单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3201	2025-07-02	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	本文展示了一种通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能的方法	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP非经典激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	解决T细胞疗法中JAK-STAT信号通路失调导致的功能障碍问题	CD8+ T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
3202	2025-07-02	Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别了与巨细胞动脉炎(GCA)相关的三个关键基因，并探讨了其潜在致病机制	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和种族多样性可能有限	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在致病机制	巨细胞动脉炎(GCA)患者	生物信息学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究	两样本孟德尔随机化模型	基因组数据, 转录组数据	未明确说明样本数量
3203	2025-07-02	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	本文提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中	NA	识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据以及结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组	网络模型, 时空模型	单细胞数据, 时空数据	合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据、结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据
3204	2025-07-02	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-04-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	研究论文	本研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次通过单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在eLF中的长期抗原特异性接触及其对自身反应性T细胞的再激活作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果向人类疾病的直接转化需要进一步验证	阐明中枢神经系统自身免疫中T-B细胞协作的分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、活体成像	T17过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型	基因表达数据、影像数据	NA
3205	2025-07-02	Single-Cell Analysis Combined with Mendelian Randomization Identifies Genes Associated with Prostate Cancer Cells 2025-Apr-23, The world journal of men's health DOI:10.5534/wjmh.240298 PMID:40583027	研究论文	本研究通过整合单细胞数据与孟德尔随机化分析，探讨了与前列腺癌细胞囊膜侵袭相关的预后基因	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出与前列腺癌进展相关的关键基因TMEM59	样本量较小，仅包含6例前列腺癌病例的单细胞数据	研究前列腺癌囊膜侵袭相关的预后基因	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 免疫组化	hdWGCNA, Seurat	单细胞测序数据, SNP数据, 临床数据	6例前列腺癌病例的单细胞数据, 来自TCGA和GEO的临床与基因表达数据
3206	2025-07-02	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	发现了8个与GBM复发显著相关的基因，并首次建立了基于随机森林的高精度预测模型	研究样本量相对有限，且仅针对IDH野生型GBM	探索GBM复发的分子机制并开发预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq, 机器学习	随机森林(RF)	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	CGGA-693队列(n=190), CGGA-325队列(n=111), 外加两个scRNA-seq数据集
3207	2025-07-02	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-04-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力如何通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的抗菌肽产生，从而增加皮肤感染的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究心理压力导致皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	小鼠压力模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明的小鼠样本
3208	2025-07-02	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现并验证了S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚不充分	阐明巨噬细胞在子宫内膜异位症进展中的具体作用机制	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和体外功能实验	小鼠子宫内膜异位症模型	基因表达数据和病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类子宫内膜组织和实验小鼠
3209	2025-07-02	Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf028 PMID:40570096	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞（EnSC）蜕膜化过程中的作用	揭示了SETD7作为EnSC蜕膜化的新型分子调节剂，特别是在稳定雌激素受体蛋白和调节细胞命运分歧中的作用	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂环境	探究SETD7在EnSC蜕膜化过程中的分子机制及其与妊娠失败的关联	子宫内膜基质细胞（EnSC）	分子生物学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、mRNA微阵列分析	SETD7敲除模型	RNA测序数据、微阵列数据	公开的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织的批量mRNA微阵列数据
3210	2025-07-02	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和转录组与表位测序的细胞索引技术，分析了多发性硬化症(MS)患者深颈淋巴结(dcLNs)的免疫景观，揭示了EB病毒(EBV)在MS发病机制中的关键作用	首次在MS患者的dcLNs中观察到EBV驱动的B细胞失调，并检测到EBV DNA和病毒载量的增加	研究样本量有限，且仅针对新诊断未治疗的MS患者	探究EBV感染与多发性硬化症发病机制之间的关系	新诊断未治疗的多发性硬化症患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 转录组与表位测序的细胞索引	NA	RNA测序数据, 唾液样本	新诊断未治疗的MS患者样本
3211	2025-07-02	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	research paper	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导T细胞的选择性表面标记物，并揭示了CD22在调控IL-4依赖性T细胞效应程序中的内在作用	研究主要聚焦于CD8 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的潜在作用	阐明IL-4依赖性T细胞激活和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
3212	2025-07-02	Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta 2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2413191121 PMID:39793067	研究论文	本研究探讨了温度和性腺性别对红耳滑龟生殖细胞分化和减数分裂进程的独立影响	揭示了温度对生殖细胞性分化的直接影响，独立于其对性腺体细胞的影响	研究仅针对红耳滑龟这一TSD物种，结果可能不适用于其他物种	探究温度是否直接影响生殖细胞分化和性别认同的其他方面	红耳滑龟(Trachemys scripta)的生殖细胞	发育生物学	NA	减数分裂铺片分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
3213	2025-07-02	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染及不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关特定细胞群	基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3214	2025-07-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化中的治疗作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞的炎症反应及近端肾小管细胞的基因表达来减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、H&E和Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	82,496个肾脏细胞
3215	2025-07-02	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	本文是对先前发表文章的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3216	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3217	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
3218	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
3219	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
3220	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组