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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2661 | 2025-12-19 |
Nanobody Immunolabelling and three-dimensional imaging reveals spatially restricted LYVE1 expression by kidney lymphatic vessels in mice
2025-Oct-13, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03759-3
PMID:41084009
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研究论文 | 本研究利用纳米抗体免疫标记和三维成像技术,揭示了小鼠肾脏淋巴管中LYVE1表达的空间限制性特征 | 开发了针对LYVE1的纳米抗体,实现了对完整器官内淋巴管网络的更快速、更深层标记,克服了传统抗体渗透性不足的局限 | 研究主要聚焦于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证;纳米抗体的应用范围可能受限于特定标记物 | 开发新型淋巴管标记工具并研究肾脏淋巴管的特异性表达模式 | 小鼠肾脏、皮肤、心脏和肺部的淋巴管 | 数字病理学 | NA | 纳米抗体免疫标记、三维成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠器官样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2662 | 2025-12-19 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
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研究论文 | 本研究提出了一个名为LncCE的资源,用于在单细胞分辨率下系统探索正常组织和癌组织中的细胞高表达长链非编码RNA | 首次在单细胞水平系统构建了跨正常和癌组织的细胞高表达lncRNA图谱,并整合了临床生存关联分析 | 分析基于现有的单细胞RNA测序数据集,可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 构建一个全面、定量且用户友好的lncRNA细胞高表达图谱数据库 | 长链非编码RNA在正常组织和癌组织中的细胞特异性表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集,涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2663 | 2025-12-19 |
scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants
2025-07-11, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024
PMID:40094454
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研究论文 | 本文开发了一个名为scPlantLLM的Transformer基础模型,用于处理和分析植物单细胞RNA测序数据,以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战 | 开发了首个针对植物单细胞数据的Transformer基础模型,采用包含掩码语言建模和细胞类型注释任务的顺序预训练策略,在零样本学习场景下实现了高达0.91的准确率 | 模型主要基于拟南芥数据集进行验证,在其他植物系统中的泛化能力有待进一步评估 | 开发一个先进的计算模型,以解决植物单细胞RNA测序数据分析中的关键挑战,包括批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断 | 植物单细胞RNA测序数据,特别是拟南芥的单细胞表达图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | 数百万个植物单细胞数据点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2664 | 2025-12-19 |
Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes
2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426339122
PMID:40526717
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种疱疹病毒限制因子,能抑制病毒转录并激活干扰素刺激基因 | 首次揭示Sp140L作为疱疹病毒限制因子,并发现其连接病毒DNA感知与转录抑制至干扰素非依赖性先天免疫反应 | 研究主要基于EBV感染的B细胞模型,其他细胞类型或体内环境的适用性需进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制,并鉴定新的宿主限制因子 | EBV感染的B细胞及疱疹病毒Saimiri的ORF3蛋白 | 单细胞组学 | 病毒感染(EBV相关疾病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | EBNA-LP敲除(LPKO)感染的B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2665 | 2025-12-19 |
Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences
2025-05-07, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02013-z
PMID:40336141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中tau蛋白病的性别和年龄依赖性转录组变化 | 首次在THY-Tau22小鼠模型中系统揭示了tau蛋白病相关的性别特异性转录组变化及其年龄依赖性演化 | 研究仅基于小鼠模型,人类数据的验证有限,且样本年龄点较少 | 探究阿尔茨海默病相关tau蛋白病中性别特异性和性别二态性转录组变化的细胞类型特异性及年龄依赖性 | THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17月龄和7月龄的THY-Tau22及野生型小鼠皮质组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2666 | 2025-12-19 |
Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model
2025-Apr-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052024
PMID:40114603
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、三维成像及多模态磁共振成像技术,揭示了人类常染色体显性多囊肾病(ADPKD)肾脏中微血管异常的早期特征,并在Pkd1突变小鼠模型中验证了这些发现 | 首次结合单细胞转录组学、几何拓扑分析和动脉自旋标记磁共振成像,系统描述了ADPKD肾脏微血管异常的分子特征和时空动态,并证实其在人类和小鼠模型中的一致性 | 研究主要基于晚期人类ADPKD样本和Pkd1突变小鼠模型,可能无法完全反映疾病早期阶段的血管变化,且样本量有限 | 探究ADPKD肾脏微血管异常的发病机制和早期特征,为血管靶向治疗提供依据 | 人类ADPKD肾脏组织、Pkd1突变小鼠的肾脏(包括出生后和胎儿期) | 数字病理学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞转录组学、三维成像、几何拓扑分析、分形分析、多模态磁共振成像、动脉自旋标记 | Pkd1突变小鼠模型 | 转录组数据、图像数据、磁共振成像数据 | 人类ADPKD肾脏样本(晚期囊性病理和排泄功能衰竭)、Pkd1突变小鼠肾脏样本(出生后和胎儿期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2667 | 2025-12-19 |
T-cell repertoire analysis and metrics of diversity and clonality
2020-10, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2020.07.010
PMID:32889231
|
综述 | 本文综述了T细胞受体(TCR)测序技术、计算工具及多样性指标,以解析免疫库在健康和疾病中的动态 | 整合了高通量测序技术与计算工具,用于TCR库的聚类、特异性预测及多样性分析,推动个性化免疫治疗 | NA | 综述T细胞受体测序技术、计算工具及多样性指标,以促进免疫库在疾病和治疗中的研究 | T细胞受体(TCR)库 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2668 | 2025-12-18 |
Contribution of S1pr1 -featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice
2026-Jan-01, Pain
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780
PMID:40899794
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了顺铂诱导的神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及其与Wnt信号通路的关联 | 首次在顺铂诱导的神经病理性疼痛模型中,利用单细胞转录组学识别出S1pr1高表达星形胶质细胞亚群,并发现其通过Wnt信号通路(特别是FGFR3)介导疼痛机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本,可能限制结果的普适性 | 探究顺铂诱导的神经病理性疼痛(CIPN)中S1PR1下游的分子机制 | 雄性小鼠脊髓组织 | 单细胞转录组学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量,但基于雄性小鼠脊髓单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2669 | 2025-12-18 |
Current Knowledge and Future Directions for Cyclospora cayetanensis Research and Its Surrogates
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70327
PMID:41347294
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综述 | 本文回顾了环孢子虫的当前研究现状,包括其发生、传播、检测方法、宿主-寄生虫相互作用、遗传学和补救策略,并评估了使用替代生物来填补研究空白 | 评估了替代生物在环孢子虫研究中的应用,并探讨了新兴工具如宏基因组学、单细胞测序和AI驱动的生物信息学在克服研究障碍方面的潜力 | 替代生物无法完全复制环孢子虫的生物学特性,限制了基于替代研究的可转化性,且基因组组装存在空白,限制了系统发育和功能分析 | 提高环孢子虫的检测能力、风险评估并指导政策制定,以减轻环孢子虫病的公共卫生负担 | 环孢子虫及其替代生物(如艾美球虫和隐孢子虫) | NA | 环孢子虫病 | 分子检测、宏基因组学、单细胞测序、AI驱动的生物信息学 | NA | 基因组数据、环境样本数据、食品样本数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2670 | 2025-12-18 |
A New Orthotopic Mouse Model of Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2026-Jan, Head & neck
DOI:10.1002/hed.70001
PMID:40785350
|
研究论文 | 本研究建立了一种新型且可重复的喉鳞状细胞癌原位小鼠模型,用于促进喉癌相关研究 | 开发了一种新型原位小鼠模型,能更真实地模拟人体免疫系统反应和肿瘤生物学演化过程 | NA | 建立喉鳞状细胞癌的原位小鼠模型,以研究喉癌的分子机制 | C57BL/6小鼠(n=16)和喉癌患者样本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞测序,磁共振成像,光学体内三维成像,HE染色 | NA | 图像,测序数据 | 16只小鼠,15例成功模型,以及喉癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2671 | 2025-12-18 |
Exploring Single-Cell and Multi-Omics Technologies and Their Role in Unravelling Tumor Heterogeneity of Hepatocellular Carcinoma
2025-Dec-17, Journal of liver cancer
DOI:10.17998/jlc.2025.11.29
PMID:41402037
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综述 | 本文综述了单细胞和多组学技术在揭示肝细胞癌肿瘤异质性中的变革性作用 | 强调了单细胞和空间组学技术如何通过高分辨率分析重塑HCC研究,推动生物标志物、治疗靶点和患者分层策略的发现 | 高成本、技术要求高以及可及性有限,特别是在资源有限的环境中,是其广泛应用的主要障碍 | 探讨单细胞和多组学技术在解析肝细胞癌肿瘤异质性中的作用 | 肝细胞癌(HCC) | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2672 | 2025-12-18 |
Transgelin defines pro-tumorigenic cancer-associated fibroblasts in pancreatic cancer
2025-Dec-16, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03299-5
PMID:41402556
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了胰腺癌中肌成纤维样癌症相关成纤维细胞的异质性,并识别出转胶蛋白作为促肿瘤进展的关键介质 | 首次结合scATAC-seq和scRNA-seq在KPC小鼠模型中系统表征myCAF的异质性,并发现TAGLN表达与不良预后相关,为靶向治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;TAGLN的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展中的功能角色 | KPC小鼠胰腺组织及TCGA数据库中的PDAC样本 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞染色质可及性数据、单细胞转录组数据 | KPC小鼠胰腺组织(具体数量未明确)及TCGA人类PDAC样本 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2673 | 2025-12-18 |
Integrating RNA-seq and Single-Cell RNA-seq to Uncover Transcriptional Signature of Fibroblasts in Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Dec-16, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11310-0
PMID:41402612
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2674 | 2025-12-18 |
POU5F1 upregulates SPP1 to sustain stem-like traits and malignant phenotypes via JAK1/STAT3 in clear cell renal cell carcinoma
2025-Dec-16, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004469
PMID:41403335
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研究论文 | 本研究揭示了POU5F1通过上调SPP1并激活JAK1/STAT3信号通路,维持透明细胞肾细胞癌的干细胞样特性和恶性表型 | 首次系统验证了POU5F1-SPP1-JAK1/STAT3轴在ccRCC中的作用机制,为同时靶向肿瘤细胞和癌症干细胞提供了新的治疗策略 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本量有限(30对组织),需要更大规模的临床验证 | 探究SPP1在透明细胞肾细胞癌中的功能及其上游调控机制 | 透明细胞肾细胞癌组织样本(30对)、786-O/769-P细胞系、裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA-seq、功能实验(增殖、迁移、肿瘤球形成)、分子机制研究(ChIP、Co-IP、双荧光素酶报告基因检测)、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、临床生存数据 | 30对ccRCC组织样本、2种细胞系(786-O/769-P)、裸鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2675 | 2025-12-18 |
Prognostic role of stress granule-related Gene signatures in pancreatic ductal adenocarcinoma: insights from 101-combination machine learning and single-cell sequencing
2025-Dec-16, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004458
PMID:41403347
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研究论文 | 本研究通过结合机器学习与单细胞测序技术,开发并验证了一个基于应激颗粒相关基因的胰腺导管腺癌预后风险模型 | 首次利用101种机器学习算法组合识别预后相关的应激颗粒基因,并结合单细胞测序分析关键细胞类型与细胞间通讯 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性队列验证 | 探究应激颗粒在胰腺导管腺癌中的机制,重点关注风险分层与治疗策略 | 胰腺导管腺癌患者及其相关基因表达数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习算法组合(包括Cox回归等) | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个PDAC数据集,包括单细胞数据集GSE197177 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2676 | 2025-12-18 |
Cancer associated fibroblast exosomal miR-214-3p regulated by hnRNPA2B1 promotes cisplatin resistance by inhibiting ferroptosis
2025-Dec-16, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003946
PMID:41405275
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研究论文 | 本研究揭示了hnRNPA2B1通过调控CAF中外泌体miR-214-3p的分选,促进骨肉瘤顺铂耐药的新机制 | 首次发现hnRNPA2B1通过识别GGAG基序调控CAF外泌体中miR-214-3p的分选,并阐明该外泌体通过抑制GPX4表达减少铁死亡从而介导顺铂耐药 | 研究主要聚焦于骨肉瘤,未在其他癌症类型中验证该机制;体内实验数据可能有限 | 探究CAF外泌体介导的骨肉瘤顺铂耐药机制 | 骨肉瘤细胞、癌症相关成纤维细胞(CAF)、外泌体 | 单细胞组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀、外泌体功能实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、分子表达数据 | 顺铂敏感与耐药样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2677 | 2025-12-18 |
Development and application of a barcoded rabies viral tracing method for mapping brain-wide inputs to single neurons
2025-Dec-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101244
PMID:41338190
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研究论文 | 本研究开发了一种条形码狂犬病病毒追踪方法,用于在单细胞水平绘制全脑对单个神经元的输入连接图谱 | 结合逆行病毒追踪与单细胞RNA测序,开发了BRT方法,首次实现了在单细胞分辨率下对转录组定义神经元的局部和长程输入连接进行同时绘制 | 未明确说明方法在其它脑区的适用性限制或技术灵敏度边界 | 开发新型神经连接图谱绘制方法,构建细胞分辨率的中观尺度脑连接组 | 小鼠内侧前额叶皮层神经元 | 神经科学 | NA | 逆行病毒追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,神经连接数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2678 | 2025-12-18 |
Natural killer cell infiltration elicits gender-dependent dichotomous clinical outcomes in urothelial carcinoma
2025-Dec-15, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.70196
PMID:41368948
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研究论文 | 本研究通过多队列回顾性分析,揭示了自然杀伤细胞在尿路上皮癌中具有性别依赖性的临床影响 | 首次系统阐明了自然杀伤细胞在尿路上皮癌中的性别二态性临床作用,并揭示了其背后不同的功能状态和肿瘤微环境特征 | 研究为回顾性设计,需前瞻性研究验证;机制探索尚不完整 | 探究自然杀伤细胞如何介导尿路上皮癌的性别差异及其临床意义 | 尿路上皮癌患者 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 免疫组化、转录组学、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 图像、文本(转录组数据) | 885名患者(671名男性,214名女性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2679 | 2025-12-18 |
Targeting KRAS Inhibitor-Resistant Pancreatic Cancer with an MUC1-C Antibody-Drug Conjugate
2025-Dec-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2333
PMID:41086055
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研究论文 | 本研究探讨了MUC1-C蛋白在介导胰腺导管腺癌细胞对KRAS抑制剂耐药中的作用,并评估了抗MUC1-C抗体药物偶联物的治疗效果 | 揭示了KRAS G12D抑制通过激活MUC1-C/NF-κB p65自诱导通路上调MUC1-C蛋白,进而驱动耐药的新机制,并首次证明抗MUC1-C ADC能有效克服KRAS抑制剂耐药 | 研究主要基于KRAS G12D突变模型,未涵盖其他KRAS突变类型;临床前模型的转化潜力需进一步验证 | 探究胰腺导管腺癌对KRAS抑制剂耐药的机制,并开发针对耐药的新型治疗策略 | 胰腺导管腺癌KRAS G12D突变细胞系、患者来源的耐药类器官和异种移植模型,以及PDAC患者肿瘤样本 | 癌症生物学与治疗学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学染色、体外和体内药效评估 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、药效数据 | 3个PDAC KRAS G12D突变细胞系、患者来源的耐药类器官和异种移植模型,以及未明确数量的PDAC患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2680 | 2025-12-18 |
Systematic scRNA-seq screens profile neural organoid response to morphogens
2025-Dec-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02927-5
PMID:41398501
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研究论文 | 本研究通过系统性的单细胞RNA测序筛选,全面描绘了人类神经类器官对形态发生素的响应模式 | 首次在人类神经类器官中系统性地研究了形态发生素的时间、浓度和组合对神经上皮区域特化的影响,并整合深度学习模型预测分化结果 | 研究主要基于体外类器官模型,与体内发育环境的生理相关性仍需进一步验证 | 解析形态发生素在人类神经类器官区域化过程中的调控机制 | 人类神经类器官 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,但涉及多条件、多时间点的系统性筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |