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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3381 | 2025-12-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies a peripheral monocyte subpopulation and its interaction with atrial macrophages via the CCL3-CCR1 axis during atrial remodeling
2025-Dec, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3023-9
PMID:40833709
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3382 | 2025-12-05 |
Transcriptomic Analysis of Skeletal Muscle Systems Comparing Bovines, Humans, and Mice Using scRNA-Seq
2025-Dec, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70035
PMID:41335100
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了牛从产前到产后骨骼肌发育的完整单细胞图谱,并与人类和小鼠的转录组特征进行比较,揭示了物种间骨骼肌系统的进化保守性和特异性差异 | 首次构建了牛骨骼肌发育的全周期单细胞转录组图谱,并进行了跨物种(牛、人、小鼠)的系统性比较分析,识别了发育协调性、细胞异质性和基因调控网络的进化模式 | 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传调控的物种差异;样本覆盖的发育阶段和细胞类型可能仍有未探索的空白 | 探究哺乳动物骨骼肌系统的发育协调性、细胞异质性及进化保守性,通过跨物种比较揭示基因表达和调控网络的物种特异性差异 | 牛、人类和小鼠的骨骼肌组织,涵盖产前到产后的发育阶段 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及牛、人类和小鼠的骨骼肌发育多个阶段 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3383 | 2025-12-05 |
Bacillus amyloliquefaciens orchestrates cell type-specific responses underlying drought tolerance in Arabidopsis
2025-Dec, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70612
PMID:41338235
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了芽孢杆菌Ba13介导的拟南芥叶片细胞类型特异性干旱耐受响应机制 | 首次在单细胞分辨率下解析PGPR介导的植物干旱耐受机制,发现叶片细胞亚群的功能异质性响应 | 研究仅针对拟南芥模型植物,田间实际干旱环境的验证尚需进一步研究 | 探究植物根际促生菌(PGPR)在单细胞水平上增强植物干旱耐受性的分子机制 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)叶片细胞 | 植物生物学 | 非疾病研究(植物胁迫响应) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及接种与未接种Ba13的拟南芥植株在干旱胁迫下的比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3384 | 2025-12-05 |
Dysregulated B Cell Responses in Severe Fever With Thrombocytopenia Syndrome Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70741
PMID:41342291
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和BCR谱分析,揭示了严重发热伴血小板减少综合征患者中B细胞功能失调的免疫代谢机制 | 首次在SFTS患者中整合单细胞RNA测序和BCR谱分析,鉴定出七种转录不同的B细胞亚群,并发现致命病例中CXCR3+Ki-67+CXCR5-卵泡外浆母细胞的扩增与代谢重编程 | 研究样本可能有限,且机制验证主要在体外进行,需要进一步在体实验确认 | 探究SFTSV感染导致B细胞功能失调的免疫代谢机制 | SFTS患者的周围B细胞 | 数字病理学 | 病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序,BCR谱分析,代谢流分析 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3385 | 2025-12-05 |
The PIK3C3/MAPK14 axis drives M1 polarization via autophagy Inhibition to exacerbate Sepsis-Induced acute lung injury
2025-Nov-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27088-5
PMID:41318541
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研究论文 | 本研究揭示了PIK3C3/MAPK14信号轴通过抑制自噬驱动巨噬细胞M1极化,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次通过机器学习转录组分析和多组学整合,鉴定出MAPK14是ALI的核心基因,并揭示了PIK3C3与MAPK14之间的高亲和力相互作用及其通过调控自噬影响巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要基于体外实验和计算模拟,缺乏体内动物模型的直接验证,且临床样本量有限 | 阐明脓毒症诱导的急性肺损伤中巨噬细胞自噬失调的分子机制 | 巨噬细胞、急性肺损伤组织 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 机器学习转录组分析、单细胞测序、多组学整合、分子对接、动力学模拟、Western Blot、RT-qPCR、流式细胞术、ELISA、RNA pull-down | 机器学习模型(具体类型未指定) | 转录组数据、单细胞测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3386 | 2025-12-05 |
Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Cellular Plasticity is Linked with Repeat Element Dysregulation
2025-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632658
PMID:41332753
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,结合定制重复元件探针,探讨了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的组织学亚型、重复元件失调与不同细胞群分子谱之间的关系 | 首次在IPMN中应用单细胞空间分子成像技术,揭示了从胃型向肠型和胰胆型分支的细胞状态可塑性连续体,并发现重复元件表达与高级别异型增生相关 | 样本量相对较小(18例患者),且仅针对手术切除的IPMN病变进行分析,可能无法完全代表所有临床情况 | 探究IPMN组织学亚型、重复元件失调与分子特征之间的关联,以理解其进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)的52个病变样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞空间分子成像,重复元件表达分析 | NA | 空间转录组数据,单细胞成像数据 | 52个病变样本来自18例患者 | NA | 空间转录组学,单细胞空间分子成像 | GeoMx, CosMx | GeoMx用于全转录组空间分析,CosMx用于单细胞空间分子成像,均使用LINE1、HSATII、HERVK和HERVH重复元件探针 |
| 3387 | 2025-12-05 |
Genetic dissection of microglia cannibalism reveals an IL10 signaling axis controls microglia lifespan
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689277
PMID:41332758
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研究论文 | 本研究通过大规模CRISPR筛选揭示了IL10信号轴如何通过调控溶酶体酸化来控制小胶质细胞的寿命和同类相食行为 | 首次在小胶质细胞中鉴定出IL10信号通路通过溶酶体酸化调控细胞寿命的机制,并提出了坏死性凋亡-同类相食过程作为小胶质细胞更新的质量控制机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,虽然在小鼠中进行了验证,但人类小胶质细胞中的机制仍需进一步探索 | 探究小胶质细胞在清除细胞碎片后命运调控的遗传机制 | 斑马鱼和小鼠的小胶质细胞 | 神经免疫学 | NA | CRISPR筛选、单细胞RNA测序、机器人共聚焦显微镜 | NA | 基因表达数据、显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3388 | 2025-12-05 |
CDH3 as a Novel Therapeutic Target in Basal-like Double-Negative Prostate Cancer
2025-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.18.689150
PMID:41332717
|
研究论文 | 本研究探讨了CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估了针对CDH3的抗体药物偶联物和CAR T细胞治疗策略 | 首次将CDH3识别为基底样前列腺癌的关键标志物和功能驱动因子,并开发了针对CDH3的ADC和CAR T细胞疗法,展示了在临床前模型中的显著疗效 | 研究主要基于小鼠模型和临床前实验,尚未在人类临床试验中验证,且样本量有限 | 阐明CDH3在基底样前列腺癌中的作用,并评估CDH3靶向治疗策略的潜力 | 基底样(双阴性)前列腺癌 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、抗体药物偶联物和CAR T细胞技术 | 基因工程小鼠模型、异种移植模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠前列腺癌模型和人类前列腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3389 | 2025-12-05 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508358
PMID:40948400
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法,用于整合基因表达谱与空间位置信息 | 首次在空间转录组学分析中系统性地整合了多尺度细胞-细胞相互作用,并结合了多尺度拓扑表示与前沿空间深度学习技术 | NA | 开发一种能够捕捉多尺度细胞-细胞相互作用的空间转录组学分析方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习技术 | 空间转录组学数据 | 37个基准空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3390 | 2025-12-05 |
Decipherment of disulfidptosis-related mutation profile, chemosensitivity, and prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025-Nov, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02571-8
PMID:40824493
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研究论文 | 本研究通过分析弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其他多种肿瘤的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据,探索了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达谱、突变特征及其与预后和化疗敏感性的关联,并构建了一个新的DRGs风险评分模型 | 首次在DLBCL中系统研究了二硫键死亡相关基因(DRGs)的表达、突变及其临床意义,并构建了一个新的DRGs风险评分模型,该模型在DLBCL及泛癌分析中显示出良好的预后预测和化疗敏感性评估价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证DRGs评分模型的临床应用价值 | 探索二硫键死亡相关基因(DRGs)在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的表达、突变特征及其与患者预后、化疗敏感性的关系 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者及其他30种肿瘤类型的转录组、体细胞突变和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 转录组测序,单细胞RNA测序(scRNA-seq),体细胞突变分析,分子对接分析 | 风险评分模型 | 转录组数据,突变数据,单细胞RNA测序数据 | 涉及DLBCL患者及30种肿瘤类型的转录组和突变数据,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3391 | 2025-12-05 |
Adenylate Uridylate- (AU-) Rich Element Gene-Based Prognostic Signature and Molecular Subtypes of Prostate Adenocarcinoma: Implications for Prognosis and Immune Microenvironment
2025-Nov, Archivos espanoles de urologia
IF:0.6Q4
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研究论文 | 本研究基于腺苷酸尿苷酸富集元件基因构建了一个前列腺腺癌的预后特征和分子亚型,用于预测预后和反映免疫微环境特征 | 首次利用AREGs基因(ACSM3、ACTG2、DES)构建前列腺腺癌的预后模型,并关联免疫微环境分析 | 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,实验验证仅限于qRT-PCR,缺乏更深入的体内外功能验证 | 开发前列腺腺癌的预后预测模型并探索其与免疫微环境的关系 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 加权基因共表达网络分析、Cox回归、LASSO正则化、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞转录组学、qRT-PCR | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 基于公共PRAD数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3392 | 2025-12-05 |
Video - Visual Integration of Drosophila Enhancer Organization: A tool for integrating and visualizing chromatin accessibility, in vivo transcription factor binding and motif occurrence in tissue-specific differentially expressed genes
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684897
PMID:41279708
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研究论文 | 本文介绍了一个名为VIDEO的基于网络的分析工具,用于整合和可视化果蝇增强子组织中染色质可及性、转录因子结合及基序出现情况 | 开发了一个交互式工具,允许研究人员在组织特异性背景下探索转录因子结合基序如何与转录活性和染色质可及性相交 | NA | 开发一个工具以促进对组织特异性差异表达基因调控机制的理解 | 果蝇增强子组织、组织特异性差异表达基因 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 原位杂交, 微阵列, scRNA-seq | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 3393 | 2025-12-05 |
BASIN: Bayesian mAtrix variate normal model with Spatial and sparsIty priors in Non-negative deconvolution
2025-Oct-24, ArXiv
PMID:41281239
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研究论文 | 本文提出了一种名为BASIN的贝叶斯矩阵变量正态模型,用于空间转录组学中的细胞类型反卷积,通过结合空间和稀疏性先验来提高反卷积的准确性和效率 | BASIN首次将矩阵变量贝叶斯非负矩阵分解方法应用于细胞类型反卷积,通过保持变量矩阵形式推导更高效的矩阵正态后验,并提供不确定性量化 | 未明确说明模型在复杂组织或高噪声数据中的泛化能力,以及计算效率在大规模数据集上的具体表现 | 开发一种新的细胞类型反卷积方法,以从空间转录组学数据中推断细胞组成 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3394 | 2025-12-05 |
Sepsis Induces Age- and Sex-Specific Chromatin Remodeling in Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.656229
PMID:41279791
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研究论文 | 本研究利用单分子表观遗传学技术揭示了脓毒症后骨髓源性抑制细胞(MDSCs)中与年龄和性别相关的染色质重塑机制 | 首次使用MAPit-FENGC单分子技术同时分析DNA甲基化和染色质可及性,构建了脓毒症后MDSCs的高分辨率表观遗传图谱,并揭示了年龄和性别特异性的染色质动态变化 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证;样本量相对有限 | 阐明脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制 | 骨髓源性抑制细胞(MDSCs) | 表观遗传学 | 脓毒症 | MAPit-FENGC(单分子DNA甲基化和染色质可及性分析),单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 表观遗传数据,转录组数据 | 年轻和年老成年雄性和雌性小鼠的脾脏MDSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3395 | 2025-12-05 |
A lifespan transcriptomic atlas of the human prefrontal cortex at single-cell resolution
2025-Oct-06, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.11.06.24316592
PMID:41282859
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研究论文 | 本研究构建了人类背外侧前额叶皮层(DLPFC)的首个跨生命周期的单细胞核转录组图谱,揭示了其细胞和分子程序随年龄变化的动态规律 | 首次构建了覆盖人类完整生命周期(0-97岁)的DLPFC单细胞核转录组图谱,识别了三个不同的转录组阶段和十种年龄相关轨迹,并发现了成年晚期神经元核心生物钟节律丧失与胶质细胞应激适应性节律出现的新现象 | 研究基于死后样本,可能无法完全反映活体组织的动态过程;样本量虽大但个体差异可能影响部分结论的普适性 | 绘制人类前额叶皮层跨生命周期的细胞和分子图谱,以理解大脑发育、衰老及疾病易感性的基础 | 人类背外侧前额叶皮层(DLPFC) | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞核RNA测序,空间转录组学 | 非线性建模,伪时间分析 | 转录组数据,空间基因表达数据 | 284例死后样本,超过130万个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 3396 | 2025-12-05 |
