单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24341 篇文献，本页显示第 2941 - 2960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2941 | 2024-10-24 |
Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs)
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614807
PMID:39386558
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）在多种组织和无菌炎症条件下的转录组特征 | 首次系统地揭示了LAMs在不同组织和炎症条件下共享的保守转录组特征以及组织特异性基因程序 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能无法完全代表所有物种的LAMs特征 | 探讨脂质相关巨噬细胞在代谢和慢性炎症疾病中的作用及其潜在治疗靶点 | 脂质相关巨噬细胞（LAMs）及其在不同组织和炎症条件下的转录组特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类的多组织样本 |
| 2942 | 2024-10-24 |
A scalable, high-throughput neural development platform identifies shared impact of ASD genes on cell fate and differentiation
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614184
PMID:39386704
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研究论文 | 本文通过优化Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和结构主题建模，研究了自闭症谱系障碍（ASD）基因对细胞命运和分化的共同影响 | 本文提出了一种优化的高通量神经发育平台，结合了CRISPR干扰和单细胞RNA测序，并应用结构主题建模来同时评估细胞命运和发育阶段的影响 | 本文仅研究了60个高置信度的ASD风险基因，可能无法全面代表所有ASD基因的影响 | 识别神经发育障碍基因中的收敛通路，揭示高影响的潜在治疗靶点 | 自闭症谱系障碍（ASD）基因对神经发育的影响 | 基因组学 | 神经发育障碍 | Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | 结构主题建模 | 基因表达数据 | 60个高置信度的ASD风险基因 |
| 2943 | 2024-10-24 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自不同来源的多个空间转录组数据集 | INSPIRE结合了图神经网络和对抗学习机制，实现了对不同来源数据的空间感知和适应性整合，并通过非负矩阵分解揭示了可解释的空间因子及其相关基因程序 | NA | 解决来自不同样本、技术和发育阶段的空间转录组数据的有效整合和解释问题 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络、对抗学习机制 | 空间转录组数据 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 |
| 2944 | 2024-10-24 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
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研究论文 | 研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 发现肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量较多但表现出耗竭表型，并揭示了外源性肿瘤通过促进中间细胞群体抑制CD8+ T细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者数据，需进一步验证在人类中的适用性 | 探讨肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 肝脏中的肿瘤特异性CD8+ T细胞及其在肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | RNA | 小鼠肿瘤模型和患者数据 |
| 2945 | 2024-10-24 |
Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614640
PMID:39386671
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研究论文 | 本文开发了一种名为3DEEP的组织清除和空间转录组学策略，用于分析厚度达400 µm的组织块，并成功捕捉了12小时龄小鼠皮肤中371个处于不同发育阶段的毛囊的转录组数据 | 本文首次通过空间转录组学技术，对毛囊发育过程中的时空景观进行了四维分析，揭示了毛囊发育的分子阶段和结构出现的顺序 | 研究仅基于单个时间点的数据，未来需要更多时间点的数据以全面理解毛囊发育的动态过程 | 通过空间转录组学技术解析毛囊发育的时空景观 | 小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12小时龄小鼠皮肤中的371个毛囊，包含6百万个转录本和81个基因 |
| 2946 | 2024-10-24 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 本文介绍了scooby模型，该模型能够从单细胞分辨率的DNA序列预测scRNA-seq覆盖率和scATAC-seq插入谱 | scooby是首个能够在单细胞分辨率下从序列预测scRNA-seq和scATAC-seq数据的模型，通过利用预训练的多组学预测器Borzoi并结合细胞特异性解码器进行微调，实现了强大的泛化能力 | NA | 理解调控DNA元件如何在单个细胞中塑造基因表达 | 单细胞分辨率下的基因表达和染色质可及性 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因组数据 | 涉及一个造血数据集 |
| 2947 | 2024-10-24 |
Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics
2024-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.16.589816
PMID:38659838
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研究论文 | 本文训练了一个高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于分类单细胞转录组数据中的细胞周期状态和静止样G0状态 | ccAFv2分类器在分类更多细胞周期状态（包括G0）时表现优于或相当于其他最先进的方法，并具有跨细胞类型和胚层的通用性 | NA | 开发和验证一个高精度的细胞周期分类器，用于解析复杂的生物系统中的细胞异质性 | 人类神经干细胞的单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 分类器 | 转录组数据 | 人类神经干细胞 |
| 2948 | 2024-10-24 |
Cross-expression analysis reveals patterns of coordinated gene expression in spatial transcriptomics
2024-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.17.613579
PMID:39345494
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研究论文 | 本文介绍了一种名为交叉表达的新框架，用于发现空间转录组学中相邻细胞间协调表达的基因对 | 提出了交叉表达框架，用于测量空间相邻细胞间基因表达的协调性，从而以单细胞分辨率理解组织基因表达程序 | NA | 研究相邻细胞如何协调其基因表达 | 空间转录组学中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2949 | 2024-10-24 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 研究通过长期体内成像和高分辨率空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用 | 首次发现黑色素瘤表面的火山口状结构富含β2微球蛋白和抗原识别分子，这些结构在免疫治疗中起到关键作用，并可能成为预测免疫治疗效果的新诊断工具 | 研究主要基于斑马鱼和人类黑色素瘤样本，可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 探讨黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用及其作为新诊断工具的潜力 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高分辨率空间转录组学 | NA | 图像 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 |
| 2950 | 2024-10-24 |
MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612571
PMID:39345374
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研究论文 | 研究探讨了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中的作用，特别是其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 首次揭示了MAPK/ERK信号通路与免疫检查点阻断疗法在胶质瘤中的因果关系，并阐明了其机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用机制 | 胶质母细胞瘤（GB）及其免疫治疗效果 | 数字病理学 | 脑癌 | CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胶质瘤模型、人类BRAFV600E突变胶质瘤组织 |
| 2951 | 2024-10-24 |
Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples
2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612110
PMID:39314461
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研究论文 | 本文通过多种下一代测序技术对参考样本进行了表观基因组、转录组和蛋白质组的全面分析 | 本文首次提供了包含表观基因组和蛋白质组数据的全面参考材料，并揭示了CG富集区域与开放染色质、低甲基化和基因及蛋白质高表达之间的关系 | 本文主要集中在两个细胞系的研究，未来需要扩展到更多类型的细胞和组织 | 提供高质量的参考材料，用于验证和基准测试各种组学分析方法和生物信息学方法 | 乳腺癌细胞系和B细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序技术（NGS），包括ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组分析 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据和蛋白质组数据 | 两个细胞系，包括乳腺癌细胞系和B细胞系 |
| 2952 | 2024-10-24 |
Scalable imaging-free spatial genomics through computational reconstruction
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606465
PMID:39149311
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研究论文 | 本文开发了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散模式进行计算重建 | 提出了基于分子扩散模式的计算重建方法，无需成像即可生成高分辨率的空间转录组数据 | 该方法的适用性和准确性需要进一步的实验验证 | 开发一种无需成像的高可扩展性空间基因组学方法 | 空间转录组数据的计算重建 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | UMAP算法 | 二维条码阵列 | 覆盖面积达1.2厘米的高分辨率空间信息 |
| 2953 | 2024-10-24 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 研究通过多组学分析揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 首次使用多组学方法（scRNA-seq、蛋白质组学、流式细胞术）对超过300名健康成年人的外周免疫进行纵向分析，并揭示了T细胞在年龄相关转录变化中的独特作用 | 研究主要集中在健康成年人，未涉及疾病状态下的免疫细胞动态变化 | 探讨健康成年人中随着年龄增长免疫系统的基本变化，为开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施提供依据 | 健康成年人的外周免疫细胞 | 免疫学 | NA | scRNA-seq、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | scRNA-seq数据、蛋白质组数据、流式细胞数据 | 超过300名健康成年人，其中96名年轻和年长成年人进行了两年的年度疫苗接种跟踪 |
| 2954 | 2024-10-24 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的方法，用于在亚细胞水平上进行空间转录组学分析 | PHOTON方法结合了高分辨率成像和高通量测序技术，能够在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析 | NA | 研究RNA在亚细胞水平的空间分布及其功能和调控 | 卵巢中的颗粒细胞以及核仁和应激颗粒等亚细胞区室的RNA含量 | 数字病理学 | NA | 高分辨率成像和高通量测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2955 | 2024-10-24 |
Epigenetic adaptation drives monocyte differentiation into microglia-like cells upon engraftment into the retina
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 研究探讨了移植到视网膜中的单核细胞如何通过表观遗传适应分化为类似小胶质细胞的细胞 | 首次展示了移植到视网膜中的单核细胞通过表观遗传和转录变化表达出类似小胶质细胞的特征 | 研究主要集中在视网膜环境中的单核细胞，未来研究需要扩展到其他中枢神经系统病理情况 | 探讨单核细胞在中枢神经系统中的分化和功能 | 单核细胞和小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2956 | 2024-10-24 |
Hyperedge Representations with Hypergraph Wavelets: Applications to Spatial Transcriptomics
2024-Sep-14, ArXiv
PMID:39314512
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研究论文 | 本文介绍了超图扩散小波及其在空间转录组学中的应用 | 引入了超图扩散小波，并展示了其在捕捉复杂交互中的优势 | NA | 探索超图在空间转录组学中的应用 | 超图扩散小波在阿尔茨海默病相关细胞微环境中的表示 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | NA | NA | 转录组数据 | NA |
| 2957 | 2024-10-24 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图谱数学框架，并开发了一种算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断出最优的细胞分化图谱 | 本文提出的算法能够更准确地推断细胞分化图谱，并在模拟数据和真实数据中表现优于现有方法 | NA | 推断细胞分化图谱 | 单细胞谱系追踪数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | NA |
| 2958 | 2024-10-24 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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研究论文 | 研究探讨了心脏成纤维细胞通过胶原蛋白信号通路调节心肌和冠状血管发育的作用 | 首次揭示了成纤维细胞通过胶原蛋白信号通路影响心肌细胞和血管内皮细胞发育的机制 | 研究主要集中在胚胎和新生阶段，未涉及成年心脏的长期影响 | 探讨心脏成纤维细胞在心肌和血管发育中的作用及其分子机制 | 心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞mRNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 不同发育阶段的心脏样本 |
| 2959 | 2024-10-24 |
Novel Role of Endothelial CD45 in Regulating Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.610974
PMID:39282400
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中CD45在调节动脉粥样硬化中的内皮间质转化（EndoMT）的作用 | 首次揭示了内皮细胞中CD45缺失通过增加KLF2表达抑制TGFβ信号传导和EndoMT标记物表达，从而保护动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨内皮细胞中CD45在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、动脉粥样硬化小鼠模型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 内皮细胞特异性CD45缺失小鼠（EC-iCD45KO）和ApoE-/-小鼠模型 |
| 2960 | 2024-10-24 |
The Cardioprotective Role of Neutrophil-Specific STING in Myocardial Ischemia/Reperfusion Injury
2024-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.06.611551
PMID:39314411
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研究论文 | 研究中性粒细胞特异性STING在心肌缺血/再灌注损伤中的心脏保护作用 | 首次探讨了中性粒细胞中富含I型干扰素信号的亚群及其在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 研究中性粒细胞在心肌缺血/再灌注损伤中的异质性及其对心脏损伤的影响 | 中性粒细胞及其STING信号在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | 小鼠模型 |