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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26101 | 2024-12-13 |
Multiomic profiling reveals metabolic alterations mediating aberrant platelet activity and inflammation in myeloproliferative neoplasms
2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172256
PMID:38060311
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研究论文 | 研究揭示了骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者血小板异常活性和炎症的代谢改变 | 首次揭示了MPN患者中与PI3K/AKT/mTOR信号通路异常相关的代谢紊乱,并发现α-酮戊二酸(α-KG)补充能够显著减少血小板活化和炎症反应 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型上,尚未在人体中进行临床试验验证 | 探讨骨髓增殖性肿瘤患者血小板异常活性和炎症的代谢机制 | 骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者的血小板和单核细胞 | NA | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学 | NA | RNA、蛋白质、代谢物 | 包括MPN患者和Jak2 V617F-knockin小鼠的血小板和单核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26102 | 2024-12-13 |
Cellular MSI-H score: a robust predictive biomarker for immunotherapy response and survival in gastrointestinal cancer
2024, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/AIWP6518
PMID:39659917
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞水平的MSI-H评分方法,用于预测免疫治疗反应和胃肠道癌症患者的生存率 | 通过单细胞RNA测序数据,开发了一种新的细胞MSI-H评分方法,相比传统的分子MSI-H评分,能够更准确地预测免疫治疗反应和生存率 | 需要进一步的临床试验来验证该方法在不同癌症类型和患者群体中的适用性 | 开发一种更准确的MSI-H评分方法,以指导胃肠道癌症的免疫治疗决策 | 胃肠道癌症患者的免疫治疗反应和生存率 | 数字病理学 | 胃肠道癌 | 单细胞RNA测序 | 高斯有限混合模型 | 基因表达数据 | 97名接受免疫治疗的胃肠道癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 26103 | 2024-12-13 |
Effect of subcutaneous adipose tissue-associated CSRP2 on the progression of prostate cancer via the WDR5/USP44 pathway
2024, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
DOI:10.62347/AHQT5920
PMID:39659944
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研究论文 | 研究探讨了皮下脂肪组织相关蛋白CSRP2通过WDR5/USP44途径影响前列腺癌进展的机制 | 首次揭示了CSRP2通过抑制WDR5的去泛素化来抑制前列腺癌细胞增殖的机制 | 研究主要基于细胞实验和动物模型,尚未在人体中验证该机制 | 探讨肥胖相关蛋白CSRP2在前列腺癌进展中的作用及其分子机制 | 前列腺癌细胞及其相关蛋白CSRP2、WDR5和USP44 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、组织芯片、免疫共沉淀、质谱分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas的前列腺癌转录组数据以及来自前列腺癌细胞的单细胞RNA测序和组织芯片数据 | NA | NA | NA | NA |
| 26104 | 2024-12-13 |
Multi-modal transcriptomics: integrating machine learning and convolutional neural networks to identify immune biomarkers in atherosclerosis
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1397407
PMID:39660117
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习和卷积神经网络技术,分析多模态转录组数据,以识别与动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物 | 本研究首次揭示了与动脉粥样硬化相关的三个关键基因(CD36、S100A10、CSNK1A1),并提出了基于这些基因的两种不同亚型(C2和C1),为临床免疫药物研究提供了新范式 | 本研究主要基于公开的GEO数据集,样本量和数据多样性可能有限,未来需要更大规模和多样化的实验验证 | 建立计算模型,揭示与动脉粥样硬化相关的分子水平标志物 | 动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | 卷积神经网络(CNN) | 基因表达数据 | 共分析了198个样本(包括104个动脉粥样硬化病变样本和94个对照样本)以及30,498个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 26105 | 2024-12-13 |
The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh1168
PMID:37656796
|
研究论文 | 研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响 | 首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响,并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证 | 研究主要集中在体外和体内实验,未涉及临床应用 | 探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力 | 不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12种不同细胞来源的外泌体,剂量范围为每细胞20到200,000 | NA | NA | NA | NA |
| 26106 | 2024-12-12 |
Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia
2025-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207
PMID:39580962
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研究论文 | 本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证 | 首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物,具有高胃癌特异性 | 研究主要基于数据库数据和临床样本的验证,未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性 | 寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物 | MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力 | NA | 胃癌 | scRNA-seq, IHC, Elisa | NA | mRNA数据, 基因列表 | 临床患者的血清和组织样本,涵盖不同病理阶段 | NA | NA | NA | NA |
| 26107 | 2024-12-12 |
Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury
2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110412
PMID:39612968
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析,揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化 | 首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析,揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化 | 实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞,未涉及其他细胞类型或疾病模型 | 探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制 | 脊髓损伤后的巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和转录组测序(RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 26108 | 2024-12-12 |
Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111351
PMID:39650727
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39 | 首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性 | 研究主要基于Visium空间转录组学数据,可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性 | 探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式,并鉴定与Gleason评分进展相关的基因 | 前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26109 | 2024-12-12 |
Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression
2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401392R
PMID:39652089
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研究论文 | 本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响,发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖 | 首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制 | 研究主要集中在体外实验和动物模型,缺乏人体临床数据 | 探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制 | 角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为 | NA | NA | RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞行为数据 | 人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 26110 | 2024-12-12 |
Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC
2024-Dec-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902
PMID:39349007
|
研究论文 | 本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌(HCC)中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用 | 首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达,从而增强CD8+ T细胞浸润,抑制HCC进展 | NA | 探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因,并提出重塑HCC微环境的新治疗策略 | 肝细胞癌(HCC)中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀 | NA | 基因组数据、单细胞RNA测序数据 | 使用HCC小鼠模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 26111 | 2024-12-12 |
RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases
2024-Dec-10, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024
PMID:39658200
|
研究论文 | 本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序,研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性 | 本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术,揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性,并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法 | 本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病,且样本量有限 | 研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点 | 人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA | 25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本,共分析了超过165,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 26112 | 2024-12-12 |
A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes
2024-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae040
PMID:39426802
|
综述 | 本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展 | 本文探讨了现有方法的优缺点,并为未来工具开发提供了建议和方向 | 本文未提及具体方法的局限性,而是从整体上讨论了现有方法的局限性 | 回顾空间域识别研究的现状和进展,探讨现有方法的优缺点,并提供未来工具开发的建议和方向 | 空间转录组学中的空间域识别方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26113 | 2024-12-12 |
Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients
2024-12-06, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-024-00234-7
PMID:39641872
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研究论文 | 本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用 | 首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制,并提供了潜在的治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和细胞系验证,缺乏临床样本的长期随访数据 | 揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制 | 老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 使用了THP-1和MV411细胞系进行验证,并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证 | NA | NA | NA | NA |
| 26114 | 2024-12-12 |
Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice
2024-Dec, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024
PMID:39592224
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研究论文 | 本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白,生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠,并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据,展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象 | 需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响 | 探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系 | 阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态 | NA | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA | 人源化tau的敲入小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 26115 | 2024-12-12 |
Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study
2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000002681
PMID:39649887
|
研究论文 | 本研究通过文献计量学和可视化分析,探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点 | 首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析 | 研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献,可能存在一定的偏倚 | 探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势 | 单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 文本 | 1170篇文献 | NA | NA | NA | NA |
| 26116 | 2024-12-12 |
Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities
2024-Dec, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662
PMID:39541907
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组技术,结合染色质可及性分析,揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用 | 需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络 | 增强作物植物对气候变化的适应能力 | 非生物胁迫响应的基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26117 | 2024-12-12 |
From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling
2024-Nov, Progress in lipid research
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302
PMID:39396711
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综述 | 本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制 | 提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱,揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略 | 输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌 | NA | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26118 | 2024-12-12 |
The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq
2024-Apr-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05788-5
PMID:38689234
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研究论文 | 研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响,并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响 | 数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大,每个数据集的最优方法不同 | 研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器模型、原型网络 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 26119 | 2024-12-12 |
NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing
2024-Apr-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10335-w
PMID:38689254
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研究论文 | 本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法,用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体 | 创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序,以富集胰腺内分泌细胞的核,并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序 | 研究仅限于胰腺内分泌细胞群体,未涵盖其他细胞类型 | 开发一种新的方法,利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序,以富集胰岛内分泌细胞群体 | 人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26120 | 2024-12-12 |
Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues
2024-Apr-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358
PMID:38689972
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研究论文 | 本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用 | 首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用,揭示了平台间的差异 | 研究仅限于局部前列腺癌样本,未涵盖其他类型的癌症或组织 | 比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现,为选择合适的测序平台提供依据 | 局部前列腺癌患者的样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本 | NA | NA | NA | NA |