单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-22	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	该研究探讨了运动如何通过激活代谢转导酶SCD1来促进血管保护性代谢物的产生，从而减轻血管炎症反应	揭示了运动通过增加内皮SCD1表达，催化抗炎脂质代谢物OA和PA，减轻NF-κB介导的炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究运动对血管保护的代谢转导机制	野生型小鼠和SCD1缺失小鼠	心血管疾病	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
282	2025-07-22	Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169225 PMID:38051587	研究论文	通过单细胞测序揭示Hippo信号通路在化脓性汗腺炎纤维化中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色技术，首次全面描述了慢性化脓性汗腺炎的发病机制，并发现Hippo信号通路在促进纤维化中的核心作用	NA	探索化脓性汗腺炎的发病机制，特别是纤维化的分子机制	化脓性汗腺炎患者的组织样本	数字病理学	化脓性汗腺炎	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫染色	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA
283	2025-07-22	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-01-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	研究探讨了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在ALS和FTD中的潜在机制	揭示了C9orf72通过调控CD80表达和IL-17A信号通路在神经炎症中的作用，为ALS和FTD的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究C9orf72突变在ALS和FTD中引发自身免疫和炎症的分子机制	小鼠造血祖细胞、人类脊髓小胶质细胞	神经免疫学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)、额颞叶痴呆(FTD)	条件性突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种细胞类型和小鼠组织
284	2025-07-22	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	研究论文	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于识别空间转录组数据中由细胞间相互作用驱动的局部基因表达变化	开发了niche-DE和niche-LR方法，专注于细胞类型特异性空间生态位相关基因的识别及配体-受体信号机制的揭示	未提及具体样本量或实验验证的详细情况	研究空间转录组数据中细胞间相互作用对局部基因表达的影响	空间转录组数据中的细胞类型及其基因表达	空间转录组学	NA	空间转录组数据分析	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
285	2025-07-22	Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44137-7 PMID:38167262	研究论文	开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于检测细胞谱系定义特征，包括单核苷酸变异、融合基因、异构体、嵌合抗原和TCR序列	提出了一种灵活的长读长测序工作流程nanoranger，能够从单细胞cDNA文库中检测多种细胞谱系定义特征，克服了短读长测序的限制	需要进一步验证nanoranger在其他癌症类型和更大样本量中的适用性	改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法	急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞	基因组学	急性髓系白血病	长读长测序	NA	基因组数据	数千个骨髓浸润免疫细胞
286	2025-07-22	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本研究提出了一种基于真实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，用于在真实医疗场景中识别差异基因，并发现DDX47在多种场景下具有优越的诊断价值	研究仅基于三个数据集，且部分数据来自公共数据库，可能存在样本选择偏差	探索脓毒症和感染性休克的早期诊断方法	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
287	2025-07-22	Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298802 PMID:38394161	研究论文	本研究利用空间转录组学方法识别与眼小梁网高或低流出区域相关的基因，探讨其对房水流出的潜在影响	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台定位眼小梁网分段流出区域的基因表达差异，发现ADAM15等基因在调节ECM/整合素活性中的新作用	研究基于体外器官培养模型，可能与体内生理条件存在差异；样本量未明确说明	探究眼小梁网分段流出区域的分子机制	人类眼前节器官培养物中的小梁网组织	数字病理	青光眼	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP平台）、免疫标记	NA	空间转录组数据、荧光标记图像	NA（未明确说明样本数量）
288	2025-07-22	SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME ANALYSIS IN HEALTH AND DISEASE 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002274 PMID:37962963	综述	本文提供了单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的广泛应用概述	单细胞转录组分析能够揭示组织中的细胞多样性和复杂性，并检测细胞基因表达的随机性	NA	探讨单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的应用	单细胞转录组	生物信息学	多种疾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
289	2025-07-22	The bone marrow of mouse-rat chimeras contains progenitors of multiple pulmonary cell lineages 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1394098 PMID:38694819	研究论文	本研究通过创建小鼠-大鼠嵌合体，探索了骨髓移植在辐射诱导的肺损伤后肺修复中的作用	利用大鼠作为“生物反应器”创建了富含呼吸祖细胞的小鼠骨髓细胞移植，首次发现供体骨髓细胞对肺内皮细胞和基质细胞的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索骨髓移植在辐射诱导肺损伤后肺修复中的作用	小鼠-大鼠嵌合体的骨髓细胞	生物医学	辐射诱导的肺损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术(FACS)、免疫染色	小鼠-大鼠嵌合体模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠-大鼠嵌合体及其骨髓细胞
290	2025-07-22	Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045 PMID:39229279	研究论文	本研究探讨了芳香烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其在结肠炎中的性别依赖性影响	揭示了AhR在IL-22信号通路中的细胞和性别特异性作用，特别是对Bacteroides acidifaciens的调控及其在结肠炎中的性别差异影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究AhR在IL-22产生免疫细胞中的调控作用及其对结肠炎的影响	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、16S rRNA微生物组分析	小鼠模型	基因表达数据、微生物组数据	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠
291	2025-07-22	Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241287120 PMID:39502448	review	本文综述了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法，并讨论了相关术语、金标准研究和数据集、性能指标以及不同基准测试方法的优缺点	提供了关于单细胞基因调控网络方法基准测试的全面讨论，提出了替代的真实数据集和额外的考虑因素	未涉及具体实验验证，主要基于理论和方法论的讨论	探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试策略	单细胞基因调控网络的计算方法和基准测试方法	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
292	2025-07-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	首次在人类中揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的机制，并利用单细胞RNA测序和多重染色技术进行纵向采样分析	样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，多重染色	NA	RNA测序数据，图像数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者的匹配治疗前后肿瘤活检样本
293	2025-07-22	A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells 2024-Jan, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202300571 PMID:40677964	research paper	该研究开发了一种能够自我更新的仿生骨骼肌构建体，使用诱导肌源性祖细胞（iMPCs）实现	利用iMPCs和电纺技术创建了能够自我更新并产生排列整齐肌管的仿生肌肉构建体，首次在体外模拟了骨骼肌的分化和再生过程	研究尚未在体内环境中验证构建体的长期功能和整合能力	开发模拟骨骼肌再生和排列的体外系统，用于基础研究和再生医学	诱导肌源性祖细胞（iMPCs）和仿生骨骼肌构建体	再生医学	肌肉疾病	电纺技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外仿生模型	基因表达数据	NA
294	2025-07-22	Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice 2023-Dec-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86269 PMID:38127424	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了凋亡细胞识别和清除在小鼠皮肤伤口早期炎症中的细胞动态变化及其对组织修复的调控机制	发现Axl信号通路在伤口修复中的必要性，并揭示了Timd4受体在凋亡细胞清除和组织修复中的独特作用	研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口的数据仅涉及mRNA水平分析	探究凋亡细胞识别受体在皮肤组织修复中的调控机制	小鼠皮肤伤口和人类糖尿病足伤口	分子生物学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
295	2025-07-22	Retrospective pharmacogenetic study of psoriasis highlights the role of KLK7 in tumour necrosis factor signalling 2023-12-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad332 PMID:37672660	研究论文	本研究通过回顾性药物遗传学分析，探讨了银屑病治疗反应相关的遗传通路，并揭示了KLK7在肿瘤坏死因子信号传导中的作用	发现了两个与治疗反应相关的新标记物，并首次证实KLK7在银屑病表皮中的表达增加及其对TNF抑制剂的反应性	研究基于回顾性数据，可能存在选择偏倚；样本量虽大但仅限于基因型数据	探索银屑病治疗反应相关的遗传标记物和生物学机制	1942例基因分型的银屑病患者	药物遗传学	银屑病	基因分型、线性回归、免疫组织化学、单细胞RNA测序	线性回归模型	基因型数据、表达数据、临床数据	1942例银屑病患者
296	2025-07-22	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+常规2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、过敏原激发试验	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和人类BAL样本（具体数量未明确说明）
297	2025-07-22	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	research paper	提出了一种名为DeTREM的新方法，用于改进基于单核RNA测序数据的脑组织细胞类型去卷积分析	DeTREM通过补偿细胞类型特征与批量RNA测序数据集之间的测序差异，提高了预测细胞类型比例的准确性	主要针对脑组织数据，其他组织类型的适用性未经验证	改进脑组织细胞类型定量分析的准确性	人类脑组织RNA测序数据	生物信息学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量RNA测序	DeTREM, MuSiC, SCDC, CIBERSORTx	RNA测序数据	模拟和真实人类脑组织数据集
298	2025-07-22	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本研究通过融合CTLA-4细胞质尾部（CCT）到CAR-T细胞的CAR末端，显著增强了CAR-T细胞的抗肿瘤效果	利用CTLA-4细胞质尾部的内吞特性重新编程CAR功能，显著提高CAR-T细胞在体内的疗效	研究主要针对白血病模型，未在其他类型癌症中验证	提高CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术	CAR-T细胞模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
299	2025-07-22	Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet 2023-08-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39890-0 PMID:37558676	研究论文	探讨高脂饮食（HFD）如何通过上调疾病相关星形胶质细胞（DAA）和小胶质细胞标记物，增加阿尔茨海默病（AD）和2型糖尿病的风险	首次发现C4b作为星形胶质细胞特异性标记物，在高脂饮食和AD中均上调，并揭示了DAA与GABA能神经元之间的潜在相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类AD数据，可能不完全反映人类疾病的全貌	探索高脂饮食、糖尿病和阿尔茨海默病之间的分子联系	高脂饮食喂养的小鼠和人类AD患者的大脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及高脂饮食小鼠和人类AD患者的大脑样本
300	2025-07-22	An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells 2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.06.552169 PMID:37609218	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序图谱全面注释了果蝇视觉系统中胶质细胞，并研究了它们从幼虫到成虫阶段的发育轨迹	发现了胶质细胞体与断裂过程的转录组差异，并鉴定了特定mRNA在细胞体或细胞过程中的定位	研究仅针对果蝇视觉系统，可能不适用于其他生物或神经系统	理解胶质细胞的发育和功能	果蝇视觉系统中的胶质细胞	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	mRNA测序数据	发育中的果蝇视觉系统胶质细胞（幼虫到成虫阶段）