单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23918 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-12-18 |
Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Based on EcoTyper Machine Learning Framework Identifies Cell-State-Specific M2 Macrophage Markers Associated with Gastric Cancer Prognosis
2024, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S490075
PMID:39678138
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper机器学习框架，识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper框架识别与胃癌预后相关的M2巨噬细胞标记物，揭示了肿瘤生态系统的异质性 | NA | 识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物，揭示肿瘤微环境中的细胞状态变化 | 胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其细胞状态 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和bulk RNA测序 | 机器学习框架（EcoTyper） | RNA测序数据 | NA |
| 342 | 2024-12-18 |
Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1410353
PMID:39678375
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研究论文 | 本文研究了胆固醇代谢基因在结肠癌中的空间多样性特征，并探讨了其与患者预后的关系 | 使用eXtreme Gradient Boosting (XGBoost)模型结合胆固醇代谢基因，显著提高了结肠癌患者风险分层的准确性 | NA | 探讨胆固醇代谢与结肠癌预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点 | 结肠癌患者的肿瘤样本和邻近正常组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学 | XGBoost | 基因表达数据 | 来自TCGA结肠癌腺癌项目的配对肿瘤和邻近正常样本 |
| 343 | 2024-12-18 |
Building a FAIR data ecosystem for incorporating single-cell transcriptomics data into agricultural genome to phenome research
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1460351
PMID:39678381
|
研究论文 | 本文探讨了如何构建一个FAIR数据生态系统，将单细胞转录组学数据整合到农业基因组到表型研究中 | 本文利用人类基因组学基础设施的最新进展，开发了连接不同资源的数据工具，并扩展了功能以实现数据在不同平台间的传输和分析 | 本文仅描述了一个试点项目，未来需要进一步构建更完善的数据资源和分析生态系统 | 构建一个基于FAIR原则的科学家友好的数据资源和分析生态系统，以促进单细胞水平的基因组分析 | 单细胞转录组学数据在农业基因组到表型研究中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 包括植物、原生生物和动物（包括人类）的高通量测序数据集 |
| 344 | 2024-12-18 |
Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346
PMID:39687623
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和多表位配体绘图技术，研究了HIV感染的肯尼亚性工作者宫颈外组织的免疫细胞图谱 | 首次结合空间转录组学和多表位配体绘图技术，深入分析了慢性HIV感染下宫颈外组织的免疫景观 | 样本仅来自肯尼亚的性工作者，可能限制了研究结果的普适性 | 研究慢性HIV感染对宫颈外组织免疫景观的影响 | HIV感染和未感染的肯尼亚女性性工作者的宫颈外组织 | 数字病理学 | HIV感染 | 空间转录组学，多表位配体绘图 | NA | 组织样本 | HIV阳性组和阴性组的宫颈外组织样本 |
| 345 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs
2023-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1
PMID:37609233
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性 | 研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小 | 更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图 | 未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞 |
| 346 | 2024-12-18 |
Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain
2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549873
PMID:37503039
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | 本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解 | NA | 研究脊椎动物前脑的组织和进化 | 慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 347 | 2024-12-17 |
Diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia: an overview of the current genomic classification, diagnostic approaches, and future directions
2025-Jan, Histopathology
IF:3.9Q1
DOI:10.1111/his.15338
PMID:39403021
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综述 | 本文综述了B-急性淋巴细胞白血病的当前基因组分类、诊断方法及未来发展方向 | 介绍了下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析和单细胞测序等新技术在B-ALL诊断中的应用 | NA | 探讨B-ALL的最新诊断标准和技术，以及新技术和生物标志物在提高诊断准确性中的重要性 | B-急性淋巴细胞白血病 | 数字病理学 | 血液疾病 | 下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 348 | 2024-12-17 |
B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B
2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae280
PMID:38847286
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研究论文 | 研究探讨了慢性乙型肝炎病毒感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征 | 首次揭示了慢性乙型肝炎病毒感染患者血液和肝脏中B细胞的激活基因特征，并发现记忆B细胞和幼稚B细胞是该特征的主要载体 | 研究样本量较小，且仅限于乙型肝炎病毒感染患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨慢性乙型肝炎病毒感染患者中B细胞的激活状态及其基因表达特征 | 慢性乙型肝炎病毒感染患者的血液和肝脏中的B细胞 | NA | 乙型肝炎 | RNA测序，流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 慢性乙型肝炎病毒感染患者和健康对照组的血液和肝脏样本 |
| 349 | 2024-12-17 |
Inhibition of JNK Signaling Overcomes Cancer-Associated Fibroblast-Mediated Immunosuppression and Enhances the Efficacy of Immunotherapy in Bladder Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0940
PMID:39292817
|
研究论文 | 研究揭示了JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中介导的免疫抑制作用，并探讨了通过抑制JNK信号增强免疫治疗效果的策略 | 首次发现JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中通过上调胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）表达来促进免疫抑制微环境，并提出抑制JNK信号与PD-1阻断联合治疗的新策略 | 研究主要集中在膀胱癌样本，结果的普适性需要进一步验证 | 探讨免疫抑制肿瘤微环境的机制，并寻找提高免疫治疗效果的新方法 | 膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和CD8+ T细胞 | NA | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 膀胱癌样本 |
| 350 | 2024-12-17 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本文研究了SHCBP1在导管癌中的作用，发现SHCBP1的缺失通过恢复纤毛生成抑制肿瘤进展 | 首次揭示了SHCBP1与导管癌中纤毛生成之间的联系，并通过SHCBP1缺失恢复纤毛生成，抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需进一步验证在人类患者中的疗效 | 探讨SHCBP1在导管癌中的作用机制及其对纤毛生成的影响，寻找潜在的治疗策略 | 导管癌中的SHCBP1和纤毛生成 | NA | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 小鼠模型和大量导管癌患者样本 |
| 351 | 2024-12-17 |
Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830
PMID:39288081
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研究论文 | 本研究探讨了通过抑制自噬和招募树突状细胞来增强胰腺癌对免疫检查点阻断疗法敏感性的机制 | 首次揭示了自噬抑制在胰腺癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制，并展示了三联疗法在胰腺癌小鼠模型中的显著疗效 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索通过抑制自噬和激活树突状细胞来增强胰腺癌对免疫检查点阻断疗法的敏感性 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其免疫微环境 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠PDAC肿瘤模型及人类PDAC肿瘤样本 |
| 352 | 2024-12-17 |
A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies
2024-Dec-16, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1186
PMID:39675380
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研究论文 | 本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过外周血单核细胞（PBMCs）进行性能比较 | 引入了read utilization指标，用于区分scRNA-seq试剂盒在将测序reads转化为可用计数方面的效率 | NA | 评估商业化单细胞RNA测序技术的性能 | 九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 169,262个细胞 |
| 353 | 2024-12-17 |
The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni
2024-Dec-16, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1228
PMID:39676663
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术，在曼氏血吸虫的卵巢细胞中鉴定出一种类视黄酸核受体SmRAR，并研究了其在卵母细胞分化中的作用 | 首次在曼氏血吸虫中鉴定出类视黄酸受体家族的转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用 | 本文主要集中在曼氏血吸虫的卵巢发育和卵母细胞分化，未涉及其他寄生扁虫的相关研究 | 研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制 | 曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1967个卵母细胞，表达7872个基因 |
| 354 | 2024-12-17 |
Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor
2024-Dec-16, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00951g
PMID:39679936
|
研究论文 | 本文介绍了一种新型微流控装置，名为确定性单细胞组合反应器（DSCR），用于高效组合多个单细胞 | 创新点在于引入了一种结合微流控技术和多层互连Si/SiO控制电路的装置，实现了单细胞的高效确定性组合 | NA | 开发一种高效组合多个单细胞的装置，以支持高级生物研究，如单细胞转录组分析或细胞间相互作用 | 多个单细胞的组合 | 微流控技术 | NA | 微流控技术 | NA | NA | 三组不同的PC3细胞，每组细胞用不同的荧光染料（蓝色、绿色或红色）染色 |
| 355 | 2024-12-17 |
A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer
2024-Dec-16, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03910-3
PMID:39680087
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研究论文 | 本研究通过整合多组学生物信息学和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌中的预后价值 | 本研究创新性地使用了scissor算法整合单细胞测序数据和bulk转录组数据，并结合孟德尔随机化方法，首次确定了ADAMDEC1基因作为结肠癌患者的预后保护因子 | 本研究依赖于现有的数据集和分析方法，可能存在数据偏倚和方法局限性 | 研究结肠癌的预后标志物，为临床试验和药物靶点研究提供线索 | 结肠癌患者的预后相关细胞和基因 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 RNA-seq 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据 基因组数据 | 使用了两个独立的外部验证数据集GSE17536和GSE39582，以及一个包含免疫组织化学实验的真实世界组织数据集 |
| 356 | 2024-12-17 |
Combined Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis to Reveal the Potential Influences of Intestinal Inflammatory Disease on Multiple Sclerosis
2024-Dec-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02195-z
PMID:39680254
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研究论文 | 本研究通过结合批量和单细胞转录组分析，揭示了肠道炎症疾病对多发性硬化症的潜在影响 | 首次通过结合批量和单细胞转录组数据，识别出IBD和MS之间的共同差异表达基因（DEGs），并验证了这些基因在两种疾病中的免疫特性 | 研究主要依赖于公共数据集，缺乏对患者的直接实验验证 | 探讨肠道炎症疾病与多发性硬化症之间的共同病理生理机制 | 多发性硬化症（MS）和炎症性肠病（IBD）的共同差异表达基因及其在免疫系统中的作用 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | RNA测序、单细胞转录组测序、质谱流式细胞术（CyTOF） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集，包括GSE126124、GSE9686、GSE36807、GSE21942、GSE17048、GSE75214、GSE16879和PRJCA003980 |
| 357 | 2024-12-17 |
SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE
2024-Dec-16, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00676-1
PMID:39680300
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域识别的稳定性和准确性 | SpatialCVGAE通过结合多个空间图和变分图自编码器（VGAE）学习多个潜在表示，并使用共识聚类方法整合这些结果，从而提高了模型的稳定性和鲁棒性 | NA | 解决空间转录组数据分析中由于数据稀疏和高噪声导致的聚类不稳定问题 | 空间转录组数据的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 变分图自编码器（VGAE） | 空间转录组数据 | NA |
| 358 | 2024-12-17 |
A human forebrain organoid model reveals the essential function of GTF2IRD1-TTR-ERK axis for the neurodevelopmental deficits of Williams syndrome
2024-Dec-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98081
PMID:39671308
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研究论文 | 本文研究了Williams综合征患者前脑类器官模型中GTF2IRD1-TTR-ERK轴对神经发育缺陷的关键作用 | 首次揭示了GTF2IRD1通过调节TTR-ERK通路在前脑类器官和小鼠模型中调控神经发育的关键功能 | 研究主要集中在体外类器官模型和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨Williams综合征神经发育缺陷的分子机制 | Williams综合征患者的前脑类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | Williams综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康对照和Williams综合征类器官的13个细胞集群 |
| 359 | 2024-12-17 |
Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus and combination therapy to activate a cooperative innate-adaptive immunity against cancer
2024-Dec-13, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017
PMID:39674886
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析肿瘤对溶瘤病毒治疗的反应，设计并构建了一种表达五种非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，并探索了其与多种联合疗法的协同作用 | 本文创新性地利用单细胞RNA测序数据指导武装溶瘤病毒的设计，并提出了多药联合疗法的新方法 | 本文主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型进行研究，尚未在临床试验中验证其疗效 | 探索溶瘤病毒治疗癌症的细胞和分子机制，并设计更有效的溶瘤病毒疗法 | 肿瘤对溶瘤病毒治疗的反应、武装溶瘤病毒OV-5A的设计与构建、联合疗法的协同作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统及患者组织切片 |
| 360 | 2024-12-17 |
Spatially resolved single-cell transcriptome analysis of mycosis fungoides reveals distinct biomarkers GNLY and FYB1 compared to psoriasis and chronic spongiotic dermatitis
2024-Dec-13, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681
PMID:39675427
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研究论文 | 通过空间分辨的单细胞转录组分析，研究了蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的诊断标志物 | 首次通过空间分辨的单细胞转录组分析，揭示了蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的差异表达基因，并确定了GNLY和FYB1作为潜在的诊断标志物 | 研究样本量有限，且仅包括了早期蕈样肉芽肿患者，结果的普适性有待进一步验证 | 探索区分蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的诊断标志物 | 蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵状皮炎的表皮内T细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 150名患者，包括56名蕈样肉芽肿患者、48名银屑病患者和46名慢性湿疹患者 |