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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3681 - 3700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3681 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
|
研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3682 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
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研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法，解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF（基于单变量分布的特征选择方法套件） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3683 | 2025-10-06 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
|
研究论文 | 本研究揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过调节传统树突状细胞亚群表型抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎的机制 | 首次发现髓鞘反应性CD8+ T细胞可直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC，诱导成熟调节性树突状细胞表型 | 研究主要基于小鼠EAE模型，人类多发性硬化症的适用性需要进一步验证 | 阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的免疫调节机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和传统树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC) | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，过继性T细胞转移，体外共培养 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3684 | 2025-10-06 |
Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection
2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639892
PMID:40060452
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研究论文 | 开发了一种名为scGeneHE的新统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确估计基因表达的顺式遗传力 | 提出了首个能够直接使用单细胞表达谱而非伪批量数据来估计基因表达遗传力的方法，解决了传统方法导致的假阳性率膨胀问题 | 方法性能依赖于模拟参数设置，需要在实际应用中进一步验证 | 开发准确估计基因表达顺式遗传力的统计方法，控制eGene检测的假阳性率 | 基因表达性状和遗传调控 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | 泊松混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自969个个体、11种免疫细胞类型、总计822,552个细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3685 | 2025-10-06 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术发现MAIT细胞在无菌性肺损伤中发挥保护作用 | 首次揭示MAIT细胞通过促进cDC1细胞积累来防御无菌性肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能作用 | 小鼠肺组织MAIT细胞和特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光谱分析, 过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和特发性肺纤维化患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3686 | 2025-10-06 |
Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57047-7
PMID:39987255
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研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的细胞衰老分析算法SenePy，用于识别不同细胞类型和组织中的衰老细胞 | 创建了首个能够定义细胞类型特异性衰老特征的分析平台，优于体外研究获得的衰老特征 | NA | 开发识别细胞衰老的分析工具并研究其在衰老和疾病中的作用 | 小鼠和人类细胞 | 生物信息学 | 肿瘤发生、炎症、心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 72个小鼠样本和64个人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3687 | 2025-10-06 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Hermansky-Pudlak综合征相关肺纤维化中炎症性成纤维细胞随年龄增长而出现的机制 | 首次在HPS小鼠模型中鉴定出年龄依赖性的SAA3炎症性肺成纤维细胞增加，并发现HPS1和HPS2亚型中不同的细胞相互作用机制 | 研究样本量有限，仅包含小鼠模型和三名HPS1患者 | 探究肺纤维化发生和发展的纵向细胞相互作用机制 | 年轻和年老HPS小鼠模型及HPS1患者的肺组织 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多亚型HPS小鼠模型和3名HPS1患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3688 | 2025-10-06 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
|
研究论文 | 本研究通过时空脉冲追踪实验和单细胞RNA测序技术，揭示了棘鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用机制 | 首次发现棘鼠基质细胞在损伤后能快速重新进入细胞周期，并保持严格的时空控制，同时鉴定出与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型（CRABP1+、αSMA+）及其特异性基因表达谱 | 研究主要聚焦于基质细胞，可能未完全涵盖所有参与再生过程的细胞类型；对细胞状态转变的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究哺乳动物复杂组织再生过程中的细胞增殖动态和特定细胞状态的作用 | 棘鼠（Acomys spp.）和实验室小鼠的耳组织再生过程 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 时空脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞增殖数据、图像数据 | 棘鼠和实验室小鼠的耳组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3689 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.590597
PMID:38746128
|
研究论文 | 开发了一套名为SCOTCH的计算方法套件，用于长读长单细胞RNA测序数据的转录组表征 | 利用Oxford Nanopore R10流动池降低测序错误率的优势，无需传统短读长条形码空间构建方法，通过亚外显子识别策略和动态阈值实现精确的异构体比对和新异构体发现 | NA | 开发针对长读长单细胞RNA测序数据的计算方法，提升转录组复杂性分析能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics, Parse Biosciences, Illumina | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | Nanopore R9流动池, Nanopore R10流动池, PacBio测序平台 | 支持Nanopore和PacBio测序平台，兼容10X Genomics和Parse Biosciences单细胞文库制备方案 |
| 3690 | 2025-10-06 |
Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states
2025-Feb-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002
PMID:39818203
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研究论文 | 通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术研究流感感染后小鼠肺再生的细胞动态变化 | 发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞(iCAP)状态，该状态在损伤后持续存在并具有发育肺内皮和人类退行性肺疾病的特征 | 研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 解析肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞协调机制 | 小鼠肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠肺组织单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3691 | 2025-10-06 |
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2025-02-03, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021
PMID:39579769
|
研究论文 | 本研究揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性控制小鼠肠道上皮细胞可塑性的机制 | 首次发现Fzd5通过调控染色质可及性来协调肠道上皮细胞命运决定，揭示了Wnt通路受体在表观遗传调控中的新功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证；未详细阐明Fzd5调控染色质可及性的具体分子机制 | 探究Frizzled5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用机制 | 小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5肠道干细胞和Krt19细胞 | 单细胞多组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 3692 | 2025-10-06 |
Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice
2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000971
PMID:39047085
|
研究论文 | 本研究揭示了抗原驱动的CD8+T细胞克隆扩增是MASH（代谢功能障碍相关脂肪性肝炎）在人类和小鼠中的一个显著特征 | 首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化 | T细胞在肝脏中积累的具体原因和后果尚未完全阐明 | 解析MASH中T细胞的功能及其在疾病中的作用 | 人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞 | 免疫学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 5'单细胞测序,流式细胞术 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞数据 | 人类肝硬化患者和MASH小鼠模型的肝脏T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3693 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
|
研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次使用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2突变在不同脑区细胞类型中的特异性转录调控，发现独立于淀粉样蛋白病理的神经元BDNF信号通路改变 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；样本数量相对有限（19个脑切片） | 探究Trem2R47H突变在阿尔茨海默病背景下对大脑不同细胞类型的转录调控影响 | 野生型、Trem2突变、5xFAD和Trem2;5xFAD基因型小鼠的皮层和皮层下脑区细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间基因表达数据、神经病理学数据 | 19个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH空间转录组技术 |
| 3694 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08334-8
PMID:39695234
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研究论文 | 本研究通过构建空间分辨单细胞转录组脑图谱，开发空间衰老时钟模型揭示细胞邻近效应对脑衰老的影响 | 首次开发空间衰老时钟模型，系统揭示T细胞和神经干细胞通过邻近效应对脑组织衰老与再生的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类组织中的适用性需要进一步验证 | 探究细胞间邻近效应在脑组织衰老过程中的作用机制 | 420万个脑细胞，涵盖20个不同年龄阶段和两种再生干预措施（运动和部分重编程） | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序，空间转录组学 | 机器学习，深度学习 | 空间转录组数据 | 420万个细胞，20个年龄阶段 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3695 | 2025-10-06 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性及区域分布 | 首次系统性地表征了药物处理基因在不同肝脏细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况 | 基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集进行分析，未进行新的实验验证 | 解析小鼠肝脏中药物处理基因的细胞类型特异性和区域分布特征 | 小鼠肝脏细胞（包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞和免疫细胞） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | Seurat V5 | 单细胞转录组数据, 细胞核转录组数据 | 已发表的单细胞和细胞核转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3696 | 2025-10-06 |
Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions
2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00798-0
PMID:39876020
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综述 | 本文综述了阿尔茨海默病中脑血管细胞特异性转录特征及其治疗前景 | 整合单细胞转录组学研究揭示AD脑血管细胞特异性转录特征及细胞间通讯异常 | 基于已发表文献的综述，未包含新的实验数据 | 探讨阿尔茨海默病中脑血管细胞的转录特征及潜在治疗方向 | 人脑尸检组织中的脑血管细胞（内皮细胞、壁细胞等）及其亚型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,神经影像数据,神经病理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3697 | 2025-10-06 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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研究论文 | 本研究通过非人灵长类动物模型探索急性移植物抗宿主病中组织特异性T细胞免疫反应的机制 | 首次在aGVHD模型中系统揭示不同器官微环境驱动T细胞转录程序分化的机制，证明这种分化与抗原特异性无关 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探究组织特异性微环境在急性移植物抗宿主病中对T细胞编程的影响机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术, 转录组分析, 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | 非人灵长类动物aGVHD模型 | NA | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | NA |
| 3698 | 2025-10-06 |
Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer
2025-Jan-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01432-w
PMID:39825401
|
研究论文 | 通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的荟萃分析，揭示组织回归、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性 | 首次使用随机矩阵理论去噪和最优传输方法比较跨物种上皮细胞群体，发现雄激素依赖的细胞可塑性机制 | 基于已有数据集的分析，可能受原始数据质量和样本来源限制 | 阐明前列腺组织稳态和肿瘤进展过程中上皮细胞状态的动态变化 | 小鼠和人类前列腺组织 | 单细胞转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机矩阵理论，最优传输算法 | 单细胞转录组数据 | 多个已发表和新的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3699 | 2025-10-06 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的深度学习模型TraCSED，用于分析乳腺癌中克隆选择和基因表达动态，揭示耐药机制 | 开发了首个基于Transformer的动态深度学习方法来建模克隆选择过程，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间动态 | 仅针对乳腺癌特定治疗药物进行研究，未验证在其他癌症类型或治疗方案的普适性 | 研究癌症细胞转录异质性及其对治疗反应的影响，识别耐药机制 | 乳腺癌细胞系，使用giredestrant（选择性ER拮抗剂和降解剂）或palbociclib（CDK4/6抑制剂）处理的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，克隆条形码技术 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3700 | 2025-10-06 |
CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data
2025-Jan-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739
PMID:39788105
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研究论文 | 开发了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于从大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序 | 提出首个基于GPU的无监督学习方法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中一致且可扩展地推断基因表达程序 | 未详细说明参数选择的具体方法，且仅在小鼠脑图谱和人类肿瘤数据集上验证 | 开发可扩展的无监督学习方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |