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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2721 | 2025-12-17 |
Single Cell RNAseq Analysis of Thyroid Hormone Effects on Retinal Glial Cells
2025-Dec-15, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1221
PMID:41400582
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探究了三碘甲状腺原氨酸对视网膜胶质细胞的转录组影响 | 首次在单细胞分辨率下系统分析甲状腺激素对视网膜胶质细胞转录调控的异质性 | 研究仅使用小鼠模型,未验证人类样本;实验周期较短(4周),未评估长期效应 | 揭示甲状腺激素信号如何通过调控视网膜胶质细胞转录组参与视网膜退行性病变 | C57BL/6小鼠的视网膜胶质细胞(Müller细胞、星形胶质细胞、小胶质细胞) | 单细胞转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1月龄C57BL/6小鼠(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2722 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-Dec-12, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf317
PMID:41384851
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和体外刺激实验,定义了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地揭示了人类巨噬细胞在多个组织(如肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结)中的转录组和蛋白质组特征,并展示了这些特征在激活过程中的稳定性 | 研究基于器官捐赠者的样本,可能无法完全反映活体动态变化,且样本来源有限 | 探索人类巨噬细胞在不同组织中的身份特征及其在稳态和激活状态下的变化 | 人类巨噬细胞和单核细胞,从肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结中分离 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序,单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq),体外刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,染色质可及性数据 | 来自个体器官捐赠者的多个组织样本(肺、小肠、脾脏、骨髓、淋巴结) | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2723 | 2025-12-17 |
Uncovering functional divergence and cellular clusters with specific gene signatures in HNSCC clonal spheroids
2025-Dec-12, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02360-3
PMID:41388470
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研究论文 | 本研究通过生成头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的克隆球体,揭示了其功能异质性,并利用单细胞RNA测序技术鉴定了与增殖和迁移相关的不同细胞簇及其基因特征 | 首次在HNSCC克隆球体中系统识别了超增殖和低增殖球体的功能差异,并通过单细胞RNA测序揭示了与肿瘤微环境相关的特定细胞簇和基因表达谱 | 研究基于细胞系和患者肿瘤细胞生成的球体模型,可能无法完全模拟体内肿瘤的复杂性,且样本来源有限 | 探究HNSCC克隆球体的功能异质性及其与肿瘤进展的关系 | HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞生成的克隆球体 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 来自HNSCC细胞系和患者肿瘤细胞的克隆球体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2724 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2025-Dec-11, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析特发性肺纤维化(IPF)患者外周血单个核细胞,发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征能预测IPF患者的死亡率 | 首次将CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征与IPF死亡率相关联,并验证其在多个样本类型(PBMC、BAL、肺组织)中的预后准确性 | 样本量相对有限(总样本1054例,IPF患者555例),且研究结果需要在更大队列中进一步验证 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与IPF患者死亡率之间的关联,并寻找潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的外周血单个核细胞、支气管肺泡灌洗液和肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、细胞反卷积分析 | LASSO回归 | 转录组数据 | 总样本1054例(IPF患者555例,其他499例) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2725 | 2025-12-17 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Dec-11, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12201-9
PMID:41382277
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研究论文 | 本研究通过整合固定细胞和活细胞数据,更新了Hydractinia symbiolongicarpus的单细胞图谱,揭示了细胞类型多样性和空间表达模式 | 整合新数据集扩展了细胞数量至超过47,000个,识别了新的免疫细胞群、神经亚型、空间不同的腺细胞群以及完整的刺细胞发育轨迹 | NA | 构建并验证Hydractinia symbiolongicarpus的更新单细胞图谱,以促进对刺胞动物细胞多样性和动态的理解 | Hydractinia symbiolongicarpus的喂养息肉和匍匐茎组织细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过47,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2726 | 2025-12-17 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Dec-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09150-0
PMID:41372449
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青春期小鼠中脑基因表达广泛改变,并发现益生菌Bifidobacterium infantis可逆转这些改变 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青春期小鼠中脑的单细胞RNA测序数据集,揭示了益生菌对阿片类药物诱导的神经发育影响的逆转作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床中得到验证;观察时间点局限于青春期 | 探究新生儿期吗啡暴露对疼痛通路神经发育的长期影响及益生菌干预的潜在治疗作用 | 青春期小鼠的中脑单细胞 | 单细胞转录组学 | 疼痛敏感性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞,来自新生儿期接受生理盐水、吗啡或吗啡加益生菌处理的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2727 | 2025-12-17 |
CANTAO: guiding clustering and annotation in single-cell RNA sequencing using average overlap
2025-Dec-08, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00176-4
PMID:41361656
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CANTAO的新方法,通过平均重叠度量来指导单细胞RNA测序数据的聚类和注释,以更准确地识别细胞身份 | 提出了平均重叠度量来定义单细胞聚类之间的距离,通过比较差异表达基因的排序列表,实现了对真实细胞身份的一致、精确且具有生物学意义的再现 | NA | 解决单细胞RNA测序中未知细胞身份情况下的聚类比较和注释挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | 包含已知真实细胞身份的基准数据集以及未分选的小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2728 | 2025-12-17 |
Protoplast technology in woody plants: current advances and potential applications in genetic improvement
2025-Dec-03, Tree physiology
IF:3.5Q1
DOI:10.1093/treephys/tpaf138
PMID:41182256
|
综述 | 本文综述了木本植物原生质体技术的当前进展及其在遗传改良中的潜在应用 | 全面概述了木本植物原生质体分离、纯化、活力评估方法及其在基因功能分析、融合、再生、基因组编辑和单细胞测序等领域的多样化应用,并展望了未来技术突破带来的新研究方向 | NA | 总结木本植物原生质体技术的最新进展,并探讨其在遗传改良和生物技术创新中的潜力 | 木本植物 | 植物生物技术 | NA | 原生质体分离、瞬时表达系统、基因编辑、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2729 | 2025-12-17 |
Intestinal fibroblast heterogeneity - unifying RNA-seq studies and introducing consensus-driven nomenclature
2025-Dec-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.264147
PMID:41170756
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了小鼠结肠黏膜中的六个成纤维细胞亚群,并提出了标准化的命名法 | 整合多个数据集以识别保守的成纤维细胞群体,并引入共识驱动的命名法来统一分类 | 研究主要基于小鼠模型,可能不完全适用于人类;在稳态条件下进行,未充分探讨疾病状态下的变化 | 研究肠道成纤维细胞的异质性,并建立标准化的命名体系 | 小鼠结肠黏膜中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2730 | 2025-12-17 |
Hub genes and common pathogenic mechanisms between COPD and H. pylori infection
2025-Dec, Journal, genetic engineering & biotechnology
DOI:10.1016/j.jgeb.2025.100622
PMID:41386886
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研究论文 | 本文通过整合分析公共数据集,识别了慢性阻塞性肺疾病(COPD)和幽门螺杆菌(H. pylori)感染之间的共享基因和共同致病机制 | 首次通过多组学方法(包括WGCNA、SVM-RFE、单细胞RNA测序和细胞间通讯分析)系统识别了COPD和H. pylori感染之间的共享枢纽基因CCR1和CCL19,并揭示了它们在免疫细胞和成纤维细胞中的表达模式及相互作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏实验验证;样本来源和实验条件可能存在异质性;单细胞分析可能受限于数据集的细胞类型覆盖和分辨率 | 探究COPD和H. pylori感染之间的共同分子机制和共享基因,以揭示潜在的整合治疗靶点 | COPD和H. pylori感染的基因表达数据,包括差异表达基因、共表达模块、免疫细胞浸润和单细胞转录组 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 基因表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)、基因集富集分析(GSEA)、受试者工作特征曲线(ROC)、免疫浸润分析(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞间通讯分析 | SVM-RFE | 基因表达数据(微阵列或RNA-seq) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2731 | 2025-12-17 |
Single-cell analysis of human thymus and peripheral blood unveils the dynamics of T cell development and aging
2025-Dec, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00990-3
PMID:41136751
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析了人类胸腺和外周血中T细胞发育与衰老的动态过程 | 首次结合单细胞测序和TCR测序,揭示了胸腺衰老对T细胞谱系潜力和外周T细胞老化的影响,并建立了基于初始T细胞的免疫年龄预测模型 | 样本量相对有限,且研究主要基于转录组数据,功能验证不足 | 探究年龄相关胸腺退化的机制及其对外周T细胞的影响 | 人类胸腺和外周血细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关免疫疾病 | 单细胞RNA测序,单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据,TCR序列数据 | 387,762个细胞,来自年轻和年老个体的胸腺和外周血 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 2732 | 2025-12-17 |
Bi-specific T cell-engaging antibody triggers protective immune memory and glioma microenvironment remodeling in immune-competent preclinical models
2025-Oct-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011714
PMID:41151835
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研究论文 | 本研究在免疫健全的临床前模型中评估了双特异性T细胞衔接抗体(BTE)对胶质母细胞瘤的治疗机制,揭示了其通过激活宿主免疫系统、诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境来延长生存期的机制 | 首次在免疫健全的动物模型中系统研究BTE的作用机制,揭示了其在胶质母细胞瘤治疗中诱导免疫记忆和重塑肿瘤微环境的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤治疗中的作用机制 | 表达IL13RA2的胶质母细胞瘤细胞和免疫健全的小鼠模型 | NA | 胶质母细胞瘤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光、多参数MRI | NA | 流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、MRI图像 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2733 | 2025-12-17 |
Targeting Atf4 for enhanced neuroprotection: Role of quercetin-loaded EVs in ischemic stroke
2025-Sep, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101312
PMID:41079784
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研究论文 | 本研究探讨了负载槲皮素-3-β-d-葡萄糖醛酸的细胞外囊泡在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术,明确了神经元细胞在脑缺血再灌注损伤中的关键作用,并揭示了Atf4在介导负载槲皮素的细胞外囊泡神经保护效应中的核心调控功能 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人体中的适用性有待进一步验证;Atf4的具体下游作用通路尚未完全阐明 | 探究负载槲皮素的细胞外囊泡对脑缺血再灌注损伤的神经保护作用及其分子机制 | 脑缺血再灌注损伤小鼠模型、神经元细胞、细胞外囊泡 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、蛋白质分析数据、行为学评估数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2734 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法,用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法,比现有技术快几个数量级,可扩展到超过10万个位置的数据集,并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法,用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 2735 | 2025-12-17 |
HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity
2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.06.14.25328971
PMID:40585110
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研究论文 | 本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响,通过跨种族数据分析发现该等位基因独立于DQA1和种族背景,显著降低发病年龄 | 首次进行跨种族研究,发现HLA-DQB1*03:01对发病年龄的强烈且独立影响,并通过TCR分析揭示了其可能的作用机制 | 研究依赖于已收集的数据集,且尚未直接识别导致疾病的T细胞,限制了病理生理机制的深入理解 | 探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响及其与种族和DQA1的独立性 | 5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者 | 遗传学与免疫学 | 发作性睡病 | GWAS, HLA等位基因推算, TCR分析, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 遗传数据, RNA-seq数据 | 5,339例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2736 | 2025-12-17 |
Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development
2025-06-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053
PMID:40493888
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研究论文 | 本研究构建了小鼠肺发育从早期假腺期到肺泡期的全面空间转录组图谱,揭示了基因表达的空间模式、转录因子调控网络及细胞间通讯的动态变化 | 首次整合空间转录组与空间表观基因组数据,识别了早期肺发育中关键的上皮祖细胞eRegulons,并揭示了胶原通路在肺泡AT1和AT2细胞空间汇聚形成初级肺泡中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型,其发现向人类肺发育的转化仍需进一步验证;空间分辨率可能不足以解析所有细胞亚型的微环境 | 解析哺乳动物肺发育过程中空间基因表达模式与调控机制 | 小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,空间表观基因组学 | NA | 空间转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2737 | 2025-12-17 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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研究论文 | 本研究通过整合新数据集与已发表数据,构建了一个更新且经过空间验证的Hydractinia symbiolongicarpus体细胞单细胞图谱 | 整合固定细胞与活细胞数据,显著扩大了细胞数量与转录组深度,发现了新的假定免疫细胞群、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个匍匐茎特异性细胞类型,并完整解析了刺细胞的发育轨迹 | 未明确提及,但可能涉及样本类型(仅来自摄食息肉和匍匐茎组织)或技术整合的潜在偏差 | 构建一个更全面、经过空间验证的单细胞图谱,以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和动态变化 | Hydractinia symbiolongicarpus(一种用于干细胞和再生研究的刺胞动物模型)的体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞,来自摄食息肉和匍匐茎组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2738 | 2025-12-17 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青少年小鼠中脑基因表达广泛改变,以及益生菌干预如何逆转这些改变 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集,揭示了益生菌对早期阿片类药物暴露的神经发育影响的逆转作用 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且机制探索可能不够深入 | 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响,以及益生菌干预的潜在治疗作用 | 青少年小鼠的中脑单细胞 | 单细胞转录组学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 107,427个中脑单细胞,来自新生儿期暴露于盐水、吗啡或吗啡加益生菌的青少年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2739 | 2025-12-17 |
EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029
PMID:39436241
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研究论文 | 本文介绍了EryDB,一个专为红细胞生成和红细胞相关疾病设计的开放获取转录组数据库,整合了多种物种和疾病的数据 | EryDB是首个全面整合红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的数据库,支持单细胞和批量RNA测序数据的计算分析 | 数据库目前仅包含三个物种的数据,可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 | 构建一个综合数据库以促进红细胞生成和红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究 | 红细胞生成过程、红细胞相关疾病以及来自人类、小鼠和斑马鱼的转录组数据 | 生物信息学 | 红细胞相关疾病 | RNA测序(包括单细胞和批量RNA测序) | NA | 转录组数据 | 3803个样本和1,187,119个单细胞,来自107项公共研究 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2740 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验,定义了来自不同组织(肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结)的人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地定义了人类黏膜和淋巴器官中巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性转录和蛋白特征,并揭示了这些特征在极化刺激下仍能保持 | 研究样本来自器官捐献者,可能无法完全反映所有生理或病理状态;研究聚焦于特定器官,未涵盖所有组织类型 | 阐明人类巨噬细胞在不同组织(尤其是黏膜和淋巴器官)中的身份如何与其居住部位耦合,并在激活和极化过程中维持 | 从器官捐献者分离的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序,刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白数据 | 来自个体器官捐献者的多个组织样本(肺、小肠、脾、骨髓、淋巴结) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |