单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26561	2024-08-09	Distilled single-cell genome sequencing and de novo assembly for sparse microbial communities 2013-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btt420 PMID:23918251	研究论文	本文介绍了一种新颖的分治方法，用于对微生物样本中所有不同基因组进行测序和从头组装，其测序成本和计算复杂度与基因组类型数量成正比，而非细胞数量。	提出了一种分治方法，通过减少与基因组类型数量成正比的测序成本和计算复杂度，有效降低了测序成本。	NA	旨在解决微生物样本中每个单细胞基因组识别的重要且具有挑战性的任务。	微生物样本中的单细胞基因组。	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	通常有数百万个细胞的微生物样本
26562	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells 2013-Sep, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.2660 PMID:23934149	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了124个来自人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞的基因表达	发现了22,687个母源表达基因，其中包括8,701个长非编码RNA，以及2,733个新的长非编码RNA，这些新发现的数量显著高于以往的研究	NA	探讨人类早期胚胎发育中基因调控网络的基因表达	人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	124个单个细胞
26563	2024-08-09	Single-neuron transcriptome and methylome sequencing for epigenomic analysis of aging 2013, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-62703-556-9_21 PMID:23929113	研究论文	本文介绍了使用Aplysia作为单细胞水平上衰老基因组分析的模型，并提供了在衰老过程中对单独识别的神经元进行转录组和甲基组整合分析的协议	本文引入了单细胞RNA测序和DNA甲基化检测方法，这些方法与所有主要的下一代测序平台兼容，并能将表观遗传特征与转录输出整合	NA	研究正常衰老和与年龄相关疾病的机制	衰老过程中的单个神经元	数字病理学	NA	下一代测序平台（如Roche/454和SOLiD/Life Technologies）	NA	转录组和甲基组数据	单独识别的神经元
26564	2024-08-09	Single-cell sequencing-based technologies will revolutionize whole-organism science 2013-Sep, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3542 PMID:23897237	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学领域的应用及其对整个生物科学的影响	单细胞测序技术的发展将使许多新的和长期存在的问题得到解决，如细胞谱系关系、基于标记的细胞类型概念的替代以及单个细胞功能状态的分析	NA	探讨单细胞测序技术如何革新整个生物科学领域	单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学中的应用	基因组学	NA	下一代测序技术	NA	单细胞数据	NA
26565	2024-08-09	Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing 2013-Aug-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature12364 PMID:23892778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了从卵母细胞到桑椹胚阶段的人和鼠胚胎转录组动态变化	发现了新的阶段特异性单等位基因表达模式，并通过加权基因共表达网络分析揭示了每个发育阶段的功能模块	NA	揭示哺乳动物早期胚胎发育的基因调控机制	人和鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个人和鼠的早期胚胎样本
26566	2024-08-09	Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule 2013, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1003432 PMID:23818847	研究论文	本研究使用单细胞测序技术分析了来自HIV-1感染患者的淋巴结组织中的单个HIV-1 DNA分子，发现大多数CD4+ T细胞仅含有一个HIV-1 DNA分子。	本研究首次详细分析了感染细胞中前病毒的数量及其遗传关系，揭示了HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	研究样本仅来自五名未经治疗的慢性感染患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。	来自HIV-1感染患者的淋巴结组织和外周血中的CD4+ T细胞。	数字病理学	HIV感染	单细胞测序	NA	DNA	五名未经治疗的慢性HIV-1感染患者
26567	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for drug target discovery 2013-Oct, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2013.04.011 PMID:23725882	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序技术在药物靶点发现中的应用	介绍了新的样本制备技术、测序平台和生物信息学工具，提高了数据的数量和质量	单细胞测序技术仍处于相对初级阶段	探索单细胞测序技术在识别新药物靶点中的应用	单细胞转录组测序技术及其在药物靶点发现中的应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
26568	2024-08-09	Investigating evolutionary perspective of carcinogenesis with single-cell transcriptome analysis 2013-Dec, Chinese journal of cancer DOI:10.5732/cjc.012.10291 PMID:23706768	研究论文	本文开发了相变微流控装置用于大量单细胞的分子谱分析，并探讨了单细胞转录组分析技术在从进化角度研究白血病中耐药性发展中的应用。	本文采用单细胞技术克服了传统细胞裂解物中基因表达测量的细胞异质性问题，能够获取大量单细胞转录组数据，从而从进化角度研究癌症发生。	NA	研究癌症发生的进化视角以及白血病中耐药性的发展。	单细胞转录组数据及其在癌症治疗中的应用。	数字病理学	白血病	RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞
26569	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals bimodality in expression and splicing in immune cells 2013-Jun-13, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature12172 PMID:23685454	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探究了小鼠骨髓来源的树突状细胞（BMDCs）对脂多糖反应中的异质性	发现了先前未观察到的信使RNA丰度和剪接模式的双峰变异，并验证了这些变异	NA	揭示细胞间的功能多样性并解析细胞状态和调控回路	小鼠骨髓来源的树突状细胞（BMDCs）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用来自敲除小鼠的细胞进行研究
26570	2024-08-09	Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology 2013-Sep, Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases IF:10.9Q1 DOI:10.1111/1469-0691.12217 PMID:23601179	综述	本文综述了高通量测序技术在临床微生物学中的应用及其革命性影响	高通量测序技术降低了测序成本并缩短了结果时间，使其在研究和诊断中更具吸引力	NA	探讨高通量测序技术如何革新临床微生物学及其未来潜力	包括目标DNA序列和抗原的快速鉴定、流行病学分型和病原体监测、以及抗生素抗性和毒力因子的研究	NA	NA	高通量测序	NA	基因组数据	NA
26571	2024-08-09	Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2013-Apr-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb-2013-14-4-r31 PMID:23594475	研究论文	本研究介绍了一种名为Quartz-Seq的新型单细胞RNA测序方法，该方法具有更简单的实验流程和更高的重复性和灵敏度	Quartz-Seq方法比现有方法更简单，重复性和灵敏度更高，能够定量检测各种非遗传细胞异质性	NA	开发一种高度可重复且敏感的单细胞RNA测序方法，以促进对非遗传细胞异质性的生物学角色和潜在机制的理解	单细胞RNA测序方法的开发及其在检测非遗传细胞异质性中的应用	基因组学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	单细胞
26572	2024-08-09	Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome 2013-May, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.142208.112 PMID:23493677	研究论文	本文通过凝胶微滴培养技术揭示了人类微生物组中物种内基因组多样性	使用凝胶微滴培养技术减少了MDA反应中的偏差，并显著提高了基因组测序和组装的准确性	MDA技术从单个染色体拷贝中存在放大偏差和大量特异性损失的问题	探索微生物基因组多样性，并改进基因组测序技术	人类口腔和粪便微生物组样本中的两种细菌物种	NA	NA	多重置换扩增(MDA)	NA	基因组数据	数百至数千个遗传上相同的细胞
26573	2024-08-09	Single-cell sequencing in its prime 2013-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2523 PMID:23471069	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26574	2024-08-09	Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data 2013-Jan-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb-2013-14-1-r7 PMID:23360624	research paper	本文开发了一种统计框架，用于从单细胞RNA测序数据中研究随机基因表达的动力学	提出了一个新的统计模型，能够从单细胞RNA测序数据中推断基因表达的动力学参数，并发现组蛋白修饰对转录爆发的影响	NA	研究基因表达的动力学特性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	RNA-seq	统计模型	数据	小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据集
26575	2024-08-09	High-throughput sequencing for biology and medicine 2013, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/msb.2012.61 PMID:23340846	综述	本文综述了高通量测序技术在生物学和医学领域的广泛应用及其带来的新见解	介绍了高通量测序技术在转录组动态、基因组结构和基因组变异分析方面的创新方法	讨论了高通量测序在生物学和健康领域未来可能面临的障碍	探讨高通量测序技术在生物学和医学领域的新应用及其对复杂生物系统的洞察	涉及转录组、基因组结构、基因组变异、单细胞测序等多个生物学和医学研究对象	基因组学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	NA
26576	2024-08-09	BayesHammer: Bayesian clustering for error correction in single-cell sequencing 2013, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-14-S1-S7 PMID:23368723	研究论文	本文介绍了一种基于汉明图和贝叶斯子聚类的新型错误校正工具BAYESHAMMER，用于单细胞测序中的错误校正	引入了基于汉明图和贝叶斯子聚类的新算法，这些算法在单细胞测序项目中表现出色，并且比现有的多细胞测序错误校正工具更快	NA	开发一种适用于单细胞测序的错误校正工具，并验证其在多细胞测序数据中的性能	单细胞测序数据和多细胞测序数据的错误校正	测序技术	NA	单细胞测序	贝叶斯聚类	测序读取数据	NA
26577	2024-08-09	Molecular characterization of heterogeneous mesenchymal stem cells with single-cell transcriptomes 2013 Mar-Apr, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2012.12.003 PMID:23266308	综述	本文综述了间充质干细胞（MSC）的潜在治疗应用，并讨论了使用单细胞转录组分析对异质细胞群进行分子表征的系统方法	提出了一种基于单细胞转录组分析的系统方法，用于在没有已知生物标志物的情况下对异质细胞群进行分子表征	NA	探讨间充质干细胞的分子表征及其在再生医学中的治疗应用	间充质干细胞及其在不同临床情况下的治疗价值	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	NA
26578	2024-08-09	Genome-wide detection of single-nucleotide and copy-number variations of a single human cell 2012-Dec-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1229164 PMID:23258894	研究论文	本文报道了一种新的扩增方法——多次退火和循环扩增环（MALBAC），用于单细胞全基因组测序，实现了高均匀性的基因组覆盖	提出了MALBAC扩增方法，提高了单细胞全基因组测序的覆盖率和均匀性	NA	开发和验证一种新的单细胞全基因组扩增方法，用于检测单细胞中的单核苷酸变异和拷贝数变异	单个人类细胞的基因组	基因组学	癌症	MALBAC	NA	DNA	三个相关细胞
26579	2024-08-09	Cancer genome sequencing: understanding malignancy as a disease of the genome, its conformation, and its evolution 2013-Nov-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2012.10.018 PMID:23111104	研究论文	本文探讨了癌症基因组测序技术的发展及其在理解癌症基因组结构和进化中的应用	介绍了高通量测序技术在癌症基因组和转录组变异分析中的新化学和计算技术，以及单细胞测序在研究肿瘤进化中的潜力	NA	研究癌症基因组测序技术，以更好地理解癌症作为基因组、其结构和进化的疾病	癌症基因组及其结构和进化	数字病理学	NA	高通量测序	NA	基因组数据	涉及多种恶性肿瘤
26580	2024-08-09	DNA template strand sequencing of single-cells maps genomic rearrangements at high resolution 2012-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2206 PMID:23042453	研究论文	本文开发了Strand-seq技术，用于独立测序单个细胞中的父母DNA模板链，以高分辨率映射基因组重排	Strand-seq技术使得以比以往高几个数量级的分辨率映射姐妹染色单体交换（SCEs）成为可能	NA	开发新技术以高分辨率映射基因组重排并优化参考基因组	单个细胞中的DNA模板链和基因组重排	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	62个单个的小鼠胚胎干细胞（mES细胞）