单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-16	Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing 2025-Mar-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93584-3 PMID:40128571	研究论文	通过单细胞和外来体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在LSCC进展中的作用	首次揭示了PPIF在Macrophage-C1-C1QC细胞中的上调与其抗炎表型增强及F11R-F11R信号传导促进的关系，为LSCC的治疗提供了新的潜在靶点	研究未涉及PPIF在LSCC中的具体作用机制，需要进一步的实验验证	研究LSCC肿瘤微环境中的细胞异质性及其在LSCC进展中的作用	喉鳞状细胞癌(LSCC)组织和肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序, 外来体RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
322	2025-05-16	Prognostic and immunological implications of protein kinases in gastric cancer: a focus on hub gene ABL2 and its impact on the polarization of M2 macrophages 2025-Mar-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00636-9 PMID:40128818	research paper	该研究通过分析胃癌患者的蛋白激酶转录谱，发现了一种新的分子亚型，并构建了一个基于差异表达激酶基因的预后模型，探讨了ABL2基因在M2巨噬细胞极化中的作用	首次基于差异表达激酶基因构建了胃癌预后模型，并发现ABL2基因在调控M2巨噬细胞极化中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探索蛋白激酶在胃癌中的预后价值和免疫调节机制	胃癌患者和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	胃癌	转录组测序、scRNA-seq分析、TIMER算法、体外实验	机器学习算法组合构建的DE-KGsM模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自GEO和TCGA数据库的胃癌患者样本
323	2025-05-16	Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation 2025-Mar-24, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02074-1 PMID:40128912	研究论文	该研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素（CMC）通过肠道菌群失调和短链脂肪酸减少加剧急性胰腺炎（AP）的机制，并提出了可能的缓解策略	首次揭示了CMC通过肠道菌群失调和单核细胞活化加剧AP的机制，并提出Akkermansia muciniphila或丁酸盐补充作为潜在治疗途径	研究主要在动物模型中进行，人类数据仅涉及相关性分析	探究CMC对急性胰腺炎的影响及其机制	C57BL/6小鼠和AP患者	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植（FMT）	动物模型（小鼠）	分子免疫参数、微生物组数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量，包含AP患者样本
324	2025-05-16	Enhancing TREM2 expression activates microglia and modestly mitigates tau pathology and neurodegeneration 2025-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03420-8 PMID:40122810	research paper	该研究探讨了TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用，并评估了增强TREM2表达对微胶质细胞激活的影响	研究发现增强TREM2-WT表达可适度降低可溶性磷酸化tau蛋白水平并轻微保护神经元完整性，而TREM2-R47H过表达则表现出功能丧失表型	研究仅使用了PS19 tauopathy小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究TREM2在tau病理和神经退行性变中的作用及其作为治疗靶点的潜力	PS19 tauopathy小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	PS19 tauopathy小鼠模型	RNA测序数据	NA
325	2025-05-16	NCKAP1 Inhibits the Progression of Renal Carcinoma via Modulating Immune Responses and the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway 2025-Mar-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062813 PMID:40141455	研究论文	本研究探讨了NCKAP1在肾癌中的免疫调节和肿瘤进展中的具体作用	首次揭示了NCKAP1通过调节免疫反应和PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌进展的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NCKAP1在肾癌中的功能及其作为预测标志物和治疗靶点的潜力	肾癌患者样本和769P肾癌细胞系	癌症研究	肾癌	RNA测序、ssGSEA、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析	NA	基因表达数据、单细胞数据	多种癌症类型的患者样本和769P细胞系
326	2025-05-16	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群体，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	揭示了TRIM21在轻度COVID-19患者髓系细胞中的上调表达及其通过蛋白酶体途径减少病毒载量的潜在保护机制	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在病毒感染中的作用	健康人群和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含健康人群、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类
327	2025-05-16	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	首次构建了基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并揭示了其与免疫特征、药物敏感性和单细胞特征的关联	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌预后和治疗中的作用	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序）	CFRG评分模型、PCA、WGCNA	基因表达数据	未明确说明样本数量
328	2025-05-16	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该文章探讨了γδT细胞在多种肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	利用高通量单细胞测序和空间转录组学揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的功能多样性和调控机制，探索其治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、非酒精性脂肪肝病、酒精性肝病、肝纤维化、自身免疫性肝病和肝细胞癌）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	单细胞测序数据、转录组数据	NA
