单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2581 - 2600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2581 | 2024-11-04 |
OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases
2024-03-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05019-8
PMID:38491529
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研究论文 | 开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制 | 整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析 | NA | 解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制 | 口腔炎症性疾病及其相关数据 | 生物信息学 | 口腔炎症性疾病 | qPCR, IHC | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本 |
| 2582 | 2024-11-04 |
In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells
2024-Mar-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510
PMID:38447574
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研究论文 | 本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因 | 首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路 | NA | 研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制 | 睾丸细胞和精子发生过程 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 2583 | 2024-11-04 |
Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma
2024-03-04, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad207
PMID:37934854
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研究论文 | 研究探讨了儿科高级别胶质瘤中肿瘤和免疫细胞类型的相互作用及其对肿瘤表型的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和多通道免疫荧光染色技术，揭示了儿科高级别胶质瘤中多种肿瘤和免疫细胞类型的基因表达差异及其对肿瘤表型的影响 | 研究样本量较小，仅包括19个样本，可能影响结果的普适性 | 探讨儿科高级别胶质瘤的异质性及其背后的细胞类型和基因表达机制 | 儿科高级别胶质瘤中的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 19个儿科高级别胶质瘤样本 |
| 2584 | 2024-11-04 |
Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer
2024-Mar, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12420
PMID:38490958
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研究论文 | 本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存 | 本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力 | 卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 2585 | 2024-11-04 |
High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582103
PMID:38464282
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研究论文 | 本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性 | 本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征 | NA | 深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化 | 小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达 | 数字病理学 | NA | Seq-Scope | NA | 基因表达数据 | 小鼠比目鱼肌样本 |
| 2586 | 2024-11-04 |
Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18362
PMID:39484208
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析 | 探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略 | 肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个原发性肝癌样本 |
| 2587 | 2024-11-04 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用 | 本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性 | 本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 多组学数据集中的细胞核数量 |
| 2588 | 2024-11-04 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积 | SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性 | NA | 旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 半监督学习 | 基因表达数据 | 四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集 |
| 2589 | 2024-11-04 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计 | NA | 解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题 | 单细胞昼夜节律相位和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 转录组数据 | NA |
| 2590 | 2024-11-02 |
Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex
2024-Dec-01, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023
PMID:38866174
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估了小鼠前额叶皮层的应激脆弱性网络的转录组特征 | 首次识别出与大脑潜在应激脆弱状态相关的细胞类型和基因 | 样本量较小，仅包括12只C57BL/6小鼠 | 探讨应激脆弱性与情绪障碍（如抑郁症）之间的关系及其分子机制 | 小鼠前额叶皮层的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12只C57BL/6小鼠 |
| 2591 | 2024-11-02 |
ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost
2024-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127912
PMID:39326350
|
研究论文 | 研究了β-葡聚糖训练对鱼类肠道Th17细胞在爱德华氏菌感染引起的肠道炎症中的作用 | 首次揭示了β-葡聚糖训练可以保留和恢复肠道Th17细胞的功能，从而缓解细菌感染引起的肠道炎症 | NA | 探讨鱼类肠道免疫细胞在细菌感染下的调节机制 | 鱼类肠道Th17细胞在爱德华氏菌感染下的功能变化 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2592 | 2024-11-02 |
Genomic Profiling and Immune Phenotyping of Neuroendocrine Bladder Cancer
2024-Nov-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1277
PMID:39226396
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研究论文 | 研究神经内分泌膀胱癌的基因组特征和免疫表型 | 揭示了神经内分泌膀胱癌的免疫微环境特征，并发现混合型神经内分泌膀胱癌具有免疫浸润表型 | 样本量较小，特别是单细胞RNA测序样本仅有一个 | 探索神经内分泌膀胱癌的免疫治疗潜力 | 神经内分泌膀胱癌的基因组和免疫表型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 基因组分析、转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA数据、图像数据 | 基因组数据19例，转录组数据3例，单细胞RNA测序1例，免疫组化分析34例 |
| 2593 | 2024-11-02 |
Single-Cell View of Tumor Microenvironment Gradients in Pleural Mesothelioma
2024-Nov-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0017
PMID:38959428
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的综合细胞图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的图谱，并发现了与不良疾病结局相关的四个癌症内在程序和一个新的胎儿样内皮细胞群体 | NA | 提高对胸膜间皮瘤肿瘤微环境的理解，以改进免疫治疗策略 | 胸膜间皮瘤肿瘤微环境中的细胞群体及其基因表达程序 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个表达程序和多个细胞群体 |
| 2594 | 2024-11-02 |
Dynamic evolution of fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing of human pancreatic cancer
2024-Nov-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489
PMID:39485038
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化 | 开发了一种新的方法来注释癌细胞中的基因组改变，并探索了组织电路中的复杂细胞间网络 | NA | 研究胰腺癌进展和治疗反应中支持性组织微环境的共进化 | 胰腺癌中的成纤维细胞及其在疾病和治疗状态下的动态变化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 正常、炎症和恶性胰腺组织样本 |
| 2595 | 2024-11-02 |
A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery
2024-Oct-31, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01761-8
PMID:39482470
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研究论文 | 本文介绍了一种用于药物发现的多重单细胞RNA测序药理转录组学管道 | 该管道结合了药物筛选与96重单细胞RNA测序，能够通过抗体-寡核苷酸偶联物进行活细胞条形码标记，实现高通量药理转录组学分析 | NA | 研究癌症中药物反应的基因调控动态 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞在45种药物处理后的转录组异质性 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及45种药物处理后的高级别浆液性卵巢癌细胞 |
| 2596 | 2024-11-02 |
Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma
2024-Oct-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88414
PMID:39475792
|
研究论文 | 研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征 | 首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系 | 小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 2597 | 2024-11-02 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
|
研究论文 | 研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征 | 研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究 | 探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素 | 来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照） |
| 2598 | 2024-11-02 |
Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75314-3
PMID:39478009
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研究论文 | 提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | 单细胞、空间和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 高斯统计 | 基因表达数据 | NA |
| 2599 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
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研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
| 2600 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
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研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 |