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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3001 | 2025-10-06 | 
         Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 
        
          2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
          
          IF:4.5Q1
          
         
        
          DOI:10.1097/COH.0000000000000962
          PMID:40638066
         
       | 
      
      综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染患者中病毒储存库细胞特征的最新进展 | 应用单细胞RNA测序技术揭示HIV-1感染急性期治疗队列中病毒储存库细胞的异质性和分子标记 | NA | 探讨单细胞转录组学在解析HIV-1病毒持久性机制中的应用 | HIV感染者的免疫细胞 | 生物信息学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数十万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3002 | 2025-10-06 | 
         CYBB as a potential therapeutic target through influencing ferroptosis and macrophage in ovarian cancer 
        
          2025-Aug-09, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.1007/s12672-025-02891-8
          PMID:40782134
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和体外实验验证了CYBB基因在卵巢癌中通过调控铁死亡和巨噬细胞极化影响肿瘤进展的关键作用 | 首次揭示CYBB基因在卵巢癌中铁死亡与肿瘤相关巨噬细胞之间的调控关系,并证明其通过影响巨噬细胞极化参与肿瘤微环境调控 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索铁死亡与肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌进展中的相互作用机制,寻找潜在治疗靶点 | 卵巢癌相关基因、铁死亡相关基因、巨噬细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞实验、共培养模型 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 4410个免疫相关卵巢基因和483个铁死亡相关基因 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 
| 3003 | 2025-10-06 | 
         Single cell approaches define the murine leptomeninges:cortical brain interface as a distinct cellular neighborhood comprised of neural and nonneural cell types 
        
          2025-Aug-08, eNeuro
          
          IF:2.7Q3
          
         
        
          DOI:10.1523/ENEURO.0046-25.2025
          PMID:40780964
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了小鼠大脑皮层与软脑膜界面由神经和非神经细胞类型组成的独特细胞微环境 | 首次系统性地定义了大脑界面屏障的细胞组成,发现了转录特征独特的PDGFRα阳性软脑膜细胞、边界星形胶质细胞和组织驻留巨噬细胞三种主要细胞类型 | 研究仅限于成年小鼠皮层界面,发育过程中的动态变化和人类中的适用性尚未验证 | 阐明大脑表面与脑膜界面屏障的细胞组成和相互作用机制 | 成年小鼠大脑皮层与软脑膜界面细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学, 形态谱系追踪, 免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA | 
| 3004 | 2025-10-06 | 
         Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis 
        
          2025-Aug-08, Annals of clinical and translational neurology
          
          IF:4.4Q1
          
         
        
          DOI:10.1002/acn3.70135
          PMID:40781066
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究评估了奥瑞珠单抗治疗多发性硬化症患者前后B细胞谱系的变化 | 首次使用光谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析奥瑞珠单抗治疗期间和停药后的B细胞动态变化,发现治疗部分保留IgA记忆B细胞 | 样本量较小,特别是停药后分析仅包含3名患者 | 探索奥瑞珠单抗的作用机制和多发性硬化症的疾病病理生理学 | 早期、未接受过治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 光谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据, 基因表达数据 | 18名多发性硬化症患者和10名健康志愿者,停药后分析3名患者 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA | 
| 3005 | 2025-10-06 | 
         LSGI: interpretable spatial gradient analysis for spatial transcriptomics data 
        
          2025-Aug-08, Genome biology
          
          IF:10.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s13059-025-03716-1
          PMID:40781324
         
       | 
      
      研究论文 | 提出用于空间转录组数据的可解释空间梯度分析计算框架LSGI | 开发了首个系统识别空间转录组梯度(STG)的计算框架,能够识别具有显著梯度模式的肿瘤通路 | NA | 分析空间转录组数据中的梯度模式,揭示肿瘤空间异质性 | 肿瘤空间转录组数据集 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | LSGI计算框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3006 | 2025-10-06 | 
         Combining single-cell and bulk RNA sequencing to identify CAF-related signature for prognostic prediction and treatment response in patients with melanoma 
        
          2025-Aug-08, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41598-025-14979-w
          PMID:40781483
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据,构建了黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞(CAF)相关特征用于预后预测和治疗反应评估 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据构建CAF相关特征,能够预测黑色素瘤患者对化疗和免疫治疗的疗效 | 研究样本量有限,需要在更大规模队列中进一步验证 | 构建CAF相关特征用于黑色素瘤患者的预后预测和治疗反应评估 | 黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, LASSO回归, 免疫组化, 免疫荧光, qPCR | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA数据集和GSE65904验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 3007 | 2025-10-06 | 
         Targeting immune microenvironment in cervical cancer: current research and advances 
        
          2025-Aug-08, Journal of translational medicine
          
          IF:6.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s12967-025-06896-3
          PMID:40781691
         
       | 
      
      综述 | 本文全面探讨宫颈癌免疫微环境的组成特征、研究进展及免疫治疗策略 | 整合高分辨率空间图谱和单细胞测序技术揭示肿瘤免疫微环境异质性,系统评估不同疾病阶段和治疗方法的差异 | NA | 通过靶向肿瘤免疫微环境改善宫颈癌患者治疗效果 | 宫颈癌肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 空间图谱技术, 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 3008 | 2025-10-06 | 
         Single-cell transcriptome profiling reveals blast cell heterogeneity and identifies novel therapeutic target IKZF2 in t(8;21) acute myeloid leukaemia 
        
          2025-Aug-08, British journal of haematology
          
          IF:5.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1111/bjh.70077
          PMID:40781784
         
       | 
      
      研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的异质性,并识别IKZF2作为潜在治疗靶点 | 首次在单细胞水平揭示t(8;21)AML的肿瘤内异质性,发现造血干细胞样亚群,并鉴定IKZF2为该亚群的关键调控因子 | NA | 研究t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性和复发机制 | t(8;21)急性髓系白血病患者样本和小鼠模型 | 单细胞生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3009 | 2025-10-06 | 
         Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 
        
          2025-Aug-07, Gut
          
          IF:23.0Q1
          
         
        
          DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
          PMID:40691053
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过空间转录组学和表观遗传学分析揭示了胃不完全肠上皮化生的分子特征及其与胃癌的关系 | 首次发现不完全肠上皮化生具有胃、小肠和大肠的混合转录组特征,并证明其是胃癌的真正前驱病变 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明不完全肠上皮化生的分子特征、分化潜能和致癌相关性 | 胃肠上皮化生和胃癌组织 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析, 染色质可及性分析 | 类器官模型 | 转录组数据, 表观遗传数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 定制谱系富集panel | 
| 3010 | 2025-10-06 | 
         Unlocking the secret of glioblastoma multiforme: the role of lactylation in tumor progression, drug resistance and immune microenvironment 
        
          2025-Aug-07, Cancer cell international
          
          IF:5.3Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s12935-025-03933-5
          PMID:40770332
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨乳酸化修饰在胶质母细胞瘤恶性进展、替莫唑胺耐药和免疫微环境中的作用 | 首次系统研究乳酸化相关基因在GBM中的作用,建立基于TMZ耐药乳酸化相关基因的风险预测模型 | 研究主要基于公共数据库的单细胞数据,需要更多临床样本验证 | 阐明乳酸化修饰在胶质母细胞瘤发生发展中的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞及患者数据 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | scRNA-seq, 差异基因表达分析, 体内外实验验证 | 风险预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 公共数据库中的GBM单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3011 | 2025-10-06 | 
         Empagliflozin targeted the immune-related gene PIK3CA in type 2 diabetes mellitus treatment: network pharmacology analysis and experimental evidence 
        
          2025-Aug-07, Diabetology & metabolic syndrome
          
          IF:3.4Q2
          
         
        
          DOI:10.1186/s13098-025-01895-2
          PMID:40770763
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过网络药理学分析和实验验证探讨恩格列净在2型糖尿病治疗中通过靶向免疫相关基因PIK3CA发挥作用的机制 | 首次发现恩格列净可直接靶向PIK3CA基因并调节PI3K/AKT信号通路,揭示了其在2型糖尿病中的免疫调节新机制 | 研究主要基于细胞实验,缺乏动物模型和临床样本的进一步验证 | 探究恩格列净在2型糖尿病治疗中的免疫相关作用机制 | 2型糖尿病患者基因数据和高糖诱导的RAW264.7巨噬细胞 | 生物信息学与分子生物学 | 2型糖尿病 | 网络药理学分析、分子对接、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting | NA | 基因表达谱、单细胞RNA测序数据、实验数据 | 109个免疫相关差异表达基因,RAW264.7巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3012 | 2025-10-06 | 
         Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 
        
          2025-Aug-06, Neuron
          
          IF:14.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014
          PMID:40482637
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了亨廷顿病R6/2小鼠大脑中区域特异性、时间依赖性和细胞类型特异性的分子调控通路 | 首次将10x Genomics Visium空间转录组学与匹配的单核RNA测序整合应用于亨廷顿病小鼠模型,揭示了时空动态的基因表达变化和细胞特异性调控通路 | 研究仅限于R6/2小鼠模型,结果可能不完全适用于人类亨廷顿病;样本时间点有限,可能遗漏某些关键发育阶段的动态变化 | 探索亨廷顿病发病机制中的分子调控网络和时空动态变化 | R6/2亨廷顿病小鼠模型的大脑组织(出生后第0天、4周和12周) | 空间转录组学 | 亨廷顿病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | R6/2小鼠大脑在三个时间点(P0、4周、12周)的分析 | 10x Genomics | 空间转录组学,单核RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台整合单核RNA测序 | 
| 3013 | 2025-10-06 | 
         Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 
        
          2025-Aug-06, eLife
          
          IF:6.4Q1
          
         
        
          DOI:10.7554/eLife.101918
          PMID:40767624
         
       | 
      
      研究论文 | 通过全长单细胞RNA测序识别人类光感受器发育状态及视网膜母细胞瘤相关特征 | 首次使用全长scRNA-seq解析光感受器发育轨迹,发现早期视锥前体细胞特异性表达特征与视网膜母细胞瘤发生相关 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步功能验证 | 解析人类视锥和视杆细胞发育差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系 | 人类光感受器细胞(视锥和视杆细胞) | 单细胞基因组学 | 视网膜母细胞瘤 | 全长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | 全长单细胞RNA测序 | 
| 3014 | 2025-10-06 | 
         WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 
        
          2025-Aug-06, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.1007/s12672-025-03335-z
          PMID:40767898
         
       | 
      
      研究论文 | 通过WGCNA和单细胞分析揭示铁死亡相关基因在肝细胞癌预后和治疗中的表达特征 | 首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术系统分析铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其临床意义 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 研究铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征及其与临床预后的关系 | 肝细胞癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | WGCNA, 单细胞RNA测序, 生存分析, 功能富集分析 | 基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 3015 | 2025-10-06 | 
         Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice 
        
          2025-Aug-06, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41467-025-62431-4
          PMID:40769983
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学比较年轻与老年雄性小鼠肺损伤后的肺毛细血管内皮细胞转录组变化 | 首次利用纵向单细胞RNA测序和空间转录组学揭示衰老对肺毛细血管内皮细胞在肺损伤后重编程过程的影响 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及雌性个体;样本量相对有限 | 探究衰老如何影响肺损伤后组织再生过程及纤维化疾病发展机制 | 年轻与老年雄性小鼠的肺组织及特发性肺纤维化患者样本 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年雄性小鼠在三个时间点的肺组织样本及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3016 | 2025-10-06 | 
         The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization 
        
          2025-Aug-06, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.1007/s12672-025-03348-8
          PMID:40770155
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序方法,探讨炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系,并表征肿瘤微环境中的细胞异质性 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序的多模态分析方法,系统研究甲状腺癌中炎症蛋白基因的因果作用和细胞异质性 | 未明确说明样本量大小,研究结果需要在更大规模的研究中进一步验证 | 研究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系,并表征甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹 | 甲状腺癌样本和与炎症蛋白表达相关的遗传变异 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序 | 多种MR方法(MR Egger、加权中位数、逆方差加权等) | 遗传变异数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3017 | 2025-10-06 | 
         SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 
        
          2025-Aug-05, Current problems in cardiology
          
          IF:3.0Q2
          
         
        
          DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149
          PMID:40769233
         
       | 
      
      综述 | 本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据 | 系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下抗心脏纤维化的多效性作用机制 | 主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点,且缺乏人体组织学验证 | 探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用 | 心脏纤维化病理过程及相关心血管疾病 | NA | 心血管疾病 | 心脏磁共振、血清胶原生物标志物检测、空间转录组学、高分辨率成像 | NA | 实验数据、临床数据、影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3018 | 2025-10-06 | 
         The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra 
        
          2025-Aug-04, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41467-025-62478-3
          PMID:40759663
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组技术揭示了帕金森病黑质区T细胞和胶质细胞的病理空间景观 | 首次在帕金森病脑组织中发现CD8+T细胞克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性 | 研究基于死后脑组织样本,无法观察疾病动态过程 | 探究帕金森病中适应性免疫反应在脑内的特征和机制 | 帕金森病患者死后黑质脑组织 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 帕金森病患者死后脑组织样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | NA | 
| 3019 | 2025-10-06 | 
         Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer 
        
          2025-Aug-04, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41598-025-13843-1
          PMID:40760011
         
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      研究论文 | 通过多组学分析揭示PLXNA3基因在乳腺癌预后和免疫特征中的关键作用 | 首次系统阐明PLXNA3在乳腺癌中的预后价值和免疫调节功能,发现其与抗PD1免疫治疗反应的相关性 | 未明确PLXNA3影响免疫激活状态的具体分子机制 | 探究PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学功能和临床意义 | 乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外功能实验 | NA | RNA测序数据, 细胞功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 3020 | 2025-10-06 | 
         OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 
        
          2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
        
          DOI:10.1101/2025.07.31.667797
          PMID:40766492
         
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      研究论文 | 开发了一个名为OmniCellAgent的智能AI代理,用于促进精准医学领域的自主科学发现 | 首个专门设计的代理AI模型,能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献检索 | NA | 促进精准医学领域的自主科学发现,帮助非计算专家用户进行单细胞RNA测序数据驱动的生物医学研究 | 患者及家属、临床医生和湿实验室研究人员等非计算专家用户 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型, AI代理 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |