单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2681 - 2700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2681 | 2024-10-30 |
SAW: an efficient and accurate data analysis workflow for Stereo-seq spatial transcriptomics
2024, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.111
PMID:38434930
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研究论文 | 本文介绍了一种高效且准确的空间转录组数据分析工作流程SAW，用于处理Stereo-seq技术生成的大规模数据 | 开发了名为Stereo-seq分析工作流程（SAW）的高性能和准确的空间转录组数据分析工具，显著提高了处理速度和效率 | NA | 提高空间转录组数据分析的效率和准确性 | 空间转录组数据分析中的基因表达信息 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（Stereo-seq） | NA | 转录组数据 | 1 GB reads 1 × 1 cm芯片测试数据 |
| 2682 | 2024-10-30 |
Acyloxyacyl Hydrolase Protects against Kidney Injury via Inhibition of Tubular CD74-Macrophage Crosstalk
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.91237
PMID:38904010
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研究论文 | 研究了乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）通过抑制肾小管上皮细胞CD74信号通路来保护肾脏免受损伤和纤维化的作用 | 首次揭示了AOAH在肾脏损伤中的保护作用，并提出了通过靶向肾脏AOAH来预防肾纤维化进展的策略 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证AOAH的作用 | 探讨AOAH在肾脏损伤和纤维化中的作用及其机制 | 乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）、肾小管上皮细胞（PTECs）、巨噬细胞 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了野生型（WT）和AOAH缺失的小鼠模型 |
| 2683 | 2024-10-30 |
CD8 T cells induce the peritubular capillary rarefaction during AKI to CKD transition
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96812
PMID:38904017
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研究论文 | 研究探讨了CD8 T细胞在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中诱导肾小管周围毛细血管稀疏的作用 | 首次揭示了CD8 T细胞通过CXCL16-CXCR6途径介导的巨噬细胞招募，诱导内皮细胞凋亡，从而在AKI向CKD转变过程中导致肾小管周围毛细血管稀疏 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其机制 | 探讨AKI向CKD转变过程中CD8 T细胞的作用机制 | CD8 T细胞在AKI向CKD转变中的作用及其机制 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的单细胞RNA测序数据 |
| 2684 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100417
PMID:39346541
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了辐射诱导皮肤损伤过程中分子变化和细胞间通讯，并探讨了Nur77在其中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化和细胞间通讯，并发现了Nur77作为潜在的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和辐射事故患者的皮肤样本，结果的外推性可能有限 | 阐明辐射诱导皮肤损伤过程中单细胞水平的分子变化和细胞间通讯 | 辐射诱导皮肤损伤过程中单细胞水平的分子变化和细胞间通讯 | 数字病理学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类皮肤样本11个细胞群，大鼠皮肤样本13个细胞群 |
| 2685 | 2024-10-30 |
Seeing or believing in hyperplexed spatial proteomics via antibodies: New and old biases for an image-based technology
2024, Biological imaging
DOI:10.1017/S2633903X24000138
PMID:39464237
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研究论文 | 本文重新评估了通过抗体免疫检测进行超复用空间蛋白质组学（即>15个标记）的各个步骤，发现人眼在图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等过程中存在局限性 | 本文提出了BRAQUE工具，能够在标记无关的方式下从低信噪比的标记中提取粒度信息，并发现现有抗体在超复用免疫染色中的非预期染色结果，强调了更新抗体特异性定义的必要性 | 人眼在区分灰度和亮度水平方面存在局限性，且仅选择包含可见信号的图像进行分析 | 重新评估超复用空间蛋白质组学中的各个步骤，探讨人眼在其中的作用及其局限性 | 超复用空间蛋白质组学中的图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等步骤 | 数字病理学 | NA | 抗体免疫检测 | NA | 图像 | 公共人类淋巴结数据集 |
| 2686 | 2024-10-30 |
Integrating anoikis and ErbB signaling insights with machine learning and single-cell analysis for predicting prognosis and immune-targeted therapy outcomes in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446961
PMID:39464883
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研究论文 | 本研究通过整合凋亡和ErbB信号通路，利用机器学习和单细胞分析技术，预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 开发了Anoikis-ErbB相关签名（AERS）模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | NA | 预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 肝细胞癌患者的预后和免疫靶向治疗效果 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO + RSF | 基因表达数据 | 包括TCGA、ICGC和三个独立验证队列以及内部队列的数据 |
| 2687 | 2024-10-30 |
Gastrointestinal stromal tumors regulate macrophage M2 polarization through the MIF/CXCR4 axis to immune escape
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1431535
PMID:39464891
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研究论文 | 研究胃肠道间质瘤（GIST）中免疫细胞的浸润及其在肿瘤进展中的作用 | 发现MIF/CXCR4轴是巨噬细胞与肿瘤细胞之间最常见的配体-受体相互作用，并揭示了GIST细胞通过该轴调节巨噬细胞M2极化的机制 | 仅限于体外实验和80个GIST样本的免疫组化分析，缺乏更大规模和更全面的体内研究 | 探讨GIST中浸润免疫细胞的类型及其与肿瘤进展的关系 | 胃肠道间质瘤（GIST）中的免疫细胞浸润及其作用 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、实时PCR | NA | RNA | 80个GIST样本 |
| 2688 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-seq analysis revealed the stemness of a specific cluster of B cells in acute lymphoblastic leukemia progression
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18296
PMID:39465162
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了急性淋巴细胞白血病进展中B细胞的干细胞特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了急性淋巴细胞白血病中B细胞的干细胞特性及其在疾病进展中的关键作用 | 研究样本仅来自GEO数据库，可能存在数据偏差；未涉及临床试验验证 | 探讨急性淋巴细胞白血病中B细胞在调节免疫微环境中的关键作用 | 急性淋巴细胞白血病中的B细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 急性淋巴细胞白血病和健康样本的单细胞RNA测序数据 |
| 2689 | 2024-10-30 |
Integration of ubiquitination-related genes in predictive signatures for prognosis and immunotherapy response in sarcoma
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446522
PMID:39469643
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研究论文 | 研究分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式、预后意义及其机制，并构建了预测模型 | 首次系统分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建了预测模型 | 研究主要基于公共数据库和临床样本，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建预测模型 | 泛素化相关基因在肉瘤中的表达及其预后意义 | 数字病理学 | 肉瘤 | RT-qPCR | LASSO-Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA-SARC数据库中的样本及GEO数据库和临床组织样本 |
| 2690 | 2024-10-30 |
Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401
2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235
PMID:37463058
|
研究论文 | 本文评估了在自体造血干细胞移植后使用树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者临床反应率和特异性免疫诱导的影响 | 本文首次在多发性骨髓瘤患者中评估了树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗的联合应用效果，并展示了个性化细胞疗法在多中心合作研究中的成功实施 | 尽管疫苗接种显著增加了多发性骨髓瘤特异性淋巴细胞的扩增，但在1年后的完全缓解率上并未显示出统计学上的显著增加 | 评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗与来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者临床反应率和特异性免疫诱导的影响 | 多发性骨髓瘤患者 | NA | 多发性骨髓瘤 | 树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗 | NA | NA | 203名患者，其中140名在移植后随机分配 |
| 2691 | 2024-10-30 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Nov-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性 | 本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑 | 本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现 | 识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体 |
| 2692 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 2693 | 2024-10-30 |
Systems biological assessment of the temporal dynamics of immunity to a viral infection in the first weeks and months of life
2023-Jan-31, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.01.28.23285133
PMID:36778389
|
研究论文 | 本文通过多组学方法，对婴儿和幼儿在生命早期几周和几个月内对SARS-CoV-2感染的免疫动态进行了纵向分析 | 首次提供了生命早期几周和几个月内对病毒感染的免疫动态的快照 | NA | 研究婴儿和幼儿在生命早期对SARS-CoV-2感染的免疫动态 | 婴儿和幼儿对SARS-CoV-2感染的先天性和适应性免疫反应 | NA | NA | 多组学分析 | NA | 血液样本 | 感染前、感染期间和感染后收集的血液样本 |
| 2694 | 2024-10-30 |
Targeting Immune-Fibroblast Crosstalk in Myocardial Infarction and Cardiac Fibrosis
2023-Jan-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2402606/v1
PMID:36747878
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研究论文 | 研究心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞之间的相互作用 | 首次揭示了人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞之间的分子机制，并展示了通过靶向炎症治疗组织纤维化的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类心脏样本，可能存在种属差异 | 探讨心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞的相互作用机制 | 心肌梗死和心脏纤维化中的免疫细胞与成纤维细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞基因表达分析、表位映射、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | 38名急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏样本 |
| 2695 | 2024-10-30 |
Derivation of extra-embryonic and intra-embryonic macrophage lineages from human pluripotent stem cells
2022-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200016
PMID:35178561
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研究论文 | 本文研究了从人类多能干细胞中衍生出的胚外和胚内巨噬细胞谱系 | 开发了一种系统，能够生成类似于组织驻留或单核细胞来源的巨噬细胞的纯培养物，并揭示了这些巨噬细胞在形态学、转录和功能上的差异 | NA | 研究组织驻留巨噬细胞的发育和功能，并探索其在组织工程和再生医学中的应用潜力 | 人类多能干细胞衍生的胚外和胚内巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2696 | 2024-10-29 |
Comprehensive integration of single-cell RNA and transcriptome RNA sequencing to establish a pyroptosis-related signature for improving prognostic prediction of gastric cancer
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.002
PMID:38404710
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，建立了一个与细胞焦亡相关的特征，以提高胃癌患者的预后预测 | 首次整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，建立了一个与细胞焦亡相关的特征，用于预测胃癌患者的生存时间和治疗反应 | 需要进一步验证该特征在不同人群和不同治疗方案中的适用性 | 探索细胞焦亡相关基因作为胃癌患者的预后生物标志物和治疗指标的价值 | 胃癌患者的细胞焦亡相关基因表达和分布 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO分析 | RNA | GSE183904数据集和TCGA数据库中的胃癌转录组数据 |
| 2697 | 2024-10-29 |
Bulk and single-cell RNA-seq analyses reveal canonical RNA editing associated with microglia homeostasis and its role in sepsis-associated encephalopathy
2024-Nov-12, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 研究分析了大量和小鼠脑组织及小胶质细胞样本的单细胞RNA测序数据，探讨了与小胶质细胞稳态相关的经典RNA编辑及其在脓毒症相关脑病中的作用 | 首次揭示了小胶质细胞稳态与RNA编辑在脓毒症相关脑病中的关系，并提供了新的见解 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨小胶质细胞稳态与RNA编辑在脓毒症相关脑病中的关系 | 小鼠脑组织及小胶质细胞样本 | 数字病理学 | 脓毒症相关脑病 | RNA测序 | NA | RNA | 107个脑组织和小胶质细胞样本 |
| 2698 | 2024-10-29 |
Neuron-glia crosstalk and inflammatory mediators in migraine pathophysiology
2024-Nov-12, Neuroscience
IF:2.9Q2
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综述 | 本文综述了偏头痛病理生理学中神经炎症机制的细胞和分子层面 | 介绍了PBR28-靶向成像和单细胞测序等新技术在理解偏头痛神经炎症机制中的应用 | NA | 探讨偏头痛的神经炎症机制及其在个性化治疗中的应用 | 偏头痛的神经炎症机制，包括细胞和分子层面的研究 | NA | 偏头痛 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2699 | 2024-10-29 |
Blocking the HIF-1α/glycolysis axis inhibits allergic airway inflammation by reducing ILC2 metabolism and function
2024-Oct-27, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16361
PMID:39462230
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研究论文 | 研究HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用 | 首次揭示了HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证 | 探讨HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用 | 小鼠和人类的ILC2细胞 | NA | 哮喘 | 糖酵解抑制剂和HIF-1α抑制剂 | NA | 转录组数据、代谢数据和染色质免疫沉淀分析 | 小鼠和人类样本 |
| 2700 | 2024-10-29 |
Aging alters the effect of adiponectin receptor signaling on bone marrow-derived mesenchymal stem cells
2024-Oct-27, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14390
PMID:39462849
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研究论文 | 研究衰老对脂肪细胞因子受体信号在骨髓来源间充质干细胞中作用的影响 | 首次观察到衰老小鼠骨髓中脂肪细胞因子受体表达的差异，并揭示了这些差异对骨再生和修复的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨衰老如何改变脂肪细胞因子受体信号对骨髓来源间充质干细胞的影响 | 衰老小鼠和年轻小鼠的骨髓来源间充质干细胞 | NA | 骨质疏松症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 衰老小鼠和年轻小鼠 |