单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26381	2024-08-09	Transcriptional and epigenomic landscapes of CNS and non-CNS vascular endothelial cells 2018-09-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.36187 PMID:30188322	研究论文	本文分析并比较了来自小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞的转录组、可及染色质和DNA甲基化组景观，揭示了共享和器官特异性的内皮细胞调控网络。	本文首次全面分析了中枢神经系统（CNS）和非CNS血管内皮细胞的转录和表观基因组景观，并发现了新的内皮细胞亚型标记。	NA	探索控制血管内皮细胞器官特异性分子和细胞特化的基因组机制。	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组、染色质可及性和DNA甲基化数据	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞样本
26382	2024-08-09	Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 2018-09-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06052-0 PMID:30181541	research paper	本文通过单细胞RNA测序技术研究了三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	本文揭示了基因型驱动个体亚群的基因表达表型，并发现了一个与治疗抵抗和转移相关的独特亚群，该亚群的特征是激活了糖神经鞘脂代谢和相关先天免疫途径	NA	研究三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	三阴性乳腺癌中的细胞异质性和基因表达模式	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-seq	NA	gene expression	超过1500个细胞来自六个原发性三阴性乳腺癌样本
26383	2024-08-09	Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering 2018-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0113-0 PMID:30171231	研究论文	本文讨论了如何利用单细胞基因组学技术优化人类细胞和组织工程	应用单细胞基因组学技术生成细胞多样性的高分辨率图谱，并探讨其如何深入理解工程和疾病过程	NA	理解人类发育和疾病，以及再生受损组织	特定细胞类型和3D微环境	生物技术	NA	单细胞基因组学	NA	细胞	NA
26384	2024-08-09	clusterExperiment and RSEC: A Bioconductor package and framework for clustering of single-cell and other large gene expression datasets 2018-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006378 PMID:30180157	研究论文	介绍了一个名为clusterExperiment的Bioconductor R包，该包实现了基于重采样的序列集成聚类（RSEC）策略，用于处理单细胞和其他大型基因表达数据集的聚类问题	RSEC策略允许用户基于不同技术和相关调优参数轻松创建多个竞争性聚类，并通过整合多个聚类形成最终的共识聚类	NA	开发一种通用的、灵活的聚类策略，用于发现生物学上有意义的样本亚型，特别是在处理大量样本的基因表达数据时	单细胞转录组测序（RNA-Seq）数据和其他大型基因表达数据集	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	大量样本
26385	2024-08-09	Single-cell analysis of progenitor cell dynamics and lineage specification in the human fetal kidney 2018-08-30, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.164038 PMID:30166318	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术分析了人类胎儿肾脏中不同细胞群体的基因表达，研究了个体细胞动态和谱系轨迹	揭示了人类胎儿肾脏发育中新的细胞类型标记和关键信号通路的组成部分	NA	深入了解人类肾脏发育过程	人类胎儿肾脏中的前体细胞动态和谱系分化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6414个细胞，来自五个个体样本
26386	2024-08-09	Impact of similarity metrics on single-cell RNA-seq data clustering 2019-11-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby076 PMID:30137247	研究论文	本文比较了多种相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响	首次对不同相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响进行了基准测试，并发现基于相关性的度量（如皮尔逊相关）优于基于距离的度量（如欧几里得距离）	文章未提及具体的局限性	研究不同相似性度量对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	基于核的聚类算法 (SIMLR)	基因表达数据	多个注释的单细胞RNA测序数据集
26387	2024-08-09	Co-expression in Single-Cell Analysis: Saving Grace or Original Sin? 2018-11, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2018.07.007 PMID:30146183	评论	本文讨论了单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因共表达的可重复性及其对解释细胞类型特异性基因表达的影响	NA	NA	探讨单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因共表达的可重复性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因共表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26388	2024-08-09	A Comprehensive Roadmap of Murine Spermatogenesis Defined by Single-Cell RNA-Seq 2018-09-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.07.025 PMID:30146481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对成年小鼠睾丸中的约35,000个细胞进行了分析，揭示了精子发生过程中不同细胞类型的发育轨迹	本文首次识别了所有已知的生殖细胞和体细胞类型，并发现了两种新的体细胞类型	NA	研究精子发生过程中生殖细胞和体细胞的发育轨迹	小鼠的精子发生过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约35,000个细胞
26389	2024-08-09	Single-cell heterogeneity in Sézary syndrome 2018-08-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018022608 PMID:30139925	研究论文	研究了Sézary综合征患者恶性T细胞中的单细胞异质性和对组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）的抗性	发现Sézary综合征患者的恶性T细胞存在高度的单细胞异质性，并存在对HDACi具有抗性的亚群	NA	探讨Sézary综合征中恶性T细胞的单细胞异质性和对HDACi的抗性	Sézary综合征患者的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	mRNA和蛋白质	所有研究的Sézary综合征患者
26390	2024-08-09	Identification of an Early Unipotent Neutrophil Progenitor with Pro-tumoral Activity in Mouse and Human Bone Marrow 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.097 PMID:30157427	研究论文	本研究通过CyTOF和scRNA-seq技术在成年小鼠和人类骨髓中鉴定出一种具有促肿瘤活性的早期单能中性粒细胞前体细胞	首次在成年小鼠和人类骨髓中发现并定义了早期单能中性粒细胞前体细胞（NeP和hNeP），并发现这些细胞在转移至小鼠癌症模型中时显著增加肿瘤生长	NA	研究中性粒细胞前体细胞在癌症发展中的作用，并探索其作为癌症早期发现生物标志物的可能性	小鼠和人类骨髓中的中性粒细胞前体细胞	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序	小鼠和人类骨髓样本，以及治疗前黑色素瘤患者的血液样本
26391	2024-08-09	Comparative transcriptomic analyses and single-cell RNA sequencing of the freshwater planarian Schmidtea mediterranea identify major cell types and pathway conservation 2018-08-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1498-x PMID:30143032	研究论文	本研究通过比较转录组分析和单细胞RNA测序，鉴定了淡水涡虫Schmidtea mediterranea的主要细胞类型和生物途径的保守性	本研究首次在涡虫中进行了大规模的代谢重建，并发现了TRAF基因家族在涡虫中的显著扩张，以及通过单细胞RNA测序揭示了新的细胞类型	NA	研究涡虫Schmidtea mediterranea的基因组和生物途径的保守性，以及其在干细胞生物学和再生机制中的作用	涡虫Schmidtea mediterranea的转录组和单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2000个细胞
26392	2024-08-09	CCR10+ epithelial cells from idiopathic pulmonary fibrosis lungs drive remodeling 2018-08-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.122211 PMID:30135312	研究论文	本研究描述了特发性肺纤维化（IPF）肺中一种新的CCR10+上皮细胞群体，并探讨了其在肺重塑中的作用	首次鉴定并描述了IPF肺中的CCR10+上皮细胞群体，并揭示了其在肺重塑中的关键作用	NA	探究特发性肺纤维化肺中CCR10+上皮细胞在肺重塑中的作用	特发性肺纤维化肺中的CCR10+上皮细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及IPF和正常肺组织样本，以及人源化NSG小鼠模型
26393	2024-08-09	Long non-coding RNAs potentially function synergistically in the cellular reprogramming of SCNT embryos 2018-Aug-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-018-5021-2 PMID:30139326	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了长非编码RNA（lncRNAs）在小鼠核移植胚胎中的表达谱，揭示了lncRNAs在胚胎发育和细胞重编程中的潜在功能	首次通过单细胞RNA测序分析了小鼠核移植胚胎中lncRNAs的表达谱，并探讨了lncRNAs在胚胎发育和细胞重编程中的作用	研究主要集中在小鼠胚胎发育的早期阶段，对于其他阶段和物种的适用性需要进一步验证	探讨lncRNAs在小鼠胚胎发育和细胞重编程中的分子机制	小鼠核移植胚胎中的长非编码RNA（lncRNAs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	63个单细胞RNA-seq文库
26394	2024-08-09	Diversity of Interneurons in the Dorsal Striatum Revealed by Single-Cell RNA Sequencing and PatchSeq 2018-08-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.053 PMID:30134177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PatchSeq技术揭示了背侧纹状体中间神经元的多样性	发现了七种不同的中间神经元类型，其中六种是GABA能的，并识别出两种表达Cck的细胞群	NA	研究背侧纹状体中间神经元的多样性及其功能	背侧纹状体的中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序, PatchSeq	NA	基因表达数据	多种背侧纹状体中间神经元细胞
26395	2024-08-09	CellBIC: bimodality-based top-down clustering of single-cell RNA sequencing data reveals hierarchical structure of the cell type 2018-11-30, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky698 PMID:30102368	研究论文	本文开发了CellBIC算法，用于基于基因表达分布的双峰性对单细胞RNA测序数据进行自上而下的层次聚类	CellBIC算法在保持细胞层次结构的同时，优于传统的自下而上层次聚类方法和其他近期开发的聚类算法	NA	开发新的聚类算法以更好地识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26396	2024-08-09	Some deterministic and stochastic mathematical models of naïve T-cell homeostasis 2018-09, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.12696 PMID:30129198	review	本文综述了关于幼稚T细胞稳态维护的多种基本数学模型，包括确定性模型和随机模型	讨论了随机模型如何明确追踪幼稚T细胞在多个竞争克隆型中的整数数量，并考虑了胸腺生产衰退的影响	实验评估克隆多样性通过批量高通量测序存在许多困难，而单细胞测序受限于数量远小于体内T细胞总数	探讨如何通过数学模型理解T细胞库的多样性	幼稚T细胞的稳态和克隆多样性	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26397	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types 2018-08-21, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.160 PMID:30129931	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了小鼠脑和肺中的血管及血管相关细胞类型和亚型	首次提供了小鼠脑和肺中血管及血管相关细胞类型的全面分子图谱	NA	深入理解血管疾病，探索血管结构和功能的基因表达多样性	小鼠脑和肺的血管及血管相关细胞类型	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	3,436个小鼠脑单细胞转录组和1,504个小鼠肺单细胞转录组
26398	2024-08-09	Single-cell analysis reveals that stochasticity and paracrine signaling control interferon-alpha production by plasmacytoid dendritic cells 2018-08-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05784-3 PMID:30127440	研究论文	本文利用基于液滴的微流控平台，在单细胞水平上研究了人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）产生I型干扰素（IFN）的机制	首次揭示了I型IFN产生受随机基因调控和旁分泌信号控制的机制，并展示了通过调节液滴微环境来驱动pDC群体反应的方法	NA	研究pDCs产生I型IFN的控制机制	人类浆细胞样树突状细胞（pDCs）	免疫学	NA	基于液滴的微流控技术	NA	单细胞RNA测序和细胞因子分析	单个pDCs
26399	2024-08-09	In situ transcriptome characteristics are lost following culture adaptation of adult cardiac stem cells 2018-08-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-30551-1 PMID:30104715	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术分析了体外培养的成年心脏干细胞（CPCs）的转录组特征，并探讨了这些特征与新鲜分离细胞的关系	首次详细描述了体外培养对成年心脏干细胞转录组特征的影响，并验证了这些发现通过比较不同细胞类型的scRNA-Seq数据集	研究主要集中在体外培养的CPCs上，未涉及体内环境的影响	探究体外培养对成年心脏干细胞功能和表型特征的影响	成年心脏干细胞（CPCs）及其体外培养后的转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多种细胞类型的scRNA-Seq数据集
26400	2024-08-09	SILGGM: An extensive R package for efficient statistical inference in large-scale gene networks 2018-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006369 PMID:30102702	研究论文	介绍了一个名为SILGGM的广泛且高效的R包，用于大规模基因网络中的统计推断	SILGGM提供了对个体基因对和整体基因对进行统计有效推断的方法，并引入了新颖且一致的错误发现率（FDR）程序	NA	推广高维高斯图模型（GGM）统计推断方法的广泛应用	大规模基因表达数据中的基因共表达网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图模型（GGM）	基因表达数据	数千个样本和数万个基因