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当前共找到 40164 篇文献,本页显示第 2941 - 2960 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2941 2026-05-05
Integrated Single-Cell Whole-Genome Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Intratumoral Heterogeneity in Ovarian Cancer
2026-May-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究通过单细胞全基因组测序和空间转录组学分析揭示了卵巢癌的瘤内异质性 首次整合单细胞全基因组测序与空间转录组学,从基因组和转录组两个层面解析卵巢癌瘤内异质性,并发现基因组不稳定性驱动的克隆异质性与可塑性 仅纳入五例晚期初治原发性上皮性卵巢癌样本,样本量较小;研究未涉及肿瘤微环境对异质性的影响 探究卵巢癌中由基因组不稳定性驱动的瘤内异质性及其对疾病复发和治疗失败的影响 五例晚期初治原发性上皮性卵巢癌(包括高级别浆液型和透明细胞型)样本 基因组学, 空间转录组学 卵巢癌 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA 单细胞DNA测序数据, 空间转录组数据 5例卵巢癌组织样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台
2942 2026-05-05
Normalization choice drives biological interpretation in single-cell RNA-seq cancer studies: A systematic benchmarking of 465 computational pipelines
2026-May-01, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 系统比较单细胞RNA-seq数据分析中不同计算流程对生物学解释的影响 引入生物不一致性评分(BDS)来量化标记基因解释在不同分析流程中的变化,发现归一化方法选择对生物学解释的影响大于聚类算法选择,且高聚类一致性的流程可能识别出高达86%不同的标记基因 未提及具体局限性 评估单细胞RNA-seq数据分析中计算流程选择对肿瘤研究生物学结论的影响 3个癌症数据集,涵盖超过43.4万个细胞 机器学习 肿瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 超过43.4万个细胞(来自3个癌症数据集) NA 单细胞RNA测序 NA NA
2943 2026-05-05
Unraveling the role of non-coding RNAs in Parkinson's disease: Molecular mechanisms and therapeutic insights
2026-Apr-30, The international journal of biochemistry & cell biology
综述 本文系统总结了非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)在帕金森病发病机制中的分子调控作用,并探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 整合了从单细胞测序和多组学数据中发现的非编码RNA细胞特异性失调模式,并提出了基于ncRNA的分子分层和靶向治疗策略 未涉及非编码RNA在帕金森病中直接用于临床治疗的验证数据,也缺乏跨病理阶段的纵向研究支持 阐明非编码RNA在帕金森病中的分子机制及其作为早期诊断和治疗靶点的潜力 帕金森病患者脑组织中的非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)及其调控网络 机器学习 帕金森病 单细胞测序、多组学分析 NA 单细胞RNA测序数据、多组学数据 NA NA 单细胞RNA测序, 多组学 NA NA
2944 2026-05-05
Kidney Hematopoietic Stem and Progenitor Cells Contribute to Myeloid Development and Pathology in Lupus Nephritis
2026-Apr-28, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 探讨肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎中对髓系发育和病理的贡献 首次证明肾脏中的造血干细胞和祖细胞参与髓外造血,并通过局部髓系细胞扩增促进狼疮性肾炎进展 主要基于小鼠模型,人源样本分析有限,可能需要进一步验证临床相关性 研究髓外造血和肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎发病机制中的作用 狼疮性肾炎小鼠模型(MRL/lpr和TLR7激动剂诱导)及患者尿液样本 数字病理学 狼疮性肾炎 单细胞RNA测序、免疫染色、过继转移实验 NA 序列数据、图像数据 两种小鼠模型及狼疮性肾炎患者尿液样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于肾脏和骨髓祖细胞分析
2945 2026-05-05
scSketch: Interactive Sketch-based Trajectory Exploration and Pathway-Aware Analysis of Single-Cell Data
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 scSketch是一个交互式工具,允许用户通过草图轨迹探索单细胞数据中的基因表达梯度并进行通路感知分析 首次允许用户通过绘制轨迹交互式探索单细胞数据,并在迭代探索中保持统计有效性和生物学可解释性,同时自动计算基因-轨迹相关性并应用在线错误发现率控制 NA 开发一个能够交互式探索单细胞数据中轨迹假设并保持统计有效性和生物学可解释性的工具 单细胞RNA测序数据中的基因表达梯度及细胞状态转变过程 机器学习 NA NA NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2946 2026-05-05
Interpreting and Validating a Deep Learning Model Predictive of Spatial Morphologic-Molecular Patterns in Lung Adenocarcinoma, Using Ground Truth Immunohistochemistry Images
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发并验证了深度学习模型XpressO-Lung,该模型利用常规H&E染色的全切片图像预测肺腺癌中空间形态-分子模式,并通过免疫组化在外部临床样本中验证 首次实现通过常规病理切片预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性,无需空间转录组学技术,且模型具有可解释性 训练样本仅来自TCGA的200例肺腺癌病例,可能存在选择偏倚;预测基因数量有限;AUC范围0.64-0.92,部分基因预测性能中等 开发可解释的深度学习模型,通过学习组织形态与批量转录组数据的关联,在常规病理切片上预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性 肺腺癌肿瘤组织及其微环境中的空间基因表达模式 数字病理学 肺癌 深度学习 可解释深度学习模型 图像 200例TCGA肺腺癌病例用于训练,外部验证集来自Dartmouth Health的临床样本 NA NA NA NA
2947 2026-05-05
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 使用人源化小鼠模型研究TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂相关肾炎的缓解作用 首次在人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型中评估TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂所致急性间质性肾炎的预防效果,并利用单细胞RNA-seq揭示免疫细胞群和关键基因变化 未提及具体局限性 探讨TNF-α阻断能否预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎 人源化PD-1/PD-L1嵌合小鼠 机器学习和数字病理学 肾炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确样本数量,但分为4组:对照组、ICI-only组、ICI-细胞因子组、ICI-阻断组 未指定 单细胞RNA-seq NA NA
2948 2026-05-05
Single-cell profiling reveals epithelial and immune responses in BK polyomavirus-infected human kidney biopsies
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析BK多瘤病毒感染人肾活检组织中的上皮和免疫反应 首次在单细胞分辨率下揭示BK病毒感染不同阶段(病毒滴度上升期和消退期)中肾小管上皮细胞和免疫细胞的动态分子变化 横断面研究设计无法观察纵向动态变化,且体外细胞培养模型未能完全模拟体内代谢适应和免疫反应 阐明BK多瘤病毒感染导致肾损伤的分子机制,为临床管理提供新见解 肾移植活检组织中的上皮细胞和免疫细胞 机器学, 数字病理学 BK病毒性肾病,肾移植并发症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未感染者对照和BK病毒感染两个阶段(病毒滴度上升期和消退期)的肾移植活检样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2949 2026-05-05
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 使用IBEX技术生成人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱 将抗体解离选项与化学漂白相结合,实现同一宿主物种抗体的灵活使用,并将其与超分辨率成像耦合,揭示了视网膜细胞群体和外界膜的超微结构特征 NA 绘制人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并探究外界膜的结构组成 人和小鼠视网膜组织 数字病理学 NA 多重免疫组织化学 IBEX NA 图像 健康人和野生型小鼠视网膜,以及Crb1rd8小鼠模型 NA 空间蛋白质组学 NA IBEX 超分辨率成像
2950 2026-05-05
FOSL2 regulates endothelial cell state and chromatin accessibility in systemic sclerosis pulmonary vascular remodeling
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 探究FOSL2在系统性硬化症肺部血管重塑中调控内皮细胞状态和染色质可及性的作用 首次通过多组学数据、转基因小鼠模型和深度学习模型ChromBPNet,揭示FOSL2在系统性硬化症相关肺动脉高压中调控内皮细胞表型的关键机制 未明确说明研究限制 阐明FOSL2在系统性硬化症肺部血管病变中对内皮细胞表型和染色质可及性的调控机制 系统性硬化症合并间质性肺病和肺动脉高压患者肺部组织、Fosl2转基因小鼠、Sugen/缺氧及缺氧处理小鼠、原代血管内皮细胞 数字病理学 血管疾病, 肺病, 自身免疫病 多组学分析、单细胞RNA测序、深度学习模型 ChromBPNet 基因表达数据、染色质可及性数据 系统性硬化症患者肺部样本及多种小鼠模型样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2951 2026-05-05
Ancestry-specific rewiring of BCR-MAPK signaling in sarcoidosis B cells
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示结节病B细胞中BCR-MAPK信号通路的祖先特异性重构 首次在单细胞水平上揭示结节病B细胞中MAPK信号重编程及BCR的祖先特异性扩增,并发现与非裔和欧裔人群疾病差异相关的基因表达模式 未提及 探究B细胞在结节病发病机制中的作用及其在不同祖先人群中的差异 外周血单核细胞(PBMCs)来自非洲裔和欧洲裔个体,包括健康对照、结节病患者和系统性红斑狼疮(SLE)患者 单细胞转录组学 结节病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 48名健康对照、59名结节病患者、28名SLE患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2952 2026-05-05
Generative AI-assisted Bayesian-frequentist Hybrid Inference in Single-cell RNA Sequencing Analysis for Genes Associated with Alzheimer's Disease
2026-Apr-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
research paper 提出了一种生成式AI辅助的贝叶斯-频率学派混合推断框架,用于单细胞RNA测序分析中与阿尔茨海默病相关的基因 首次将基于大语言模型的先验知识获取与混合推断理论相结合,在基因组范围贝叶斯分析中实现了计算高效和统计效能提升 依赖于ChatGPT-4o的标准化提示输出,可能受限于先验校准的准确性;仅在线性模型下推导了闭式混合估计量,尚未扩展到非线性模型 开发一种计算可扩展的贝叶斯-频率学派混合推断方法,用于高维组学数据的全基因组关联分析 ROSMAP队列中阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 machine learning 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 大语言模型(ChatGPT-4o)、线性模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2953 2026-05-05
Plectin promotes an aggressive phenotype and represses cytotoxic T cell activity in pancreatic cancer
2026-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 揭示网蛋白(plectin)在胰腺癌中促进侵袭性表型并抑制细胞毒性T细胞活性的作用机制 首次发现网蛋白作为调节PDAC中T细胞抑制性肿瘤微环境的新因子,并验证抗CSP单克隆抗体可恢复抗肿瘤免疫 未提及具体局限性,但可能包括样本量限制、小鼠模型与人类疾病的差异等 探究网蛋白在胰腺癌中调节T细胞抑制性肿瘤微环境的分子机制 胰腺腺癌(PDAC)患者的肿瘤样本及两种小鼠PDAC模型 计算机视觉 胰腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq(scRNA-seq) NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 229例PDAC患者(scRNA-seq分析)及TCGA-PAAD数据集(未明确具体样本数) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2954 2026-05-05
PALINCODE: Recording cell lineage with ternary palindromic CRISPR bits
2026-Apr-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍PALINCODE系统,利用三元CRISPR位点随机写入细胞谱系信息,实现高密度谱系记录 首次提出使用三元CRISPR位点(cBits)实现更高信息密度的细胞谱系记录,通过截断的Cas9引导序列提高三元编辑效率,理论编码能力达10^25比特 未明确提及局限性,但可能受限于CRISPR编辑的随机性及体内应用时的脱靶效应 开发高密度、高精度的细胞谱系记录平台,克服传统CRISPR谱系追踪方法的局限性 细胞谱系记录系统及体内黑色素瘤模型中的克隆进化 机器学习 黑色素瘤 CRISPR NA 单细胞测序数据 293T细胞及黑色素瘤体内模型 NA 单细胞测序 NA NA
2955 2026-05-05
Dynamic regulation of long non-coding RNAs across asexual and gametocyte development in Plasmodium falciparum
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用长读长Oxford Nanopore直接RNA测序、核糖体图谱分析和单细胞转录组学,对恶性疟原虫无性期和配子体发育过程中的长链非编码RNA进行动态调控研究 首次整合长读长纳米孔直接RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组学,对恶性疟原虫lncRNA进行稳健的阶段特异性表征,揭示了其在配子体发生和传播中的潜在作用 研究中可能受到短读长Illumina测序、逆转录酶伪迹以及链特异性cDNA文库中第二链不完全降解的影响,这些因素阻碍了全基因组lncRNA的鉴定 全面鉴定恶性疟原虫无性期和配子体阶段的lncRNA,并探讨其基因表达调控中的作用 恶性疟原虫的无性期和配子体阶段样本 机器学习 疟疾 纳米孔直接RNA测序、核糖体图谱分析、单细胞RNA测序 NA RNA测序数据、单细胞转录组数据 多个无性期和配子体阶段样本,具体数量未说明 Oxford Nanopore Technologies 直接RNA测序、单细胞RNA测序 Oxford Nanopore直接RNA测序平台 NA
2956 2026-05-05
Transcriptomics and single cell sequencing revealed the important role of PPAR signaling pathway in zebrafish liver fibrosis induced by thioacetamide
2026-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
研究论文 利用转录组学和单细胞测序揭示PPAR信号通路在硫代乙酰胺诱导的斑马鱼肝纤维化中的重要作用 首次通过转录组和单细胞测序联合分析,发现PPAR信号通路在TAA诱导的斑马鱼肝纤维化中起关键作用,并通过干预实验验证 未明确提及具体局限性,可能缺乏人类样本验证或临床相关性分析 探究硫代乙酰胺诱导斑马鱼肝纤维化的分子机制,特别是PPAR信号通路的作用 斑马鱼肝纤维化模型 转录组学, 单细胞测序 肝纤维化 转录组测序, 单细胞测序 NA 转录组数据, 单细胞数据 斑马鱼肝纤维化模型样本 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
2957 2026-05-05
Whole-organism spatial transcriptomics at single-cell resolution in C. elegans
2026-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 展示了一种在秀丽隐杆线虫完整个体中实现单细胞分辨率空间转录组学的工作流程 首次在完整生物体上实现单细胞分辨率的多重空间转录成像,通过最多40个基因的连续成像保留空间背景,并结合标记基因面板实现神经元可重复识别 目前仅适用于线虫紧凑透明的体型,可能难以直接扩展到更大或更复杂的生物体 开发一种可扩展的空间转录组学框架,用于分析完整生物体中的基因表达和细胞身份 秀丽隐杆线虫 数字病理学 NA 单分子荧光原位杂交(smFISH),多重成像 NA 图像 整个秀丽隐杆线虫个体 NA 空间转录组学 NA NA
2958 2026-05-05
Dysregulation of Hippo Signaling Pathway as a Convergent Mechanism Underlying Choroid Plexus Defects in Bipolar Disorder
2026-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 发现Hippo信号通路失调是双相情感障碍中脉络丛缺陷的汇聚机制 首次通过人类大脑类器官和脉络丛类器官揭示Hippo通路激活驱动脉络丛过度生长,并整合遗传学证据表明该通路在双相情感障碍病理中的关键作用 未提及具体局限性 探究双相情感障碍中脉络丛异常的分子机制 双相情感障碍患者与健康对照者来源的人类皮层类器官和脉络丛类器官 数字病理学 双相情感障碍 单细胞转录组学,全基因组关联研究,结构磁共振成像 NA 基因表达数据,影像数据 双相情感障碍患者和健康对照者来源的类器官及结构磁共振成像扫描 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序,全基因组测序 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒进行单细胞转录组测序,Illumina NovaSeq平台进行全基因组测序
2959 2026-05-05
SCOPE: Localizing fate-decision states and their regulatory drivers in single-cell differentiation
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出SCOPE框架,利用半监督共形预测将单细胞分化中的命运决策状态及表观遗传预启动局部化至离散转录组学窗口 首次通过共形推断形式化命运不确定性,在高维单细胞数据中严格界定细胞命运承诺的边界,并揭示染色质可及性先于基因表达的时序滞后 依赖于共形预测的假设(数据可交换性),在高度噪声或样本量较小的数据中性能可能受限 定位单细胞分化中命运决策的关键转录组学状态及调控因子 模拟数据、谱系追踪的小鼠造血系统、多个人类造血数据集和人类视网膜发生数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、多组学测序 半监督共形预测 基因表达数据、染色质可及性数据 涵盖模拟、小鼠造血、人类造血及人类视网膜发生的多个数据集 NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学 NA NA
2960 2026-05-05
Chemotherapy-Induced Oral Mucosal Injury Is Defined by p53 Activation, Cell Cycle Arrest and Diverse Epithelial Progenitor Dynamics
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过小鼠模型研究化疗诱导的口腔黏膜损伤的机制,定义p53激活、细胞周期阻滞和不同上皮祖细胞动态变化 首次揭示化疗诱导的口腔黏膜损伤主要由细胞周期阻滞而非凋亡驱动,并发现口腔黏膜独特的代谢重编程和p53/AP-1基因特征的化学耐药细胞群 研究局限于小鼠模型,可能无法完全代表人类口腔黏膜对化疗的反应 阐明化疗诱导的口腔黏膜损伤和修复的分子机制 5-氟尿嘧啶诱导的口腔黏膜炎小鼠模型中的口腔黏膜组织 自然语言处理 口腔黏膜炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确说明样本数量,涉及小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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