单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2741 - 2760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2741 | 2024-10-28 |
A robust statistical approach for finding informative spatially associated pathways
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae543
PMID:39451157
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统计框架，用于识别与空间变异性相关的功能通路 | 该方法通过创新地应用布朗距离协方差检验，直接识别与空间变异性相关的功能通路，避免了基因选择和参数选择的限制，允许非线性和复杂依赖关系 | NA | 旨在通过分析空间转录组数据，深入理解细胞在不同空间域中的活动协调机制 | 人类和小鼠的实际数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 布朗距离协方差检验 | 基因表达数据 | 人类和小鼠的数据集 |
| 2742 | 2024-10-28 |
Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT)
2024-Sep-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49457-w
PMID:39242579
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研究论文 | 本文介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从空间转录组数据中提取分子关系 | InSTAnT通过专门的统计测试和算法，能够检测基因对和模块在单分子分辨率下的共定位模式 | NA | 开发一种工具来解锁基于成像的空间转录组技术（如MERFISH）的全部潜力，以发现亚细胞生物模式 | 基因对和模块在单细胞和细胞景观中的共定位模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 五个不同数据集，代表两种不同的细胞系、两种脑结构、两种物种和三种不同技术 |
| 2743 | 2024-10-28 |
Single-cell sequencing reveals the transcriptional alternations of 17β-estradiol suppressing primordial follicle formation in neonatal mouse ovaries
2024-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13713
PMID:38988058
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研究论文 | 研究揭示了17β-雌二醇抑制新生小鼠卵巢原始卵泡形成的转录变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了17β-雌二醇处理对新生小鼠卵巢原始卵泡形成和细胞增殖的抑制作用及其分子机制 | 研究仅限于新生小鼠模型，未探讨其他动物模型或人类中的情况 | 探讨雌激素在原始卵泡形成中的调控作用 | 新生小鼠卵巢中的原始卵泡和相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠卵巢样本 |
| 2744 | 2024-10-28 |
Pan-cancer analysis of ABCC1 as a potential prognostic and immunological biomarker
2024-Mar, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101882
PMID:38290247
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研究论文 | 本文研究了ABCC1在多种癌症中的表达及其作为预后和免疫生物标志物的潜力 | 首次全面分析了ABCC1在癌症免疫浸润和泛癌预后中的作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证 | 探讨ABCC1在癌症中的表达及其对预后和免疫反应的影响 | ABCC1在不同癌症类型中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的TCGA数据和GEO数据库中的肝细胞癌scRNA-seq数据 |
| 2745 | 2024-10-28 |
Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis
2024-Feb-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45665-6
PMID:38374043
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研究论文 | 研究探讨了抗整合素疗法在溃疡性结肠炎中对不同细胞区室的影响 | 通过单细胞转录组和蛋白质组学分析，揭示了抗整合素疗法对单核吞噬细胞和淋巴细胞亚群的影响 | 研究主要集中在单细胞和空间多组学分析，未涉及其他治疗方法的比较 | 识别溃疡性结肠炎中促炎细胞并评估抗整合素疗法的效果 | 溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞转录组学和蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据和蛋白质数据 | 健康对照组和接受抗整合素疗法或其他疗法的溃疡性结肠炎患者 |
| 2746 | 2024-10-28 |
MarkerMap: nonlinear marker selection for single-cell studies
2024-Feb-14, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00339-3
PMID:38351188
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研究论文 | 介绍了一种名为MarkerMap的生成模型，用于单细胞研究中的非线性标记选择 | 提出了MarkerMap模型，能够选择最小但最具信息量的基因集，用于细胞类型起源的识别和全转录组重构 | 未提及 | 开发一种可扩展的框架，用于监督和非监督标记选择，以提高单细胞研究的解释性 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 基因表达数据 | 未提及 |
| 2747 | 2024-10-28 |
An atlas of cells in the human tonsil
2024-Feb-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.01.006
PMID:38301653
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研究论文 | 本文生成了一个人类扁桃体细胞图谱，包含超过556,000个细胞，通过五种不同的数据模式进行分析 | 首次生成了包含多种数据模式的人类扁桃体细胞图谱，识别了121种细胞类型和状态，并定义了发育轨迹 | NA | 生成人类扁桃体细胞图谱，理解其功能单位和细胞类型 | 人类扁桃体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序、表观基因组测序、蛋白质组测序、免疫组库测序、空间转录组学 | NA | 细胞数据 | 超过556,000个细胞 |
| 2748 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of mid-to-late stage spider embryos: new insights into spider development
2024-Feb-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09898-x
PMID:38326752
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了中晚期蜘蛛胚胎的发育过程 | 首次对中晚期蜘蛛胚胎进行单细胞RNA测序，提供了对蜘蛛发育不同阶段的深入见解 | 仅限于对Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的研究，未涉及其他物种 | 探讨蜘蛛中晚期胚胎的发育过程及其细胞类型和组织的分化 | Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的中晚期胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中晚期蜘蛛胚胎的单细胞样本 |
| 2749 | 2024-10-28 |
High-throughput identification of the spatial origins of Drosophila optic lobe neurons using single-cell mRNA-sequencing
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.05.578975
PMID:38370610
|
研究论文 | 本文通过单细胞mRNA测序技术，识别了果蝇视叶神经元的空间起源 | 本文首次通过单细胞mRNA测序技术，高吞吐量地确定了所有视叶神经元的空间起源，并发现了OPC的两个新空间亚区 | 本文主要集中在视叶神经元的空间起源研究，未涉及其他发育阶段或机制的详细探讨 | 研究果蝇视叶神经元的空间起源及其在发育过程中的基因表达影响 | 果蝇视叶神经元的空间起源及其基因表达 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自不同OPC空间域的细胞 |
| 2750 | 2024-10-28 |
Spatial Transcriptomics Suggests That Alterations Occur in the Preneoplastic Breast Microenvironment of BRCA1/2 Mutation Carriers
2024-02-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0489
PMID:37878345
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研究论文 | 本文利用空间转录组学研究了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | 首次揭示了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺组织中空间定义的受体-配体相互作用，并发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中与BRCA1缺陷细胞的差异 | NA | 研究BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织样本 |
| 2751 | 2024-10-28 |
Resolving the heterogeneous tumour microenvironment in cardiac myxoma through single-cell and spatial transcriptomics
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1581
PMID:38318640
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术解析心脏粘液瘤的异质性肿瘤微环境 | 首次在单细胞和空间分辨率上全面表征心脏粘液瘤的肿瘤微环境，揭示了粘液瘤肿瘤细胞的分化机制和免疫微环境的特征 | NA | 解析心脏粘液瘤的肿瘤微环境，为开发针对不适合手术患者的新疗法提供依据 | 心脏粘液瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞转录组测序和Visium CytAssist空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 34759个细胞 |
| 2752 | 2024-10-28 |
Sulfotransferase SULT2B1 facilitates colon cancer metastasis by promoting SCD1-mediated lipid metabolism
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1587
PMID:38372484
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研究论文 | 本文研究了硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 首次揭示了SULT2B1作为结肠癌转移的新型肿瘤标志物，并阐明了其通过促进SCD1介导的脂质代谢促进结肠癌转移的机制 | NA | 探讨硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 结肠癌细胞及其转移机制 | NA | 结肠癌 | 单细胞测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 2753 | 2024-10-28 |
FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae010
PMID:38192003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FAVA的新方法，用于从单细胞RNA测序和蛋白质组学数据中推断高质量的功能关联网络 | FAVA利用变分自编码器将高维数据压缩到低维空间，从而提高了从高维组学数据中推断网络的准确性 | NA | 开发一种新的方法来推断蛋白质功能关联网络，特别是针对研究较少的蛋白质 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 超过0.5百万个条件，预测了1039个研究较少的蛋白质之间的4210个相互作用 |
| 2754 | 2024-10-28 |
Identifying squalene epoxidase as a metabolic vulnerability in high-risk osteosarcoma using an artificial intelligence-derived prognostic index
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1586
PMID:38372422
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研究论文 | 本研究通过结合10种机器学习算法，建立了一个基于转录组数据预测骨肉瘤患者总体生存率的模型，并发现角鲨烯环氧化酶（SQLE）作为高风险骨肉瘤患者的代谢脆弱点 | 本研究首次将人工智能衍生的预后指数（AIDPI）应用于骨肉瘤患者的分层，并验证了SQLE作为潜在治疗靶点的有效性 | 本研究主要基于转录组数据，未涵盖所有可能的生物标志物和治疗靶点 | 识别新的生物标志物以分层高风险骨肉瘤患者并指导治疗 | 骨肉瘤患者及其转录组、基因组和表观基因组数据 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | 254个样本 |
| 2755 | 2024-10-28 |
Redefining Mucosal Inflammation with Spatial Genomics
2024-02, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231216114
PMID:38166489
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研究论文 | 本文讨论了空间基因组学技术在重新定义黏膜炎症中的作用 | 引入空间转录组学方法，避免了组织样本的解离，保留了细胞间的空间关系 | 讨论了空间测序技术的局限性和未来发展方向 | 探讨空间技术如何帮助我们更好地理解复杂的黏膜系统 | 人类口腔黏膜及其在健康和疾病中的分子和细胞特征 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2756 | 2024-10-28 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，该算法使用了一种新颖的SmoothF1损失函数 | 提出了SmoothF1损失函数，该函数近似F1分数，直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微分性，适用于深度学习训练 | NA | 开发一种自动化的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，减少手动参数调整的需求 | 荧光显微镜图像中的RNA FISH斑点检测 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 深度学习算法 | 图像 | 358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张额外的合成图像 |
| 2757 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
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研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 2758 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
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研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 2759 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
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研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |
| 2760 | 2024-10-28 |
Biomarker discovery in acetaminophen hepatotoxicity: leveraging single-cell transcriptomics and mechanistic insight
2024 Jan-Jun, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2306219
PMID:38217408
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组学和机制研究来发现对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，识别了新的生物标志物，如CXCL14，并探讨了这些方法在生物标志物发现领域的应用前景 | 尽管识别的生物标志物具有潜力，但仍需进一步验证，特别是需要在大规模队列研究中进行分析 | 识别对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭的预后生物标志物，以确定哪些患者需要肝移植 | 对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |