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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3301 | 2025-12-06 |
Spatial omics: applications and utility in profiling the tumor microenvironment
2025-Dec-02, Cancer metastasis reviews
DOI:10.1007/s10555-025-10304-z
PMID:41331191
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综述 | 本文综述了空间组学技术在生物医学研究中的应用,特别关注其在肿瘤微环境分析中的效用 | 空间组学技术能够保留组织空间结构,直接映射分子信息到组织学结构,为肿瘤微环境提供前所未有的详细表征 | NA | 概述空间组学技术现状及其在癌症研究中的应用,推动精准肿瘤学发展 | 肿瘤微环境,包括空间异质性、免疫细胞浸润模式及肿瘤进展与治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因和蛋白表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3302 | 2025-12-06 |
SPICEiST: subcellular RNA pattern enhances cell clustering of imaging-based spatial transcriptomics
2025-Dec-02, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00056-1
PMID:41331495
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPICEiST的图自编码器框架,通过整合亚细胞转录分布模式和细胞级基因表达谱,以增强成像空间转录组学中的细胞聚类性能 | SPICEiST首次将亚细胞RNA分布模式与细胞级基因表达结合,用于提升成像空间转录组学的细胞聚类准确性,特别是在小基因面板情况下 | 研究主要针对癌症数据集,且在小基因面板(约300个基因)中效果更显著,对于大基因面板(超过一千个基因)的改进相对有限 | 旨在克服成像空间转录组学中因小基因面板和细胞分割挑战导致的细胞聚类限制 | 多个癌症数据集中的细胞,基于成像空间转录组学技术 | 空间转录组学 | 癌症 | 成像空间转录组学 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | 多个癌症数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 成像空间转录组学 | NA | NA |
| 3303 | 2025-12-06 |
Genome-wide identification of the PLD gene family and its response to multiple abiotic stresses in soybean (Glycine max)
2025-Dec-02, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-025-07713-1
PMID:41331918
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研究论文 | 本研究对大豆中的磷脂酶D(PLD)基因家族进行了全基因组鉴定,并分析了其在多种非生物胁迫下的响应机制 | 首次在大豆中系统鉴定了25个GmPLD基因,包括两个新发现的φ亚型(GmPLDφ1/2),并通过单细胞RNA-seq揭示了其空间表达异质性,同时通过单倍型分析鉴定了与磷效率相关的优势单倍型 | 研究主要基于生物信息学分析和表达谱数据,功能验证实验相对有限,且对PLD基因在具体胁迫信号通路中的分子机制尚未深入探讨 | 系统解析大豆PLD基因家族的结构特征、表达模式及其在非生物胁迫响应中的功能 | 大豆(Glycine max)中的磷脂酶D(PLD)基因家族 | 植物分子生物学 | NA | 全基因组鉴定、系统发育分析、表达谱分析、单细胞RNA-seq、单倍型分析、酶活性验证 | NA | 基因组序列数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据 | 基于大豆基因组数据,涉及25个GmPLD基因;表达分析涵盖多种组织和非生物胁迫条件 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3304 | 2025-12-06 |
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Dec, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537
PMID:40976482
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研究论文 | 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的细胞成熟与发育动态模型,作为Waddington景观的扩展 | 首次在Waddington景观框架中整合细胞间通讯机制,通过偏微分方程与常微分方程耦合系统描述细胞状态依赖的配体产生与群体动态 | 模型验证主要基于单细胞转录组数据,尚未在更多实验体系或体内环境中进行广泛验证 | 建立包含细胞间通讯的细胞发育数学模型,更准确描述生物恢复过程 | 细胞成熟与发育过程,重点关注肠道隐窝干细胞再生和免疫细胞对LSP刺激的响应 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学分析 | 偏微分方程与常微分方程耦合系统 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3305 | 2025-12-06 |
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
PMID:41162753
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研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型(SASP)的关联 | 首次在体内系统比较了p21和p16作为衰老标志物的表达异质性,并发现它们在不同细胞类型和组织中缺乏共表达,且具有独立的轨迹动态 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的个体角色及其与SASP的关系 | 人类和小鼠衰老组织中的细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA velocity分析、伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 多个数据集,涵盖人类和小鼠的多种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3306 | 2025-12-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune response dynamics and infection mechanisms in PRRSV-infected porcine alveolar macrophages
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148719
PMID:41192717
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞的免疫应答动态和感染机制 | 首次在单细胞水平上揭示了PRRSV感染过程中猪肺泡巨噬细胞的转录异质性,并发现了CD16受体在病毒进入中的作用以及SPP1蛋白的抗病毒功能 | 研究基于体外感染模型,可能无法完全反映体内复杂环境;样本规模未明确说明,可能影响统计效力 | 探究PRRSV感染过程中宿主细胞的免疫应答机制和病毒感染动力学 | PRRSV感染的猪肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 猪繁殖与呼吸综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3307 | 2025-12-06 |
Endothelial septin 4 reduction contributes to lipopolysaccharide-induced acute lung injury by disrupting endothelial barrier integrity and promoting infiltration of ISG+ cells
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148790
PMID:41207585
|
研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞特异性SEPT4在脂多糖诱导的急性肺损伤中的作用机制 | 首次揭示了SEPT4在内皮屏障完整性中的关键作用及其缺失如何通过促进ISG+细胞浸润加剧急性肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证有限;机制研究尚未完全阐明SEPT4调控细胞骨架的具体分子通路 | 阐明内皮特异性SEPTs在急性肺损伤中的功能和分子机制 | 小鼠肺组织、内皮细胞、成纤维细胞 | 分子病理学 | 急性肺损伤 | scRNA-seq、条件性基因敲除、组织病理学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、组织切片图像、蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了基因敲除小鼠模型和scRNA-seq数据分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3308 | 2025-12-06 |
SIRT1 inhibits ferroptosis of granulosa cells in polycystic ovarian syndrome
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148931
PMID:41237881
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析与实验验证,探讨了铁死亡相关基因在PCOS中的作用,并发现SIRT1通过Nrf2去乙酰化抑制颗粒细胞铁死亡 | 首次将SIRT1与PCOS中的铁死亡联系起来,并通过scRNA-seq和分子对接揭示了SIRT1-Nrf2相互作用机制 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏大规模临床样本验证 | 探究铁死亡在PCOS发病机制中的作用,并寻找潜在治疗靶点 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | scRNA-seq, 分子对接, 免疫共沉淀 | 机器学习 | 基因表达数据 | 基于GEO数据集的PCOS与对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3309 | 2025-12-06 |
ATP6V1E1 and NDUFB5 identified as potential biomarkers for Alzheimer's disease through integrative analysis
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148733
PMID:41242442
|
研究论文 | 本研究通过整合分析阿尔茨海默病(AD)患者颞叶和外周血样本的差异表达基因,识别出ATP6V1E1和NDUFB5作为关键基因和潜在的AD风险因素,并验证了其诊断性能及在AD小鼠模型中的表达下调与病理相关性 | 首次通过整合分析识别ATP6V1E1和NDUFB5作为AD的潜在生物标志物,并揭示其在微胶质细胞中的表达与线粒体复合物I和V-ATP酶亚基的系统性下调,提示线粒体和溶酶体系统协同功能障碍在AD发病机制中的作用 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的直接验证,且未深入探讨这些基因作为治疗靶点的具体机制 | 识别与氧化磷酸化(OXPHOS)相关的AD生物标志物,以用于早期干预 | 阿尔茨海默病(AD)患者样本(颞叶和外周血)及AD小鼠模型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、多变量逻辑回归、LASSO回归 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | AD患者颞叶和外周血样本(具体数量未明确),两个独立队列验证,AD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3310 | 2025-12-06 |
Eosinophils enhance granuloma-mediated control of persistent Salmonella infection in mice
2025-Dec, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-025-02187-1
PMID:41272146
|
研究论文 | 本文通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续感染中的宿主保护作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性招募和活化,在肉芽肿中调节巨噬细胞极化并限制沙门氏菌的利用 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究嗜酸性粒细胞在沙门氏菌持续感染控制中的作用机制 | 感染鼠伤寒沙门氏菌的小鼠模型,特别是肠系膜淋巴结中的肉芽肿 | 免疫学 | 沙门氏菌感染 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3311 | 2025-12-06 |
SUV39H2 is a vulnerability in glioblastoma stem cells enhanced by co-targeting SUV39H1
2025-Dec, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2025.2568366
PMID:41047764
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研究论文 | 本研究探讨了SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,并评估了同时靶向SUV39H2和SUV39H1对破坏干细胞维持的效果 | 发现SUV39H2是胶质母细胞瘤干细胞的新调控因子,且同时靶向SUV39H2和SUV39H1能更有效地破坏干细胞维持 | NA | 研究SUV39H2在胶质母细胞瘤干细胞中的作用,并评估同时靶向SUV39H2和SUV39H1的治疗潜力 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, western blot | NA | RNA-seq数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3312 | 2025-12-06 |
Human neural stem cell-derived exosomes promote functional recovery in subarachnoid hemorrhage via bdnf/trkb pathway activation and astrocyte modulation
2025-Dec-01, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02155-0
PMID:41327445
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研究论文 | 本研究探讨了人神经干细胞来源的外泌体通过激活BDNF/TRKB通路和调节星形胶质细胞,在蛛网膜下腔出血模型中促进功能恢复的神经保护作用 | 首次利用单细胞RNA测序和转录组分析,揭示了hNSC-exo通过BDNF/TRKB信号通路激活和星形胶质细胞调节发挥神经保护作用的分子机制 | 研究基于大鼠模型,临床转化潜力需进一步验证;未详细探讨外泌体的具体成分及其递送效率 | 探究人神经干细胞来源的外泌体在蛛网膜下腔出血中的神经保护潜力及其分子机制 | 大鼠蛛网膜下腔出血模型、人神经干细胞来源的外泌体 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | 动物模型 | 基因表达数据、行为学数据、组织病理学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及大鼠模型和体外实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3313 | 2025-12-06 |
Brain-derived neurotrophic factor supports pericyte and vascular homeostasis in the aging brain
2025-Dec-01, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02181-y
PMID:41327464
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研究论文 | 本研究揭示了脑源性神经营养因子(BDNF)通过激活Akt信号通路调节周细胞PDGFRβ表达,从而维持衰老大脑中周细胞和微血管稳态的机制 | 首次发现并证实了BDNF-TrkB信号通路在衰老大脑周细胞稳态和微血管完整性中的直接调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;对BDNF信号通路下游的具体分子机制探索尚不全面 | 探究BDNF在衰老大脑中维持周细胞和微血管稳态的调控机制 | 不同年龄段的C57BL/6J小鼠、条件性敲除Bdnf基因的C57BL/6小鼠、以及体外培养的周细胞系 | 神经生物学 | 衰老相关脑疾病 | 免疫染色、Western blot、流式细胞术、单细胞测序、转录组分析 | NA | 图像数据、蛋白质印迹数据、流式细胞数据、测序数据 | 使用不同年龄段的小鼠模型及体外培养的周细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3314 | 2025-12-06 |
Materiobiology in the omics era
2025-Dec, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102539
PMID:41332940
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综述 | 本文综述了多组学技术在材料生物学中的应用,包括单细胞转录组学、转录组学、RNomics、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、糖组学和免疫组学,并讨论了多组学策略如何支持骨类器官的构建 | 整合多种组学技术揭示细胞与生物材料相互作用的复杂调控机制,为下一代生物材料的理性设计提供理论基础和方法学 | NA | 探讨多组学技术在材料生物学中的应用,以推动精准和再生医学中的材料创新 | 细胞与生物材料的相互作用,以及骨类器官作为生理相关模型 | 材料生物学 | NA | 单细胞转录组学, 转录组学, RNomics, 基因组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 脂质组学, 糖组学, 免疫组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞 RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3315 | 2025-12-06 |
BMP4 cocktail promotes utricular progenitor reprogramming and vestibular functional recovery in adult mice
2025-Nov-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.065
PMID:41325835
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研究论文 | 本研究探讨了BMP4在小鼠前庭毛细胞再生中的作用,通过激活c-Fos促进非毛细胞重编程,并联合Notch抑制和Wnt激活恢复前庭功能 | 首次揭示BMP4通过c-Fos激活增强前庭非毛细胞重编程,并联合靶向Notch和Wnt通路的小分子组合促进成年小鼠前庭功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化潜力需进一步验证;长期安全性和疗效评估不足 | 探究BMP4在耳毒性损伤后前庭毛细胞再生中的作用机制 | 成年C57BL/6J背景小鼠(包括多种转基因品系)的前庭毛细胞和非毛细胞 | 分子生物学与再生医学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CUT&Tag测序、免疫荧光染色、Western blot分析 | NA | 转录组数据、表观基因组数据、图像数据 | P30成年小鼠及P2小鼠球体/外植体组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, CUT&Tag | NA | NA |
| 3316 | 2025-12-06 |
UGP2 is a potential target for breast cancer, based on bioinformatics analysis and in vitro experiments
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27055-0
PMID:41298748
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和体外实验,系统探讨了UGP2在乳腺癌进展中的临床相关性及功能机制 | 首次系统性地将UGP2表达与乳腺癌(尤其是TNBC亚型)的临床病理特征、预后及肿瘤微环境中的空间分布联系起来,并通过功能实验验证了其促癌作用 | 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床队列验证 | 探究UGP2在乳腺癌发生发展中的临床意义和生物学功能 | 乳腺癌患者样本(来自TCGA等数据库及118例临床标本)及乳腺癌细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学多组学分析、免疫组化、单细胞RNA测序、siRNA敲低实验 | NA | 基因表达数据、临床病理数据、单细胞RNA测序数据、体外细胞功能数据 | TCGA等公共数据库样本及118例临床乳腺癌标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3317 | 2025-12-06 |
SPINK1-driven cellular heterogeneity and interaction networks in intrahepatic cholangiocarcinoma revealed by integrated multi-omics analysis
2025-Nov-17, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.011
PMID:41238039
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了SPINK1驱动的细胞异质性及相互作用网络在肝内胆管癌中的作用 | 发现了SPINK1-CCL20-LAMs轴,该轴协调免疫细胞招募和代谢重编程,揭示了SPINK1通过LAMs建立富含谷氨酰胺的微环境促进肿瘤生长的新机制 | NA | 剖析肝内胆管癌的细胞异质性和细胞间相互作用,特别关注SPINK1过表达的上皮亚群 | 人类肝内胆管癌肿瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 整合蛋白质组学分析, Transwell实验, 共培养系统, 功能扰动实验 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3318 | 2025-12-06 |
Association of neuronal autoantibodies with overall survival in gastric cancer patients
2025-Nov-13, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0495
PMID:41230722
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌患者中神经元自身抗体的存在及其与总体生存期的关联 | 首次在无副肿瘤性神经系统综合征的胃癌患者中检测神经元自身抗体,并揭示其与生存期缩短和肿瘤微环境免疫抑制特征的关联 | 单中心队列研究,样本量有限,需要进一步机制研究验证 | 评估胃癌患者神经元自身抗体的临床预后意义 | 胃癌患者血清样本和肿瘤组织 | NA | 胃癌 | 免疫荧光、细胞基础检测、单细胞测序 | NA | 血清样本、肿瘤组织、单细胞测序数据 | 323例胃癌患者(144例TBA阳性,179例TBA阴性) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3319 | 2025-12-06 |
Clinical and translational study of ivosidenib plus nivolumab in advanced solid tumors harboring IDH1 mutations
2025-Nov-11, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyaf362
PMID:41138165
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研究论文 | 本研究评估了ivosidenib联合nivolumab在携带IDH1突变的晚期实体瘤患者中的初步活性和安全性 | 首次在临床试验中探索IDH1抑制剂与抗PD1抗体联合治疗IDH1突变实体瘤的疗效,并结合空间转录组学等先进技术进行转化分析 | 样本量较小(仅15例患者),临床获益有限,需要更大规模研究验证 | 评估ivosidenib联合nivolumab在IDH1突变晚期实体瘤中的治疗效果和免疫调节作用 | 携带IDH1突变的晚期或难治性实体瘤患者 | 数字病理学 | 实体瘤 | 空间转录组学,蛋白质组学,药效动力学分析 | NA | 临床数据,蛋白质组数据,空间转录组数据 | 15例患者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3320 | 2025-12-06 |
Base editing and nanoparticle transfection of airway cell types essential for treatment of cystic fibrosis
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.06.687048
PMID:41279346
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研究论文 | 本研究利用碱基编辑技术和聚合物纳米颗粒转染,纠正了囊性纤维化(CF)患者气道细胞中的致病性剪接位点变异,并实现了CFTR功能的临床意义水平恢复 | 首次将碱基编辑器RNA与聚合物纳米颗粒(PNPs)非病毒递送平台结合,在CF原代气道细胞中纠正常见致病剪接变异,并通过单细胞RNA测序揭示了编辑后细胞类型特异性转录变化 | 研究未详细探讨PNPs在体内递送的长期安全性和效率,且对基底细胞亚型编辑后比例下降的机制解释有限 | 开发一种可扩展的非病毒治疗平台,用于纠正囊性纤维化及其他呼吸系统疾病中呼吸上皮细胞的功能障碍 | 囊性纤维化患者的气道上皮细胞,包括离子细胞、分泌性杯状细胞和基底祖细胞亚型 | 基因编辑与细胞治疗 | 囊性纤维化 | 碱基编辑,单细胞RNA测序(scRNA-seq),聚合物纳米颗粒(PNPs)转染 | NA | 单细胞RNA测序数据,功能测定数据 | 原代CF气道细胞和永生化气道细胞,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |