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当前共找到 37547 篇文献，本页显示第 3281 - 3300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3281 | 2026-02-02 |
Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice
2026-Jan-31, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-026-03466-x
PMID:41620578
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，探讨了多氯联苯（PCBs）暴露对成年小鼠大脑功能和认知的影响 | 首次结合空间转录组学分析，揭示了PCBs暴露在小鼠多个大脑区域（如海马体、新皮层）的分子特征及其与血脑屏障完整性的关联 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未考虑性别差异；暴露时间为七周，长期效应未评估；样本量未明确说明 | 评估PCBs暴露对大脑功能和认知的分子机制影响 | 成年雄性C57BL/6J小鼠 | 空间转录组学 | 神经毒性相关认知障碍 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3282 | 2026-02-02 |
Runx1 transcription factor modulates opioid analgesia and withdrawal in humans and rodents
2026-Jan-30, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.11.018
PMID:41619726
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研究论文 | 本研究揭示了Runx1转录因子通过调控小胶质细胞转录组，影响人类和啮齿类动物的阿片类镇痛效果和戒断反应 | 首次将Runx1确定为阿片类镇痛反应和戒断的遗传决定因素，并通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序揭示了其在小胶质细胞中的独特调控机制 | 研究主要基于动物模型，人类关联分析可能需要更大样本验证，且未详细探讨Runx1在其他细胞类型中的作用 | 探究Runx1转录因子在阿片类镇痛和戒断反应个体差异中的作用机制 | 小鼠模型和人类个体 | 神经科学 | 疼痛管理 | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3283 | 2026-02-02 |
Stem cell specification and niche formation in developing incisor require actomyosin forces
2026-Jan-29, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf074
PMID:41296682
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠切牙发育过程中干细胞规范和生态位形成的精确时间，揭示了肌动球蛋白网络在维持干细胞未分化状态中的作用 | 首次发现表达Sox2的干细胞样群体在功能生态位形成之前就已存在，并揭示了肌动球蛋白网络产生的收缩张力在限制干细胞位置和维持其干性中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的普适性尚不明确，且对肌动球蛋白网络的具体调控机制仍需进一步探索 | 探究小鼠切牙发育过程中干细胞规范和生态位形成的时间关系及其调控机制 | 小鼠胚胎切牙的牙上皮组织 | 发育生物学 | NA | 遗传谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 遗传谱系数据，单细胞RNA测序数据 | 不同发育阶段的小鼠胚胎切牙样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3284 | 2026-02-02 |
Resolving clonal evolution and selection of extrachromosomal DNA at single-cell resolution
2026-Jan-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03933-2
PMID:41606654
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研究论文 | 本研究提出了一种名为ecSingle的计算方法，利用单细胞RNA测序数据解析肿瘤中染色体外DNA的异质性和克隆进化 | 开发了一种基于单细胞RNA测序数据解析染色体外DNA异质性的新计算方法，并首次在单细胞水平上揭示了ecDNA的克隆选择和转录状态关联 | 方法依赖于标准单细胞RNA测序数据，可能受限于测序深度和覆盖范围，且需要基因组测序验证 | 研究肿瘤中染色体外DNA的克隆进化和选择机制 | 肿瘤样本中的染色体外DNA | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，单分子长读长测序，基因组测序 | 计算方法（ecSingle） | 单细胞RNA测序数据，基因组测序数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq，单分子长读长测序 | NA | NA |
| 3285 | 2026-02-02 |
Injured epithelial cell states impact kidney allograft survival after T-cell-mediated rejection
2026-Jan-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68397-1
PMID:41605921
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了T细胞介导的排斥反应（TCMR）诱导的肾脏上皮细胞损伤状态及其对移植生存的影响 | 首次在跨物种（小鼠和人类）水平上，结合单核RNA测序、空间转录组学和免疫荧光技术，系统性地识别了TCMR中上皮细胞损伤状态作为移植结果的决定因素，并发现这些状态在TCMR缓解后仍持续存在 | 研究主要基于实验模型和有限的人类样本数据，可能无法完全反映所有临床情境的复杂性，且空间转录组学的分辨率限制可能影响细胞互作的精确解析 | 探究T细胞介导的排斥反应（TCMR）在肾脏移植中的分子机制及其对移植生存的临床影响 | 小鼠肾脏移植模型和人类肾脏移植活检样本，特别是近端小管和厚升支的上皮细胞 | 数字病理学 | 肾脏移植排斥 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学、免疫荧光、单细胞反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、图像数据 | 小鼠模型和人类TCMR及稳定移植样本，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3286 | 2026-02-02 |
Generation of thymus-reconstituting T cell progenitors from human pluripotent stem cells
2026-Jan-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101272
PMID:41512861
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研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞生成能够直接并长期重建胸腺的T细胞祖细胞的方法 | 首次在体外从人类多能干细胞工程化出具有胸腺重建能力的T细胞祖细胞，为研究T细胞发育机制和CAR-T细胞疗法提供了新模型 | 未明确提及实验的局限性，可能包括体内功能验证的深度或长期安全性评估 | 旨在生成大量能够重建受体免疫系统的T细胞祖细胞，以推进癌症免疫治疗 | 人类多能干细胞（hPSC）及其衍生的T细胞祖细胞 | 再生医学 | 癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3287 | 2026-02-02 |
Advancing spatial cellular communication inference with ligand diffusion and transport model
2026-Jan-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09413-w
PMID:41501529
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为SCILD的基于优化框架，用于从空间转录组学数据中以单细胞分辨率推断空间细胞通讯 | SCILD整合了配体扩散、竞争性配体-受体结合和浓度衰减，构建了一个统一的优化模型，并利用神经网络建模和计算机扰动预测下游靶基因 | NA | 开发一种工具以从空间转录组学数据中推断单细胞水平的空间细胞通讯 | 细胞通讯中的配体-受体相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 优化框架与神经网络 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3288 | 2026-02-02 |
Biological and prognostic relevance of A-to-I RNA editing across consensus molecular subtypes of colon cancer
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34043-x
PMID:41491064
|
研究论文 | 本研究探讨了A-to-I RNA编辑在结肠癌共识分子亚型（CMS）中的生物学和预后相关性 | 首次在结肠癌CMS亚型中系统分析RNA编辑事件，揭示了亚型特异性编辑特征、ceRNA网络及其与肿瘤微环境和化疗耐药性的关联 | 研究基于100例患者的bulk RNA-seq数据，样本量相对有限；单细胞分析仅来自独立队列的II期患者，可能未覆盖所有疾病阶段 | 阐明RNA编辑在结肠癌发生发展中的调控作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 100例不同疾病阶段的结肠癌患者，以及独立队列的II期结肠癌患者单细胞数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 多变量Cox比例风险模型, ceRNA网络分析 | 转录组数据 | 100例结肠癌患者（bulk RNA-seq）和独立队列的II期结肠癌患者（单细胞RNA-seq） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3289 | 2026-02-02 |
CellCraft: an extensible visual programming application for gene regulatory network inference
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf684
PMID:41452748
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CellCraft的基于Web的应用程序，旨在简化从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的工作流程 | CellCraft提供了直观的图形用户界面和可视化编程接口，简化了复杂多步骤分析的设计与执行，并采用模块化插件架构确保可扩展性 | NA | 开发一个用户友好且可扩展的应用程序，用于单细胞RNA测序数据集的整合基因调控网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断工具（包括TENET等） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3290 | 2026-02-02 |
Unravelling the progression of the zebrafish primary body axis with reconstructed spatiotemporal transcriptomics
2026-Jan-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03917-8
PMID:41484648
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研究论文 | 本研究提出了一个名为Palette的流程，用于从bulk RNA-seq数据推断详细的空间基因表达模式，并构建了斑马鱼时空表达谱（zSTEP）资源 | 开发了Palette流程，通过平滑、插值和调整基因表达，利用现有空间转录组数据作为唯一参考，从bulk RNA-seq数据重建高分辨率时空表达谱 | 方法依赖于现有空间转录组数据作为参考，且当前空间转录组技术本身存在测序深度低和基因检测有限的问题 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中基因表达的时空动态，特别是前后轴发育的调控机制 | 斑马鱼胚胎 | 空间转录组学 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习 | RNA-seq数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 三个发育阶段的53个连续切片bulk RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3291 | 2026-02-02 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-Jan, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
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研究论文 | 本文介绍了一个名为AUTOENCODIX的开源框架，旨在为自编码器的预处理、训练和评估提供标准化且灵活的流程 | 提出了一个标准化、多功能且可比较的自编码器训练与评估框架，支持基于本体和跨模态的自编码器架构，增强了嵌入的可解释性和数据模态间的转换能力 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 开发一个通用框架以改进自编码器在生物表示学习中的应用，促进数据驱动研究 | 泛癌研究数据集（如The Cancer Genome Atlas）、单细胞测序数据以及成像数据 | 机器学习 | 癌症 | 自编码器、深度学习方法 | 自编码器（包括基于本体和跨模态的自编码器） | 多模态数据（包括测序数据和成像数据） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3292 | 2026-02-02 |
Tumor-associated macrophage-specific SERPING1 contributes to M1-phenotype transition and suppress colorectal cancer tumorigenesis via NF-κB pathway
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150144
PMID:41513188
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研究论文 | 本研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SERPING1通过抑制NF-κB通路，促进肿瘤相关巨噬细胞向M1表型极化，从而抑制结直肠癌发生发展的机制 | 首次揭示了SERPING1在肿瘤相关巨噬细胞中的特异性表达及其通过调控NF-κB通路影响巨噬细胞表型转换的新机制 | 研究主要基于细胞实验和小鼠模型，临床样本验证和具体信号通路细节有待进一步深入 | 阐明巨噬细胞在结直肠癌发生发展中的作用机制，特别是SERPING1对肿瘤相关巨噬细胞表型调控的功能 | 结直肠癌组织、肿瘤相关巨噬细胞、HCT116细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞功能实验数据 | 基于公共单细胞RNA-seq数据集和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3293 | 2026-02-02 |
Multi-omics integration defines an ECM-associated intratumoral heterogeneity signature enabling prognosis assessment and therapeutic stratification in hepatocellular carcinoma
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150143
PMID:41513193
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研究论文 | 本研究开发了一个基于多组学的肿瘤内异质性评分系统，用于改善肝细胞癌患者的风险分层和指导精准治疗 | 通过整合体细胞突变数据和单细胞RNA测序数据，建立了一个转录组为基础的肿瘤内异质性特征，并揭示了细胞外基质重塑与高异质性肿瘤的关联 | 样本量相对有限，单细胞RNA测序仅涉及20个样本，且主要依赖公共数据库和回顾性数据，需要进一步的前瞻性验证 | 量化肝细胞癌的肿瘤内异质性，以改善患者预后评估和治疗分层 | 肝细胞癌患者，包括来自TCGA数据库的361例患者和单细胞RNA测序的20个样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，体细胞突变分析，转录组分析 | 稳健排序聚合 | 基因组数据，转录组数据 | 361例TCGA患者和20个单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3294 | 2026-02-02 |
Mechanistic Investigation of Nitidine Chloride-Mediated Anti-Colorectal Cancer Activity: Centromere-Associated Protein E Targeting via Integrated Molecular Dynamics, Spatial Transcriptomic and Single-Cell Approaches
2026 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70054
PMID:41607031
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研究论文 | 本研究通过整合分子动力学模拟、空间转录组学和单细胞方法，探讨了氯化两面针碱靶向着丝粒相关蛋白E在抗结直肠癌活性中的分子机制 | 首次整合分子动力学模拟、空间转录组学和单细胞RNA测序技术，系统阐明氯化两面针碱通过靶向CENPE发挥抗结直肠癌作用的分子机制，为中药活性成分的精准治疗提供新方向 | 研究结果需要在更多实验体系中进一步验证，且对NC-CENPE复合物的结合模式预测需实验确认 | 阐明氯化两面针碱抗结直肠癌活性的分子机制，特别关注其与着丝粒相关蛋白E的相互作用，为基于中药活性成分的精准治疗提供科学依据 | 结直肠癌组织、细胞系及异种移植模型，着重研究CENPE蛋白的表达与功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、分子动力学模拟、实时定量PCR、免疫组化、CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、分子模拟数据、图像数据 | 涉及大规模mRNA队列分析，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3295 | 2026-02-02 |
Exploring the relationship between metabolism and immune microenvironment in breast cancer bone metastasis based on metabolic pathways
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0341270
PMID:41610108
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研究论文 | 本研究基于代谢通路探索乳腺癌骨转移中代谢与免疫微环境的关系 | 从代谢-免疫相互作用角度揭示乳腺癌骨转移的预后代谢通路和关键靶基因，并构建了代谢相关风险模型作为预后预测工具 | 研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证，且样本量有限 | 阐明乳腺癌骨转移中代谢通路与免疫微环境之间的动态相互作用及其对预后的影响 | 乳腺癌骨转移患者的RNA-seq数据和临床信息 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的乳腺癌骨转移患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3296 | 2026-02-02 |
SpaConTDS: A multimodal contrastive learning framework for identifying spatial domains by applying tuple disturbing strategy
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013893
PMID:41610146
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研究论文 | 本研究提出了一个名为SpaConTDS的新型多模态对比学习框架，用于准确识别空间转录组学数据中的空间域 | 该框架创新性地将强化学习与自监督多模态对比学习相结合，并通过数据增强和伪标签元组扰动策略生成正负样本，以学习捕获全局语义和跨模态交互的融合表示 | NA | 开发一个能够准确识别空间域并整合多模态空间转录组学数据的计算框架 | 多模态空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多模态对比学习框架，结合强化学习 | 多模态空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3297 | 2026-02-02 |
THBS3 Functions as a Novel Biomarker for Prognosis and Immunotherapeutic Response in Colorectal Cancer: An Integrative Analysis and Validation of the Thrombospondin Gene Family
2026, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351251412614
PMID:41613418
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和实验验证，揭示了THBS3在结直肠癌中作为预后生物标志物和免疫治疗反应新靶点的作用 | 首次系统性地将THBS基因家族与结直肠癌的预后和免疫微环境联系起来，并确定THBS3为关键致癌基因，通过激活PI3K-AKT和EMT通路促进癌症进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本的具体来源和数量未详细说明 | 探究THBS基因家族在结直肠癌中的具体作用，并评估THBS3作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力 | 结直肠癌患者的多组学数据、细胞系以及THBS基因家族，特别是THBS3 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学数据分析、单细胞RNA测序、GO/KEGG/GSEA富集分析、分子对接、体外实验 | NA | mRNA表达数据、临床病理特征数据、生存数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3298 | 2026-02-02 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Prostate Cancer: Unraveling Mechanisms and Therapeutic Implications
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.073265
PMID:41613792
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综述 | 本文全面总结了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的细胞起源、表型和功能异质性、空间分布及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的分子机制，并评估了靶向CAFs的治疗策略 | 整合了单细胞和空间转录组学的最新进展，为理解CAF生物学提供了一个整体框架，并强调了基质重编程作为当前前列腺癌疗法辅助手段的潜在途径 | NA | 阐明前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的作用机制及其治疗意义 | 前列腺癌（PCa）及其肿瘤微环境（TME）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3299 | 2026-02-02 |
PIK3R1 as a Gastric Cancer Biomarker Linked to CD73 + Treg-Mediated Immunosuppression
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.069453
PMID:41613810
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研究论文 | 本研究探讨了PIK3R1作为胃癌生物标志物的预后意义及其与CD73+ Treg介导的免疫抑制的关联 | 首次将PIK3R1过表达与胃癌中CD73+ Treg细胞浸润增加及不良预后联系起来，并构建了一个整合PIK3R1和CD73表达与临床参数的新型预后模型 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要前瞻性研究验证；体外实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究PIK3R1在胃癌中的预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 胃癌患者组织样本及胃癌细胞系 | 癌症生物标志物研究 | 胃癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验 | 预后模型（列线图） | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据、图像数据 | 来自TCGA和SYSUCC队列的胃癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3300 | 2026-02-02 |
CellScope: high-performance cell atlas workflow with tree-structured representation
2025-Dec-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67890-3
PMID:41469386
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellScope的高性能细胞图谱工作流程，该流程采用树状结构表示，旨在解决现有单细胞分析框架在同时探索和可视化多级生物层次方面的不足 | CellScope通过两阶段流形拟合过程进行基因选择和降噪，结合凝聚聚类，并整合UMAP可视化与层次聚类，直观地同时表示细胞在多个层次（如细胞谱系、细胞类型和细胞亚型）上的关系，从而在聚类性能、可视化清晰度、计算效率和算法可解释性方面全面超越现有方法 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个能够同时探索和可视化多级生物层次的高性能细胞图谱工作流程，以更深入地理解细胞异质性和功能 | 单细胞测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |