单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 26606 篇文献，本页显示第 26501 - 26520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26501 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing technologies: current and future
2014-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2014.09.005
PMID:25438696
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review | 本文综述了单细胞测序技术的发展现状及其在基因转录、胚胎发育和癌变等生物现象中的应用 | 单细胞测序技术相较于传统测序方法，在解决生物异质性和生物材料数量有限的问题上具有显著优势 | 单细胞测序技术面临高扩增偏差、低准确性和可重复性等内在问题的挑战 | 总结单细胞分离技术，并回顾当前用于单细胞基因组、转录组和表观基因组测序的技术 | 单细胞测序技术及其在生物学领域的应用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组数据 | NA |
| 26502 | 2024-08-09 |
Identification of 4438 novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development
2015-Apr, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-014-0952-z
PMID:25428585
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研究论文 | 本研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，在鼠胚胎植入前发育过程中鉴定了4438个新的长链非编码RNA（lincRNA），并建立了一个包含5808个lincRNA的参考目录。 | 首次在大规模水平上鉴定了鼠胚胎植入前发育过程中的lincRNA，并建立了一个详细的参考目录。 | 需要进一步的功能研究来验证这些新鉴定的lincRNA在鼠早期胚胎发育中的具体作用。 | 鉴定和表征可能参与鼠胚胎植入前发育过程的新lincRNA。 | 鼠胚胎植入前发育过程中的长链非编码RNA。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及的样本数量未在摘要中明确提及 |
| 26503 | 2024-08-09 |
WemIQ: an accurate and robust isoform quantification method for RNA-seq data
2015-Mar-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btu757
PMID:25406327
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研究论文 | 本文介绍了一种名为WemIQ的RNA-seq数据isoform定量方法，该方法通过加权对数似然期望最大化算法有效分配reads，提高了isoform和基因表达的定量精度。 | WemIQ通过集成有效的偏差去除和加权期望最大化算法，显著提高了isoform和基因表达的定量精度，并能区分单细胞RNA-seq数据中的偏差异质性和真实生物异质性。 | NA | 开发一种准确且稳健的RNA-seq数据isoform定量方法。 | RNA-seq数据的isoform表达定量。 | 基因组学 | NA | RNA-seq | 期望最大化算法 | RNA-seq数据 | NA |
| 26504 | 2024-08-09 |
Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing
2015-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/nn.3881
PMID:25420068
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序技术，对622个单个鼠神经元进行综合转录组分析，以无偏见的方式分类感官神经元类型 | 揭示了十一种感官神经元类型，包括三种低阈值机械感受神经元、两种本体感受神经元和六种主要类型的热敏感、痒敏感、低阈值机械敏感和伤害感受神经元，并提供了新的功能性亚型的标记 | NA | 解析感官响应细胞为不同的神经元类型 | 鼠的感官神经元 | NA | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 622个单个鼠神经元 |
| 26505 | 2024-08-09 |
A ratiometric-based measure of gene co-expression
2014-Nov-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/1471-2105-15-331
PMID:25411051
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研究论文 | 本文开发并实施了一种基于比率的方法（简称RA），用于检测基因关联，该方法基于每对基因测量表达比的变化系数 | 提出了一种新的比率方法（RA），用于识别传统关联方法可能忽略或排名较低的生物学上重要的基因表达关系 | NA | 开发一种新的方法来检测基因关联，特别是在相对同质的样本中 | 基因表达数据，特别是来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自1000 Genomes Project的淋巴母细胞RNA-seq数据集，以及单细胞RNA-seq数据 |
| 26506 | 2024-08-09 |
NeatFreq: reference-free data reduction and coverage normalization for De Novo sequence assembly
2014-Nov-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-014-0357-3
PMID:25407910
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NeatFreq的软件工具，用于无参考数据集的降维和覆盖率归一化，以改进从头序列组装 | NeatFreq通过聚类和选择基于中值kmer频率（RMKF）和唯一性的读段，实现了数据集的均匀覆盖，并增加了最独特、最低覆盖率基因组片段的整合 | NA | 开发一种新的软件工具，以解决下一代测序平台产生的深度覆盖变化和高序列错误率带来的计算挑战 | 细菌、病毒斑块和单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 下一代测序（NGS） | NA | 序列数据 | NA |
| 26507 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics: an emerging tool in the study of cardiometabolic disease
2014-Nov-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-014-0312-0
PMID:25377125
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26508 | 2024-08-09 |
Time-variant clustering model for understanding cell fate decisions
2014-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1407388111
PMID:25339442
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research paper | 本文研究了时间序列数据中随时间变化的聚类问题，开发了一种层次模型来同时对每个时间点的对象进行聚类并描述时间点之间的聚类关系 | 提出了一个包含分支过程泛化形式的隐藏层的层次模型，并采用可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡罗方法进行模型推断 | NA | 探索早期胚胎发育中的细胞命运决策 | 时间序列数据中的聚类问题 | 生物学 | NA | single-cell RNA-seq | 层次模型 | 基因表达数据 | NA |
| 26509 | 2024-08-09 |
Generation of haploid spermatids with fertilization and development capacity from human spermatogonial stem cells of cryptorchid patients
2014-Oct-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2014.08.004
PMID:25358793
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研究论文 | 本研究报告了一种从隐睾症患者的人精原干细胞中高效生成具有受精和发育能力的单倍体精子细胞的方法 | 通过使用视黄酸和干细胞因子处理，增强了隐睾症患者人精原干细胞中减数分裂和减数分裂后男性生殖细胞标记物的表达，并诱导了SCP3-、MLH1-和CREST阳性细胞及单倍体细胞的显著增加 | NA | 探索治疗男性不育症的新方法 | 隐睾症患者的人精原干细胞 | NA | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26510 | 2024-08-09 |
Diverse and widespread contamination evident in the unmapped depths of high throughput sequencing data
2014, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0110808
PMID:25354084
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研究论文 | 本文探讨了高通量测序数据中未映射深度的广泛污染问题，并分析了其对实验结果的影响 | 首次系统地研究了高通量测序数据中的污染问题，并提出了污染对实验结果影响的证据 | 负控制库在恢复低频污染物的有限能力未得到充分控制 | 揭示高通量测序数据中污染的普遍性和多样性，并评估其对实验结果的影响 | 高通量测序数据中的污染物分布及其对实验结果的影响 | 基因组学 | NA | 高通量测序 | NA | DNA序列 | 四项单细胞测序实验 |
| 26511 | 2024-08-09 |
Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in mouse cleavage stage embryonic development based on single cell transcriptome data
2014-Oct-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/1471-2164-15-845
PMID:25277336
|
研究论文 | 本研究基于单细胞转录组数据，对小鼠卵裂期胚胎发育中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析 | 首次展示了小鼠卵裂期胚胎中lncRNA的表达谱，并揭示了其在早期胚胎发育中的分子机制 | NA | 研究小鼠卵裂期胚胎发育中lncRNA的表达谱及其功能 | 小鼠卵裂期胚胎中的长非编码RNA | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3492个位点，5563个新鉴定的lncRNA |
| 26512 | 2024-08-09 |
How deep is enough in single-cell RNA-seq?
2014-Oct, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3039
PMID:25299920
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26513 | 2024-08-09 |
Bioinformatics approaches to single-blastomere transcriptomics
2015-Feb, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gau083
PMID:25239944
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综述 | 本文综述了应用于小鼠植入前胚胎卵裂球的单细胞转录组学的最新技术及其研究成果 | 介绍了全基因组扩增技术和基于微流控的定量RT-PCR技术在单细胞转录组学中的应用 | NA | 探讨小鼠植入前胚胎发育过程中细胞身份差异的基因表达网络 | 小鼠植入前胚胎的卵裂球 | 生物信息学 | NA | 全基因组扩增技术，微流控定量RT-PCR | NA | 转录组数据 | 单细胞 |
| 26514 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies extracellular matrix gene expression by pancreatic circulating tumor cells
2014-Sep-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2014.08.029
PMID:25242334
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胰腺癌小鼠模型中循环肿瘤细胞（CTCs）与匹配的原发肿瘤的全基因组表达谱，发现CTCs具有低增殖特征，表达与干细胞相关的基因Aldh1a2，以及表达与基质衍生细胞外基质（ECM）蛋白相关的基因 | 首次揭示了胰腺CTCs中基质衍生细胞外基质基因的异常表达，并指出了这些基因在肿瘤远处器官扩散中的作用 | NA | 定义循环肿瘤细胞的组成及其在肿瘤远处器官扩散中的作用 | 胰腺癌小鼠模型中的循环肿瘤细胞和原发肿瘤 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠及人类胰腺循环肿瘤细胞 |
| 26515 | 2024-08-09 |
Cancer genomics: one cell at a time
2014-Aug-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-014-0452-9
PMID:25222669
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研究论文 | 本文探讨了从定性显微图像到定量基因组数据集的单个癌细胞研究转变 | 引入了单细胞测序技术，为研究人类癌症中的复杂生物过程提供了新的强大方法 | NA | 研究单个癌细胞的基因组学 | 单个癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 26516 | 2024-08-09 |
Tumor cells are dislodged into the pulmonary vein during lobectomy
2014-Dec, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.jtcvs.2014.06.074
PMID:25172322
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序技术准确识别肿瘤细胞，并探讨在肺叶切除术中肿瘤细胞是否被移入肺静脉 | 采用单细胞测序和嵌套聚合酶链反应技术，能够准确区分正常上皮细胞和肿瘤细胞 | EpCAM标记不能区分正常和肿瘤细胞 | 准确识别手术过程中肿瘤细胞的脱落情况 | 肺叶切除术中肿瘤细胞的脱落情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | 42份血液样本 |
| 26517 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome in the identification of disease biomarkers: opportunities and challenges
2014-Aug-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-014-0212-3
PMID:25113546
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组测序在疾病生物标志物识别中的机遇与挑战 | 单细胞测序技术能够用于识别罕见细胞中的遗传变化，如癌症和组织干细胞 | 单细胞测序技术仍面临许多挑战和困难，包括方法的敏感性和重复性 | 研究单细胞测序在临床样本中识别和验证疾病特异性生物标志物的应用 | 单细胞转录组测序技术及其在疾病生物标志物识别中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26518 | 2024-08-09 |
A quantitative comparison of single-cell whole genome amplification methods
2014, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0105585
PMID:25136831
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研究论文 | 本文比较了三种单细胞全基因组扩增方法在E. coli DNA样本上的应用 | 首次对三种先进的单细胞全基因组扩增方法进行了定量比较 | 没有一种方法在所有标准上表现最佳，选择哪种扩增方法取决于实验的具体问题 | 评估不同单细胞全基因组扩增方法的性能 | E. coli DNA的单细胞和批量样本 | NA | NA | 全基因组扩增 | NA | DNA | 单细胞和批量样本 |
| 26519 | 2024-08-09 |
Modeling genome coverage in single-cell sequencing
2014-Nov-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btu540
PMID:25107873
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研究论文 | 本文提出了一种方法，利用初始浅层测序实验的信息来预测深度测序实验的基因组覆盖率 | 该方法通过非参数经验贝叶斯泊松模型估计深度测序的覆盖率增益，无需实际进行深度测序即可了解其统计特征 | NA | 优化和比较单细胞测序协议或筛选文库 | 单细胞DNA测序实验中的基因组覆盖率 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | 非参数经验贝叶斯泊松模型 | 基因组数据 | NA |
| 26520 | 2024-08-09 |
Cell fate inclination within 2-cell and 4-cell mouse embryos revealed by single-cell RNA sequencing
2014-Nov, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.177725.114
PMID:25096407
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研究论文 | 通过深度单细胞RNA测序技术，研究了2细胞和4细胞小鼠胚胎中的细胞命运倾向 | 报告了高度可重复的细胞间基因表达差异，这些差异足以将姐妹胚胎细胞聚类为不同的组 | NA | 探究哺乳动物中第一个细胞命运决定何时以及如何发生 | 2细胞和4细胞小鼠胚胎中的姐妹胚胎细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10个2细胞胚胎和5个4细胞胚胎 |