单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-12-18	Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells 2024-06-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06419-8 PMID:38890483	研究论文	本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性	研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞	探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本
322	2024-12-18	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis 2024-06-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06409-w PMID:38879692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍	本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制	本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序	NA	RNA序列，微生物群数据	多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本
323	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中单细胞调控结构中的性别差异，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	首次通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序等技术，揭示了性别在β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的差异，特别是性染色体和常染色体基因表达的差异	研究样本量相对较小，且仅限于特定种族和性别的捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异在人类胰腺胰岛调控和功能中的作用，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	人类胰腺胰岛中的β细胞功能和2型糖尿病发病机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	52名捐赠者（包括37名来自人类胰腺分析计划[HPAP]数据集的捐赠者）
324	2024-12-18	Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung 2024-05-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06369-1 PMID:38816547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性	研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程	揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变	陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一种陆生蛙的肺组织样本
325	2024-12-18	SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics 2024-05-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06349-5 PMID:38796505	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别	SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息	NA	开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具	空间转录组学中的点反卷积和域识别	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试
326	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2024-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06315-1 PMID:38773256	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较	揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较	数字病理学	NA	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本
327	2024-12-18	Midkine promotes renal fibrosis by stabilizing C/EBPβ to facilitate endothelial-mesenchymal transition 2024-05-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06154-0 PMID:38714800	研究论文	研究探讨了Midkine通过稳定C/EBPβ促进内皮细胞向间充质细胞转化的机制，从而促进肾纤维化	首次揭示了Midkine在TGF-β诱导的内皮细胞向间充质细胞转化过程中的作用，并阐明了其通过稳定C/EBPβ促进这一过程的分子机制	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏对临床样本的直接验证	探讨Midkine在肾纤维化中的作用及其分子机制	内皮细胞、间充质细胞、肾纤维化	NA	肾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
328	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
329	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585657 PMID:38562799	研究论文	研究揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌中，髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次发现化疗通过髓系网络中的巨噬细胞延长抗原呈递，导致CD8+ T细胞的空间性重分布和耗竭，并提出了通过免疫检查点阻断与化疗结合来增强CD8+ T细胞活性的新策略	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，且样本量相对较小，可能限制了结果的普适性	揭示化疗对肿瘤微环境的时空重塑效应，并探索新的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本及其化疗前后的免疫细胞状态	NA	卵巢癌	单细胞和空间分析	NA	单细胞和空间转录组数据	97个高级别浆液性卵巢癌样本
330	2024-12-18	A novel PCDscore based on programmed cell death-related genes can effectively predict prognosis and therapy responses of colon adenocarcinoma 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107933 PMID:38217978	研究论文	本研究基于程序性细胞死亡相关基因，开发了一种新的PCDscore评分系统，用于预测结肠腺癌的预后和治疗反应	首次综合分析了所有已知的程序性细胞死亡相关基因，建立了PCDscore评分系统，并验证了其在结肠腺癌预后和治疗反应预测中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	开发一种新的评分系统，用于预测结肠腺癌患者的预后和治疗反应	结肠腺癌患者的预后和治疗反应	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA-COAD、GSE17538和GSE39582队列的数据，包括2013-2017年和2018-2019年的结直肠癌样本
331	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
332	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
333	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集
334	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集
335	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals the metabolic status of immune cells response to immunotherapy in triple-negative breast cancer 2024-02, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107926 PMID:38183706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中免疫细胞对免疫检查点阻断疗法的代谢状态及其与治疗反应的关系	本研究开发了一种分析流程，揭示了与免疫检查点阻断疗法结果相关的代谢异质性，并识别了非应答者富集的代谢亚亚型	本研究主要集中在三阴性乳腺癌中的免疫细胞代谢机制，未涵盖其他癌症类型或其他免疫疗法	阐明三阴性乳腺癌中免疫检查点阻断疗法非应答的代谢机制	三阴性乳腺癌中的免疫细胞及其代谢状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
336	2024-12-18	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本文提出了一种使用负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗原结合预测的准确性	本文创新性地使用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行聚类，以区分信号和噪声成分	尽管该方法在不同样本中表现出改进的预测效果，但数据大小和噪声结构的差异仍然存在	提高LIBRA-seq数据中抗原特异性B细胞的识别能力，并为基于机器学习的抗体发现提供更可靠的数据集	单细胞B细胞受体测序数据（如LIBRA-seq）中的噪声识别	机器学习	NA	单细胞测序	负二项混合模型	序列数据	九个供体的LIBRA-seq实验数据
337	2024-12-18	Decoding the molecular pathways governing trophoblast migration and placental development; a literature review 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1486608 PMID:39665023	综述	本文深入分析了调控滋养层迁移和胎盘发育的关键信号通路，并探讨了新兴技术在胎盘生物学研究中的应用	本文介绍了新兴技术如滋养层类器官、单细胞RNA测序和胎盘芯片模型，这些工具有望推动对胎盘生物学的理解并开发新的干预措施	本文为综述性文章，未提供新的实验数据或研究结果	探讨调控滋养层迁移和胎盘发育的分子机制，并评估新兴技术在改善妊娠结局中的潜力	滋养层迁移、胎盘发育及相关妊娠并发症	NA	妊娠并发症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
338	2024-12-18	Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1493673 PMID:39676867	研究论文	本文研究了成纤维细胞生长因子受体（FGFR）风险特征在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	首次揭示了FGFR风险特征在CRC患者中的预后预测能力和对免疫治疗的抵抗作用，并发现PHA-793887可能作为潜在的FGFR风险特征抑制剂	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨FGFR风险特征在结直肠癌患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	结直肠癌患者的FGFR风险特征及其对预后和免疫治疗的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、机器学习技术、基因集富集分析（GSEA）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、流式细胞术	NA	RNA序列数据	包括CRC患者的单细胞和bulk RNA测序数据，以及MC38小鼠肿瘤模型
339	2024-12-18	Direct and indirect RANK and CD40 signaling regulate the maintenance of thymic epithelial cell frequency and properties in the adult thymus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500908 PMID:39676866	研究论文	研究探讨了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞（TECs）维持的作用	首次揭示了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞的直接和间接作用，并阐明了其对TEC祖细胞和皮质TEC基因表达的间接影响	研究主要集中在体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞维持的分子机制	胸腺髓质上皮细胞（mTECs）及其祖细胞	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
340	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals FGF12 as a prognostic biomarker in low-grade endometrial stromal sarcoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1513076 PMID:39676856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了FGF12作为低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞转录组分析识别出与低级别子宫内膜间质肉瘤预后相关的肿瘤细胞亚群，并发现FGF12基因的高表达与患者生存期缩短显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	识别低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物，以改善患者分层和指导治疗策略	低级别子宫内膜间质肉瘤的肿瘤微环境及预后相关基因	数字病理学	子宫内膜间质肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确具体样本数量