单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 43167 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
261	2026-09-09	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发了Spl-ISO-Seq2空间亚细胞分辨率长读长测序技术及配套软件，用于研究成年小鼠大脑中细胞类型特异性的空间异构体变异模式。	将空间长读长测序的分辨率提高至亚微米（220nm点大小，500nm分辨率），并大幅增加条形码数量（1.4亿，此前为8万），使单细胞分辨率的空间异构体分析成为可能。	未在摘要中明确提及，但可能包括技术复杂性或对特定组织类型的适用性限制。	探究空间异构体变异是源于单细胞类型内的空间变化，还是不同区域细胞类型组成的差异。	成年小鼠大脑组织切片。	空间转录组学	NA	空间长读长测序、Visium HD 3'长读长测序	NA	空间转录组数据	成年小鼠大脑（具体数量不明）	10x Genomics（可能涉及Visium HD）	空间转录组学	Spl-ISO-Seq2（自建平台）、Visium HD 3'（10x产品）	220nm点大小，500nm分辨率，1.4亿条形码
262	2026-09-09	A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease 2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.17.676846 PMID:41000888	研究论文	本研究构建了跨模型的空间和单细胞图谱，揭示了骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用	创新性地整合了多个PKD小鼠模型的单细胞与空间转录组数据，并构建了跨模型与模型内变化的交互式网站资源	未在摘要中明确提及局限性	阐明PKD中基因突变、发病年龄和疾病进展速率等变量对细胞和分子后果的影响，并寻找新的治疗靶点	多囊肾病小鼠模型及患者来源的细胞	基因组学	多囊肾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据和空间转录组数据	多个PKD小鼠模型	10x Genomics	单细胞RNA测序, 空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	NA
263	2026-09-09	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，揭示了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同亚细胞定位导致的差异基因表达谱	首次在CTNNB1突变子宫内膜癌中，基于β-catenin蛋白的核内或膜/胞质定位进行空间转录组分析，发现定位差异导致不同的转录谱和潜在治疗靶点TROP2	未提供明确局限性信息	探究CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同定位（核内与膜/胞质）对下游基因表达的影响	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样癌（EEC）肿瘤样本	空间转录组学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	肿瘤样本（具体数量未提及）	NA	空间转录组学	NA	NA
264	2026-09-09	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，鉴定触发肝转移的恶性细胞，并基于病理切片图像开发深度学习模型以预测结直肠癌肝转移风险	首次将单细胞和空间转录组分析与病理组学结合，开发了无需手动标注的弱监督深度学习模型，用于预测结直肠癌肝转移	未明确提及局限性	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测能力	结直肠癌患者及其肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序、全切片图像分析	ResNet18	基因表达数据、组织切片图像	内部测试集（TCGA-CRC组织学图像）及两个外部验证队列（西南医科大学附属医院和西南医科大学附属中医医院）	NA	单细胞RNA测序、空间转录组、批量RNA测序	NA	NA
265	2026-09-09	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究构建了首个针对人类结肠上皮细胞的细胞类型特异性基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并利用其识别与炎症性肠病相关的代谢特征	首次构建了人类结肠上皮细胞的细胞类型特异性基因组规模代谢模型，并包含独特的转运反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢互作	摘要中未提及明确的局限性	利用代谢模型揭示人类结肠上皮细胞的代谢活动，并识别炎症性肠病相关的代谢变化	人类结肠上皮细胞	系统生物学	炎症性肠病	NA	基因组规模代谢模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病、溃疡性结肠炎及健康对照样本（具体数量未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
266	2026-09-09	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文引入动力矩阵来分析和统一位点频率谱、单细胞分裂分布和突变负荷分布，并推导这些分布的期望递推关系	提出动力矩阵框架，统一了SFS、DD和MBD，推导出新的MBD表达式，并在引入死亡的情况下近似所有三种分布	未提及具体局限性	整合理解肿瘤体细胞进化中的突变累积统计量，并建立它们之间的数学联系	肿瘤细胞群体中的突变累积分布（SFS、DD和MBD）	机器学习	肿瘤	数学建模	NA	模拟数据	NA	NA	NA	NA	NA
267	2026-09-09	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-06, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学分析，识别与子痫前期相关的线粒体相关基因，并探讨其与免疫细胞浸润的相关性	首次系统分析子痫前期中线粒体相关基因与免疫微环境的关系，并发现CYP11A1作为HELLP综合征的潜在生物标志物	研究主要基于公开数据集，可能受样本异质性影响；功能验证仅限于胎盘组织，缺乏更广泛的临床验证	识别子痫前期中关键的线粒体相关基因及其潜在调控机制，并探索其诊断价值和免疫相关性	子痫前期胎盘组织中的线粒体相关基因表达及免疫细胞浸润情况	生物信息学	子痫前期	转录组测序、单细胞测序、LASSO回归、ROC曲线分析、免疫荧光染色	LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞转录组数据、临床特征数据	未明确，涉及GEO数据集GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906	未明确	转录组测序、单细胞RNA测序	未明确	未明确
268	2026-09-09	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	介绍DeepDeconUQ，一种基于bulk RNA-seq数据预测恶性肿瘤细胞分数区间估计的深度神经网络模型	将不确定性量化整合到癌症细胞分数预测中，通过共形分位数回归提供可靠的预测区间，并校准区间保证统计有效性和判别力	未提及明确的局限性	改进恶性肿瘤细胞分数的估计方法，提供带预测区间的估计以支持临床和研究应用	模拟和真实癌症数据集中的组织样本	机器学习	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	深度神经网络，分位数回归	基因表达谱数据	未明确说明具体样本数量	NA	bulk RNA-seq	NA	NA
269	2026-09-09	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	介绍WISpR算法，一种基于稀疏回归的空间转录组学细胞类型反卷积方法，以改善细胞分布预测的准确性	引入斑点特异性超参数和稀疏驱动建模，保留生物学一致性，优于五种现有方法	未提及	开发一种能准确预测空间转录组数据中细胞类型分布，同时保持生物学相关性的机器学习算法	空间转录组数据中的细胞类型分布，包括正常和癌性组织	机器学习	癌症	空间转录组学	稀疏回归模型	空间转录组数据	十个数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
270	2026-09-09	RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188 PMID:40522999	研究论文	开发了RIDDEN，一个基于转录组数据推断受体活性的计算工具，它利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的表达水平预测受体活性	首次直接关注受体侧活动，利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的共表达来推断活性，并构建了包含14463个扰动表达谱和229个受体的大型训练模型	摘要中未提及明显局限性	开发一种直接从转录组数据推断受体活性的计算工具，以识别细胞和疾病特异性受体活性变化并促进细胞间通信研究	受体活性推断模型，用于免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列以及体外和体内受体扰动数据	机器学习	癌症	转录组测序	机器学习模型	基因表达谱	使用14463个扰动基因表达谱（用于229种受体）以及独立的体外和体内受体扰动数据集和免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
271	2026-09-09	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090 PMID:40549685	研究论文	介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确识别线粒体突变并推断细胞谱系。	MitoTracer能够自动识别信息丰富的线粒体突变，并在多个平台上表现出优于现有方法的高敏感性和特异性。	未在摘要中明确提及，可能包括对特定数据类型依赖或计算复杂度等。	开发一种工具，以精确识别信息丰富的线粒体突变，用于基于单细胞测序数据的谱系重建。	线粒体突变和单细胞测序数据（scRNA-seq和scATAC-seq样本）。	计算生物学、生物信息学	癌症（如BRAF突变黑色素瘤）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	算法（MitoTracer，可能基于统计或机器学习方法）	单细胞测序数据、基因表达数据、染色质开放性数据	未明确提及，但涉及癌症进化数据集和实验谱系测序数据	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	NA
272	2026-09-09	scRepertoire 2: Enhanced and efficient toolkit for single-cell immune profiling 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012760 PMID:40577285	研究论文	本文介绍了scRepertoire 2，一个用于单细胞免疫谱分析R包的重大更新，增强了克隆型追踪、多样性度量和可视化模块，并与Seurat等框架集成，同时大幅提升性能	引入了改进的克隆型追踪工作流、新颖的可视化模块以支持纵向和比较研究，并实现了85.1%的速度提升和91.9%的内存减少	未提及限制	提供高效且全面的单细胞免疫受体数据分析工具，以支持免疫反应研究	单细胞免疫受体数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞适应性免疫受体库测序	NA	文本和测序数据	未指定，但用于基准测试的多种库大小范围	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
273	2026-09-09	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出OrgaCCC，一种基于正交图自编码器的方法，用于从空间转录组数据中推断细胞-细胞通讯网络	利用正交耦合变分图自编码器，同时捕获细胞/点和基因特征，并通过最大化重建细胞/点特征的相似性进行整合，不依赖有限的文献基因列表	摘要未提及明显的局限性	开发一种深度学习方法来准确推断空间转录组数据中的细胞通讯	空间转录组数据中的细胞通讯推断	机器学习, 空间转录组学	NA	空间转录组测序	变分图自编码器	空间转录组数据	五个空间转录组数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
274	2026-09-09	Comprehensive characterization of T cell subtypes in lung adenocarcinoma: Prognostic, predictive, and therapeutic implications 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102332 PMID:40184717	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，全面表征了肺腺癌中T细胞亚型，并开发了一个预后预测模型，以指导免疫治疗和化疗反应	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法开发T细胞相关预后签名，并验证了CPA3基因在CD4+ T细胞功能中的作用	基于公共数据集的分析，可能需要更多的临床验证	识别肺腺癌中T细胞相关预后生物标志物，并探索其潜在的治疗靶点	肺腺癌中的T细胞亚型及其相关基因	机器学习	肺腺癌	单细胞RNA测序	Lasso和PLSRcox	基因表达数据	使用了TCGA和多个GEO数据集（GSE31210, GSE50081, GSE68465）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
275	2026-09-09	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-02, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性和分区分布	首次系统性地描述了药物加工基因在小鼠肝脏不同细胞类型和不同分区中的基线mRNA富集情况，特别是在非实质细胞和肝细胞区1中的分布	信息未提供	利用已发表的单细胞和细胞核转录组数据集，表征小鼠肝脏中药物加工基因的分布特征	小鼠肝脏细胞，包括实质细胞和非实质细胞，如肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞及免疫细胞	单细胞转录组学	药物性肝损伤	单细胞RNA测序	Seurat V5聚类分析	单细胞转录组数据，空间转录组数据	未明确说明，使用已发表的单细胞和核转录组数据集	未明确说明	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	未明确说明	使用了已发表的单细胞和核转录组数据集，具体平台未在摘要中提及
276	2026-09-09	Droplet-Based Single-Cell 3' mRNA Sequencing of Marburg Virus-Infected Samples 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4256-6_27 PMID:39585636	研究论文	本文描述了利用10x Chromium Next GEM单细胞基因组学方法对马尔堡病毒感染的非人灵长类血液样本进行基于液滴的单细胞3' mRNA测序的协议，并提供了在BSL-4实验室处理样本的安全程序及确保后续测序质量的见解	首次在BSL-4条件下使用活病毒对马尔堡病毒感染样本进行单细胞RNA测序，提供了安全移除样本且不影响下游测序质量的详细规程，使高致病性病原体研究能够超越传统的类似模型系统	未明确提及	建立一个在生物安全四级实验室条件下处理马尔堡病毒感染样本并进行单细胞3' mRNA测序的协议，以研究病毒与宿主在转录组水平的相互作用	马尔堡病毒感染的恒河猴外周血样本	单细胞转录组学	马尔堡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据（单细胞）	非人灵长类（恒河猴）血液样本（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium Next GEM	10x Chromium Next GEM 单细胞 3' mRNA 测序
277	2026-09-09	Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioadv/vbaf230 PMID:41092369	研究论文	提出一个用于单细胞细胞-细胞相互作用数据的端到端降维工作流程，重点关注稀疏降维方法（Boosting Autoencoder）以识别与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，并提供可视化及Jupyter notebook支持	首次将稀疏降维（Boosting Autoencoder）专门应用于单细胞细胞-细胞相互作用数据，能够精确识别与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，提供了一个完整的端到端工作流程和可视化支持	论文中未明确说明局限性，但可能受限于依赖已知配体-受体相互作用先验信息，及工作流程需针对不同数据集进行调整	简化单细胞细胞-细胞相互作用数据的下游分析，通过稀疏降维方法精确识别特定配体-受体相互作用模式	单细胞转录组学数据中的细胞-细胞相互作用（细胞对）	机器学习	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	稀疏降维模型（Boosting Autoencoder）	单细胞转录组数据（相互作用数据）	NA	NA	NA	NA	NA
278	2026-09-09	PTEN Loss Shapes Macrophage Dynamics in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-11-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3890 PMID:39186679	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现PTEN缺失的高级别浆液性卵巢癌中HMOX1高表达巨噬细胞的动态变化及其促肿瘤作用，并探索了靶向治疗策略	首次识别出PTEN缺失卵巢癌中特有的HMOX1hi巨噬细胞亚群，揭示其来源于腹膜巨噬细胞并由肿瘤细胞IL33驱动，为治疗提供新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限，且未深入探讨HMOX1hi巨噬细胞在其他肿瘤类型中的作用	探究PTEN缺失导致PI3K通路异常激活如何改变高级别浆液性卵巢癌的免疫微环境，并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型中的Pten-null卵巢肿瘤、腹膜巨噬细胞以及人类HGSC肿瘤样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类HGSC肿瘤样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
279	2026-09-09	Single cell RNA sequencing provides novel cellular transcriptional profiles and underlying pathogenesis of presbycusis 2024-09-30, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-02001-7 PMID:39350266	研究论文	通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠耳蜗样本，揭示年龄相关听力损失（耳聋）的细胞转录组特征及潜在发病机制	首次应用单细胞转录组测序结合最新整合算法Cellchat分析年轻和老年小鼠耳蜗组织中的细胞间通讯，筛选出56个差异表达基因，为耳聋的分子机制提供新见解	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性；且仅采用生物信息学方法，缺少功能实验验证	确定年龄相关听力损失（耳聋）发病的潜在分子机制	年轻和老年小鼠的耳蜗组织样本	单细胞转录组学	年龄相关听力损失	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本（具体数量未提及）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
280	2026-09-09	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞测序数据中推断B细胞克隆谱系树，同时考虑体细胞超突变和类转换重组。	TRIBAL是首个同时考虑SHM和CSR的B细胞谱系树推断算法，相对于现有方法能产生更全面和准确的谱系树。	摘要中未提及明显的局限性，但可能受限于数据质量和模型的简化假设。	开发一种算法，以重建经历SHM和CSR的B细胞克隆谱系的进化历史，从而改进谱系追踪。	B细胞克隆谱系，涉及单细胞RNA测序数据。	单细胞测序数据分析	不适用（涉及免疫反应，而非特定疾病）	单细胞RNA测序	系统发育推断算法（TRIBAL）	单细胞RNA测序数据	模拟数据和真实世界数据集（具体样本数未说明）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA