单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2921	2024-10-24	Perioperative chemoimmunotherapy induces strong immune responses and long-term survival in patients with HLA class I-deficient non-small cell lung cancer 2024-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009762 PMID:39428126	研究论文	研究了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	首次探讨了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探讨围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	免疫组化、空间转录组学	NA	组织样本	24名非小细胞肺癌患者
2922	2024-10-24	Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Oct-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05750-2 PMID:39427165	研究论文	研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力	探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响	肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析	NA	RNA	来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本
2923	2024-10-24	Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect 2024-Oct-18, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00362-4 PMID:39424806	研究论文	本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用	首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响	研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制	骨组织中的RANKL和OPG表达细胞	NA	NA	原位杂交技术	NA	RNA	小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组
2924	2024-10-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111028 PMID:39429789	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化	首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证	探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响	小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群	数字病理学	生殖疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠PCOS样模型
2925	2024-10-24	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	研究了多发性硬化症（MS）中克隆扩增的CD8+ T细胞的抗原特异性	首次综合运用单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析MS患者脑脊液和血液中的CD8+ T细胞，并发现了识别EBV抗原和新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型	研究样本仅限于治疗前的MS患者和对照组，且样本量较小	揭示多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆身份、功能和抗原特异性	多发性硬化症患者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA	治疗前的MS患者和对照组
2926	2024-10-24	Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis 2024-10-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75226-2 PMID:39406835	研究论文	本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析	本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性	NA	开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法	血液癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液癌症	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA测序数据	三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集
2927	2024-10-24	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	研究了上呼吸道黏膜中多细菌胞内大分子如何塑造单细胞表观素谱	通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了多细菌胞内大分子在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞信号传导和药物反应的影响	研究主要集中在口腔黏膜，未涵盖其他上呼吸道部位	探讨宿主与微生物在上呼吸道黏膜中的相互作用及其对细胞行为的影响	上呼吸道黏膜中的上皮细胞和基质细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类口腔黏膜的单细胞RNA测序数据
2928	2024-10-24	Advances in long-read single-cell transcriptomics 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02678-x PMID:38787419	综述	本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具	长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性	长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高	探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用	长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用	基因组学	NA	长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
2929	2024-10-24	Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer 2024-Oct, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.317 PMID:38637967	研究论文	研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征	发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角	样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本	探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征	微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本
2930	2024-10-24	The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02663-4 PMID:38526745	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路	利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型	研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证	探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性	胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型，Lasso回归模型	RNA测序数据	一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据
2931	2024-10-24	LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy 2024-Oct, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.233 PMID:39429877	研究论文	研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略	首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性	研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证	揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用	免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因组数据	涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据
2932	2024-10-24	Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease 2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000539689 PMID:39430286	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用	研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响	深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用	糖尿病肾病患者和B细胞亚型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
2933	2024-10-24	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	研究论文	研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了经典半乳糖血症患者卵巢中失调的信号通路，解释了早发性卵巢功能不全的分子机制	首次创建了经典半乳糖血症患者儿童期卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了ER应激信号、氧化应激反应和ATM信号/DNA损伤反应基因的激活	NA	揭示经典半乳糖血症患者早发性卵巢功能不全的分子机制	经典半乳糖血症患者的卵巢组织	数字病理学	生殖系统疾病	单核RNA测序 (snRNA-seq) 和空间转录组学	NA	转录组数据	儿童期女孩的卵巢组织活检样本
2934	2024-10-24	IL-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3) in lung adenocarcinoma predicts prognosis and immunotherapy resistance: involvement of multiple inflammation-related pathways 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-391 PMID:39430338	研究论文	研究探讨了IL-1受体相关激酶3（IRAK3）在肺腺癌（LUAD）中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次揭示了IRAK3在LUAD中的表达与预后和免疫治疗反应的关系，并探讨了其在多个炎症相关通路中的作用	研究主要基于数据库分析和组织微阵列，缺乏体内实验验证	探讨IRAK3在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗反应中的作用	肺腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肺癌	基因集富集分析（GSEA）、组织微阵列、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、蛋白质表达数据	中国国家癌症中心（NCC）的肺腺癌患者队列
2935	2024-10-24	Disulfidptosis-related gene SLC7A11 predicts prognosis and indicates tumor immune infiltration in lung adenocarcinoma 2024-Sep-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1182 PMID:39430814	研究论文	研究探讨了二硫化物应激相关基因SLC7A11在肺腺癌中的预后预测和肿瘤免疫浸润中的作用	首次系统分析了二硫化物应激在肺腺癌中的免疫调节作用，特别是SLC7A11基因的影响	研究结果需要进一步的实验验证	分析二硫化物应激相关基因在肺腺癌中的免疫调节作用	肺腺癌中的二硫化物应激相关基因SLC7A11	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA的数据，包括批量和单细胞RNA测序数据
2936	2024-10-24	Heterogeneity of tumor microenvironment cell groups in inflammatory and adenomatous polyposis coli mutant colorectal cancer based on single cell sequencing 2024-Sep-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-689 PMID:39430845	研究论文	研究了基于单细胞测序的炎症性和APC突变型结直肠癌肿瘤微环境细胞组的异质性	揭示了炎症性CRC和APC突变型CRC的复杂肿瘤微环境，并识别了APOE作为潜在的CRC复发生物标志物	NA	揭示炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境，并为不同亚型的CRC治疗提供理论基础	炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境细胞组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq数据	8494个结直肠癌细胞
2937	2024-10-24	Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612570 PMID:39314374	研究论文	研究通过斑马鱼模型揭示了人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能	首次在斑马鱼中研究了人类SRGAP2基因重复的影响，揭示了其在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能	研究主要集中在斑马鱼模型，尚未在其他物种中验证	探讨人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的作用	斑马鱼模型中的SRGAP2基因重复	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	斑马鱼幼体
2938	2024-10-24	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	研究使用单细胞测序技术分析LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，以识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因	首次使用单细胞测序技术研究LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，并验证了Patch-seq方法的有效性	研究仅限于果蝇模型，且样本量较小	识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因	果蝇的LHLK神经元	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	RNA	果蝇LHLK神经元在喂食和24小时饥饿状态下的样本
2939	2024-10-24	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	研究论文	研究探讨了TREM2缺乏对不同体重（瘦、肥胖和体重减轻）小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响，并分析了克隆T细胞群体的变化	首次揭示了TREM2缺乏在瘦小鼠中减轻乳腺癌肿瘤生长，并伴随T细胞克隆性的变化，而肥胖和体重减轻小鼠中未观察到此现象	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖和体重减轻对TREM2抑制在乳腺癌中疗效的影响	TREM2缺乏对不同体重小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响及克隆T细胞群体的变化	免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序和VDJ测序	NA	RNA	涉及瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型
2940	2024-10-24	Gene expansions contributing to human brain evolution 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.26.615256 PMID:39386494	研究论文	研究探讨了基因扩增在人类大脑进化中的作用	首次分析了完整的端粒到端粒人类基因组序列，识别出可能包含人类特异性旁系同源基因的213个重复基因家族，并通过CRISPR技术在斑马鱼模型中验证了这些基因在脑发育中的作用	研究主要集中在基因扩增和表达模式上，未深入探讨这些基因在人类大脑进化中的具体分子机制	揭示基因扩增在人类大脑进化中的作用	人类特异性重复基因及其在脑发育中的功能	基因组学	NA	长读长DNA测序、CRISPR基因编辑	NA	基因组序列、转录组数据	200名具有不同祖先背景的现代人类、数千个祖先多样化的基因组