单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-22	Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours 2023-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06130-4 PMID:37258682	研究论文	该研究通过整合77项不同研究的数据，分析了1,163个肿瘤样本中的转录组瘤内异质性（ITH），识别出41个共识元程序，并映射到11个转录ITH的标志中	整合了大量单细胞RNA测序数据，首次系统性地描述了跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性，并识别出共识元程序和转录ITH的标志	研究依赖于已有数据集，可能受到原始数据质量和样本选择的限制	系统性地描述和分析跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性	1,163个肿瘤样本，涵盖24种肿瘤类型	癌症基因组学	多种癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	1,163个肿瘤样本
302	2025-07-22	A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors 2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201746RR PMID:36934419	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类卵泡抽吸物中的基因表达图谱，识别白细胞亚群及其旁分泌因子	首次在人类排卵卵泡中识别出13种细胞群，包括10种白细胞亚群，并揭示了这些白细胞亚群通过分泌因子影响颗粒细胞功能的新机制	样本量较小（仅4名IVF患者），且仅针对特定人群（IVF患者）进行研究	探究人类排卵卵泡中白细胞亚群的组成及其与卵泡细胞的相互作用机制	人类卵泡抽吸物中的细胞群	单细胞转录组学	生殖系统疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	4名IVF患者的卵泡抽吸物
303	2025-07-22	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与转录调控元件和目标联系起来	开发了一种简化的抗体偶联方法，创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究细胞内蛋白质动态变化及其与转录调控的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联	NA	单细胞蛋白质组、表观基因组和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和脑类器官
304	2025-07-22	CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.09.527751 PMID:36798324	research paper	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42种已知的CPA调控因子如何影响多聚腺苷酸化位点的选择	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb多任务深度神经网络，用于预测扰动响应性并揭示不同调控复合物之间的相互作用	NA	理解蛋白质如何调控多聚腺苷酸化位点的选择	42种已知的CPA调控因子	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	multi-task deep neural network (APARENT-Perturb)	scRNA-seq数据	NA
305	2025-07-22	Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2219199120 PMID:36724255	研究论文	研究发现免疫检查点抑制剂(ICBs)在胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中引发脑水肿，并证明血管紧张素受体阻滞剂洛沙坦能预防这种水肿并改善治疗效果	首次揭示ICBs引发脑水肿的机制，并发现洛沙坦能预防水肿并重编程肿瘤微环境，提高生存率	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探索ICBs在胶质母细胞瘤治疗中的副作用机制及解决方案	胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、活体成像、CD8 T细胞阻断研究	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和部分患者数据
306	2025-07-22	Neonatal hyperoxia induces activated pulmonary cellular states and sex-dependent transcriptomic changes in a model of experimental bronchopulmonary dysplasia 2023-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00252.2022 PMID:36537711	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了高氧环境对新生小鼠肺部发育的影响及其性别依赖性分子和细胞编程	发现了高氧诱导的肺泡上皮细胞新型亚群及性别依赖的转录组变化，揭示了高氧对肺部细胞状态的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过体外实验验证	探究高氧环境对新生儿支气管肺发育不良(BPD)的分子机制影响	新生小鼠肺部细胞和人类新生儿肺细胞	单细胞转录组学	支气管肺发育不良	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量(小鼠和人类细胞)
307	2025-07-22	Aging compromises human islet beta cell function and identity by decreasing transcription factor activity and inducing ER stress 2022-Oct-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo3932 PMID:36197983	研究论文	本文研究了衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响，揭示了衰老过程中β细胞的分子和功能变化	通过单细胞RNA测序数据集、转录因子调控网络分析和高分辨率共聚焦显微镜技术，首次系统揭示了衰老对β细胞功能和特性的影响机制	研究主要基于非糖尿病供体的样本，可能无法完全反映糖尿病患者的β细胞衰老过程	探究衰老对人类胰岛β细胞功能和特性的影响机制	人类胰岛β细胞	细胞生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、转录因子调控网络分析、高分辨率共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像数据	覆盖人类大部分生命周期的非糖尿病供体样本
308	2025-07-22	Nonlesional lupus skin contributes to inflammatory education of myeloid cells and primes for cutaneous inflammation 2022-04-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abn2263 PMID:35476593	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间RNA测序技术，研究了狼疮性皮肤病的免疫发病机制，特别关注了非病变皮肤在疾病中的作用	首次全面描述了狼疮患者病变和非病变皮肤的特征，并揭示了CD16树突状细胞在皮肤中的促炎表型获得过程	研究样本量有限，且未探讨发现的分子机制如何转化为临床表型	探究皮肤性红斑狼疮(CLE)的免疫发病机制	狼疮患者的正常外观皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞	数字病理学	红斑狼疮	单细胞RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量的狼疮患者皮肤和免疫细胞样本
309	2025-07-22	Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19 2022-04-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157255 PMID:35175937	研究论文	开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向数据集中的动态转录基因特征和生物过程，并应用于COVID-19外周血转录组的时间分析	开发了TrendCatcher工具，结合平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了动态差异表达基因（DDEGs）的识别和生物途径的时间进程可视化	未提及具体样本量的限制或数据集的局限性	识别COVID-19患者外周血转录组中的早期生物标志物和潜在治疗靶点	COVID-19患者的外周血转录组数据	生物信息学	COVID-19	RNA-Seq（包括bulk和single-cell）	平滑样条ANOVA模型	转录组数据	NA
310	2025-07-22	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文提出了一种名为SINGE的算法，用于从有序单细胞基因表达数据推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果关系回归来平滑不规则伪时间和缺失的表达值，并通过回归分析集合来编译转录调控因子与靶基因之间的候选相互作用排名列表	在个别调控因子和非信息性伪时间上表现不佳	推断基因调控网络	小鼠胚胎干细胞分化数据集中的单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Granger因果关系回归	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
311	2025-07-22	Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells 2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.13495 PMID:34411378	研究论文	通过多组学分析揭示了蜕膜MAIT细胞的特异性转录编程	首次在单细胞分辨率下揭示了蜕膜MAIT细胞与外周MAIT细胞之间的转录编程差异	研究样本量有限，且仅针对E.coli刺激下的MAIT细胞功能进行了评估	探究妊娠期间蜕膜MAIT细胞的转录编程及其功能	蜕膜基底和壁层MAIT细胞及匹配的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	妊娠相关疾病	多组学分析、流式细胞术、CITE-seq、scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	蜕膜和外周血样本
312	2025-07-22	Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147703 PMID:34003797	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，定位了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用	首次优化了空间转录组学和单核测序数据集的协调，将30种主要细胞类型映射到人类肾切除样本中，并揭示了AKI模型中免疫细胞浸润的空间分布机制	研究仅基于两种小鼠AKI模型，人类样本仅来自肾切除患者，可能无法完全代表所有AKI情况	探索急性肾损伤(AKI)中细胞类型空间分布特征及免疫-上皮细胞相互作用机制	人类肾切除样本和两种小鼠AKI模型(缺血/再灌注损伤和盲肠结扎穿刺)	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学, 单核测序, CODEX免疫荧光	NA	转录组数据, 图像数据	人类肾切除样本1例，两种小鼠AKI模型(具体数量未明确说明)
313	2025-07-21	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本研究探讨了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次揭示了CRABP2作为腹膜转移相关基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌细胞系、动物模型和临床样本	肿瘤生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及临床样本和实验模型
314	2025-07-21	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的治疗和诊断潜力	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），包括LDHA，作为潜在的治疗靶点和诊断标志物	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找新的治疗和诊断靶点	胸主动脉夹层（TAD）患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），WGCNA，ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	小鼠模型和人类主动脉组织样本，具体数量未明确说明
315	2025-07-21	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Oct, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	探讨Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展和化疗耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明癌症相关成纤维细胞(CAFs)外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、骨肉瘤细胞系、小鼠模型	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、CCK8、Edu实验	小鼠皮下骨肉瘤模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据、动物实验数据	骨肉瘤患者血清和组织样本(数量未明确)、体外细胞实验、小鼠模型
316	2025-07-21	Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053 PMID:40677756	研究论文	研究无定形钙锌磷酸盐（ACZP）纳米颗粒通过调节能量代谢和线粒体稳态促进巨噬细胞驱动的牙槽骨再生	开发了ACZP纳米颗粒作为免疫调节纳米材料，通过抑制内质网-线粒体耦联、减少病理性钙转移，并将巨噬细胞代谢从糖酵解转向氧化磷酸化（OXPHOS）来加速骨再生	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索钙磷酸盐基材料促进骨形成的机制，并开发新型免疫调节材料用于牙槽骨再生	新西兰白兔的牙槽骨缺损	组织工程与再生医学	牙槽骨缺损	单细胞RNA测序	NA	NA	新西兰白兔的牙槽骨缺损模型
317	2025-07-21	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	本研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R信号通路诱导组蛋白H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）促进肿瘤干细胞样重编程的机制	首次揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC干细胞样重编程的分子机制，并发现同时阻断TGF-βR1和IGF1R可最大程度抑制这一过程	未明确TA-SCs与其他肿瘤微环境成分的相互作用机制，且临床样本量有限	阐明TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、三维成像数据	未明确说明具体样本数量（使用GEO数据库单细胞RNA测序数据）
318	2025-07-21	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演变	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗过程中骨髓微环境的重塑动态，并提出了预测治疗反应的预后标志物及克服耐药性的临床策略	研究样本量有限，且耐药机制验证主要在细胞系模型中进行	阐明急性髓系白血病患者对venetoclax治疗的耐药机制及骨髓微环境动态变化	接受DAV方案（venetoclax/地西他滨/阿糖胞苷）治疗的AML患者骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	治疗前后配对的AML患者骨髓样本（具体数量未明确）
319	2025-07-21	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在ESCC淋巴结转移克隆进化中的关键作用	研究主要基于实验室数据和临床标本分析，需要更多临床验证	探究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的淋巴结转移	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	匹配的原发性ESCC样本、ESCC类器官和临床标本
320	2025-07-21	The role of tumor microenvironment and immune cell crosstalk in triple-negative breast cancer (TNBC): Emerging therapeutic opportunities 2025-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865 PMID:40516902	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）与免疫细胞互作的研究现状，并探讨了新兴的治疗机会	整合了单细胞RNA测序、空间分析等多组学数据，揭示了TME中免疫细胞的异质性及关键调控因子，如TK1、MUC1-C和CXCL9，并提出了针对免疫检查点、Treg活性和细胞焦亡的新疗法	未来研究需结合多组学数据、空间转录组学和患者来源模型以优化治疗策略	探讨TNBC中TME与免疫细胞的互作机制，并开发个性化治疗方案	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤微环境及免疫细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观遗传学分析（如HDAC抑制）	NA	基因组数据、转录组数据、空间互作数据	NA（未提及具体样本量，但涉及患者种族差异的免疫浸润分析）