单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-09	The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31155 PMID:32017148	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
242	2025-09-28	Glycoprotein Ib-CD11b + monocyte-derived macrophages mediate atherosclerosis-exacerbated psoriatic inflammation 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123960 PMID:40945652	研究论文	本研究揭示了动脉粥样硬化加剧银屑病炎症的新机制，发现CD11b+单核细胞来源的巨噬细胞通过GPIb-CD11b轴在两种疾病相互作用中起核心作用	首次发现血小板来源的GPIb通过GPIb-CD11b轴促进巨噬细胞M1极化，揭示了动脉粥样硬化与银屑病共病的共享炎症机制	样本量有限，机制研究主要在动物模型和体外实验中进行验证	阐明动脉粥样硬化与银屑病共病的分子机制	银屑病合并动脉粥样硬化患者、小鼠模型、巨噬细胞和血小板	免疫学	银屑病和动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、体外功能实验、小鼠模型	咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型	单细胞转录组数据、临床样本数据	初治银屑病合并动脉粥样硬化患者的皮肤活检样本（具体数量未明确说明）
243	2025-09-28	Single-cell RNA sequencing reveals early cell dynamics of MSC-based therapy in long bone critical-size defects in mice 2025-Nov, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.08.007 PMID:40995603	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示小鼠长骨临界尺寸缺损中MSC疗法早期的细胞动态变化	首次在临界尺寸骨缺损模型中应用scRNA-seq技术解析MSC治疗早期（1周）的局部微环境细胞组成和互作网络	研究仅观察治疗后1周时间点，缺乏长期疗效评估；样本来源于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明MSC在骨缺损愈合早期调控局部微环境的分子机制	BALB/c雄性小鼠的股骨临界尺寸缺损模型	单细胞组学	骨缺损	单细胞RNA测序（scRNA-seq），UMAP降维分析，Louvain聚类	NA	单细胞转录组数据	小鼠随机分为三组（空白组/支架组/支架+MSC组），每组样本量未明确说明
244	2025-09-28	Integrated multi-omics profiling identifies Cmpk1 as a monocyte-specific therapeutic target for renal ischemia-reperfusion injury 2025-Nov-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123924 PMID:40848967	研究论文	本研究通过整合多组学分析发现Cmpk1是肾脏缺血再灌注损伤中单核细胞特异的治疗靶点	首次揭示单核细胞特异性核苷酸代谢重编程在肾缺血再灌注损伤中的核心作用，并确定Cmpk1为关键调控因子	研究主要聚焦于单核细胞，其他免疫细胞类型的贡献尚未完全阐明	解析肾脏缺血再灌注损伤中细胞特异性代谢重编程机制并识别治疗靶点	肾脏缺血再灌注损伤模型中的单核细胞	生物医学研究	急性肾损伤	多组学整合分析（批量转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、空间转录组学）、体外缺氧复氧模型、体内基因敲低	机器学习优先排序	组学数据、功能验证数据	未明确说明具体样本数量，但包含体外和体内实验验证
245	2025-09-28	Tectorigenin could alleviate SA-AKI via reducing M1-like polarization of macrophages through KLF4/NF-κB pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115300 PMID:40829320	研究论文	本研究探讨鸢尾素通过KLF4/NF-κB通路调控巨噬细胞M1型极化缓解脓毒症相关急性肾损伤的作用机制	首次揭示鸢尾素通过KLF4/NF-κB信号通路调控巨噬细胞极化状态在SA-AKI中的治疗作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行临床验证	探究鸢尾素对脓毒症相关急性肾损伤的治疗潜力及分子机制	LPS诱导的SA-AKI小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系、原代腹膜巨噬细胞和HK-2肾小管上皮细胞	病理机制研究	脓毒症相关急性肾损伤	流式细胞术、单细胞测序分析、Transwell共培养、HE染色、透射电镜、siRNA转染	动物疾病模型	实验数据	未明确样本数量的小鼠模型和细胞系
246	2025-09-28	Novel role of splicing factor U2AF2 in the tumour microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on COAD 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115410 PMID:40854264	研究论文	通过多组学分析和实验验证揭示剪接因子U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制及其临床预后价值	首次系统性阐明U2AF2通过异常RNA剪接驱动恶性转化和重塑肿瘤免疫微环境的双重致癌机制	研究主要聚焦结肠腺癌，其他癌症类型的普适性需进一步验证	阐明U2AF2在结肠腺癌中的致癌机制和临床预后价值	结肠腺癌患者组织样本、HCT116和HCT8细胞系	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、转录组分析	细胞系敲低模型	转录组数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库结肠腺癌数据集及实验细胞系
247	2025-09-28	VCPIP1 ameliorates sepsis-associated encephalopathy by promoting microglia autophagy via the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025-Oct-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115417 PMID:40865405	研究论文	本研究揭示VCPIP1通过PI3K/AKT/mTOR通路调控小胶质细胞自噬改善脓毒症相关脑病的作用机制	首次发现VCPIP1在SAE海马小胶质细胞中的关键调控作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路调节自噬的新机制	研究基于小鼠CLP模型，临床转化价值需进一步验证	探讨VCPIP1在脓毒症相关脑病发病机制中的作用及治疗靶点潜力	小鼠脓毒症模型海马组织及小胶质细胞	神经科学	脓毒症相关脑病	生物信息学分析、单细胞RNA测序、小鼠CLP模型	动物疾病模型	基因表达数据、行为学数据、分子生物学数据	小鼠模型实验样本
248	2025-09-28	Single-cell RNA Sequencing Demonstrates the Heterogeneity of Different Molecular Subtypes in Gastric Cancer 2025-Oct, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10922-2 PMID:39311993	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示胃癌不同分子亚型的细胞异质性并鉴定亚型特异性lncRNA	首次在单细胞水平系统解析胃癌TCGA分子亚型的异质性，构建亚型特异性lncRNA-基因调控网络并鉴定预后相关标志物	NA	探究胃癌不同分子亚型的细胞组成异质性和分子特征	119,878个来自不同分子亚型胃癌的细胞	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	119,878个细胞
249	2025-09-28	Tumor necrosis facilitates perihilar cholangiocarcinoma metastasis by ANGPTL6-augmented vessel permeability and tumor dissemination 2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101514 PMID:40995437	研究论文	本研究探讨肿瘤坏死对肝门部胆管癌预后的影响及其通过ANGPTL6增强血管通透性促进转移的机制	首次通过空间蛋白质组学发现坏死周边区域pCCA细胞特异性高表达ANGPTL6，并证实其通过增加血管通透性促进肿瘤扩散	研究样本仅限肝门部胆管癌患者，机制研究主要依赖体外和动物模型	探究肿瘤坏死在pCCA中的预后意义、分子调控机制及微环境改变	306例pCCA患者组织样本及细胞/动物模型	数字病理学	胆管癌	激光捕获显微切割、高分辨率质谱、单细胞RNA测序	NA	组织病理图像、蛋白质组数据、转录组数据	306例pCCA患者（其中162例存在肿瘤坏死）
250	2025-09-28	Human deep subcutaneous adipose tissue is enriched for inflammatory and tissue remodeling pathways 2025-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00463.2025 PMID:40833844	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序比较人体皮下浅层脂肪组织与深层脂肪组织的转录组差异	首次在单细胞水平揭示深层脂肪组织具有促炎症和组织重塑倾向的独特基因表达特征	NA	比较皮下浅层与深层脂肪组织的分子和细胞差异	人体皮下浅层脂肪组织和深层脂肪组织	转录组学	代谢疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
251	2025-09-28	Glioblastoma exploits ATP from leading-edge astrocytes to fuel its infiltrative growth revealed by spatially resolved chimeric analysis 2025-Sep-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv5673 PMID:40991701	研究论文	本研究开发了空间分辨嵌合分析工具SCAR，揭示了胶质母细胞瘤通过利用前沿星形胶质细胞的ATP促进浸润性生长的代谢机制	首次开发SCAR计算工具解析人鼠嵌合模型中肿瘤与微环境的空间转录组互作，发现胶质母细胞瘤在浸润前沿通过CKB介导的代谢重编程利用星形胶质细胞的ATP	研究基于嵌合动物模型，与人类真实肿瘤微环境存在差异；空间转录组分辨率有限	解析胶质母细胞瘤浸润性生长的空间代谢机制	胶质母细胞瘤细胞与星形胶质细胞的相互作用	空间转录组学	胶质母细胞瘤	空间转录组学、嵌合癌症模型	SCAR计算工具	空间基因表达数据	人鼠嵌合模型样本（具体数量未明确说明）
252	2025-09-28	Integrating 3D imaging, GWAS and single-cell transcriptome approaches to elucidate root system architecture in Populus 2025-Sep-26, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf432 PMID:41004703	研究论文	本研究通过整合3D成像、GWAS和单细胞转录组技术，揭示了毛白杨根系构型的遗传调控机制	首次在木本植物中建立结合自动三维空间成像、多组学分析和单细胞测序的综合研究框架，发现PsiSKP2B通过非毛细胞依赖的调控机制控制侧根发育	研究仅针对毛白杨特定种质资源，结论在其他树种中的普适性需进一步验证	解析毛白杨根系构型的遗传架构和调控网络	303份来自中国不同地理区域的毛白杨种质资源	植物遗传学	NA	3D空间成像、GWAS、单细胞RNA测序、遗传转化	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	303份毛白杨种质资源，包含96个根系构型性状
253	2025-09-28	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Sep-26, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00082.2025 PMID:41005986	研究论文	通过单细胞RNA测序发现肠道BEST4+细胞是表达CFTR的pH感应神经足细胞，并探讨其在囊性纤维化疾病中的作用	首次将BEST4+细胞鉴定为CFTR高表达细胞，揭示其pH感应功能和与神经元的连接，以及在囊性纤维化病理中的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类肠道组织的直接证据有限	探究肠道BEST4+细胞的特性及其在囊性纤维化疾病中的病理生理作用	人类和大鼠肠道上皮细胞，特别是BEST4+细胞亚群	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序、蛋白质免疫定位	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据	野生型和ΔF508囊性纤维化大鼠空肠组织
254	2025-09-28	Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02190-1 PMID:41006685	研究论文	本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学，构建了基于乳酸代谢的黑色素瘤预后模型并探索治疗策略	首次将定量病理特征与深度学习特征结合，构建多组学整合的乳酸代谢特征预后模型，并发现RAB32在代谢重编程中的核心作用	模型验证主要基于TCGA队列，需要更多独立队列验证临床适用性	系统表征黑色素瘤乳酸代谢分子特征，构建预后模型并探索治疗靶点	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者组织和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集变异分析（GSVA）、机器学习算法	ResNet50 CNN、10种机器学习算法组合	病理图像、基因组数据、转录组数据	TCGA队列训练和验证，包含443个病理影像特征和11个基因特征
255	2025-09-28	Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02175-0 PMID:41006686	研究论文	通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示肺动脉高压中内皮细胞SPRY1缺失与血管代谢重编程的关联	首次整合单细胞转录组与hdWGCNA机器学习方法鉴定SPRY1为PAH新型关键生物标志物	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型	探究肺动脉高压血管重构的内皮细胞分子机制	肺动脉高压患者肺组织样本和MCT诱导的大鼠模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、hdWGCNA、机器学习	机器学习模型	转录组数据	PAH患者与正常对照的肺组织样本（具体数量未明确）
256	2025-09-28	HIV infection reprogrammes CD4+ T cells for quiescence and entry into proviral latency 2025-Sep-26, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02128-y PMID:41006834	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示HIV感染通过激活p53通路和KLF2介导的静息程序促使CD4+ T细胞进入潜伏状态的机制	首次发现HIV感染通过KLF2/p53信号通路驱动病毒潜伏库形成，揭示了病毒劫持宿主细胞静息程序的新策略	主要基于体外原代CD4+ T细胞模型，需进一步在体内验证该机制	探究HIV潜伏库形成的分子机制	人类原代CD4+ T细胞和HIV感染者捐献的细胞	病毒学/免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞RNA-seq、shRNA筛选、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、功能实验数据	人类原代CD4+ T细胞模型及HIV+供体细胞（具体数量未明确说明）
257	2025-09-28	Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma 2025-Sep-26, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.70009 PMID:41013981	研究论文	通过转录组分析鉴定多发性骨髓瘤中具有功能和预后价值的缺氧相关基因	首次系统识别多发性骨髓瘤缺氧相关基因并验证其预后价值，发现9个核心HAGs中8个与患者总生存期显著相关	样本来源包含细胞系和公共数据库，需要更多独立队列验证临床适用性	探索缺氧促进多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找预后标志物	多发性骨髓瘤细胞系、MMRF CoMMpass项目患者数据、CD138+骨髓细胞	生物信息学	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	差异表达分析、生存分析	基因表达数据、临床数据	3个MM细胞系+MMRF队列患者+独立验证队列
258	2025-09-28	Decoding immune aging at single-cell resolution 2025-Sep-25, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2025.09.001 PMID:41006183	综述	本文综述单细胞测序技术在免疫衰老研究中的应用与挑战	通过单细胞多组学技术揭示人类生命周期中免疫轨迹的异质性和功能变化	存在跨平台和跨人群数据整合的技术挑战	解析免疫衰老机制并推动临床转化应用	外周免疫细胞	生物医学	老年性疾病	单细胞测序、单细胞多组学	NA	单细胞组学数据	NA
259	2025-09-28	Mechanism of Piezo1 regulating chondrocyte mitochondrial function and promoting fracture healing through β-catenin/LARS2 signaling pathway 2025-Sep-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00459-4 PMID:40993116	研究论文	本研究揭示了Piezo1通过β-catenin/LARS2信号通路调控软骨细胞线粒体功能并促进骨折愈合的分子机制	首次发现Piezo1通过β-catenin/LARS2轴调控软骨细胞线粒体生物能量学，并证实软骨细胞向成骨细胞转分化在骨折愈合中的关键作用	NA	探究Piezo1在软骨细胞内软骨骨化过程中的调控机制	软骨细胞及其线粒体功能	骨分子生物学	骨折愈合障碍	谱系追踪、单细胞RNA测序、蛋白互作分析	基因敲除模型	基因表达数据、线粒体功能参数	NA
260	2025-09-28	Developing a thyroid cancer differentiation state classification system using deep residual networks and metabolic signature profiling 2025-Sep-24, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01927-1 PMID:40993300	研究论文	开发基于深度残差网络和多组学数据的甲状腺癌分化状态分类系统	首次整合代谢组学、外显子组测序和转录组学数据，结合可解释性分析构建甲状腺癌分化状态分类模型	样本量相对有限（158例肿瘤和57例正常组织），需要更大规模验证	建立甲状腺癌分化状态的精准分类模型以辅助早期诊断和临床决策	甲状腺肿瘤组织（包括高分化、低分化和未分化癌）及匹配正常组织	数字病理	甲状腺癌	非靶向代谢组学、全外显子组测序、转录组测序、单细胞RNA测序	ResNet（深度残差网络）	多组学数据（代谢组、基因组、转录组）	158例甲状腺肿瘤和57例匹配正常组织