单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26221	2024-08-09	Generalized gene co-expression analysis via subspace clustering using low-rank representation 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2733-5 PMID:31074376	研究论文	本文提出了一种通过子空间聚类和低秩表示进行广义基因共表达分析的新算法	该方法不依赖于相关性作为基因间相似度的度量，而是利用子空间聚类来构建基因共表达网络，能够识别出非高度相关的生物学意义基因模块	NA	旨在开发一种新的基因共表达网络分析方法，以发现具有潜在生物学功能的基因模块	基因共表达模块	生物信息学	NA	低秩表示	子空间聚类	微阵列数据，单细胞RNA测序数据	三个大型微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集
26222	2024-08-09	VPAC: Variational projection for accurate clustering of single-cell transcriptomic data 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2742-4 PMID:31074382	研究论文	本文提出了一种名为VPAC的新型基于模型的算法，用于通过变分投影对单细胞转录组数据进行准确聚类	VPAC算法假设单细胞样本在潜在空间中遵循高斯混合分布，并通过综合验证实验证明其不仅适用于离散计数和归一化连续数据，还能适应不同的数据维度、数据集大小和数据稀疏性	NA	开发一种新的计算方法，以应对从单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型的挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	转录组数据	不同数据集大小
26223	2024-08-09	Single cell RNA sequencing and its promise in reconstructing plant vascular cell lineages 2019-04, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2019.04.002 PMID:31071514	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在重建植物维管细胞谱系中的应用及其潜力	介绍了单细胞RNA测序技术如何提高我们对细胞类型分化的分子理解	目前植物细胞类型表达谱混杂了多个发育阶段，阻碍了细胞谱系的准确监测	探讨单细胞RNA测序技术在植物细胞类型分化研究中的应用	以根维管细胞为模型，研究细胞类型分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26224	2024-08-09	Investigating Cell Fate Decisions with ICGS Analysis of Single Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_12 PMID:31062314	研究论文	本文探讨了使用迭代聚类和指导基因选择（ICGS）分析方法来定义单细胞RNA-Seq数据中多样化的干细胞和多能前体细胞群体的异质性	介绍了ICGS工具，该工具能够揭示新的承诺、过渡和亚稳态前体细胞状态	NA	探索新的分析工具在单细胞转录组分析中的应用，以深入了解细胞状态的调控生物学	干细胞和多能前体细胞的异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ICGS	RNA-Seq数据	涉及造血和胚胎肾前体细胞数据集
26225	2024-08-09	Lineage Inference and Stem Cell Identity Prediction Using Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_13 PMID:31062315	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序数据进行谱系推断和干细胞身份预测的先进分析流程	开发了适用于多种生物过程的谱系树构建和干细胞身份预测方法	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中的技术挑战，开发稳健的统计和计算方法	单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型发现、细胞异质性表征、干细胞识别和谱系树构建	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
26226	2024-08-09	Epigenetic Regulation of IL-17-Induced Chemokines in Lung Epithelial Cells 2019, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/2019/9050965 PMID:31080358	research paper	研究探讨了IL-17通过表观遗传机制在肺上皮细胞中诱导CXCR2配体产生的机制	首次展示了IL-17诱导的CXCR2配体产生依赖于组蛋白乙酰化，特别是通过抑制HDAC5，并且这一过程严格依赖于BET家族	NA	揭示IL-17在肺上皮细胞中通过表观遗传调控CXCR2配体产生的机制	人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系	digital pathology	lung disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA	涉及人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系
26227	2024-08-09	High-Order Correlation Integration for Single-Cell or Bulk RNA-seq Data Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00371 PMID:31080457	研究论文	本文提出了一种名为HCI的高阶相关性集成框架，用于单细胞或批量RNA-seq数据分析，通过高阶相关矩阵与模式融合分析（PFA）实现高维数据特征提取	HCI利用高阶Pearson相关系数突出噪声输入数据集下的潜在模式，提高样本聚类的准确性和鲁棒性；PFA能从不同输入矩阵中有效识别内在样本模式	NA	提高样本类型量化或标记的质量，理解复杂疾病的关键步骤	单细胞和批量RNA-seq数据	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq	高阶相关矩阵	RNA-seq数据	四组单细胞RNA-seq数据集，TCGA和GEO数据集
26228	2024-08-09	scMatch: a single-cell gene expression profile annotation tool using reference datasets 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz292 PMID:31028376	研究论文	介绍了一种名为scMatch的单细胞基因表达谱注释工具，通过识别大型参考数据集中最接近的匹配来直接注释单个细胞	scMatch能够快速且稳健地注释单细胞，且处理大型参考数据集的能力更强	NA	开发一种新的单细胞基因表达谱注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	数千个细胞
26229	2024-08-09	Cell-level somatic mutation detection from single-cell RNA sequencing 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz288 PMID:31028395	研究论文	本文开发了一种名为SCmut的新型统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别携带突变的特定细胞	SCmut方法通过2D局部错误发现率控制假阳性，提高了单细胞RNA测序数据中突变检测的准确性	NA	探索从单细胞RNA测序数据中发现细胞水平突变信息的新方法	单细胞RNA测序数据中的细胞水平突变	生物信息学	乳腺癌，胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
26230	2024-08-09	Continuous-state HMMs for modeling time-series single-cell RNA-Seq data 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz296 PMID:31038684	研究论文	本文开发了一种基于连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs）的新方法，用于表示和建模时间序列单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	提出了基于CSHMMs的方法，能够准确推断分支拓扑结构并连续地分配细胞到路径上，改善了先前方法的性能	NA	重建时间序列单细胞RNA测序数据的发展轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs）	时间序列数据	多个发育单细胞数据集
26231	2024-08-09	Childhood cerebellar tumours mirror conserved fetal transcriptional programs 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1158-7 PMID:31043743	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了超过60,000个来自发育中鼠小脑的细胞，发现不同分子亚型的儿童小脑肿瘤与特定时间限制的小脑谱系细胞的转录模式相似	首次通过单细胞转录组学揭示了儿童小脑肿瘤与胎儿小脑细胞转录程序的相似性	NA	探讨小脑肿瘤的起源和发展机制	小脑肿瘤及其与胎儿小脑细胞的关系	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	超过60,000个细胞
26232	2024-08-09	Neocortical Projection Neurons Instruct Inhibitory Interneuron Circuit Development in a Lineage-Dependent Manner 2019-06-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.03.036 PMID:31027966	研究论文	本文研究了新皮质投射神经元如何以谱系依赖的方式指导抑制性中间神经元电路的发育	通过敲除转录因子Satb2，诱导内丘脑间质型投射神经元转变为锥体束型身份，观察到这种转变对来自尾侧神经节隆起（CGE）的中间神经元的层化和电路整合的特异性影响	NA	探讨投射神经元亚型身份对抑制性中间神经元发育的影响	新皮质投射神经元和抑制性中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	控制组和实验组小鼠
26233	2024-08-09	Genetic Insights Into Smooth Muscle Cell Contributions to Coronary Artery Disease 2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312141 PMID:31043074	研究论文	本文总结了支持平滑肌细胞在冠状动脉疾病中作用的几个全基因组显著位点的实验证据，并讨论了分子定量性状位点映射在平滑肌细胞和冠状动脉疾病相关组织中的应用	强调了需要替代的遗传策略，如cis/trans-调控网络分析、基因组编辑和扰动，以及在正常和疾病状态下对平滑肌细胞组织和模型生物进行单细胞测序	NA	通过整合多种实验和分析模式，提高对冠状动脉疾病全基因组关联研究和分子定量性状位点信号的解释，并为治疗干预或风险预测提供候选目标	平滑肌细胞在冠状动脉疾病中的作用及其相关基因和途径	遗传学	心血管疾病	全基因组关联研究、分子定量性状位点映射、单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26234	2024-08-09	scMerge leverages factor analysis, stable expression, and pseudoreplication to merge multiple single-cell RNA-seq datasets 2019-05-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1820006116 PMID:31028141	研究论文	本文介绍了一种名为scMerge的算法，该算法利用因子分析、稳定表达基因和跨数据集的伪重复来整合多个单细胞RNA测序数据集	scMerge算法通过去除不想要的因子，提高了细胞类型的分离效果，并通过强大的数据整合增强了生物学发现的潜力	NA	旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集来获得更深入的生物学见解	多个单细胞RNA测序数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子分析	基因表达数据	使用了大量公开数据集
26235	2024-08-09	scruff: an R/Bioconductor package for preprocessing single-cell RNA-sequencing data 2019-May-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2797-2 PMID:31046658	research paper	本文介绍了一个名为scruff的R/Bioconductor包，用于预处理基于CEL-Seq或CEL-Seq2协议生成的单细胞RNA测序数据，并提供全面的数据质量指标和可视化功能	scruff包提供了新的和广泛的功能，用于可视化多个实验中细胞的预对齐和后对齐数据质量指标，并支持来自10X Genomics的Cell Ranger生成的多个实验的序列对齐文件的质量指标可视化	NA	开发一个能够轻松预处理数据并快速可视化多个样本或运行中个体细胞质量指标和读取对齐的R包	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个实验中的个体细胞
26236	2024-08-09	Single-cell transcriptomic landscape of nucleated cells in umbilical cord blood 2019-05-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz047 PMID:31049560	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对脐带血中的有核细胞进行了全面的转录组分析	揭示了先前未被识别的细胞类型、通路和基因表达调控机制	NA	探索脐带血中有核细胞的异质性和多样性，为脐带血移植提供新的研究资源	脐带血中的有核细胞	数字病理学	血液癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17,637个脐带血细胞，涵盖12种主要细胞类型及其亚群
26237	2024-08-09	A 3D Atlas of Hematopoietic Stem and Progenitor Cell Expansion by Multi-dimensional RNA-Seq Analysis 2019-04-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.030 PMID:31042481	研究论文	本文通过多种RNA测序方法，构建了斑马鱼尾部造血组织中造血干细胞和祖细胞扩展的多维转录组图谱	首次建立了任何特定造血器官的多维转录组图谱	NA	揭示造血干细胞和祖细胞在斑马鱼尾部造血组织中的扩展机制	造血干细胞和祖细胞及其邻近支持细胞的转录组	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
26238	2024-08-09	Performance Assessment and Selection of Normalization Procedures for Single-Cell RNA-Seq 2019-04-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.03.010 PMID:31022373	研究论文	本文开发了一个名为“scone”的灵活框架，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）中归一化方法的性能	提出了一个基于全面数据驱动指标的灵活框架“scone”，用于评估和选择归一化方法	NA	评估和选择单细胞RNA测序分析中的归一化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集
26239	2024-08-09	Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data 2019, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0215987 PMID:31022271	研究论文	本文展示了如何从功能基因组数据中提取细胞亚型比例信息，以深入理解与表型相关的细胞变化	本文开发了新的工具来分析混合细胞样本，并展示了细胞亚型比例变化对功能基因组特性的疾病特异性贡献	本文主要集中在人类血液和老鼠肾脏两种混合细胞群体，其他组织的参考数据集不足	研究细胞亚型比例变化对功能基因组特性的影响	人类血液和老鼠肾脏的混合细胞群体	功能基因组学	哮喘和系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及两种疾病（哮喘和系统性红斑狼疮）和两种敲除小鼠模型
26240	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00317 PMID:31024627	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其相关计算数据分析方法	介绍了多种scRNA-seq协议及其独特的特点，以及针对scRNA-seq数据分析的新算法需求	scRNA-seq数据比批量RNA-seq数据更嘈杂和复杂，需要更精确和可重复的分析方法	探讨scRNA-seq技术的当前发展及其在数据分析中的应用	单细胞RNA测序技术和相关数据分析方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA