾足细胞中Rho GTPases的信号网络及其在足细胞损伤中的作用机制 | 人类肾足细胞、HEK293细胞、HeLa细胞、斑马鱼模型 | 蛋白质组学 | 肾脏疾病 | 邻近依赖性生物素标记(BioID)、单细胞RNA测序、基因敲除 | NA | 蛋白质相互作用数据、基因表达数据 | NA | NA | 邻近标记蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3698 | 2025-11-30 |
A metabolic-radioimmune signature predicts therapy response and immune reprogramming in non-small cell lung cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1693277
PMID:41306526
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组数据建立基于放射抵抗相关代谢基因的预后特征,用于预测非小细胞肺癌的放疗反应和免疫治疗疗效 | 首次系统描绘放疗诱导的肿瘤微环境代谢重编程全景图,并构建具有预后预测价值的放射抵抗相关代谢基因特征 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要更多前瞻性临床研究验证 | 优化非小细胞肺癌治疗分层和放射增敏剂发现 | 非小细胞肺癌肿瘤细胞、免疫细胞和肿瘤引流淋巴结 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 分子对接, qRT-PCR, 蛋白质印迹 | Cox回归模型, WGCNA, 诺莫图 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA放疗队列和独立放射免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3699 | 2025-11-30 |
Targeting Matrix Metalloproteinase-9 to Alleviate T Cell Exhaustion and Improve Sepsis Prognosis
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0996
PMID:41306770
|
研究论文 | 本研究通过构建分子互作扰动网络,首次揭示脓毒症免疫异质性的网络生物学基础,并确定单核细胞来源的MMP9是驱动CD4 T细胞功能障碍的关键调节因子 | 首次构建脓毒症免疫异质性的分子互作扰动网络,发现MMP9通过双重机制调控T细胞耗竭,并验证选择性MMP9抑制剂可逆转T细胞功能障碍 | NA | 阐明脓毒症免疫异质性的分子机制并寻找有效治疗靶点 | 人类外周血样本和免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学,蛋白质组学,功能验证 | NA | 转录组数据,蛋白质数据,功能实验数据 | 1,862例人类外周血样本,超过450,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3700 | 2025-11-30 |
Ocular surface health and disease: insight from single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1683167
PMID:41306916
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在眼表组织健康与疾病研究中的原理、应用及局限性 | 首次系统总结scRNA-seq在眼表组织细胞多样性解析和疾病机制研究中的综合应用 | 技术本身存在检测灵敏度限制和细胞捕获偏差,且眼表组织样本获取难度较大 | 探讨单细胞RNA测序技术在眼表组织研究和疾病机制解析中的应用价值 | 眼表组织(角膜、睑板腺、结膜、泪腺)及相关疾病 | 单细胞组学 | 眼表疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |