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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3641 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD
2025-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09083-y
PMID:40533550
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研究论文 | 通过单细胞转录组和染色质分析揭示创伤后应激障碍患者前额叶皮层的细胞特异性分子调控机制 | 首次在超过200万个细胞核中系统分析PTSD的细胞类型特异性表观基因组调控机制,整合遗传、转录组和表观遗传数据 | 使用死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态;样本量相对有限 | 解析创伤后应激障碍的细胞特异性分子调控机制 | 111例人类大脑背外侧前额叶皮层组织(含PTSD、重度抑郁症患者和对照组) | 单细胞组学 | 创伤后应激障碍 | 单细胞转录组测序, 染色质可及性分析, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | 111例人脑样本,超过200万个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3642 | 2025-10-06 |
Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution
2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041553
PMID:39284668
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综述 | 本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢中的应用 | 聚焦空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学三种新兴技术 | NA | 研究癌症代谢及其技术发展 | 癌细胞代谢途径 | 代谢组学 | 癌症 | 代谢组学、质谱分析 | NA | 代谢物数据 | NA | NA | 空间代谢组学, 单细胞代谢组学, 细胞器代谢组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
3643 | 2025-10-06 |
Noncanonical Differentiation of Memory B Cells Drives Latent Tuberculosis Infection Reactivation Upon Tumor Necrosis Factor-Alpha Inhibitor Therapy: An Integrative Transcriptomic Study
2025-Jul, International journal of rheumatic diseases
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/1756-185X.70311
PMID:40686471
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研究论文 | 通过整合转录组分析揭示记忆B细胞在肿瘤坏死因子抑制剂治疗期间驱动潜伏结核感染复活的非经典分化机制 | 首次发现ROR1+记忆B细胞在结核病进展中的非经典分化轨迹及其代谢重编程作用 | 基于六项现有转录组数据集的二次分析,缺乏实验验证 | 探索TNFi治疗导致潜伏结核感染复活的分子机制 | 记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗过程中的变化 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 伪时间分析,转录因子分析 | 转录组数据 | 六个转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3644 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis
2025-Jun-30, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00849-25
PMID:40586608
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研究论文 | 利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病免疫反应的细胞图谱 | 首次通过空间转录组学揭示口腔念珠菌感染微环境中2型免疫反应和M2巨噬细胞的平衡作用,发现新型富含脯氨酸抗菌蛋白家族 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探索口腔念珠菌病感染环境中免疫平衡机制 | 小鼠口腔念珠菌感染模型中的舌组织 | 空间转录组学 | 口腔念珠菌病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
3645 | 2025-10-06 |
Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells
2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.26.661809
PMID:40631203
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研究论文 | 本研究揭示了鸟苷酸结合蛋白通过平衡骨髓细胞中iNOS/Arg-1表达在防御硕大利什曼原虫感染中的关键作用 | 首次发现GBPs通过调节iNOS/Arg-1平衡控制利什曼原虫感染,揭示了GBPs在皮肤利什曼病免疫防御中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究鸟苷酸结合蛋白在皮肤利什曼病免疫防御中的作用机制 | C57Bl/6小鼠、GBPChr3基因敲除小鼠、骨髓来源巨噬细胞 | 免疫学 | 皮肤利什曼病 | RNA-Seq、单细胞RNA-Seq、基因敲除技术 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | C57Bl/6和GBPChr3 KO小鼠模型 | NA | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
3646 | 2025-10-06 |
Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data
2025-Jun-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768
PMID:40232935
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研究论文 | 介绍使用SIMS工具进行单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的详细操作流程 | 提出了一个基于深度学习的标准化协议,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移,支持多种使用方式 | NA | 开发单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的标准化操作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3647 | 2025-10-06 |
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571918
PMID:38168391
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研究论文 | 开发了一种名为STACCato的监督张量分析工具,用于识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | 首次将监督张量分析方法应用于细胞间通讯研究,能够同时调整混杂因素和考虑CCC事件间的依赖关系 | 方法主要基于scRNA-seq数据,可能不适用于其他类型的数据 | 开发统计方法来识别与生物条件相关的细胞间通讯事件 | 细胞间通讯事件 | 生物信息学 | 狼疮,自闭症 | 单细胞RNA测序 | 张量回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3648 | 2025-10-06 |
Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas
2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.584091
PMID:38559270
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研究论文 | 本研究揭示了自噬在mIDH1胶质瘤中的关键生存作用,并发现通过抑制自噬可增强放射敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤通过表观遗传重编程诱导自噬作为能量来源,并开发了靶向Atg7的合成蛋白纳米颗粒治疗策略 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的治疗新靶点 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞及患者样本 | 肿瘤生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, 合成蛋白纳米颗粒技术 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤神经球细胞及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序, RNA测序 | NA | NA |
3649 | 2025-10-06 |
Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031
PMID:40215978
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研究论文 | 本研究揭示了放疗通过调控铜代谢诱导铜死亡的新机制,并提出联合铜离子载体治疗可克服肿瘤放疗抵抗 | 首次发现放疗可诱导铜死亡,阐明其通过上调CTR1和耗竭谷胱甘肽的分子机制,并鉴定BACH1-MT1E/X轴是放疗抵抗的关键调控通路 | 研究主要聚焦于食管癌模型,未验证其他癌种中的普适性 | 探索放疗与铜死亡的关联机制,开发克服肿瘤放疗抵抗的新策略 | 食管癌细胞系、患者肿瘤样本、细胞系来源和患者来源的异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 食管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 放疗不敏感患者的食管肿瘤样本及多种实验模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
3650 | 2025-10-06 |
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657841
PMID:40502063
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研究论文 | 开发了一种多步骤基因工程小鼠模型来研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性和表型可塑性 | 首次建立了具有免疫活性的多步骤基因工程小鼠模型,能够更好地模拟人类葡萄膜黑色素瘤的疾病进展和肿瘤免疫微环境 | 模型仍为动物模型,与人类疾病存在固有差异 | 研究葡萄膜黑色素瘤的发病机制和表型可塑性 | 基因工程小鼠模型中的葡萄膜黑色素瘤 | 癌症生物学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3651 | 2025-10-06 |
Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness
2025-Jun-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656
PMID:40304034
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研究论文 | 本研究探讨了习惯性运动通过调节神经免疫相互作用缓解血管紧张素II诱导的主动脉硬化的机制 | 首次揭示了运动通过β2-肾上腺素能受体调节巨噬细胞与交感神经的相互作用,进而抑制成纤维细胞活化和细胞外基质沉积的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;神经免疫相互作用的详细分子通路仍需进一步阐明 | 探究运动如何调节交感神经与免疫细胞的相互作用以缓解主动脉硬化 | C57BL/6小鼠模型,包括野生型、Ccr2敲除小鼠和Col1a1-tdT报告基因小鼠 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,神经化学去神经术,细胞通讯分析 | 动物模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据,生理测量数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3652 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182790
PMID:40067358
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观 | 首次使用单细胞RNA测序全面分析B细胞耗竭治疗后中枢和外周免疫细胞的变化,揭示细胞类型特异性重编程 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 研究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制 | 多发性硬化症患者在接受B细胞耗竭治疗前后的脑脊液和外周血免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3653 | 2025-10-06 |
Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma
2025-May-27, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf128
PMID:40424600
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研究论文 | 本研究揭示了多胺乙酰化通过调节肿瘤细胞代谢和促进与髓系细胞的代谢串扰,驱动胶质母细胞瘤间充质/多代谢状态的形成 | 首次发现SAT1及其产物N1-乙酰亚精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞代谢活动中的新作用机制 | SAT1对肿瘤细胞代谢的影响至少部分由N1-乙酰亚精胺介导,可能存在其他未明确的调控机制 | 探究多胺代谢重编程如何影响胶质母细胞瘤恶性细胞状态和肿瘤-免疫微环境串扰 | 人类和小鼠胶质母细胞瘤肿瘤组织及细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 液相色谱/串联质谱(LC-MS/MS), 单细胞RNA测序, 代谢分析 | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
3654 | 2025-10-06 |
Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease
2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574422
PMID:38260617
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤驱动淋巴细胞募集的分子机制 | 首次系统描绘了皮肤红斑狼疮界面皮炎中角质细胞损伤到免疫细胞募集的完整信号通路,并鉴定出AIM2-Casp8-IL-18-CXCL6/CXCR1和CCL8/CCR2等新型趋化因子配体-受体对 | 样本量相对有限,研究主要聚焦于特定临床亚型 | 阐明皮肤红斑狼疮界面皮炎的免疫发病机制 | 皮肤红斑狼疮患者的水疱活检组织和穿刺活检组织 | 数字病理学 | 皮肤红斑狼疮 | 光谱流式细胞术, 96重免疫分析靶向蛋白质组学, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 数字空间分析 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 流式细胞数据 | 皮肤红斑狼疮患者和健康供者的活检样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 靶向蛋白质组学 | 数字空间分析技术 | 96重免疫分析靶向蛋白质组学检测皮肤间质液中184种蛋白质分析物 |
3655 | 2025-10-06 |
Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones
2025-May-19, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040
PMID:40250431
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究鸟类光感受器的进化关系,发现双锥细胞的两个组成部分分别起源于祖先红色和蓝色视锥细胞 | 首次系统探索鸟类光感受器与其他脊椎动物的同源关系,提出双锥细胞两个组成部分分别起源于不同祖先视锥细胞的新假说 | 研究主要基于新孵化鸡的视网膜,可能无法完全代表所有鸟类物种 | 追溯鸟类光感受器细胞类型在物种间的进化同源关系 | 鸟类(鸡)和绿安乐蜥的光感受器细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 新孵化鸡的视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3656 | 2025-10-06 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现KYNU基因在肺腺癌中的双峰表达模式与患者预后不良相关,并揭示了其在免疫抑制代谢中的作用 | 首次系统揭示KYNU在肺腺癌中的双峰表达特征及其与KEAP1/STK11共突变的关联,发现其在人类与小鼠模型中表达模式的物种特异性差异 | 人类与小鼠模型中KYNU表达模式存在显著差异,这为临床前建模带来挑战 | 发现与肺腺癌患者预后相关的双峰表达基因,揭示其潜在的致癌基因型和治疗靶点 | 肺腺癌患者样本和鼠类肺腺癌模型 | 癌症基因组学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组学、代谢组学、批量转录组分析 | 模型聚类分析 | 基因表达数据、突变数据、代谢物数据 | 多个肺腺癌数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
3657 | 2025-10-06 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
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研究论文 | 本研究通过直接替换小胶质细胞揭示了脑巨噬细胞在单基因神经疾病中的病理和治疗作用 | 首次通过直接小胶质细胞替换证明CNS限制性巨噬细胞替换可改善单基因神经退行性疾病 | 研究主要使用小鼠模型,人类临床应用仍需进一步验证 | 探究巨噬细胞在GLD疾病病理和HSCT治疗中的作用机制 | Krabbe疾病(GLD)小鼠模型和人类脑标本 | 神经科学 | 单基因神经退行性疾病 | 单细胞测序, 基因消融, 直接微胶质细胞替换 | twitcher (Galc) 小鼠模型 | 单细胞测序数据, 组织病理学数据 | 小鼠模型和人类脑标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3658 | 2025-10-06 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序定义了慢性移植物抗宿主病中IL-17和CSF-1的致病性基因表达特征 | 利用小鼠模型反向工程推导出可在患者血液单核细胞中检测到的非直观IL-17和CSF-1特征 | 研究基于临床前模型,需要在临床研究中进一步前瞻性验证 | 开发识别慢性移植物抗宿主病患者中可药物治疗的免疫失调标志物 | 小鼠模型和异基因造血细胞移植患者 | 生物医学研究 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 70%的确诊患者和50%移植后100天患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3659 | 2025-10-06 |
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651937
PMID:40654882
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研究论文 | 开发了一种名为EnrichSci的可扩展单细胞RNA测序平台,通过转录本引导的靶向细胞富集技术解析复杂组织中特定细胞类型的分子动态 | 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术,实现了无需微流控的靶向细胞类型单核转录组分析,具有全基因体覆盖能力 | NA | 开发可扩展的单细胞RNA测序平台,用于解析复杂组织中低丰度细胞类型的分子动态 | 衰老小鼠大脑中的少突胶质细胞及其亚型 | 单细胞测序技术 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,RNA FISH,组合索引 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | EnrichSci | 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引的单核转录组分析平台 |
3660 | 2025-10-06 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630541
PMID:40654890
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析性别共享神经系统中神经元水平的分子二态性 | 首次在单神经元分辨率揭示性别共享神经系统的广泛分子二态性,发现神经肽和信号相关基因的强烈性别偏好表达 | 研究仅针对成年雄性和雌雄同体线虫,未涵盖其他发育阶段或物种 | 探究遗传性别如何在单神经元水平塑造神经系统的分子结构 | 成年雄性和雌雄同体线虫的性别共享神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体线虫的神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |