本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 27341 | 2024-08-05 |
Integrating Multi-omics Data for Alzheimer's Disease to Explore Its Biomarkers Via the Hypergraph-Regularized Joint Deep Semi-Non-Negative Matrix Factorization Algorithm
2024-Apr-15, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-024-02211-9
PMID:38619646
|
研究论文 | 本文提出了一种超图正则化联合深度半非负矩阵分解算法,以集成与阿尔茨海默病相关的多组学数据 | 本文的创新点在于提出了一种新算法HR-JDSNMF,通过高阶关联挖掘和多层次数据分解来整合多组学数据 | 尽管该方法优于多种其他算法,但可能仍存在在更大规模的真实世界数据上验证结果的限制 | 本研究旨在探讨阿尔茨海默病的多组学生物标志物 | 研究对象包括与阿尔茨海默病相关的基因组学、转录组学和影像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 正电子发射断层扫描(PET)、单核苷酸多态性(SNP)、基因表达 | 深度半非负矩阵分解(JDSNMF) | 基因组数据、转录组数据、影像数据 | 实验数据通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)收集,但具体样本大小未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 27342 | 2024-08-04 |
Identification of macrophage-related genes in bladder cancer patients using single-cell sequencing and construction of a prognostic model
2024, American journal of clinical and experimental immunology
IF:1.4Q4
DOI:10.62347/VLDZ7581
PMID:39022795
|
研究论文 | 本研究评估了膀胱癌患者肿瘤微环境中巨噬细胞相关基因的表达并构建了预后模型 | 使用单细胞测序技术识别并分析膀胱癌患者中的巨噬细胞相关基因。 | NA | 评估膀胱癌患者肿瘤微环境中巨噬细胞相关基因的表达并构建预后模型 | 膀胱癌患者的肿瘤微环境中的巨噬细胞相关基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27343 | 2024-08-04 |
Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing
2023-12-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.11.005
PMID:38128483
|
研究论文 | 提出了一种新颖的星形同义性进化模型,用于CRISPR-Cas9细胞系追踪 | 开发了专门的星形同义性模型以描述CRISPR-Cas9诱导突变的进化特点 | 未提及具体的应用限制 | 旨在改进CRISPR-Cas9诱导突变的细胞谱系追踪方法 | 研究CRISPR-Cas9诱导突变的细胞系谱系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | CRISPR-Cas9 | 星形同义性模型 | 模拟细胞谱系追踪数据,鼠类转移性肺腺癌数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27344 | 2024-08-05 |
Adenomyosis: single-cell transcriptomic analysis reveals a paracrine mesenchymal-epithelial interaction involving the WNT/SFRP pathway
2023-05, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2023.01.041
PMID:36736810
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组分析评估了腺肌症的细胞和分子景观 | 揭示了腺肌症中与WNT/SFRP通路相关的间充质-上皮相互作用的独特特征 | 样本量较小,仅包括3名患者 | 评估腺肌症的细胞和分子特点 | 分析来自腺肌症、内膜和肌层的匹配组织的单细胞RNA表达 | 数字病理学 | 腺肌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名患者的匹配组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27345 | 2024-08-05 |
CTpathway: a CrossTalk-based pathway enrichment analysis method for cancer research
2022-10-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01119-6
PMID:36229842
|
研究论文 | CTpathway是一种基于交叉通路的通路富集分析方法,适用于癌症研究 | CTpathway整合了路径交叉、分子相互作用和网络拓扑等关键路径特征,从而提供了一种新的PEA方法 | 现有的PEA方法未能充分整合必要的路径特征,导致许多风险路径未被调查 | 研究通路富集分析方法以识别癌症的风险路径 | 通过基因差异表达和交叉效应分析风险基因及其富集的风险路径 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 基因表达谱 | 超过8300个表达谱覆盖十种癌症组织和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27346 | 2024-08-05 |
Testis single-cell RNA-seq reveals the dynamics of de novo gene transcription and germline mutational bias in Drosophila
2019-08-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47138
PMID:31418408
|
研究论文 | 该研究探讨了果蝇睾丸中遗传新奇性表达模式及其细胞类型的动态变化 | 研究首次揭示了特定细胞类型中de novo基因的表达模式及其与生殖细胞替代的关系 | 研究主要集中在果蝇的睾丸,可能无法直接推广至其他物种 | 研究睾丸中的遗传新奇性如何影响生殖功能和进化创新 | 成年果蝇的睾丸细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 成年果蝇睾丸细胞的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27347 | 2024-08-07 |
Large Particle Fluorescence-Activated Cell Sorting Enables High-Quality Single-Cell RNA Sequencing and Functional Analysis of Adult Cardiomyocytes
2019-08-16, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315493
PMID:31415233
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27348 | 2024-08-05 |
scAlign: a tool for alignment, integration, and rare cell identification from scRNA-seq data
2019-08-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1766-4
PMID:31412909
|
研究论文 | scAlign是一种用于对scRNA-seq数据进行对齐、集成和稀有细胞识别的工具 | 提出了一种无监督深度学习方法scAlign,可处理部分、重叠或完整的细胞标签集,具备出色的数据集集成性能 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的集成及稀有细胞的识别问题 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27349 | 2024-08-05 |
Multi-Objective Optimized Fuzzy Clustering for Detecting Cell Clusters from Single-Cell Expression Profiles
2019-08-13, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10080611
PMID:31412637
|
研究论文 | 本文提出了一种多目标优化的模糊聚类方法,用于从单细胞RNA测序数据中检测细胞簇 | 创新点在于结合多目标优化和模糊聚类算法进行细胞簇的识别 | 未提及具体的计算效率和方法的适用范围 | 目标是提高从单细胞RNA测序数据中检测细胞簇的准确性 | 研究对象为小鼠稀有肠道细胞类型的单细胞表达谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 模糊c均值聚类 | 表达数据 | 288个细胞,来自23,630个基因特征 | NA | NA | NA | NA |
| 27350 | 2024-08-05 |
Comprehensive Integration of Single-Cell Data
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.031
PMID:31178118
|
研究论文 | 本文提出一种策略以整合多样的单细胞测量数据,改善细胞身份和功能的理解 | 创新点在于开发了一种'锚定'不同数据集的策略,能够跨越不同的单细胞测量技术和多重细胞模态进行数据整合 | 限制在于所开发方法可能仍需进一步验证和优化以适应更广泛的应用场景 | 探索如何有效整合不同单细胞测量技术的数据以深入理解细胞状态 | 研究对象包括不同的单细胞转录组数据和染色质可及性数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27351 | 2024-08-05 |
Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.006
PMID:31178122
|
研究论文 | 本文开发了LIGER算法,通过整合多种实验和生物背景下的单细胞测量,定义了细胞类型的特征 | 提出了一种新的算法LIGER,能够灵活建模单细胞数据集,并揭示细胞身份的共享和特定特征 | NA | 本研究旨在定义细胞类型并加速细胞类型定义、基因调控和疾病状态的调查 | 研究对象包括人类和小鼠脑细胞的单细胞基因表达和表观基因组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据 | 四个不同的分析,涉及来自人类和小鼠的大脑细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27352 | 2024-08-05 |
CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues
2018-11-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20181442
PMID:30355617
|
研究论文 | 本研究识别了一种表达CD49b的功能成熟的Treg细胞亚群。 | 发现了具有独特组织分布和功能的短暂效应Treg细胞亚群。 | 未阐明不同组织来源的Treg细胞之间的关系的全部情况。 | 阐明功能成熟的Treg细胞亚群的身份和发展。 | CD49b Treg细胞亚群及其在外周组织中的作用。 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27353 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptome Reveals Cell Type-Specific Molecular Pathology in a 2VO Cerebral Ischemic Mouse Model
2024-Aug, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03755-4
PMID:38180614
|
研究论文 | 本研究利用小鼠双血管阻塞缺血模型分析了海马中特定细胞类型的分子病理 | 首次对2VO模型进行单细胞转录组分析,揭示了不同寻常的少突胶质前体细胞亚型 | 缺乏对其他脑区的细胞类型-specific基因表达的研究 | 研究缺血后海马中细胞类型特异性的分子病理 | 2VO小鼠模型中的海马细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组分析 | 2VO模型 | 细胞 | 27,069个细胞对应14种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 27354 | 2024-08-05 |
Translational regulation enhances distinction of cell types in the nervous system
2024-Jul-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90713
PMID:39010741
|
研究论文 | 这篇文章揭示了转录后调控在神经系统细胞类型区分中的重要性 | 研究首次将转录后调控与细胞类型特异性蛋白表达联系起来,为理解细胞多样性的分子机制提供了新见解 | 研究仅在特定的转基因小鼠模型中进行,可能不适用于所有类型的神经细胞 | 揭示转录后调控对神经系统细胞类型区分的影响 | 研究基因定义的脑细胞的转录组和翻译组 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, Ribo-seq | NA | RNA数据 | 基因定义的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27355 | 2024-08-05 |
Generation of musculoskeletal cells from human urine epithelium-derived presomitic mesoderm cells
2024-Jul-15, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01274-w
PMID:39010176
|
研究论文 | 本研究探讨了从人尿上皮衍生的前体中胚层细胞生成肌肉骨骼细胞的过程。 | 本研究首次展示了UiPSM细胞的分化潜力,并证明其在移植后能够形成成熟的骨骼肌细胞。 | 研究未详细探讨UiPSM细胞在不同体内环境下的长期表现及其潜在的不良反应。 | 研究UiPSM细胞的分化潜力及其在肌肉骨骼发展中的应用。 | 本研究主要对象为从人尿上皮提取的UiPSM细胞及其衍生的骨骼肌细胞。 | 数字病理学 | 肌肉骨骼疾病 | 生物发光成像,单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞培养,生物成像 | 使用了在MITRG小鼠前胫肌中的UiPSM细胞移植进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 27356 | 2024-08-04 |
Advance and Application of Single-cell Transcriptomics in Auditory Research
2024-Jul, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-023-01149-z
PMID:38015350
|
综述 | 本文章回顾了单细胞转录组学在听觉研究中的应用 | 文章创新性地应用单细胞RNA测序技术揭示听觉器官中细胞的复杂生物机制 | 对于内耳的细胞异质性及其有限的细胞数量的深入研究仍然不足 | 本研究旨在提供听觉器官发展的参考、听力损失的发病机制以及再生疗法的基础 | 研究对象为听觉器官中的不同类型细胞 | 数字病理学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27357 | 2024-08-04 |
Exploring kidney allograft rejection: A proof-of-concept study using spatial transcriptomics
2024-Jul, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.04.015
PMID:38692412
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学研究肾移植排斥反应的潜力 | 结合公共单细胞RNA测序数据,首次应用空间转录组学技术研究肾移植排斥反应 | 关于该技术的发展和未来应用的限制需要考虑 | 研究肾移植排斥反应的分子和细胞机制 | 分析非排斥、T细胞介导的急性排斥、间质纤维化和肾小管萎缩的活检样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学 | NA | 活检样本 | 多种病理状态下的活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27358 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing advances in research on mesenchymal stem/stromal cells
2024-Jul, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-024-01076-9
PMID:38743204
|
综述 | 本文回顾了单细胞测序在间充质干细胞研究中的应用及其前景 | 强调了单细胞测序技术在揭示间充质干细胞异质性和分子特征中的重要性 | 未提及具体的局限性 | 审视单细胞测序在间充质干细胞研究中的应用 | 间充质干细胞(MSCs) | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27359 | 2024-08-07 |
Decoding the building blocks of cellular processes from single-cell transcriptomics data
2024-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01967-6
PMID:37735267
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27360 | 2024-08-04 |
Liver cancer from the perspective of single-cell sequencing: a review combined with bibliometric analysis
2024-Jun-24, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05855-7
PMID:38910204
|
综述 | 本研究通过文献计量学分析,全面概述了单细胞测序在肝癌研究中的知识结构和研究热点 | 这项研究是首次综合总结单细胞测序在肝癌应用的研究趋势和发展 | 具体的局限性未在摘要中提及 | 提供单细胞测序在肝癌研究领域的知识结构和研究热点的概述 | 与单细胞测序技术在肝癌研究中的应用相关的文献 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 文献 | 331篇相关出版物 | NA | NA | NA | NA |