单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26421	2024-08-09	Quantitative and qualitative characterization of expanded CD4+ T cell clones in rheumatoid arthritis patients 2015-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep12937 PMID:26245356	研究论文	本研究利用单细胞分析和下一代测序技术，详细描述了类风湿关节炎患者中扩增的CD4+ T细胞克隆的特性和转录组变化	首次深入分析了类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的转录组特征，揭示了免疫选择压力对克隆表型的影响	研究样本量较小，仅包括5名外周血患者和1名滑膜患者	揭示类风湿关节炎中扩增的CD4+ T细胞克隆的详细特性和转录组变化	类风湿关节炎患者的扩增CD4+ T细胞克隆	免疫学	类风湿关节炎	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	5名外周血患者和1名滑膜患者
26422	2024-08-09	Structure of silent transcription intervals and noise characteristics of mammalian genes 2015-Jul-27, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20156257 PMID:26215071	研究论文	本文通过单等位基因时间流逝记录技术，研究了哺乳动物基因沉默转录间隔区的结构及其噪声特性	首次揭示了哺乳动物基因沉默间隔区的结构，并阐明了其对基因产物波动的影响	研究仅限于小鼠细胞，可能不完全适用于其他哺乳动物	探究哺乳动物基因转录的随机性和沉默间隔区的结构	哺乳动物基因的转录过程及其对基因产物波动的影响	分子生物学	NA	单等位基因时间流逝记录技术	NA	时间序列数据	小鼠细胞
26423	2024-08-09	Single-cell RNA-seq transcriptome analysis of linear and circular RNAs in mouse preimplantation embryos 2015-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0706-1 PMID:26201400	研究论文	本文开发了一种单细胞通用poly(A)-独立RNA测序（SUPeR-seq）方法，用于从单个细胞中测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并分析了小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	开发了SUPeR-seq方法，能够同时测序polyadenylated和non-polyadenylated RNA，并发现了2891个circRNAs和913个新的线性转录本	NA	揭示哺乳动物早期胚胎发育过程中circRNAs的调控机制	小鼠植入前胚胎中的circRNAs和线性转录本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26424	2024-08-09	Delineating cancer evolution with single-cell sequencing 2015-Jul-15, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aac8319 PMID:26180099	研究论文	本文利用单细胞测序技术探讨肿瘤内异质性和罕见亚群	单细胞测序技术为癌症研究和医学提供了强大的工具	NA	揭示癌症进化过程	肿瘤内异质性和罕见亚群	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
26425	2024-08-09	Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021 PMID:26142758	研究论文	本文描述并比较了五种已建立的监督机器学习方法和一个定制预测器，用于根据单细胞转录组数据分配细胞周期阶段	本文引入了基于主成分分析（PCA）的方法和定制预测器，并评估了不同归一化策略和先验知识对分类器预测能力的影响	文章指出，只有通过利用细胞周期注释基因形式的先验知识和使用基于秩的归一化预处理数据，才能在不同细胞类型、生物体和实验协议中稳健地捕捉转录细胞周期特征	开发和评估计算方法，以从单细胞转录组数据中准确分配细胞周期阶段	单细胞转录组数据中的细胞周期阶段	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习方法	转录组数据	使用先前发表的数据集进行测试
26426	2024-08-09	Whole-Transcriptome Amplification of Single Cells for Next-Generation Sequencing 2015-Jul-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0720s111 PMID:26131855	研究论文	本文描述了从细胞到下一代测序（NGS）的整个工作流程，包括细胞质量检测、细胞裂解、gDNA去除、全转录组扩增和NGS文库制备	介绍了用于单细胞转录组分析的全转录组扩增技术，以适应NGS平台对RNA量的要求	NA	阐明健康和疾病中的细胞变异性	单细胞转录组	基因组学	癌症	NGS	NA	RNA	单个细胞
26427	2024-08-09	Sincell: an R/Bioconductor package for statistical assessment of cell-state hierarchies from single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btv368 PMID:26099264	研究论文	介绍了一个名为Sincell的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中评估细胞状态层次结构	Sincell包引入了新的算法，为细胞状态层次结构提供统计支持，并考虑了单细胞RNA测序中的随机因素	NA	开发和验证一个用于评估单细胞RNA测序数据中细胞状态层次结构的计算工具	单细胞RNA测序数据中的细胞状态层次结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26428	2024-08-09	Marrying microfluidics and microwells for parallel, high-throughput single-cell genomics 2015-Jun-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0695-0 PMID:26087845	研究论文	本文介绍了一种基于微孔的创新平台，用于单细胞RNA测序（RNA-seq），结合了成本效益、可扩展性和并行性	该平台为单细胞基因组学提供了高吞吐量的平行处理能力，开启了新的生物学研究途径	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序技术	单细胞RNA测序	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
26429	2024-08-09	Single-cell mRNA sequencing identifies subclonal heterogeneity in anti-cancer drug responses of lung adenocarcinoma cells 2015-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0692-3 PMID:26084335	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了肺腺癌细胞对抗癌药物反应的亚克隆异质性，并识别出与抗癌药物耐药性相关的候选肿瘤细胞亚群	NA	研究肿瘤内异质性如何影响治疗结果，并探索个性化抗癌治疗的可能性	肺腺癌细胞及其对抗癌药物的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	34个来自肺腺癌患者肿瘤异种移植的肿瘤细胞
26430	2024-08-09	Linking Micronuclei to Chromosome Fragmentation 2015-Jun-18, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.06.005 PMID:26091034	研究论文	文章通过结合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了人类癌细胞中染色体重排的分子机制	首次使用活细胞成像和单细胞测序技术结合的方法，揭示了微核中染色体经常发生类似染色体碎裂的重排	NA	探索人类癌细胞中染色体重排的分子机制	人类癌细胞中的染色体重排	NA	癌症	活细胞成像和单细胞测序	NA	图像和序列数据	NA
26431	2024-08-09	Deep sequencing reveals cell-type-specific patterns of single-cell transcriptome variation 2015-Jun-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0683-4 PMID:26056000	研究论文	本文通过深度测序揭示了不同细胞类型中单细胞转录组变异的模式	开发了过滤基因以进行可靠定量的方法，并校准了生物变异	需要仔细分析以利用单细胞RNA测序数据，并考虑技术变异	探讨转录组状态与细胞表型之间的关系，并解决单细胞转录组学面临的分析挑战	来自五种小鼠组织和两种大鼠组织的91个细胞和18个细胞，以及30个稀释至单细胞水平的批量RNA对照样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	91个小鼠细胞，18个大鼠细胞，30个对照样本
26432	2024-08-09	Scalable microfluidics for single-cell RNA printing and sequencing 2015-Jun-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0684-3 PMID:26047807	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA打印和测序的可扩展微流控平台	开发了一种简单平台，用于在密封的皮升微孔中捕获单细胞裂解物，并能够打印RNA在玻璃上或捕获RNA在珠子上	NA	开发一种高效、低成本的工具，用于大规模单细胞转录组学研究	单细胞RNA	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	RNA	数百个单细胞
26433	2024-08-09	Computer vision for image-based transcriptomics 2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2015.05.016 PMID:26014038	研究论文	本文讨论了基于图像的转录组学实验流程的设置，并详细描述了开发的高通量算法，用于从数万个单细胞中提取转录分子丰度、定位和模式的多变量特征集	基于图像的转录组学方法无需将RNA转化为cDNA即可进行信号放大和转录定量，效率高于其他方法，并能研究单细胞中转录组的空间组织	为了充分发挥基于图像的转录组学的潜力，需要对单分子和细胞进行稳健的计算机视觉处理	开发和描述用于基于图像的转录组学的高通量计算机视觉算法	单细胞中的转录分子丰度、定位和模式	计算机视觉	NA	NA	NA	图像	数万个单细胞
26434	2024-08-09	Recent advances and current issues in single-cell sequencing of tumors 2015-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2015.04.022 PMID:26003306	综述	本文综述了单细胞测序技术在肿瘤内异质性研究中的最新进展和当前面临的挑战	介绍了单细胞测序技术在深入研究肿瘤内复杂分子机制方面的潜力	NA	探讨单细胞测序方法在肿瘤学过程中的应用，从肿瘤发生到进展、转移和治疗抵抗	肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	大规模
26435	2024-08-09	MERFISHing for spatial context 2015-Jul, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2015.05.002 PMID:26013647	研究论文	介绍了一种名为MERFISH的新技术，该技术扩展了单分子成像技术，用于分析数千个基因的拷贝数和定位模式	MERFISH技术在空间转录组学领域取得了重大进展，具有在免疫学中的潜在应用	NA	推动空间转录组学的发展，探索其在免疫学中的应用	数千个基因的拷贝数和定位模式	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	基因数据	数千个基因
26436	2024-08-09	Single-cell transcriptome analyses reveal signals to activate dormant neural stem cells 2015-May-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.04.001 PMID:26000486	研究论文	本研究通过单细胞转录组和加权基因共表达网络分析（WGCNA）揭示了成年小鼠前脑神经发生区中CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞的分子特性	研究发现室管膜CD133(+)/GFAP(-)静息细胞特有的基因网络中显著的枢纽基因富集了免疫应答基因和编码血管生成因子受体的基因，并揭示了损伤后丰富的信号激活这些休眠的室管膜神经干细胞	NA	揭示休眠神经干细胞的分子特性和激活信号	成年小鼠前脑神经发生区中的CD133(+)/GFAP(-)室管膜细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析, 加权基因共表达网络分析 (WGCNA)	NA	转录组数据	成年小鼠前脑神经发生区的室管膜细胞
26437	2024-08-09	Single-cell transcriptomics enters the age of mass production 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.019 PMID:26000840	研究论文	本文介绍了两种高通量单细胞转录组学的新方法，通过使用液滴微流控技术和复杂的条形码方案，对数千个单个细胞进行转录组分析	引入了液滴微流控技术和复杂的条形码方案，实现了高通量的单细胞转录组学分析	NA	探索和实现高通量的单细胞转录组学技术	单细胞转录组学	单细胞转录组学	NA	液滴微流控技术	NA	转录组数据	数千个单个细胞
26438	2024-08-09	Advances and applications of single-cell sequencing technologies 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.05.005 PMID:26000845	综述	本文综述了单细胞测序技术（SCS）的发展及其在多个生物学领域的应用	SCS技术为研究稀有细胞和复杂细胞群体提供了强大的工具	NA	探讨单细胞测序技术及其在临床转化应用中的应用	单细胞测序技术在微生物学、神经生物学、发育生物学、组织镶嵌性、免疫学和癌症研究中的应用	NA	NA	单细胞测序（SCS）	NA	DNA和RNA数据	NA
26439	2024-08-09	The technology and biology of single-cell RNA sequencing 2015-May-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2015.04.005 PMID:26000846	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学和医学中的应用	单细胞mRNA测序方法提供了无偏差、高通量和高分辨率的单细胞转录组分析，相较于传统的细胞群分析方法，增加了转录组信息的维度	NA	探讨单细胞RNA测序技术在生物学和医学中的应用	单细胞的转录组	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个细胞
26440	2024-08-09	Thermophiles in the genomic era: Biodiversity, science, and applications 2015-Nov-01, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2015.04.007 PMID:25911946	综述	本文综述了嗜热菌和超嗜热菌的多样性、基因组学研究进展及其在工业、农业和医药领域的应用	强调了基因组学时代对嗜热菌多样性、基因组、转录组、宏基因组和单细胞测序的最新理解	NA	总结嗜热菌和嗜热酶的主要当前应用，并强调基因组学时代对嗜热菌研究的最新进展	嗜热菌和超嗜热菌及其生物产品	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	超过120个超嗜热菌的完整基因组序列