Acellular Tissue Engineered Vessels as Coronary Artery Bypass Grafts
2025-Oct, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2025.101379
PMID:40939573
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研究论文 | 本研究评估了一种小直径脱细胞组织工程血管作为冠状动脉旁路移植术替代移植物的可行性和耐久性 | 首次在灵长类动物模型中评估小直径脱细胞组织工程血管作为冠状动脉旁路移植术替代移植物的长期性能,并利用空间转录组学揭示了宿主细胞浸润对血管重塑的调控机制 | 研究样本量较小(n=5),仅评估了6个月的短期效果,未与传统自体血管进行直接比较 | 开发冠状动脉旁路移植术的替代血管移植物 | 成年狒狒的冠状动脉系统 | 组织工程 | 心血管疾病 | 空间转录组学,计算机断层扫描血管造影 | NA | 影像数据,基因表达数据,组织学数据 | 5只成年狒狒 | NA | NA | NA | NA |
| 3397 | 2025-12-05 |
Airway Epithelial Heterogeneity and Mucus Plugging in Asthmatic Bronchioles
2025-Sep-23, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
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研究论文 | 本研究探讨了哮喘患者细支气管上皮异质性与黏液栓形成的关系,揭示了MUC5AC高表达细胞微环境在T2炎症驱动的上皮重塑中的作用 | 首次在哮喘细支气管中识别出MUC5AC高表达的异质性细胞微环境,并发现其独立于免疫细胞定位,为理解哮喘细支气管疾病的分子病理生理学提供了新视角 | 研究样本主要来自严重和致命性哮喘患者,可能无法代表所有哮喘亚型;体外培养模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 验证哮喘细支气管上皮生物学紊乱导致MUC5AC主导的黏液栓形成的假说 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织,以及分离的细支气管和支气管基底细胞 | 空间转录组学 | 哮喘 | 组织学、RNA原位杂交、免疫组织化学、细胞培养、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3398 | 2025-12-05 |
A multimodal atlas of COVID-19 severity identifies hallmarks of dysregulated immunity
2025-Sep-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.09.19.25334095
PMID:41332837
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析,构建了COVID-19严重程度的多模态图谱,揭示了失调免疫的关键特征 | 首次在单细胞分辨率下整合了多种数据类型,包括单细胞RNA-seq、CITE-seq、TCR/BCR测序等,全面解析了COVID-19严重程度的生物学特征,并明确了托珠单抗治疗对免疫细胞特征的影响 | 研究主要基于急性感染期和恢复期患者,对长期后遗症(如慢性COVID综合征)的免疫机制探索仍有限 | 研究COVID-19严重程度与宿主免疫反应的关系,特别是托珠单抗治疗对免疫特征的影响 | 428名COVID-19患者,涵盖急性感染、托珠单抗治疗试验和恢复期三个队列 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq, CITE-seq, TCR/BCR测序, 病毒载量测量, 病毒中和试验, 自身抗体检测, HLA基因分型, 血清蛋白质组学 | 线性模型 | 单细胞多组学数据, 临床元数据 | 428名患者的840个PBMC样本,共250万个循环免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3399 | 2025-12-05 |
Direct oHSV Infection Induces DC Maturation and a Tumor Therapeutic Response
2025-Aug-19, Viruses
DOI:10.3390/v17081134
PMID:40872847
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研究论文 | 本文探讨了溶瘤性单纯疱疹病毒直接感染树突状细胞如何促进其成熟并增强抗肿瘤免疫反应 | 揭示了oHSV直接感染DC而非仅通过肿瘤细胞感染来激活抗肿瘤免疫的新机制,为癌症免疫治疗提供了新视角 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人体中进行验证,且oHSV感染DC为流产性感染,其长期效果和安全性需进一步评估 | 探究溶瘤性单纯疱疹病毒通过直接感染树突状细胞增强抗肿瘤免疫治疗的机制 | 溶瘤性单纯疱疹病毒、树突状细胞、CT-2A胶质瘤细胞、T细胞 | 免疫治疗 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3400 | 2025-12-05 |
Identification of Novel Lactylation-Related Biomarkers for COPD Diagnosis Through Machine Learning and Experimental Validation
2025-Aug-18, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13082006
PMID:40868258
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研究论文 | 本研究通过机器学习筛选和实验验证,鉴定出CBR1和PRDX1作为与乳酸化相关的慢性阻塞性肺疾病诊断生物标志物 | 首次将乳酸化修饰与COPD诊断生物标志物发现相结合,并采用多算法集成筛选与单细胞转录组学分析进行验证 | 研究主要基于公共数据集和体外CSE诱导模型,需要在更大临床队列和体内模型中进一步验证 | 鉴定COPD中临床相关的乳酸化相关生物标志物并探究其在疾病发病机制中的潜在作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者基因表达数据、香烟烟雾提取物诱导的COPD细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫荧光 | LASSO回归、支持向量机递归特征消除、加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 来自GSE21359和GSE76925数据集的COPD患者样本,以及GSE173896单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |