单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
27021	2024-08-09	Erratum to: 'Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data' 2016-May-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-2609-2 PMID:27164840	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
27022	2024-08-09	Exploiting single-cell expression to characterize co-expression replicability 2016-May-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0964-6 PMID:27165153	研究论文	本文利用单细胞表达数据来研究共表达网络的可重复性及其基因间连接的基本驱动因素	首次对单细胞共表达进行了大规模分析，并识别了影响共表达的技术因素	共表达分析常被视为黑箱，结果难以追溯到数据基础	理解共表达网络中基因间连接和可重复性的基本驱动因素	单细胞RNA测序数据中的共表达网络	功能基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	31项研究的样本，以及126个皮质中间神经元的单细胞RNA-seq实验
27023	2024-08-09	Understanding How Zika Virus Enters and Infects Neural Target Cells 2016-05-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.04.009 PMID:27152436	研究论文	研究使用人类神经干细胞模型和单细胞RNA测序技术，探讨寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和潜在进入受体	利用单细胞RNA测序技术，首次详细研究了寨卡病毒对神经目标细胞的嗜性和进入机制	NA	探讨寨卡病毒如何进入并感染神经目标细胞	寨卡病毒及其对神经干细胞的影响	NA	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
27024	2024-08-09	Single-Cell Genomics for Virology 2016-05-04, Viruses DOI:10.3390/v8050123 PMID:27153082	综述	本文综述了单细胞测序技术在病毒学领域的应用，探讨了其在揭示病毒多样性和细胞对病毒感染反应中的新途径	首次将单细胞测序分析应用于病毒学领域，为探索病毒多样性和细胞反应提供了新方法	NA	总结单细胞测序技术在病毒学中的应用	病毒多样性和细胞对病毒感染的反应	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
27025	2024-08-09	Heterogeneity of Mesp1+ mesoderm revealed by single-cell RNA-seq 2016-06-03, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2016.04.139 PMID:27131741	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了Mesp1+中胚层细胞的异质性	揭示了Mesp1诱导的中胚层细胞内在的异质性，并发现了倾向于造血或心脏发育的亚群	NA	探索Mesp1+中胚层细胞的异质性	Mesp1+中胚层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
27026	2024-08-09	Deciphering intratumor heterogeneity using cancer genome analysis 2016-06, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-016-1670-x PMID:27126234	研究论文	本文通过癌症基因组分析来解析肿瘤内异质性	利用全外显子或基因组测序数据进行克隆分析，以及多区域活检和深度测序技术来监测肿瘤进展中的亚克隆	NA	研究肿瘤内异质性的本质，并探讨其在精确癌症治疗中的应用	肿瘤内的亚克隆及其在治疗结果中的影响	数字病理学	NA	全外显子测序，基因组测序，深度测序，单细胞测序	NA	基因组数据	多区域活检样本，少量细胞
27027	2024-08-09	Tree inference for single-cell data 2016-May-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0936-x PMID:27149953	研究论文	本文介绍了一种名为SCITE的随机搜索算法，用于从单细胞的噪声和不完全突变数据中识别肿瘤的进化历史	SCITE算法采用灵活的马尔可夫链蒙特卡罗采样方案，能够计算最大似然突变历史，从后验概率分布中采样，并估计底层测序实验的错误率	NA	理解肿瘤内的突变异质性，以促进高效癌症疗法的发展	肿瘤的进化历史	数字病理学	NA	单细胞测序	马尔可夫链蒙特卡罗	突变数据	NA
27028	2024-08-09	Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell 2016-May-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0950-z PMID:27150361	研究论文	本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析转录组和DNA甲基化组	scMT-seq方法的创新之处在于能够同时从同一细胞中获取转录组和甲基化组数据，有助于更深入地理解DNA甲基化与基因表达之间的关系	尽管该方法能够同时分析转录组和甲基化组，但大多数表达变异并不能通过近端启动子甲基化来解释	研究目的是探索单细胞内DNA甲基化与基因表达的直接关联	研究对象包括感觉神经元中的单细胞转录组和甲基化组	数字病理学	NA	scMT-seq	NA	转录组和甲基化组数据	使用的是混合小鼠模型中的单个细胞
27029	2024-08-09	Application of single-cell RNA sequencing in optimizing a combinatorial therapeutic strategy in metastatic renal cell carcinoma 2016-Apr-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0945-9 PMID:27139883	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究转移性肾细胞癌的肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略以提高治疗效果	本文首次利用单细胞RNA测序技术分析肿瘤内异质性，并基于此设计了一种联合治疗策略，显著提高了治疗效果	NA	研究如何通过单细胞RNA测序技术优化转移性肾细胞癌的联合治疗策略	转移性肾细胞癌及其肺转移	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	一对原发性肾细胞癌及其肺转移样本
27030	2024-08-09	CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq 2016-Apr-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0938-8 PMID:27121950	研究论文	本文介绍了CEL-Seq2方法，这是CEL-Seq方法的改进版本，具有更高的灵敏度、更低的成本和更少的操作时间	CEL-Seq2在Fluidigm的C1系统上实现了首个单细胞芯片内条码方法，并展示了其在单细胞RNA测序分析中的经济性、分辨率和易用性方面的独特优势	NA	开发一种灵敏、准确且可重复的单细胞转录组学方法	小鼠成纤维细胞的基因表达变化及其细胞周期进展	单细胞测序	NA	CEL-Seq2	NA	RNA测序数据	小鼠成纤维细胞
27031	2024-08-09	In silico lineage tracing through single cell transcriptomics identifies a neural stem cell population in planarians 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0937-9 PMID:27150006	研究论文	本文通过单细胞转录组学和伪时间分析，在扁形动物中识别出一种神经干细胞群体	利用单细胞RNA测序和计算机模拟谱系分析，首次在扁形动物中发现了一种具有神经特性的干细胞亚群（νNeoblasts），并提出了一个新的替代谱系	研究依赖于计算机模拟和单细胞转录组学数据，需要进一步的体内验证	探索扁形动物中的细胞谱系进展和组织再生的机制	扁形动物Schmidtea mediterranea中的干细胞及其后代细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	伪时间分析	转录组数据	168个单个干细胞及其后代细胞
27032	2024-08-09	Innate-like functions of natural killer T cell subsets result from highly divergent gene programs 2016-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3437 PMID:27089380	研究论文	本文通过转录组和表观基因组分析以及单细胞RNA测序，研究了胸腺自然杀伤T细胞亚群的高度分化基因程序	首次全面分析了胸腺自然杀伤T细胞亚群的转录组和表观基因组特征，揭示了这些亚群在基因表达和表观遗传上的显著差异	NA	探讨自然杀伤T细胞亚群的功能差异及其背后的基因程序	胸腺自然杀伤T细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据，表观基因组数据	NA
27033	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Melanoma Transcriptional Heterogeneity 2016-Jun, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-RW2016-075 PMID:27102072	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了4,645个细胞，揭示了转移性黑色素瘤的转录异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了转移性黑色素瘤的细胞生态系统	NA	探究转移性黑色素瘤的转录异质性	转移性黑色素瘤中的4,645个细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4,645个细胞
27034	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2016-04-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11414 PMID:27108815	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胎盘中的细胞类型特异性转录特征，揭示了母胎界面不同细胞类型的功能贡献	首次对胎盘进行单细胞RNA测序分析，识别了Blimp1依赖的转录本在SpA-TGCs中的富集	NA	探究母胎界面不同细胞类型的功能贡献及控制胎盘形态发生和血管拟态的动态基因表达模式	胎盘中的细胞类型特异性转录特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
27035	2024-08-09	Cell-cycle-independent transitions in temporal identity of mammalian neural progenitor cells 2016-Apr-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11349 PMID:27094546	research paper	本文通过单细胞转录组分析，研究了不同发育阶段哺乳动物神经前体细胞（APs）的时间身份转换机制	发现APs中基因表达的时间变化与细胞周期无关，且不受Notch激活模式的影响	NA	探究哺乳动物神经前体细胞在脑发育过程中时间身份转换的机制	哺乳动物神经前体细胞（APs）及其在不同发育阶段的基因表达变化	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
27036	2024-08-09	Nuclear RNA-seq of single neurons reveals molecular signatures of activation 2016-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms11022 PMID:27090946	研究论文	本文通过单核RNA测序（snRNA-seq）方法，研究了激活神经元的转录组变化，揭示了与经验驱动活动诱导相关的转录模式。	本文首次使用snRNA-seq技术，展示了激活神经元转录组的广泛变化，包括MAPK通路基因的诱导，并揭示了激活状态的连续性和伪时间模式。	NA	研究激活神经元的分子动力学，特别是与特定经验相关的差异神经元反应。	小鼠齿状回颗粒细胞在短暂新环境暴露后的激活神经元转录组。	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
27037	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Lineage and X Chromosome Dynamics in Human Preimplantation Embryos 2016-May-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.03.023 PMID:27062923	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类早期胚胎发育中的细胞谱系和X染色体动态变化	首次提供了人类早期胚胎发育的综合转录图谱，并发现女性细胞在植入前实现了X染色体RNA水平的剂量补偿	研究主要集中在人类早期胚胎发育，未涉及更广泛的发育阶段	探索人类早期胚胎发育的细胞谱系和X染色体动态	人类早期胚胎的细胞谱系和X染色体动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1529个单细胞来自88个人类早期胚胎
27038	2024-08-09	Single-cell sequencing in stem cell biology 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0941-0 PMID:27083874	综述	本文综述了单细胞测序技术在干细胞生物学中的应用及其方法学进展和未来展望	单细胞测序技术能够全面解析细胞异质性，并识别出干细胞群体中的不同表型细胞类型	NA	探讨单细胞组学测序技术在干细胞领域的最新进展和未来发展方向	不同类型的干细胞，包括多能干细胞和组织特异性干细胞	生物技术	NA	单细胞基因组、表观基因组和转录组测序技术	NA	基因组数据	NA
27039	2024-08-09	Single-cell profiling of lncRNAs in the developing human brain 2016-04-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0933-0 PMID:27079200	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类大脑发育过程中长非编码RNA（lncRNAs）的表达情况	发现lncRNAs在特定脑细胞中大量表达，而在整体样本中难以检测	NA	探讨lncRNAs在人类大脑发育中的功能和表达模式	人类大脑发育过程中的lncRNAs表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定个体脑细胞样本
27040	2024-08-09	Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex 2016-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0932-1 PMID:27081004	研究论文	本文通过链特异性RNA测序深入分析了不同发育阶段人类大脑新皮层中的长非编码RNA（lncRNA），并应用于单细胞转录组分析	首次揭示了lncRNA在单个细胞中的高表达特性及其细胞类型特异性，特别是LOC646329在单个放射状胶质细胞中的富集	NA	研究lncRNA在人类大脑发育中的表达和功能	人类大脑新皮层中的长非编码RNA	数字病理学	NA	链特异性RNA测序	NA	RNA	数百个新皮层细胞