单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-16	Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease 2025-Apr, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.037203 PMID:40135555	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了与冠状动脉疾病（CAD）风险相关的基因及其分子机制	首次整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据，采用基于汇总数据的孟德尔随机化和共定位分析，识别出与CAD风险相关的新基因	研究结果主要基于统计关联分析，尚未通过实验验证这些基因在CAD中的具体功能机制	探索冠状动脉疾病的分子网络和潜在致病基因	冠状动脉疾病（CAD）相关基因	生物信息学	心血管疾病	summary data-based Mendelian randomization, colocalization analysis, single-cell RNA sequencing	NA	多组学数据（甲基化、基因表达、蛋白质水平）	NA
282	2025-05-16	Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70435 PMID:40159631	研究论文	本研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境（TME）和免疫治疗中的作用	首次使用机器学习算法（Lasso回归和生存SVM）结合转录组分析和单细胞RNA测序数据，识别了与肺癌TME中免疫异质性相关的鞘脂代谢基因，并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物	研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的临床样本，可能受到样本来源和数据质量的限制	探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	肺癌（LUAD和LUSC）肿瘤微环境中的鞘脂代谢相关基因和免疫细胞	机器学习	肺癌	转录组分析、scRNA-seq、Lasso回归、生存SVM	Lasso回归、生存SVM	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据	TCGA和GTEx数据库中的临床样本
283	2025-05-16	Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70281 PMID:40162549	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出一种独特的CXCL14+肌成纤维性癌症相关成纤维细胞（myCAFs）亚群，该亚群在肺腺癌（LUAD）中促进肿瘤转移并导致对EGFR-TKIs的耐药性，同时发现Filgotinib可逆转这种耐药性	首次识别出CXCL14+ myCAFs亚群在LUAD中的关键作用，并发现Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药性的潜在治疗药物	研究主要基于体外和动物实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肺腺癌转移和EGFR-TKIs耐药性中的作用	肺腺癌（LUAD）患者和模型	癌症生物学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 临床样本数据	多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本
284	2025-05-16	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的位点，并通过多组学分析发现了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究仅针对核桃品种'湘灵'和八个核桃物种，可能无法完全代表所有核桃品种的遗传多样性	系统阐明核桃壳发育的基因组景观和基因调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其内果皮/壳	基因组学	NA	多组学分析（转录组学、代谢组学、DNA甲基化、空间转录组学）、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据、空间转录组数据	285个核桃种质资源
285	2025-05-16	Emerging targets for advancing endometrial therapeutics 2025-04, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104785 PMID:40287196	review	本文综述了子宫内膜研究的最新靶点，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物组、类器官模型、月经血分析以及较少研究的子宫内膜老化	强调了子宫内膜研究中的新兴技术和方法，如单细胞RNA测序和空间转录组学	未提及具体的研究数据或实验结果，主要是对现有研究的总结和展望	推进子宫内膜治疗的研究和理解	子宫内膜及其在妇科病理学中的作用	生物医学研究	妇科疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析, 类器官模型	NA	NA	NA
286	2025-05-16	Programmed Cell Death 10 (PDCD10) Is a Candidate Tumor-associated Gene in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr, Anticancer research IF:1.6Q4 DOI:10.21873/anticanres.17527 PMID:40155014	研究论文	本研究通过分析染色体扩增区域，识别了食管鳞状细胞癌(ESCC)中新的候选肿瘤相关基因PDCD10，并评估了其与临床病理因素及预后的关联	首次将PDCD10识别为ESCC中的候选肿瘤相关基因，并发现其高表达与不良预后相关，同时鉴定了两种潜在的治疗药物	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	识别ESCC中新的肿瘤相关基因并探索其治疗潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤基因组学	食管癌	DNA拷贝数变异分析、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	基因组数据、表达数据	来自TCGA和CCLE的ESCC病例数据及细胞系数据
287	2025-05-16	Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness 2025-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07947-7 PMID:40158033	research paper	提出了一种名为RBET的参考信息统计框架，用于评估单细胞组学数据批次效应校正（BEC）的成功与否，特别关注数据过度校正的问题	RBET是首个能够敏感检测数据过度校正的统计框架，提供了生物学上有意义的评估标准	虽然RBET在多种数据集上进行了验证，但其在其他单细胞组学模态上的普适性仍需进一步验证	开发一个能够公平评估批次效应校正方法性能的统计框架，避免过度校正导致的生物学变异丢失	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	统计框架（RBET）	单细胞组学数据	六组真实数据示例及大量模拟数据
288	2025-05-16	Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95731-2 PMID:40159545	研究论文	通过单细胞测序技术发现与膀胱癌进展和免疫抑制微环境相关的高表达ESM1的内皮细胞亚群	首次识别出高表达ESM1的内皮细胞亚群，并揭示其在膀胱癌进展和免疫抑制微环境中的作用	样本量相对较小（7,519个单细胞），且仅针对膀胱癌进行研究	探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性和生物学功能	膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞	数字病理	膀胱癌	scRNA-seq, AUCell分析, pySCENIC算法, EdU和Transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	7,519个CD45阴性单细胞
289	2025-05-16	SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage 2025-Mar-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07551-x PMID:40157917	研究论文	本研究通过空间转录组学分析慢性脑出血患者的分子特征，发现SERPINA3作为潜在的预后生物标志物，与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率相关	首次发现SERPINA3在脑出血患者中显著上调，并与出血严重程度、神经功能评分及长期功能结果相关	需要更大规模的前瞻性队列研究进行验证	探索脑出血患者长期神经功能结果的预测生物标志物	脑出血患者和健康对照	神经科学	脑出血	空间转录组学	NA	转录组数据、血浆样本	250名脑出血患者和250名健康对照
290	2025-05-16	Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure 2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03317-x PMID:40158134	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析，探讨了一种新型抗氧化多酚纳米颗粒（PN@Col）在改善老年性心力衰竭中的作用机制	首次将抗氧化多酚纳米颗粒与STAT3激动剂结合，针对心肌细胞铁死亡和氧化应激进行干预	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚待验证	探索新型纳米颗粒治疗老年性心力衰竭的潜在机制和效果	心肌细胞和老年性心力衰竭小鼠	纳米医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、AUCell分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
291	2025-05-16	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态复杂相互作用的新见解	讨论了研究剪切力的实验模型的潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管病理生理学中的作用	内皮细胞	心血管研究	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
292	2025-05-16	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文全面分析了多组学技术如何增进对心脏纤维化的理解，并探讨了这些技术在心衰治疗中的潜在应用	整合基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，揭示了心脏纤维化的新分子机制和治疗靶点	未提及具体实验样本量或临床转化面临的具体挑战	探讨多组学技术对心脏纤维化机制研究的贡献及其在心衰精准治疗中的应用前景	心脏纤维化的分子机制与治疗靶点	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
293	2025-05-16	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌中的潜在调控作用	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，发现TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌肿瘤微环境中的关键调控作用	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序样本较少(MSI=7, Non-MSI=19)	阐明微卫星不稳定胃腺癌与非微卫星不稳定胃腺癌在肿瘤微环境中的差异及其潜在机制	胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系(SNU-1和AGS)	数字病理学	胃腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化(IHC), 定量PCR(qPCR), Western blot(WB)	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像, 蛋白质印迹数据	单细胞RNA测序样本26例(MSI=7, Non-MSI=19), 批量RNA测序样本237例(MSI=39, Non-MSI=198), 免疫组化样本23例(MSI=13, Non-MSI=10)
294	2025-05-16	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	research paper	本研究揭示了c-FOS在促进中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成和中性粒细胞招募中的作用，及其在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中的分子机制	首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成，并揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC肺转移中的作用	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证有待进一步开展	探索NETs介导的TNBC肺转移的分子机制，并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肺转移过程	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	基因表达数据、临床样本数据	乳腺癌标本和血清样本（数量未明确说明）
295	2025-05-16	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	research paper	本研究揭示了先兆子痫（PE）特有的免疫微环境及促炎巨噬细胞在母胎界面的作用	首次全面描述了PE胎盘中的免疫微环境，并发现促炎巨噬细胞通过调节记忆样Th17细胞和CD8 T细胞促进PE的发展	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究PE的免疫微环境及其与GDM的区别	先兆子痫（PE）和妊娠期糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	PE、GDM和正常妊娠（NP）患者的胎盘组织
296	2025-05-16	Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis 2025-Mar-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57570-7 PMID:40155385	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠TNF依赖性回肠炎的细胞特征及成纤维细胞亚型在炎症空间调控中的关键作用	首次发现成纤维细胞亚型通过TNFR1信号传导在空间上调控回肠炎症，并明确了不同亚型在炎症起始和进展中的特异性作用	研究基于小鼠模型，人类疾病中的适用性需要进一步验证	探究克罗恩病样回肠炎的发病机制及成纤维细胞亚型的作用	Tnf转基因小鼠模型中的回肠组织	单细胞生物学	克罗恩病	单细胞RNA测序	Tnf转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（使用Tnf转基因小鼠和野生型小鼠进行对比）
297	2025-05-16	Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments 2025-Mar-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07512-2 PMID:40155473	研究论文	本研究探讨了TREM2脂质相关巨噬细胞(LAM)和癌症相关成纤维细胞(CAFs)在调节胃癌微环境中的作用	揭示了CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2 LAMs的免疫抑制能力的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	阐明胃癌微环境中细胞相互作用的机制	胃癌微环境中的TREM2+巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	单细胞RNA测序和批量RNA分析	NA	RNA测序数据	NA
298	2025-05-16	Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13845-2 PMID:40155851	研究论文	本研究探讨了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CDH3在结直肠癌转移中的关键作用，并提出了阿法替尼作为靶向CDH3的潜在药物	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步的实验验证	探索CDH3在结直肠癌转移中的作用及其治疗潜力	结直肠癌组织和相关公共数据库数据	癌症研究	结直肠癌	免疫组化、单细胞测序、分子对接、功能富集分析	NA	基因表达数据、临床样本	多个公共数据库（TCGA、HCMDB、UALCAN等）的数据及临床样本
299	2025-05-16	Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13957-9 PMID:40155861	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌（H. pylori）感染状态对胃癌患者生存的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞的异质性	揭示了H. pylori感染状态与胃癌患者生存时间的显著关联，并鉴定了与H. pylori感染状态相关的特定T细胞亚群	样本量相对较小（488例患者和6个肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	研究H. pylori感染状态对胃癌患者生存和T细胞反应的影响	胃癌患者及其T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	488例胃癌患者和18,717个T细胞（来自6个肿瘤样本）
300	2025-05-16	Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset 2025-Mar-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03543-4 PMID:40156041	research paper	该研究通过生成SpatialBenchVisium数据集，评估了10x Genomics Visium平台在不同组织准备协议下的性能	提出了一个独特的参考数据集SpatialBenchVisium，用于评估Visium平台在不同组织准备协议下的数据质量和生物学特征恢复能力	研究仅针对小鼠脾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估和比较10x Genomics Visium平台在不同组织准备协议下的数据质量和生物学特征恢复能力	小鼠脾脏组织	空间转录组学	疟疾感染	10x Genomics Visium平台，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个小鼠脾脏组织样本，包括新鲜冷冻和FFPE处理样本，以及手动和CytAssist组织放置样本