单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26401	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals changes in cell cycle and differentiation programs upon aging of hematopoietic stem cells 2015-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.192237.115 PMID:26430063	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠的造血干细胞（HSC）和造血祖细胞群体的差异	发现老年HSC的G1期细胞频率降低，且老年短期HSC与年轻长期HSC的转录变化呈反向关系，表明老年HSC处于较少分化状态	NA	探讨衰老过程中造血干细胞的细胞周期和分化程序的变化	年轻和老年小鼠的造血干细胞及造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自两个品系的小鼠的年轻和老年HSC及造血祖细胞群体
26402	2024-08-09	An assessment of the amount of untapped fold level novelty in under-sampled areas of the tree of life 2015-Oct-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep14717 PMID:26434770	研究论文	本文探讨了通过单细胞测序、元基因组学和高通量培养技术获取的未培养和采样不足的门类基因组对蛋白质折叠空间多样性的潜在影响	研究发现，采样不足的门类基因组中存在大量未被当前蛋白质家族和折叠轮廓库覆盖的序列，且新折叠的发现率可能高达36%	尽管新折叠的发现率较高，但这些发现最终对全球新折叠的发现影响有限	评估未培养和采样不足的生物体对蛋白质折叠空间多样性的贡献	未培养和采样不足的门类基因组	NA	NA	单细胞测序, 元基因组学	NA	序列数据	NA
26403	2024-08-09	Somatic mutation in single human neurons tracks developmental and transcriptional history 2015-Oct-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aab1785 PMID:26430121	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人脑皮层中36个神经元的体细胞单核苷酸变异（SNVs），揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关系	首次通过单细胞测序技术详细分析了人脑皮层神经元的体细胞SNVs，并揭示了这些变异与神经元发育和转录活动的关联	研究样本仅来自三位正常个体，可能限制了结果的普遍性	探讨人脑皮层神经元中的体细胞单核苷酸变异及其与神经元发育和转录历史的关系	人脑皮层中的神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	36个神经元样本来自三位正常个体
26404	2024-08-09	The first five years of single-cell cancer genomics and beyond 2015-Oct, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.191098.115 PMID:26430160	review	本文回顾了单细胞测序技术在癌症基因组学领域的五年进展及其未来应用前景	单细胞测序技术为解决传统批量肿瘤测量难以回答的癌症生物学关键问题提供了新工具	目前的技术和研究应用仅触及了冰山一角，仍有大量未探索的应用领域	探讨单细胞测序技术在癌症研究与医学中的进展及其未来应用	癌症的进化、多样性以及罕见细胞在肿瘤进展中的作用	digital pathology	NA	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NA
26405	2024-08-09	Dynamic transcriptional symmetry-breaking in pre-implantation mammalian embryo development revealed by single-cell RNA-seq 2015-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123950 PMID:26395495	研究论文	通过分析来自小鼠和人早期胚胎的单细胞转录组数据，揭示了哺乳动物早期胚胎发育中动态转录对称性破缺的现象	首次揭示了早期胚胎分裂阶段即出现的细胞间转录偏差，并发现这种偏差遵循二项分布模式，以及后续合子转录激活进一步加剧了这种偏差	NA	探究哺乳动物早期胚胎发育中首次出现不对称性的时机及其如何发展以指导不同细胞命运	小鼠和人类早期胚胎的单细胞转录组	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类早期胚胎的单细胞
26406	2024-08-09	Single-cell transcriptomic reconstruction reveals cell cycle and multi-lineage differentiation defects in Bcl11a-deficient hematopoietic stem cells 2015-Sep-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0739-5 PMID:26387834	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的细胞周期和多系分化缺陷	本研究首次通过单细胞转录组分析，重建了造血干细胞的细胞周期进程，并揭示了Bcl11a缺陷造血干细胞的异常增殖表型和分化缺陷	NA	研究Bcl11a缺陷造血干细胞的分子异质性和分化缺陷	Bcl11a缺陷造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	180个高度纯化的造血干细胞（Bcl11a (+/+) 和 Bcl11a (-/-)）
26407	2024-08-09	Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development 2015-Sep-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms9207 PMID:26360614	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了348个卵母细胞、受精卵和2至3天胚胎的单个卵裂球的转录组，详细探讨了人类植入前发育过程中的转录调控	首次在人类植入前发育阶段鉴定出32和129个基因分别在卵母细胞到四细胞阶段和四细胞到八细胞阶段被转录，并发现多个先前未注释的PRD样同源框基因	NA	揭示人类植入前发育过程中的转录调控机制	人类卵母细胞、受精卵和早期胚胎的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	348个卵母细胞、受精卵和早期胚胎的单个卵裂球
26408	2024-08-09	Single-Cell Analysis: The Differences That Kill 2015-Sep-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.08.053 PMID:26359980	研究论文	Avraham等人利用单细胞RNA测序技术研究了巨噬细胞对感染反应的变异性是如何被病原体群体内的变异性控制的	发现Salmonella毒力因子PhoP的异质表达及其随后的细胞壁修饰导致感染巨噬细胞中干扰素反应的双峰诱导	NA	研究巨噬细胞对感染反应的变异性	巨噬细胞对Salmonella感染的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26409	2024-08-09	A computational strategy for predicting lineage specifiers in stem cell subpopulations 2015-Sep, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2015.08.006 PMID:26368290	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于预测干细胞亚群中的谱系指定因子	该方法通过重建亚群特异性转录调控网络（TRNs），并基于假设每个亲本干细胞亚群由其特定的TRN稳定性核心维持的稳定状态，预测谱系指定因子	该方法目前仅适用于二元命运分化系统，并且需要单细胞基因表达数据	旨在开发一种计算方法，用于识别干细胞分化过程中的谱系指定因子	干细胞亚群及其特异性转录调控网络和谱系指定因子	生物信息学	NA	单细胞RT-PCR和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及三种不同的干细胞系统
26410	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells Reveals Unique Profiles of Lineage Priming 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0136199 PMID:26352588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从骨髓中提取的间充质干细胞的转录多样性	发现了与间充质干细胞多能性相关的基因在单个细胞中高度一致表达，而与特定分化途径相关的基因在单个细胞中表达水平差异较大	研究结果表明，即使以免疫调节为目标，间充质干细胞的体内或临床使用仍需谨慎，因为可能存在多种中胚层甚至外胚层的分化结果	评估骨髓来源的间充质干细胞的转录多样性及其分化潜能和免疫调节功能的异质性	骨髓来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠骨髓来源的间充质干细胞的单细胞样本
26411	2024-08-09	RNA-seq based transcriptomic analysis of single bacterial cells 2015-Nov, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/c5ib00191a PMID:26331465	研究论文	本文报道了首个细菌单细胞RNA测序（RNA-seq）方法BaSiC RNA-seq，该方法整合了RNA分离、cDNA合成与扩增以及单个蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞的全转录组RNA-seq分析	首次实现了对单个细菌细胞的全转录组RNA-seq分析，并展示了环境胁迫下基因表达的异质性	初步结果显示，该方法在不同时间点的基因识别率存在差异，且样本量较小	研究单个细菌细胞在环境胁迫下的基因表达异质性	蓝细菌Synechocystis sp. PCC 6803细胞	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	3个24小时和3个72小时氮饥饿处理后的单细胞，以及相应的批量细胞对照
26412	2024-08-09	Uniform and accurate single-cell sequencing based on emulsion whole-genome amplification 2015-Sep-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1513988112 PMID:26340991	research paper	本文介绍了一种基于乳化全基因组扩增的均匀且准确的单细胞测序方法	提出了一种新的乳化全基因组扩增（eWGA）方法，通过将单细胞基因组DNA分割成大量微小水滴，每个水滴中的DNA片段在扩增前达到饱和，从而最小化了片段间扩增增益的差异	NA	开发一种新的全基因组扩增方法，以提高单细胞测序的均匀性和准确性	单细胞基因组DNA	生物技术	NA	全基因组扩增（WGA）	NA	基因组数据	单个人类细胞
26413	2024-08-09	Application of an RNA amplification method for reliable single-cell transcriptome analysis 2015-Sep, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114331 PMID:26345506	研究论文	本文介绍了一种新的RNA扩增方法，用于高保真度的单细胞转录组分析	该技术显著减少了3'偏倚问题，能够检测所有区域的转录本，包括短或完全缺失多聚A尾的mRNA、非编码RNA以及任何给定基因产物的全套剪接异构体	通过统计和生物信息学分析微阵列数据来评估该技术的局限性	研究单细胞分辨率下的细胞类型特异性转录特征	从小鼠侧脑室下带（SVZ）分离的单个细胞	基因组学	NA	RNA扩增	NA	微阵列数据	多个来自小鼠侧脑室下带的单个细胞
26414	2024-08-09	Single-cell transcriptomics and functional target validation of brown adipocytes show their complex roles in metabolic homeostasis 2016-Jan, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.15-273797 PMID:26304220	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究棕色脂肪细胞（BAs）在代谢稳态中的复杂作用，并验证了其功能性靶点	本文通过单细胞转录组学技术，揭示了棕色脂肪细胞转录组的变异性，并扩展了已知棕色脂肪细胞受体的数量	NA	研究棕色脂肪细胞在代谢稳态中的作用及其激活信号	棕色脂肪细胞及其在代谢稳态中的作用	数字病理学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	mRNA	小鼠棕色脂肪细胞
26415	2024-08-09	Oscope identifies oscillatory genes in unsynchronized single-cell RNA-seq experiments 2015-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3549 PMID:26301841	研究论文	本文介绍了一种名为Oscope的统计方法，用于在非同步单细胞RNA测序实验中识别和表征振荡基因的转录动力学	Oscope方法能够在非同步细胞群体的单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	文章未明确提及	开发和验证一种新的统计方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别振荡基因	振荡基因的转录动力学	基因表达	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	多个数据集
26416	2024-08-09	Defining the three cell lineages of the human blastocyst by single-cell RNA-seq 2015-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.123547 PMID:26293300	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类和小鼠植入前胚胎的早期发育，揭示了保守的转录程序及人类特异的转录程序，并在蛋白质水平上验证了RNA测序结果，进一步揭示了人类和小鼠胚胎基因表达的差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了人类植入前胚胎的三种细胞谱系，并发现了人类特异的基因表达模式，如KLF17转录因子的特异性表达	研究主要集中在植入前胚胎阶段，对于后续发育阶段的细胞谱系分化及基因表达变化未进行深入探讨	深入理解人类早期胚胎发育的分子机制及其与干细胞的关系	人类和小鼠的植入前胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及人类和小鼠的植入前胚胎样本
26417	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.013 PMID:26299571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合Waterfall生物信息学管道，揭示了成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代在神经发生过程中的分子级联反应	开发了Waterfall生物信息学管道，用于统计量化单细胞基因表达沿自建连续发育轨迹的情况，并揭示了成人qNSCs的分子特征及其激活和神经发生启动的分子级联	NA	系统地分析干细胞行为，解决传统方法无法解析细胞异质性或捕捉发育动态的问题	成人海马静息神经干细胞（qNSCs）及其后代	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
26418	2024-08-09	Identification of Distinct Tumor Subpopulations in Lung Adenocarcinoma via Single-Cell RNA-seq 2015, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0135817 PMID:26305796	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的34个单细胞的转录组数据，以识别肿瘤内部的异质性群体	本研究采用共调控基因模块而非单个基因进行聚类分析，有效减少了单细胞测序中的读取缺失错误，并揭示了两个主要的肿瘤内亚群	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别肺腺癌中的不同肿瘤亚群	人肺腺癌患者衍生的异种移植模型中的单细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34个单细胞
26419	2024-08-09	The reduced genomes of Parcubacteria (OD1) contain signatures of a symbiotic lifestyle 2015, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2015.00713 PMID:26257709	研究论文	本文通过重建8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组，并与其他基因组数据进行比较，探讨了OD1细菌的基因组特征及其可能的共生生活方式	首次详细分析了OD1细菌的基因组特征，揭示了其基因组的高度简化及可能的共生生活方式	由于OD1细菌尚未在实验室中分离，研究主要基于基因组重建数据，可能存在一定的不完整性	探讨OD1细菌的基因组特征及其生活方式	OD1细菌的基因组及其代谢能力	微生物学	NA	元基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	8个部分至近乎完整的OD1细菌基因组
26420	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Population of Dormant Neural Stem Cells that Become Activated upon Brain Injury 2015-Sep-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2015.07.002 PMID:26235341	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了在脑损伤后被激活的休眠神经干细胞亚群	首次发现并描述了在稳态下表达特定组合的谱系特异性转录因子的休眠神经干细胞亚群，并阐明了其在脑缺血后的激活机制	NA	揭示神经干细胞激活和谱系启动的一般原理，并为脑再生医学提供潜在途径	成体侧脑室下区神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量