单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26141	2024-08-09	RNA-based diagnostic and therapeutic strategies for cardiovascular disease 2019-11, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-019-0218-x PMID:31186539	综述	本文综述了基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用	介绍了下一代测序技术、功能性高通量RNA筛选和单细胞测序技术在筛选心血管疾病诊断和治疗RNA候选物中的应用	许多非编码RNA尚未被功能性注释，限制了潜在RNA诊断和治疗目标的数量	总结和探讨基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用和潜力	非编码RNA如microRNAs、长非编码RNA和环状RNA在心血管疾病中的诊断和治疗潜力	NA	心血管疾病	下一代测序技术	NA	RNA	NA
26142	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals the landscape of intra-tumoral heterogeneity and stemness-related subpopulations in liver cancer 2019-09-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2019.06.002 PMID:31195060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肝癌内部异质性和与干细胞特性相关的亚群	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了肝癌内部的异质性，并识别出可能与干细胞特性相关的新亚克隆	研究主要集中在体外和裸鼠模型中，需要进一步的临床验证	探索肝癌内部的异质性及其与干细胞特性相关亚群的关系	肝癌细胞及其亚群	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
26143	2024-08-09	Detachable Acoustophoretic System for Fluorescence-Activated Sorting at the Single-Droplet Level 2019-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.9b01708 PMID:31179691	研究论文	本文介绍了一种新型荧光激活液滴分选系统，利用高聚焦表面声波实现单细胞液滴的高精度、高产量分离	该系统采用可拆卸的声波分选技术，通过微柱波导结构将声波局部耦合到微流控通道中，实现了单细胞液滴的快速准确分离，并避免了交叉污染	NA	开发一种能够高效、高精度分离单细胞液滴的新技术，以满足高通量分析的需求	单细胞液滴的分选	微流控技术	NA	表面声波（HFSAW）	NA	液滴	三种不同封装内容的单细胞液滴，分选速率约为1 kHz，纯度高于90%
26144	2024-08-09	Cross-Species Single-Cell Analysis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Reveals Antigen-Presenting Cancer-Associated Fibroblasts 2019-08, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0094 PMID:31197017	研究论文	本文通过跨物种的单细胞RNA测序分析，深入研究了人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）及其在肿瘤微环境中的作用	本文发现并定义了一类新的表达MHC II类分子和CD74的CAF亚型，即抗原呈递CAF，这些细胞能够在模型系统中以抗原特异性的方式激活CD4 T细胞	NA	研究胰腺导管腺癌中肿瘤相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫和进展中的作用	人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞及其亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人和鼠的胰腺导管腺癌肿瘤样本
26145	2024-08-09	Single-molecule long-read sequencing reveals the chromatin basis of gene expression 2019-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251116.119 PMID:31201211	研究论文	本文介绍了一种新的实验方法MeSMLR-seq，用于在单分子水平上进行长程核小体和染色质可及性的映射	MeSMLR-seq方法能够直接测量单个DNA分子上的核小体占据和核小体排除区域，这在现有方法中是具有挑战性的	NA	研究染色质可及性与基因转录之间的正相关关系，并探索在转录重编程过程中相邻基因的染色质变化	单细胞水平上的长程核小体和染色质可及性	基因组学	NA	单分子长读序列(MeSMLR-seq)	NA	DNA序列	多达356个核小体的单细胞酵母DNA分子
26146	2024-08-09	Learning common and specific patterns from data of multiple interrelated biological scenarios with matrix factorization 2019-07-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz488 PMID:31175825	研究论文	本文提出了一种名为CSMF的灵活框架，通过矩阵分解从多个相关生物场景的数据中同时揭示共同和特定模式	CSMF框架将整合和差异分析结合到一个范式中，有效揭示了多模态数据中的组合模式	NA	开发一种新的方法来分析和整合来自多个相关生物场景的高通量生物数据	来自不同细胞系、癌症类型和人类胚胎干细胞分化时间点的ChIP-seq和RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	矩阵分解	基因组数据	包括K562和Huvec细胞系、两种不同癌症的表达谱、三种乳腺癌亚型以及人类胚胎干细胞分化在六个时间点的单细胞RNA-seq数据
26147	2024-08-09	Cell-Intrinsic Wnt4 Influences Conventional Dendritic Cell Fate Determination to Suppress Type 2 Immunity 2019-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1900363 PMID:31175162	研究论文	研究探讨了Wnt4在常规树突状细胞（cDC）亚群分化和类型2免疫中的作用	首次揭示了Wnt4在cDC亚群分化和类型2免疫中的新作用	NA	探究Wnt4在常规树突状细胞亚群分化和类型2免疫中的作用	Wnt4在常规树突状细胞亚群分化中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序分析，流式细胞术	NA	RNA	使用了CD11cWnt4小鼠和CD11c对照小鼠的骨髓样本
26148	2024-08-09	A Subset of Skin Macrophages Contributes to the Surveillance and Regeneration of Local Nerves 2019-06-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.05.009 PMID:31201094	研究论文	本文研究了皮肤中组织巨噬细胞的后天发育及其分化为不同亚群的过程，并探讨了这些巨噬细胞在神经监测和再生中的作用。	通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，识别出一种在出生前就已种子的皮肤巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞与感觉神经有特定的相互作用，并在神经监测和髓鞘修剪中发挥作用。	NA	研究皮肤中组织巨噬细胞的功能特化和其在神经监测与再生中的作用。	皮肤中的组织巨噬细胞及其在神经监测和再生中的作用。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26149	2024-08-09	Integration of Single-Cell Genomics Datasets 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.034 PMID:31199914	研究论文	Welch等人与Stuart等人提出了一种新颖的技术，用于整合跨多个平台、个体和物种的单细胞RNA测序数据集，并扩展这些策略以映射具有表观遗传特性和原位转录组分析的RNA测序数据集之间的细胞类型。	该研究开发了新的技术来整合不同来源的单细胞RNA测序数据，并能够将信息在不同数据集和空间方法之间转移。	NA	研究目的是开发和扩展技术，以整合和比较复杂生物系统中的细胞群体。	单细胞RNA测序数据集及其在不同平台、个体和物种间的整合。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
26150	2024-08-09	Combining gene ontology with deep neural networks to enhance the clustering of single cell RNA-Seq data 2019-Jun-10, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2769-6 PMID:31182005	研究论文	本文提出了一种结合基因本体论（GO）和深度神经网络的方法，用于增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果	本文提出了两种新方法：GOAE（基因本体论自编码器）和GONN（基因本体论神经网络），通过将GO与无监督和监督模型结合，提高了维度降低的效果	NA	开发新的计算方法以确保单细胞基因表达数据得到适当解释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	基因表达数据	大量细胞
26151	2024-08-09	Mitochondrial dysfunction and endoplasmic reticulum stress involved in oocyte aging: an analysis using single-cell RNA-sequencing of mouse oocytes 2019-Jun-08, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-019-0529-x PMID:31176373	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序方法分析了小鼠生殖泡阶段卵母细胞中与年龄相关的基因表达变化，探讨了卵巢衰老的机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠卵母细胞中与年龄相关的基因表达差异，揭示了线粒体功能障碍、内质网应激和抗氧化能力下降在卵母细胞衰老中的作用	研究仅限于小鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探讨卵巢衰老的机制	小鼠生殖泡阶段卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了5周龄和32周龄的KM小鼠各一组，收集了生殖泡阶段的卵母细胞进行分析
26152	2024-08-09	SSCC: A Novel Computational Framework for Rapid and Accurate Clustering Large-scale Single Cell RNA-seq Data 2019-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.10.003 PMID:31202000	研究论文	本文提出了一种新的计算框架SSCC，用于大规模单细胞RNA测序数据的快速和准确聚类	SSCC框架基于随机投影和特征构建，显著提高了聚类准确性、鲁棒性和计算效率	NA	开发一种新的聚类方法，以应对大规模单细胞RNA测序数据分析中的计算挑战	大规模单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SSCC	RNA测序数据	68,578个人类血液细胞
26153	2024-08-09	Cancer Stem Cells: Concepts, Challenges, and Opportunities for Cancer Therapy 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9524-0_4 PMID:31175645	研究论文	本文探讨了癌症干细胞（CSCs）的概念、挑战及其在癌症治疗中的机遇	利用体外和体内实验、小鼠遗传模型以及单细胞测序技术和其他‘组学’方法，不仅有助于识别新的CSC群体，还揭示并阐明了CSC的新特性	需要进一步研究以深入理解CSC特性和设计针对性的治疗方法	旨在深入理解CSC特性和特征，以促进设计针对CSC的合理治疗方案	癌症干细胞（CSCs）及其在肿瘤生长和异质性中的作用	NA	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
26154	2024-08-09	Identification of Breast Cancer Stem Cell Related Genes Using Functional Cellular Assays Combined With Single-Cell RNA Sequencing in MDA-MB-231 Cells 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00500 PMID:31191614	研究论文	本文通过功能性细胞检测结合单细胞RNA测序技术，在MDA-MB-231细胞系中识别与乳腺癌干细胞相关的基因	本文首次结合哺乳球形成试验和标记保留试验来富集具有不同程度乳腺癌干细胞特性的细胞，并通过单细胞RNA测序技术进行基因表达分析	需要进一步的实验验证来确认这些潜在乳腺癌干细胞标记物的细胞功能	旨在通过详细表征乳腺癌干细胞来增进对肿瘤进展机制的理解，并识别新的治疗靶点	乳腺癌干细胞及其相关基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	MDA-MB-231细胞系中的多个细胞样本
26155	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Regional Reprogramming During Adaptation to Massive Small Bowel Resection in Mice 2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2019.06.001 PMID:31195149	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析，揭示了小鼠在大量小肠切除后适应过程中的区域重编程现象	首次描述了小肠上皮细胞在短肠综合征后重编程其区域身份的能力	NA	研究小肠在短肠综合征后适应过程中的分子变化	小鼠小肠上皮细胞在50%近端小肠切除后的分子变化	数字病理学	短肠综合征	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠远端小肠上皮细胞
26156	2024-08-09	deconvSeq: deconvolution of cell mixture distribution in sequencing data 2019-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz444 PMID:31147676	研究论文	本文介绍了一种名为deconvSeq的计算去卷积方法，用于从批量组织中获取的RNA和亚硫酸氢盐测序数据中解析细胞混合物的分布	deconvSeq利用广义线性模型来模拟组织类型对特征定量的影响，适用于特定的测序数据结构，并能在较少的基因或CpG位点签名集中实现良好的预测	NA	开发一种计算方法来解析在难以分离成单细胞的组织样本中的细胞类型异质性	批量组织样本中的细胞类型混合物	生物信息学	NA	RNA测序, 亚硫酸氢盐测序	广义线性模型	测序数据	35个全血样本
26157	2024-08-09	Thermoregulation via Temperature-Dependent PGD2 Production in Mouse Preoptic Area 2019-07-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.035 PMID:31151773	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和全细胞膜片钳记录，识别了Ptgds作为温度敏感性前视区（POA）神经元的遗传标记，并探讨了这些神经元在体温调节中的作用	首次通过遗传标记Ptgds识别温度敏感性POA神经元，并揭示了这些神经元通过调节前列腺素D2（PGD）的产生参与体温调节的机制	NA	探究温度敏感性前视区神经元在体温调节中的作用及其分子机制	小鼠前视区温度敏感性神经元及其在体温调节中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序，全细胞膜片钳记录，化学遗传学	NA	RNA	NA
26158	2024-08-09	Single-Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations 2019-07-09, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.118.038362 PMID:31146585	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了正常小鼠主动脉中的细胞异质性，并识别出具有不同功能的内皮细胞亚群	利用单细胞RNA测序技术，首次全面描绘了小鼠主动脉中所有细胞的单细胞图谱，并揭示了内皮细胞的三个不同亚群及其在血管疾病中的相关功能	NA	研究主动脉壁细胞的异质性及其在血管疾病中的作用	小鼠主动脉中的细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过10,000个细胞
26159	2024-08-09	A computational method to aid the design and analysis of single cell RNA-seq experiments for cell type identification 2019-Jun-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2817-2 PMID:31167661	研究论文	本文开发了一种名为SCEED的工具，用于辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型	SCEED工具允许用户选择多种分析工具组合，进行分析程序的性能分析，并估计所需的样本量	NA	开发一种方法来辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型	单细胞RNA测序实验的设计和分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	测试了至少1000个单细胞
26160	2024-08-09	Reactive microglia and IL1β/IL-1R1-signaling mediate neuroprotection in excitotoxin-damaged mouse retina 2019-Jun-06, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-019-1505-5 PMID:31170999	研究论文	本文研究了在兴奋毒素损伤的小鼠视网膜中，反应性小胶质细胞和IL1β/IL-1R1信号如何影响视网膜神经元的存活。	首次揭示了反应性小胶质细胞通过IL1β和IL-1R1信号通路在兴奋毒素损伤的视网膜中提供神经保护作用。	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨小胶质细胞和炎症介质在兴奋毒素损伤的视网膜神经元存活中的作用。	小胶质细胞、IL1β、IL-1R1受体以及视网膜神经元。	神经科学	NA	免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	使用了野生型、IL-1R1缺失小鼠和仅在星形胶质细胞中表达IL-1R1的小鼠进行实验。