单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2721 - 2740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2721 | 2024-10-29 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
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研究论文 | 研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应 | 首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响 | 需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略 | 研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础 | 肝内胆管癌患者及其诊断活检样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者 |
| 2722 | 2024-10-29 |
Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.22.576756
PMID:38405830
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研究论文 | 本文开发了一种方法，能够在哺乳动物基因组中多重生成和分析结构变异 | 本文提出了一种基于shuffle cassettes的简单方法，能够多重生成和映射多种主要形式的结构变异，并通过单细胞RNA测序数据进行识别 | 本文仅在概念验证阶段应用于小鼠胚胎干细胞，且诱导的结构变异在细胞群体中随时间迅速减少 | 研究哺乳动物基因组中结构变异的功能后果 | 哺乳动物基因组中的结构变异 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 数千个小鼠胚胎干细胞 |
| 2723 | 2024-10-29 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因 | NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性 | NA | 解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无穷混合模型 | 表达数据 | 多达数百万个细胞的数据集 |
| 2724 | 2024-10-29 |
A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07042-7
PMID:38355792
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研究论文 | 本文通过生成诱导多能干细胞衍生的神经干细胞，研究了TDP-43蛋白病变的产生和后果，并揭示了NPTX2在ALS和FTLD中的病理作用 | 首次通过单细胞转录组学揭示了TDP-43过表达神经元中的RNA靶点失调，并发现NPTX2的失调与TDP-43依赖的神经毒性途径有关 | NA | 探索TDP-43蛋白病变的产生和后果，并揭示其在神经退行性疾病中的作用 | 诱导多能干细胞衍生的神经干细胞（iCoMoNSCs）及其在TDP-43过表达条件下的功能和神经毒性 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | NA |
| 2725 | 2024-10-29 |
Established and emerging techniques for the study of microglia: visualization, depletion, and fate mapping
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1317125
PMID:38425429
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综述 | 本文综述了用于研究小胶质细胞的现有和新兴技术，包括可视化、耗竭和命运图谱 | 介绍了用于研究小胶质细胞形态、超微结构和动力学的标记工具和报告模型，以及用于选择性小胶质细胞耗竭和调节的策略 | NA | 旨在全面讨论这些现有和新兴技术，并应用于研究小胶质细胞在发育、稳态和中枢神经系统病理中的作用 | 小胶质细胞及其在中枢神经系统中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 2726 | 2024-10-29 |
moSCminer: a cell subtype classification framework based on the attention neural network integrating the single-cell multi-omics dataset on the cloud
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17006
PMID:38426141
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研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力神经网络的细胞亚型分类框架moSCminer，该框架整合了单细胞多组学数据集 | 首次将三种单细胞多组学数据集（基因表达、DNA甲基化和DNA可及性）整合用于细胞亚型识别，并利用注意力机制学习各组学特征的相对重要性 | NA | 开发一种自动化的计算预测框架，用于从单细胞多组学数据中准确注释细胞亚型 | 单细胞多组学数据集中的细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学测序 | 注意力神经网络 | 多组学数据 | NA |
| 2727 | 2024-10-29 |
Macrophage-Myofibroblast Transition as a Potential Origin for Skeletal Muscle Fibrosis After Injury via Complement System Activation
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S450599
PMID:38384372
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研究论文 | 研究急性骨骼肌损伤后肌成纤维细胞的来源及其在纤维化形成中的作用 | 首次证明急性损伤后骨骼肌中存在巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变，并揭示补体系统在此过程中的激活作用 | 需要更多证据直接支持巨噬细胞向肌成纤维细胞转变在急性损伤后骨骼肌纤维化中的促纤维化作用 | 探讨急性骨骼肌损伤后纤维化的来源及其机制，为开发抗纤维化疗法提供依据 | 小鼠急性骨骼肌损伤后的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨骼肌样本 |
| 2728 | 2024-10-29 |
Establishment of a chemokine-based prognostic model and identification of CXCL10+ M1 macrophages as predictors of neoadjuvant therapy efficacy in colorectal cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1400722
PMID:39170612
|
研究论文 | 本文构建了一个基于趋化因子的预测模型，并识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为预测新辅助治疗效果的标志物 | 本文首次将趋化因子与新辅助治疗效果关联，并利用单细胞RNA测序技术识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为潜在的治疗反应预测因子 | 本文的验证主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要在更多临床样本中进行验证 | 构建一个基于趋化因子的预测模型，以帮助风险分层和个性化治疗 | 结直肠癌患者的新辅助治疗效果 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox预测模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 2729 | 2024-10-29 |
Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99112
PMID:39239507
|
研究论文 | 研究了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用 | 首次构建了包含口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织的单细胞转录组图谱，并验证了IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用 | 样本量较小，仅涉及3名患者 | 探讨IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用及其机制 | 口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3名患者 |
| 2730 | 2024-10-29 |
Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100327
PMID:39239520
|
研究论文 | 研究TLR2激活对间充质干细胞（MSCs）介导的免疫调节和血管生成抑制的影响 | 首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的重要作用，及其在损伤后维持组织稳态中的功能 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步验证在人体中的效果 | 探讨TLR2在损伤后MSCs稳态功能中的作用 | 间充质干细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 2731 | 2024-10-29 |
DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99046
PMID:39239526
|
研究论文 | 研究探讨了肝癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯，发现DAB2+巨噬细胞支持FAP+成纤维细胞形成肿瘤屏障并导致不良临床结局 | 通过综合分析单细胞、批量和空间转录组数据，揭示了肝癌中CAFs的复杂性及其与巨噬细胞的相互作用 | 研究主要集中在肝癌，未来需要验证这种通讯模式在其他实体恶性肿瘤中的适用性 | 深入理解肝癌中CAFs的异质性和细胞间通讯，以提高免疫治疗效果和改善临床结局 | 肝癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、空间转录组分析、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据 | 235个肝癌scRNA-seq样本，包含超过120万细胞，以及90名肝癌患者的临床队列 |
| 2732 | 2024-10-28 |
Recent advances in spatially variable gene detection in spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.01.016
PMID:38370977
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综述 | 本文综述了空间转录组学中空间变异基因检测的最新进展 | 本文介绍了近年来提出的多种新方法及其创新概念 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中的空间变异基因检测方法 | 空间转录组学数据中的空间变异基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2733 | 2024-10-28 |
CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers
2024-Oct-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae954
PMID:39460627
|
研究论文 | CancerSCEM 2.0是一个更新后的单细胞表达图谱数据资源，涵盖多种人类癌症 | CancerSCEM 2.0增加了拷贝数变异评估、转录因子富集、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分，并引入了新的单细胞水平癌症代谢图 | NA | 提供一个集成、分析和可视化单细胞RNA测序数据的公共资源，支持癌症相关研究 | 单细胞RNA测序数据，涵盖肿瘤、匹配正常和外周血样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1466个数据集，涵盖127个研究项目和74种癌症类型 |
| 2734 | 2024-10-28 |
Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System
2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024
PMID:39261008
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研究论文 | 本文报道了一种新的中枢神经系统（CNS）周细胞标记物Atp13a5，并通过单细胞转录组学和基因敲入模型验证了其在小鼠CNS中的特异性 | 首次发现Atp13a5作为CNS周细胞的特异性标记物，并建立了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 揭示CNS周细胞的功能特异性，并为研究周细胞异质性和血脑屏障功能提供可靠工具 | 小鼠CNS中的周细胞及其在血脑屏障中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 基因敲入模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎和成年小鼠的CNS组织 |
| 2735 | 2024-10-28 |
Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis
2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225630
PMID:38816066
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研究论文 | 研究血管平滑肌细胞衰老与大动脉炎血管炎症之间的关系 | 首次揭示了血管平滑肌细胞衰老在大动脉炎血管炎症中的积极作用，并发现了IL-6-线粒体STAT3-MFN2信号通路在其中的关键作用 | 主要基于体外和离体实验，缺乏体内实验验证 | 探讨血管平滑肌细胞衰老是否参与大动脉炎的血管炎症，并研究相关的促衰老因子 | 大动脉炎患者的血管平滑肌细胞 | NA | 大动脉炎 | RNA-Seq | NA | RNA | 大动脉炎患者的血管手术样本 |
| 2736 | 2024-10-28 |
Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment
2024-Oct-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201721
PMID:39451239
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研究论文 | 研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生 | 利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响 | NA | 探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境 | 衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison） | RNA-seq数据 | 17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 |
| 2737 | 2024-10-28 |
Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions
2024-Oct-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201682
PMID:39451200
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研究论文 | 研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能 | 研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证 | 探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力 | 早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 涉及多种类型的结直肠病变样本 |
| 2738 | 2024-10-28 |
Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium
2024-Oct, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70018
PMID:39450829
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控 | 研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化 | NA | 心血管疾病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢物, RNA | 四组小鼠心脏组织样本 |
| 2739 | 2024-10-26 |
Single-Cell RNA Sequencing and Combinatorial Approaches for Understanding Heart Biology and Disease
2024-Sep-30, Biology
DOI:10.3390/biology13100783
PMID:39452092
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和组合方法在理解心脏生物学和疾病中的最新进展 | 结合转录组与空间维度和其他组学数据，提供对单细胞功能、微环境、动态过程及其相互关系的全面理解 | NA | 介绍单细胞分辨率下心脏健康和疾病的最新进展及其未来应用前景 | 心脏细胞的多样性及其在心脏发育和疾病中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组、基因组、表观基因组和蛋白质组数据 | 数百到数百万个单细胞 |
| 2740 | 2024-10-28 |
Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates
2024-Sep-27, Biology
DOI:10.3390/biology13100773
PMID:39452082
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meta-analysis | 本文通过meta分析斑马鱼肾脏单细胞RNA测序数据，揭示了脊椎动物巨噬细胞和中性粒细胞的保守分子特征 | 首次对斑马鱼肾脏免疫细胞进行大规模单细胞RNA测序meta分析，确认了与哺乳动物相似的关键遗传通路 | 研究仅限于斑马鱼肾脏免疫细胞，未涵盖其他物种或组织 | 探讨脊椎动物先天免疫系统的保守分子特征 | 斑马鱼肾脏中的巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约250,000个免疫细胞 |