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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3201 | 2025-12-09 |
Unraveling molecular characteristics and functional exploration of panoptosis for prognosis stratification in lung adenocarcinoma: a tumor marker prognostic study
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002968
PMID:40844260
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一个基于PANoptosis的预后评分模型(PAN Score),用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应,并探索了YWHAG基因在其中的关键作用 | 首次将PANoptosis这一新型细胞死亡模式与肺腺癌预后关联,结合10种机器学习方法构建了101种算法组合的预后模型,并发现了YWHAG-血管加压素-PANoptosis轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床验证;体外和体内实验仅验证了YWHAG基因的部分机制 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的分子特征和预后价值,开发预后分层模型 | 肺腺癌患者活检样本(超过1500例)及其他癌症样本 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、机器学习算法 | 多种机器学习算法组合(10种方法形成101种组合) | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 超过1500例肺腺癌活检样本及其他癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3202 | 2025-12-09 |
ResNet50 and Single-Cell Multi-Omics analysis identify key cellular and molecular features in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06675-6
PMID:41125957
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研究论文 | 本研究通过整合基于深度学习的图像分析与单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了儿童急性淋巴细胞白血病的细胞和分子特征 | 首次将ResNet50深度学习模型用于白血病单细胞图像分类,并与单细胞多组学数据整合,以阐明疾病机制并发现潜在的复发生物标志物 | 未明确说明样本的具体数量或来源,可能限制了结果的普遍适用性 | 解决儿童急性淋巴细胞白血病早期诊断、复发预测和个体化治疗的挑战 | 儿童急性淋巴细胞白血病(ALL) | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | ResNet50, Grad-CAM | 图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3203 | 2025-12-09 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptional and Immunoglobulin Repertoire Evolution in Early B Cell Development
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681095
PMID:41278878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,深入分析了早期B细胞发育过程中的转录组和免疫球蛋白库演化,揭示了重组事件后的增殖爆发和库特征变化 | 首次在单细胞水平上对早期B细胞发育进行深度转录组和免疫球蛋白库分析,发现了前B细胞阶段BCR重组后未描述的增殖爆发现象 | 研究仅基于六名健康供体,样本量相对有限,且未涵盖疾病状态或更广泛的个体差异 | 探究早期B细胞发育中转录组和免疫球蛋白库的演化规律,理解成熟免疫库多样性的形成基础 | 人类骨髓中的B细胞,包括从祖细胞到成熟B细胞的不同发育亚群 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 65,110个B细胞,来自六名健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3204 | 2025-12-09 |
Spatiotemporal dynamics of neuron differentiation and migration in the developing human spinal cord
2025-Oct, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.08.004
PMID:40825501
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和原位测序技术,揭示了人类和小鼠脊髓发育过程中神经元分化和迁移的时空动态与调控机制 | 首次在人类脊髓发育的早期阶段(Carnegie Stages 16-21)系统描绘了神经元分化和迁移的时空动态,并识别了跨物种保守的关键转录因子 | 研究主要聚焦于胚胎发育的特定阶段(CS16-21/E8.0-11.5),未涵盖更晚期的发育或成熟过程 | 探究人类脊髓发育过程中神经元亚型特化和迁移的分子机制 | 人类和小鼠胚胎脊髓组织 | 单细胞组学 | 神经系统发育 | 单细胞转录组测序, 原位测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据 | 人类脊髓样本(CS16-21阶段)和小鼠脊髓样本(E8.0-11.5阶段) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3205 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因,评估其在视网膜发育过程中的作用,发现Ptbp1对神经发生和细胞命运决定并非必需 | 使用遗传学方法直接验证Ptbp1在视网膜发育中的功能,挑战了先前基于RNA干扰研究提出的Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育,未评估Ptbp1在其他神经系统区域的作用;scRNA-Seq显示转录变化较温和,可能未完全捕捉所有分子效应 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用,特别是其在视网膜细胞命运决定中的功能 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-Seq、scRNA-Seq | NA | RNA测序数据、免疫染色图像 | 突变型动物(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3206 | 2025-12-09 |
Metabolic reprogramming of arachidonic acid in clear cell renal carcinoma promotes an immunosuppressive microenvironment by activating MDK signaling pathway
2025-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01807-8
PMID:40802073
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序,探讨了透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关系,并揭示了花生四烯酸代谢异常通过激活MDK信号通路促进免疫抑制微环境的机制 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术,构建了ccRCC的代谢亚型,并发现花生四烯酸代谢异常通过MDK信号通路驱动免疫抑制,为免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于测序数据和体外实验,缺乏大规模临床队列验证,且免疫治疗模型的体内效果需进一步确认 | 探究透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关联机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化, Western blotting, ELISA, 细胞共培养 | Scissor算法, 细胞间通讯分析 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量,但涉及ccRCC患者分组及细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3207 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663251
PMID:41200203
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肾移植早期急性排斥反应的免疫景观,并识别出Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点 | 首次在单细胞分辨率下描绘了肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和细胞间通讯网络,并验证了Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点的潜力 | 研究基于大鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本时间点有限,可能未覆盖所有动态变化 | 阐明肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和局部细胞间通讯机制,并探索潜在治疗靶点 | 大鼠肾移植模型中的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多重免疫荧光,治疗干预实验 | 无监督聚类,细胞轨迹推断,细胞间通讯网络分析 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 大鼠肾移植模型在移植后第0、1、3、7天采集的CD45+免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3208 | 2025-12-09 |
Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681989
PMID:41246346
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法,识别了主动脉夹层中与脂质代谢相关的新型生物标志物PLIN2和PLIN3 | 采用多模态策略结合单细胞RNA测序和机器学习,首次将PLIN2和PLIN3确定为主动脉夹层中脂质代谢的关键调节因子,并探索其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于计算分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的直接验证,且分子机制需进一步实验探究 | 识别主动脉夹层中与脂质代谢失调相关的新型生物标志物,以阐明其病理机制并探索潜在治疗靶点 | 主动脉夹层患者样本和Ang II诱导的主动脉夹层小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹重建, 分子对接 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 主动脉夹层和对照样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3209 | 2025-12-09 |
Correction: Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1740964
PMID:41357176
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correction | 本文是对先前发表文章的更正,涉及肾脏移植排斥早期免疫景观的单细胞转录组学研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3210 | 2025-12-09 |
Correction: Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1742065
PMID:41357238
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correction | 本文是对先前一篇关于整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别主动脉夹层新型脂质代谢相关生物标志物文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3211 | 2025-12-09 |
Correct stimulation of CD28H arms NK cells against tumor cells
2024-Nov, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350901
PMID:39101623
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研究论文 | 本研究探讨了通过靶向CD28H特异性表位来激活NK细胞,增强其对肿瘤细胞的杀伤活性,并克服HHLA2和HLA-E的抑制信号 | 揭示了靶向CD28H特定表位的单克隆抗体能强烈激活NK细胞的钙流和细胞活性,并首次在透明细胞肾癌中通过scRNA-seq分析发现CD28H NK细胞浸润HHLA2阳性肿瘤 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型,缺乏体内动物模型验证;样本量有限,仅涉及透明细胞肾癌的scRNA-seq分析 | 探索CD28H作为NK细胞新型激活靶点在抗肿瘤免疫治疗中的潜力 | NK细胞、造血细胞系、透明细胞肾癌细胞 | 免疫学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量,但涉及透明细胞肾癌细胞的scRNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3212 | 2025-12-09 |
A human fetal lung cell atlas uncovers proximal-distal gradients of differentiation and key regulators of epithelial fates
2022-Dec-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.005
PMID:36493756
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA与ATAC测序、高通量空间转录组学和单细胞成像技术,构建了一个人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱 | 结合单细胞方法与空间分析,首次全面描绘了人类肺发育中上皮、间充质、内皮及红细胞/白细胞等细胞区室,并识别了包括发育特异性分泌祖细胞和与人类小细胞肺癌相关的神经内分泌细胞亚型在内的新细胞状态 | NA | 构建人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱,以揭示细胞分化梯度和关键调控因子 | 人类胎儿肺组织(孕后5-22周) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 高通量空间转录组学, 单细胞成像 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据, 成像数据 | 涵盖孕后5-22周的人类胎儿肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3213 | 2025-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals beneficial mechanisms of Exendin-4 in autoimmune uveitis
2026-Jan, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117483
PMID:41173056
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了Exendin-4在自身免疫性葡萄膜炎中的有益作用机制 | 首次探索了Exendin-4在自身免疫性葡萄膜炎中的作用,并揭示了其通过抑制PIM1-AKT-FOXO1通路恢复Teff/Treg细胞平衡的新机制 | 研究主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎模型,在人类疾病中的验证仅限于VKH患者,样本代表性可能有限 | 探究Exendin-4在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗潜力及其免疫调节机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎模型小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada病(VKH)患者 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3214 | 2025-12-08 |
Regenerative teeth induced by in vitro mesenchymal cells in mice via repressing BMP4 and activating retinoic acid/osteopontin
2025-Dec-05, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00271-9
PMID:41345270
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研究论文 | 本研究开发了一种优化的N2B27培养基,成功在小鼠中通过抑制BMP4和激活视黄酸/骨桥蛋白,诱导了体外培养的牙间充质细胞再生牙齿 | 开发了能维持牙间充质细胞成牙潜能长达14天的优化培养基,显著优于传统方法(≤24小时),并揭示了BMP4抑制和骨桥蛋白/视黄酸激活在牙齿再生中的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证,且培养基的长期效果和安全性需进一步评估 | 研究牙齿再生中牙间充质细胞的体外培养和功能维持,以推进组织工程应用 | 小鼠牙间充质细胞(mDMCs) | 组织工程与再生医学 | 牙齿疾病或缺失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3215 | 2025-12-08 |
A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders
2025-Dec-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006
PMID:41187745
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研究论文 | 本研究介绍了一个针对神经发育障碍(NDD)的表型脑类器官图谱和生物库,包含352个遗传多样性患者来源的iPSCs,并分析了超过6,000个脑类器官的组织学和单细胞转录组数据 | 创建了一个公开可用的NDD生物库,整合了临床、脑成像和基因组数据,并通过脑类器官模型揭示了不同NDD类别(如小头畸形、多小脑回、癫痫和智力障碍)的特定细胞缺陷 | 研究仅基于35名代表性患者和10名神经典型对照,样本规模相对有限,可能无法涵盖所有NDD亚型或遗传变异 | 通过建立NDD生物库和脑类器官模型,探索神经发育障碍的机制,以填补基因关联与靶向治疗之间的空白 | 神经发育障碍患者来源的诱导多能干细胞(iPSCs)和由此衍生的脑类器官 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据、组织学图像、临床数据、脑成像数据、基因组数据 | 352个患者来源的iPSCs(来自35名代表性患者),超过6,000个脑类器官,以及10名神经典型对照的类器官库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3216 | 2025-12-08 |
Reversing lysosomal dysfunction restores youthful state in aged hematopoietic stem cells
2025-Dec-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.012
PMID:41289991
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研究论文 | 本研究揭示了溶酶体功能障碍是造血干细胞衰老的关键驱动因素,并通过抑制溶酶体过度活化来恢复其年轻状态 | 首次发现衰老造血干细胞中溶酶体过度酸化、耗竭和异常激活,并证明通过v-ATPase抑制剂干预可逆转这些变化,显著提升干细胞再生能力 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中进行验证,长期安全性和临床转化效果需进一步评估 | 探究溶酶体在造血干细胞衰老中的作用机制,并寻找恢复其功能的干预策略 | 衰老的造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组学、功能分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3217 | 2025-12-08 |
Human peripheral osteoclast-precursor-development patterns reveal the significance of RPS17-dependent ribosome synthesis to Ankylosing Spondylitis lesions
2025-Dec-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00474-5
PMID:41345114
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了强直性脊柱炎(AS)患者外周血中破骨细胞前体(OCP)发育模式的改变,并发现RPS17依赖性核糖体合成在AS病变中的关键作用 | 首次在AS患者外周血单核细胞中系统描绘了OCP发育轨迹,并识别出RPS17依赖性核糖体合成作为AS病变的核心机制,同时提出RPS17过表达的单核性OCP具有治疗潜力 | 研究样本量有限,且主要基于外周血分析,未深入探讨局部关节微环境的影响 | 阐明AS条件下破骨细胞前体发育模式的变化及其在AS病变中的作用 | 健康供体和AS患者(早期、加重期和缓解期)的外周血单核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞转录组测序 | 轨迹分析 | 单细胞RNA-seq数据 | 健康供体和AS患者(早期、加重期和缓解期)的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3218 | 2025-12-08 |
LIMD2 is associated with an exhausted CD8⁺ T cell state linked to ICI response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Dec-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27315-z
PMID:41345477
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,发现LIMD2高表达的CD8⁺ T细胞与肾透明细胞癌患者对免疫检查点抑制剂的反应相关 | 首次将LIMD2鉴定为与CD8⁺ T细胞耗竭状态及免疫治疗反应相关的候选预测生物标志物 | 研究主要基于回顾性队列和公开数据集,需要前瞻性临床验证 | 阐明肾透明细胞癌中CD8⁺ T细胞功能状态与免疫检查点抑制剂反应的关系 | 肾透明细胞癌患者肿瘤浸润CD8⁺ T细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 整合六个公开数据集及独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3219 | 2025-12-08 |
Multi-omics integrated analysis identifies causal risk factors and therapeutic targets for diabetic retinopathy
2025-Dec-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07353-x
PMID:41340073
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析,系统识别了糖尿病视网膜病变的因果风险因素和治疗靶点 | 首次通过双样本孟德尔随机化、共定位/SMR、NHANES数据、转录组学和机器学习等多方法整合,系统识别DR的因果基因、风险因素和核心调控靶点 | 研究主要基于观察性数据和遗传学证据,需要进一步实验验证靶点的功能机制 | 探索糖尿病视网膜病变的风险因素、致病机制和潜在治疗靶点 | 糖尿病视网膜病变患者及其亚型(背景性DR、增殖性DR) | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 孟德尔随机化、共定位分析、SMR、转录组学、单细胞转录组学、机器学习 | 逻辑回归、限制性立方样条、机器学习模型、列线图 | 遗传数据、蛋白质数据、转录组数据、临床调查数据 | NHANES 1999-2010横断面数据,涉及16,989个基因和2,923个蛋白质 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3220 | 2025-12-08 |
Pan-cancer gene set discovery via scRNA-seq for optimal deep learning based downstream tasks
2025-Dec-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27296-z
PMID:41330999
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研究论文 | 本研究提出了一种通过整合单细胞RNA测序数据和先进分析技术,为癌症基因组学下游任务进行特征选择的稳健方法 | 首次提出利用单细胞RNA测序数据推导的基因集在泛癌研究中优于基于批量RNA测序选择的基因集,并整合hdWGCNA和XGBoost进行特征选择 | 研究仅分析了13种癌症类型的181个肿瘤活检样本,样本量和癌症类型覆盖范围可能有限 | 开发优化的基因集选择方法以提高泛癌下游任务的预测准确性 | 13种癌症类型的肿瘤活检样本及TCGA泛癌RNA测序数据 | 机器学习 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 多层感知机,图神经网络,XGBoost | 转录组数据 | 181个肿瘤活检样本(来自13种癌症类型) | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |