单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2761	2024-10-28	RECCIPE: A new framework assessing localized cell-cell interaction on gene expression in multicellular ST data 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1322886 PMID:38327830	研究论文	介绍了一种名为RECCIPE的新框架，用于评估多细胞ST数据中局部细胞间相互作用对基因表达的影响	提出了RECCIPE方法，结合基因表达数据、空间信息和细胞类型组成，在多元回归框架中识别细胞信号相互作用，解决了现有方法在ST数据上多重假设检验问题	主要针对多细胞ST数据，未提及单细胞分辨率数据的应用	开发一种新方法来评估多细胞系统中细胞间相互作用对基因表达的影响	多细胞ST数据中的细胞间相互作用及其对基因表达的影响	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学	多元回归	基因表达数据	使用小鼠阿尔茨海默病模型数据进行验证
2762	2024-10-28	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2376649 PMID:39066603	研究论文	研究了系统性红斑狼疮孕妇外周血单核细胞的单细胞RNA测序	首次揭示了妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的基因表达差异	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探讨妊娠期系统性红斑狼疮患者的免疫细胞组成和基因表达特征	妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12名患者，包括3名活动性非妊娠期患者、3名非活动性非妊娠期患者、3名活动性妊娠期患者和3名非活动性妊娠期患者
2763	2024-10-28	Suppression of IL-1β promotes beneficial accumulation of fibroblast-like cells in atherosclerotic plaques in clonal hematopoiesis 2024-Jan, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-023-00405-9 PMID:38362011	研究论文	研究探讨了IL-1β抑制对克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中成纤维细胞样细胞积累的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块中炎症小体成分在巨噬细胞中的富集，以及IL-1β受体在成纤维细胞和平滑肌细胞中的富集	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中炎症小体和IL-1β的作用	克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和人类颈动脉斑块样本
2764	2024-10-28	B cell phylogenetics in the single cell era 2024-01, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2023.11.004 PMID:38151443	综述	本文综述了如何将B细胞系统发育学与单细胞数据结合以理解免疫反应的现状和潜力	本文介绍了单细胞RNA测序与B细胞受体序列配对的新方法，并探讨了其在免疫反应研究中的应用	NA	探讨如何结合B细胞系统发育学与单细胞数据以理解免疫反应	B细胞及其受体序列	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2765	2024-10-28	Analysis of cell-cell interaction between mural granulosa cells and cumulus granulosa cells during ovulation using single-cell RNA sequencing data of mouse ovary 2024 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology IF:2.7Q2 DOI:10.1002/rmb2.12564 PMID:38361634	研究论文	研究了在小鼠卵巢排卵过程中，壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）之间的相互作用	发现了三个新的相互作用：Ephrins-Ephs通路和Wnt-Lrp6通路从CGCs到MGCs，分别与类固醇生成和脂质运输相关，以及TGF-β-TGFBR1通路从MGCs到CGCs，与透明质酸合成相关	NA	研究排卵过程中壁颗粒细胞和卵丘颗粒细胞之间的相互作用	小鼠卵巢中的壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠卵巢样本，6小时后eCG-hCG注射
2766	2024-10-28	Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States 2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000217 PMID:37639336	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了18种小鼠肾脏疾病模型与人类糖尿病肾病患者的基因表达差异，揭示了疾病状态下基因表达的共性和差异	首次系统性地分析和比较了多种小鼠肾脏疾病模型的单细胞基因表达数据，并将其与人类糖尿病肾病患者的单细胞数据进行对比	小鼠模型与人类患者之间的单细胞基因表达变化重叠较少，表明动物模型与人类疾病之间存在差异	研究小鼠肾脏疾病模型与人类疾病状态下基因表达的共性和差异	18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36个单细胞RNA测序样本和42个批量基因表达数据样本
2767	2024-10-28	Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo 2023-10-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012 PMID:37863056	研究论文	本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况	本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象	本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统	研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法	眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况	生物信息学	眼科疾病	液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学	人工智能模型	蛋白质组学数据，转录组学数据	5953种蛋白质
2768	2024-10-27	Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis 2024-Oct-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260 PMID:39328090	研究论文	研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应	首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠	数字病理学	心血管疾病	正电子发射断层扫描（PET）	NA	图像	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠
2769	2024-10-27	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	研究揭示了RelB依赖的迁移性树突状细胞在小肠中对保护性2型免疫的调节作用	首次阐明了RelB在小肠中对迁移性树突状细胞分化和功能的影响，以及其对Foxp3调节性T细胞的调节作用	研究主要集中在小肠和特定病原体感染后的免疫反应，未涉及其他器官或病原体的影响	探讨RelB在树突状细胞中的表达如何调节小肠中的免疫耐受和保护性2型免疫	小肠中的树突状细胞、Foxp3调节性T细胞以及RelB的表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和特定病原体感染后的免疫细胞样本
2770	2024-10-27	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	研究论文	本文介绍了一种名为Overloading And unpacKing (OAK)的液滴组合索引技术，用于超高通量单细胞多组学分析	OAK技术结合了液滴微流控和组合索引的优点，提高了珠子条码和试剂的利用效率，简化了操作流程	NA	开发一种高效、高通量的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过400,000个黑色素瘤细胞
2771	2024-10-27	AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization 2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009877 PMID:39448199	研究论文	研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响	首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果	研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者	识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献	三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序	NA	基因表达数据	80名TNBC患者
2772	2024-10-27	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-Oct-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文整合了七个单细胞或单核转录组数据集，构建了一个涵盖61名患者362,991个细胞的协调一致的神经母细胞瘤细胞图谱	本文通过整合多个数据集，构建了一个大规模的神经母细胞瘤单细胞转录组图谱，揭示了肿瘤内部的转录组特征与临床结果之间的关联，并描述了复杂的免疫细胞景观	本文整合的数据集涉及的肿瘤和细胞数量有限，可能影响结论的普适性	构建一个协调一致的神经母细胞瘤单细胞转录组参考图谱，以揭示肿瘤异质性和免疫细胞景观	神经母细胞瘤患者的单细胞转录组数据	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61名患者，362,991个细胞
2773	2024-10-27	Persistent bone marrow hemozoin accumulation confers a survival advantage against bacterial infection via cell-intrinsic Myd88 signaling 2024-Oct-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114850 PMID:39392758	研究论文	研究了疟疾患者骨髓中血红素晶体（Hz）积累对细菌感染的生存优势及其机制	揭示了Hz通过细胞内在的MyD88信号通路促进骨髓细胞生成，增强对细菌感染的抵抗力	NA	探讨疟疾患者骨髓中Hz积累对免疫反应的影响及其机制	骨髓中的血红素晶体（Hz）及其对免疫细胞生成和功能的影响	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疟疾康复小鼠的单细胞RNA测序数据
2774	2024-10-27	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	研究论文	本文探讨了在低收入和中等收入国家推广单细胞RNA测序技术所面临的障碍	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性	未具体提及	探讨如何在低收入和中等收入国家推广单细胞测序研究，以实现技术的全球影响力	单细胞RNA测序技术在低收入和中等收入国家的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
2775	2024-10-27	Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00811-3 PMID:39300320	研究论文	研究了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的临床试验及关联分析	首次展示了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗的临床安全性和有效性	研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	评估谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的安全性和有效性	骨髓增生异常综合征患者	NA	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	30名患者
2776	2024-10-27	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	本文通过空间分析揭示了肝细胞癌微小残留病中由巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	通过单细胞高多重流式成像和空间转录组学，揭示了PD-L1+ M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的相互作用，并展示了联合阻断Pdl1和Tgfβ在两种小鼠模型中消除残留干细胞样肿瘤细胞的效果	NA	揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制，并探索潜在的治疗策略	肝细胞癌微小残留病中的巨噬细胞和干细胞样肿瘤细胞	数字病理学	肝癌	单细胞高多重流式成像、空间转录组学	NA	细胞	108名患者，107万个细胞，以及两种小鼠模型
2777	2024-10-27	Heterogeneity in Dental Tissue-Derived MSCs Revealed by Single-Cell RNA-seq 2024-Oct, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271997 PMID:39327720	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示牙源性间充质干细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞的异质性，并区分了供体间和组织间的差异	研究仅限于牙周韧带和牙龈的间充质干细胞，未涉及其他组织来源的干细胞	探讨牙源性间充质干细胞在转录组水平上的组织和供体特异性差异	来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5名牙周健康个体的牙周韧带和牙龈组织，共生成3,844个转录组
2778	2024-10-27	Single-cell transcriptomic analysis of flowering regulation and vernalization in Chinese cabbage shoot apex 2024-Oct, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhae214 PMID:39391013	研究论文	研究分析了单细胞转录组在白菜花芽分化和春化过程中的作用	首次建立了白菜在非春化处理25天后的单细胞转录组图谱，并分析了不同细胞类型在花芽分化和春化过程中的基因表达变化	NA	深入理解白菜花芽分化和春化过程中不同细胞类型的作用	白菜花芽分化和春化过程中的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	19,602个单细胞
2779	2024-10-27	PLXNB1/SEMA4D signals mediate interactions between malignant epithelial and immune cells to promote colorectal cancer liver metastasis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70142 PMID:39443302	研究论文	研究评估了结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）的细胞异质性，通过整合单细胞测序数据构建了预后模型，并识别了CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞之间的细胞间受体-配体相互作用	发现了Epi-11细胞在LM组织中的高表达，并揭示了PLXNB1/SEMA4D轴在CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用	研究主要集中在体外实验和免疫荧光染色，缺乏体内实验验证	探讨结直肠癌肝转移的机制及其与免疫细胞的相互作用	结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）中的上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	约17种上皮细胞亚型，HCT116细胞用于体外实验
2780	2024-10-27	Mouse Corneal Immune Cell Heterogeneity Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.12.29 PMID:39432400	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和免疫荧光染色技术，揭示了小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	发现了三种新的角膜驻留巨噬细胞亚型，并揭示了从单核细胞到常规树突状细胞、驻留巨噬细胞和朗格汉斯细胞的分化途径	NA	定义小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	小鼠角膜中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6品系小鼠，年龄16-20周