单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3541	2025-04-01	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jan-20, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过整合后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	需要进一步验证其在更广泛的组织和细胞类型中的适用性	开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和自动化潜力	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
3542	2025-04-01	Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85169-x PMID:39762337	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍	首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因	研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症	探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制	小耳症患者和健康对照者的软骨细胞	数字病理学	小耳症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	小耳症患者和健康对照者的软骨样本
3543	2025-04-01	Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83775-9 PMID:39762272	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化	首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联	研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性	探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制	使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本	数字病理学	妇科疾病	空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化	无监督聚类	基因表达数据、免疫组化图像	来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及）
3544	2025-04-01	Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225415 PMID:38754983	research paper	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究系统性硬化症中内皮细胞的转录因子与血管生成失调的关系	揭示了系统性硬化症内皮细胞的转录和染色质变化，提出ELK4、ERF和ETS1作为治疗血管并发症的新靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究系统性硬化症中内皮细胞转录组和表观基因组的变化及其在血管病变中的作用	系统性硬化症患者和对照的内皮细胞	digital pathology	systemic sclerosis	single-cell RNA sequencing, single-nucleus transposase-accessible chromatin sequencing, immunofluorescent staining, proteomics assay	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data	未明确提及样本数量，但包括对照组和系统性硬化症患者的内皮细胞
3545	2025-04-01	Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae551 PMID:39471412	研究论文	提出了一种名为mclSTExp的多模态对比学习方法，用于利用组织学图像预测空间基因表达	结合Transformer和Densenet-121编码器，通过自注意力机制整合基因表达的空间上下文信息，并利用对比学习融合图像特征，提升了预测性能	未提及具体的技术局限性	开发一种成本效益高的方法，利用H&E染色图像预测空间基因表达，以克服空间转录组技术的高成本问题	乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集中的高度可变基因	数字病理学	乳腺癌, 皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学(ST), 对比学习	Transformer, Densenet-121	图像, 基因表达数据	两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集
3546	2025-04-01	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	研究论文	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序以及空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的预测作用	发现了CD8 Trm和Vδ1 T细胞作为ICB反应的可临床操作的生物标志物，并揭示了它们在MCC中的功能趋同和克隆扩增	样本量虽然较大（n=116），但仍需更多独立队列验证这些发现	识别预测MCC对ICB治疗反应的生物标志物和治疗靶点	默克尔细胞癌（MCC）患者	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116名患者的186个样本，包括14对ICB治疗前后的匹配样本
3547	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易出错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学检测、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	五个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）来自三个生态位（脑、肠、腺体）
3548	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，无需训练数据即可进行细胞注释，并通过多组学分析识别模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和错误率问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析	无监督算法	空间转录组学和蛋白质组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
3549	2025-04-01	Gsα Regulates Macrophage Foam Cell Formation During Atherosclerosis 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323156 PMID:38375634	研究论文	本研究探讨了Gsα在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞泡沫细胞形成的调控作用	揭示了Gsα通过激活cAMP反应元件结合蛋白的转录活性，增加CD36和SR-A1的表达，从而促进脂质摄取和泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Gsα在动脉粥样硬化发展中的具体作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、批量测序、免疫荧光、cAMP测量、骨髓移植、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测	巨噬细胞特异性Gsα敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、影像数据	小鼠模型和人类斑块巨噬细胞样本
3550	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
3551	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠
3552	2025-04-01	Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics 2014-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb4169 PMID:25000927	研究论文	介绍用于原位单细胞转录组学研究的新方法	采用原位测序或从单光激活细胞中捕获mRNA的新技术	NA	开发研究复杂组织中单细胞转录组的新方法	复杂组织中的单细胞	转录组学	NA	RNA-seq	NA	mRNA	NA
3553	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
3554	2025-03-30	Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling 2025-Mar-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03752-8 PMID:40140848	研究论文	本研究通过单细胞测序和预后模型探讨了胶质母细胞瘤中anoikis的作用及其在肿瘤进展和预后中的重要性	利用单细胞测序和机器学习算法构建了anoikis相关基因的预后模型，并验证了关键基因SLC43A3在肿瘤组织中的上调及其与不良预后的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨anoikis在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用	胶质母细胞瘤患者和细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多组数据
3555	2025-03-30	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Mar-25, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同细胞反应，发现了一种与癌症干细胞相似的抗性细胞状态	首次在EBV裂解诱导治疗中识别出具有SOX2和NTRK2高表达的抗性细胞状态，并验证了这些基因在表现癌症干细胞表型中的作用	研究仅使用了NPC43细胞系这一体外模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	探索EBV裂解诱导治疗在鼻咽癌中的细胞异质性反应	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
3556	2025-03-30	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-24, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者
3557	2025-03-30	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-20, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	成功识别并验证了两个与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，可能需要更多独立样本验证生物标志物的普遍性	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物，为疾病早期诊断和治疗干预提供新见解	类风湿性关节炎患者和正常对照样本	生物信息学	类风湿性关节炎	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	RNA-seq数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，验证集使用GSE77298数据集
3558	2025-03-30	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2025-Mar, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	research paper	该研究揭示了放疗抵抗的前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的分子机制	首次发现细胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用，从而促进前列腺癌细胞逃避免疫检测	研究主要基于LNCaP细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	阐明前列腺癌细胞对放疗后免疫检查点阻断抵抗的分子机制	放疗抵抗的前列腺癌细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 免疫共沉淀, 突变分析, Western blotting	小鼠异种移植模型	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	LNCaP细胞系和临床患者样本
3559	2025-03-30	Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407976 PMID:39887656	研究论文	本研究探讨了靶向间皮素（MSLN）如何增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应	发现MSLN表达与肿瘤中细胞毒性T细胞呈负相关，并证明抗MSLN抗体与新抗原肽疫苗联合使用可显著提高T细胞浸润和抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺癌组织中的验证仍需进一步研究	探索提高胰腺癌免疫治疗效果的新策略	胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	多免疫荧光染色、单细胞转录组分析	小鼠皮下和原位胰腺癌模型	组织微阵列数据、单细胞转录组数据	三个数据集和多个组织微阵列样本
3560	2025-03-30	NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410918 PMID:39889249	研究论文	本研究探讨了使用NGR修饰的CAF来源的外泌体靶向肿瘤血管，通过促进自噬依赖性铁死亡来逆转骨肉瘤化疗耐药性的潜力	首次利用NGR修饰的CAF来源的外泌体递送circ_0004872编码的小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药性	NA	克服骨肉瘤化疗耐药性	骨肉瘤细胞	肿瘤治疗	骨肉瘤	单细胞转录组分析、高通量测序	NA	转录组数据	NA