329	2025-05-16	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面调查了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	识别了基底细胞分化的两条不同路径，并揭示了衰老过程中IFI27细胞比例的增加及其炎症和免疫调节信号的活跃性	NA	揭示皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新的诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学研究	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
330	2025-05-16	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他哺乳动物的骨再生过程	探究哺乳动物中唯一可完全再生骨组织（鹿角）的快速成骨分子机制	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的细胞类型及其分子特征	单细胞组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	NA	基因表达数据	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的多种细胞类型（8种主要细胞类型及其亚群）
331	2025-05-16	Novel cell-to-cell communications between macrophages and fibroblasts regulate obesity-induced adipose tissue fibrosis 2025-03-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞与成纤维细胞之间的细胞间通讯如何调节肥胖诱导的脂肪组织纤维化	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群，并揭示了其通过分泌Osm调节脂肪组织纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖条件下脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
332	2025-05-16	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	探讨外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
333	2025-05-16	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-Mar-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	研究论文	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并提出了GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、质谱数据、图像数据	使用PDPN大鼠模型
334	2025-05-16	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了与T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌的肿瘤免疫微环境调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了该模型与免疫治疗效果的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立的外部验证	预测胰腺腺癌患者的预后和免疫治疗效果	胰腺腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
335	2025-05-16	scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf128 PMID:40131310	研究论文	提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，该方法结合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，以提高聚类的鲁棒性和泛化能力	scSAMAC方法通过基因特征显著性调整构建掩码模块，选择对聚类阶段更具影响力的特征，并模拟数据缺失事件，同时开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新损失函数，以充分利用数据信息并提高聚类性能	NA	提高单细胞数据的聚类性能，以便更好地分析下游所需的清晰细胞类型	单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	NA
336	2025-05-16	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成了人类角膜缘的空间图谱，并揭示了角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制了人类角膜缘的空间转录组图谱，并发现GPHB5可能作为LESCs的新型潜在生物标志物	样本量相对较小，仅分析了每个样本中的400多个位点	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
337	2025-05-16	A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer 2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70188 PMID:40129060	研究论文	本研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的潜在作用	首次详细描述了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系	EPHX2在不同类型癌症中的保护或有害作用机制尚不完全清楚	详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其与肿瘤免疫微环境的潜在关系	环氧水解酶2（EPHX2）及其在人类恶性肿瘤中的表达和作用	生物信息学	泛癌	基因集变异分析（GSVA）、qPCR实验、单细胞测序	NA	基因表达数据、免疫治疗数据、药物敏感性数据	33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证
338	2025-05-16	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学孟德尔随机化分析和体外实验验证，鉴定出与基底细胞癌风险相关的基因RCC2	首次通过多组学孟德尔随机化分析结合体外实验验证，发现RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并证实抑制RCC2可抑制A431细胞增殖	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内动物模型验证	鉴定基底细胞癌的新型风险基因并探索其治疗潜力	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	基底细胞癌	孟德尔随机化分析、eQTL/mQTL/pQTL分析、转录组分析、siRNA转染	NA	多组学数据（基因组、表观组、转录组）和细胞实验数据	GEO数据库转录组数据和A431细胞系
339	2025-05-16	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	研究论文	本研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并发现IGF1R作为保护因子和潜在治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了尿酸与MG的关联，并确定IGF1R作为关键蛋白及其在MG中的保护作用机制	研究主要基于公共数据库和单中心患者数据，可能需要更多独立队列验证	探究尿酸与重症肌无力的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化(MR)、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库(TCGA/GEO)数据及单中心患者数据
340	2025-05-16	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	CellGAT首次整合了配体-受体对基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合体数据和实验验证的通路信息，利用节点嵌入算法和图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确提及具体局限性	开发一种更准确的细胞间通讯预测方法	多细胞生物中的细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	未明确提及具体样本量