单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-12-18	Neonatal Brain Injury Triggers Niche-Specific Changes to Cellular Biogeography 2024-Dec-16, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0224-24.2024 PMID:39681473	研究论文	本文构建了一个新生脑损伤再生反应的全脑图谱，使用高分辨率成像空间转录组学分析了慢性新生缺氧小鼠模型中的80万多个细胞，并开发了一种新方法来推断细胞类型空间接近性的条件相关差异	本文创新性地使用高分辨率成像空间转录组学技术，并开发了一种新方法来分析细胞类型空间接近性的变化，揭示了新生缺氧对神经发育的影响机制	本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究新生脑损伤对神经发育的影响及其分子机制	新生缺氧小鼠模型中的细胞和分子机制	NA	NA	空间转录组学	NA	细胞	80万多个细胞
242	2024-12-18	Endogenous retroelement activation is implicated in IFN-α production and anti-CCP autoantibody generation in early Rheumatoid Arthritis 2024-Dec-16, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	研究论文	本文研究了内源性逆转录元件（EREs）在早期类风湿性关节炎（eRA）中的表达及其与IFN-α产生和抗CCP自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了EREs的表达，揭示了EREs与IFN-I产生和抗CCP自身抗体的潜在因果关系	研究样本量较小，且仅限于早期类风湿性关节炎和早期银屑病关节炎患者	探讨EREs在早期类风湿性关节炎中的表达及其与IFN-α和抗CCP自身抗体的关系	早期类风湿性关节炎患者的全血和滑膜组织，以及早期银屑病关节炎患者的循环淋巴细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	RT-PCR, Nanostring, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因表达数据	22例eRA滑膜组织样本，56例全血样本，以及eRA和ePsA患者的循环淋巴细胞亚群
243	2024-12-18	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2024-Dec-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学，分析了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的肿瘤生态系统	首次详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并发现了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其细胞间通讯的增强	NA	探讨肝动脉灌注化疗（HAIC）对肝细胞癌（HCC）多细胞生态系统的影响	HAIC治疗前后的肝细胞癌（HCC）肿瘤样本	数字病理学	肝细胞癌	单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	HAIC治疗前后的肝细胞癌（HCC）肿瘤样本
244	2024-12-18	Spatial patterns and MRI-based radiomic prediction of high peritumoral tertiary lymphoid structure density in hepatocellular carcinoma: a multicenter study 2024-Dec-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009879 PMID:39675785	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中高密度肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）的空间模式，并开发了一种基于MRI的放射组学分类器，用于预测pTLS密度	本研究首次通过空间转录组学和RNA测序数据识别了pTLS密度的关键调控因子，并开发了一种基于放射组学的非侵入性分类器，用于预测肝细胞癌中的pTLS密度	本研究的样本主要来自多中心回顾性数据，未来需要进一步的前瞻性研究来验证结果	阐明肝细胞癌中pTLS密度的生物学差异，并开发一种放射组学分类器，用于预测pTLS密度，为临床诊断和治疗提供新见解	肝细胞癌患者的肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）密度	数字病理学	肝癌	空间转录组学、RNA测序、放射组学	机器学习算法	图像、基因表达数据	660名接受手术治疗的肝细胞癌患者，包括307名训练集患者、76名时间验证集患者和277名外部验证集患者
245	2024-12-18	scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732 PMID:39687165	研究论文	本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析	scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE）	数据矩阵	20个数据集
246	2024-12-18	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2024-Dec-14, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了高海拔和低海拔牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	揭示了高海拔牦牛肺泡II型上皮细胞在免疫调节、粘附和代谢活动方面的增强，以及其在高海拔环境下的适应机制	NA	探讨肺泡II型上皮细胞在高海拔环境下的适应机制	高海拔和低海拔牦牛的肺泡II型上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）牦牛的肺组织样本
247	2024-12-18	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2024-Dec-12, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	研究了Capsella果实形状的形成机制，揭示了SHOOTMERISTEMLESS转录因子结合位点的进化对果实形状决定的影响	通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定基于细胞生长和细胞分裂的动态变化，并发现了auxin诱导的机制，最终由一个cis-调控元件决定	研究仅限于Capsella物种，未探讨其他物种中类似机制的普遍性	探讨果实形状形成的分子机制	Capsella果实的形状形成	植物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个Capsella物种的样本
248	2024-12-18	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文对商业化的单细胞和空间组学技术进行了动态回顾，涵盖了从基础技术到新兴方法的广泛内容	本文提供了对新兴技术的深入分析，并强调了这些技术在制药研究和学术研究中的应用潜力	NA	了解单细胞和空间组学技术的快速发展，以推动生物医学研究和药物开发	商业化的单细胞和空间组学技术平台	NA	NA	单细胞技术、空间组学技术、微流控技术、板式方法、组合索引、下一代测序、基于成像的空间转录组学	NA	NA	NA
249	2024-12-18	Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing 2024-Dec-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159 PMID:39681052	研究论文	本文比较了三种酶（Trypsin、TrypLE 和 Liberase）用于小鼠新生表皮单细胞 RNA 测序的消化协议，以优化细胞分离方法	首次系统比较了不同酶在新生小鼠表皮单细胞 RNA 测序中的效果，发现不同酶对细胞群的富集存在显著差异	本文仅比较了三种酶的效果，未探讨其他可能的消化方法	优化新生小鼠表皮单细胞 RNA 测序的消化协议，以获得更全面的细胞群信息	新生小鼠表皮中的角质形成细胞	单细胞测序	NA	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	新生小鼠表皮样本
250	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	研究探讨了化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中T细胞耗竭的影响，揭示了化疗诱导的髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次揭示了化疗后髓系细胞网络（Myelonets）对CD8 T细胞耗竭的影响，并发现NECTIN2-TIGIT信号通路在化疗诱导的T细胞耗竭中的作用	研究样本量有限，且仅针对高级别浆液性卵巢癌，可能无法推广到其他类型的癌症	探讨化疗对高级别浆液性卵巢癌中抗肿瘤免疫的影响，并寻找潜在的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本中的免疫细胞状态及其在化疗前后的变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	117个高级别浆液性卵巢癌样本，包括化疗前后的样本
251	2024-12-18	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Dec-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏性气道炎症期间气道伤害感受神经元的分子变化，并识别了驱动这种重编程的信号	首次揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在过敏性气道炎症中驱动伤害感受神经元重编程的作用，并发现了NPY1R在限制伤害感受神经元活性中的补偿机制	研究主要基于小鼠模型，结果的外推性可能有限	研究过敏性气道炎症期间气道伤害感受神经元的重编程机制	气道伤害感受神经元及其在过敏性气道炎症中的分子变化	NA	哮喘	逆行示踪和谱系报告技术，单细胞RNA测序	NA	RNA	使用卵清蛋白小鼠模型进行研究
252	2024-12-18	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究探讨了雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌模型中性别特异性免疫特征	首次通过单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学和流式细胞术揭示了雌激素受体阳性乳腺癌模型中性别特异性的激素和免疫微环境差异	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类乳腺癌患者尚需进一步验证	探讨乳腺癌模型中性别特异性的免疫反应及其对肿瘤进展和生存的影响	雌激素受体阳性乳腺癌模型中的性别特异性免疫特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学、流式细胞术	NA	基因表达数据、组织图像、细胞数据	雌性和雄性ER+乳腺癌小鼠模型
253	2024-12-18	spatialGE is a User-Friendly Web Application that Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2024-Dec-05, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的用户友好型网络应用程序，旨在简化空间转录组数据分析	开发了一个用户友好型的网络应用程序spatialGE，使不具备编程技能的研究人员也能进行复杂的空间转录组数据分析	未提及	开发一个简化空间转录组数据分析的工具，使更多研究人员能够利用这一技术	空间转录组数据分析	生物信息学	皮肤癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	包括来自黑色素瘤转移患者的10X Visium样本和来自默克尔细胞癌患者的Nanostring CosMx视野样本
254	2024-12-18	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本文研究了多核巨细胞（MNGCs）在卵巢衰老中的作用及其独特的免疫和降解相关的分子特征	首次通过深度分析定义了卵巢多核巨细胞的存在及其转录组特征，揭示了其在衰老过程中的复杂网络和独特功能	多核巨细胞的生物活性高度依赖于上下文，且其大尺寸限制了通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	探讨多核巨细胞在卵巢衰老中的功能及其分子特征	多核巨细胞在衰老卵巢中的存在及其转录组特征	NA	NA	激光捕获显微切割技术	NA	转录组	小鼠和非人灵长类卵巢样本
255	2024-12-18	Single-Cell RNA Sequencing of PBMCs Identified Junction Plakoglobin (JUP) as Stratification Biomarker for Endometriosis 2024-Dec-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313071 PMID:39684780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现Junction Plakoglobin (JUP)作为诊断和分层标志物的潜力	首次构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现JUP在子宫内膜异位症和卵巢癌患者血清中的显著升高，增强了诊断的特异性	敏感性较低，仅为19%	识别子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的独特特征，并开发非侵入性早期诊断工具	子宫内膜异位症患者的外周血单核细胞和JUP作为诊断标志物	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	107,964个细胞和199名患者（包括20名卵巢癌患者）
256	2024-12-18	Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626438 PMID:39677822	研究论文	本研究开发了一种新的策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2以及双重SMAD和WNT抑制，将人类多能干细胞高效分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型，并利用单细胞测序技术揭示了这些神经元的异质性和命运调控机制	本研究创新性地整合了转录因子过表达和双重SMAD及WNT抑制策略，显著提高了人类多能干细胞向GABA能神经元的分化效率和多样性，并揭示了不同GABA能神经元亚型的基因表达特征及其与神经发育和精神疾病的关联	本研究主要集中在体外模型，尚未在体内验证这些GABA能神经元的功能和病理相关性	开发一种高效且多样化的方法，将人类多能干细胞分化为GABA能神经元，用于神经发育和精神疾病的疾病建模	人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在神经发育和精神疾病中的作用	神经科学	神经发育障碍	单细胞测序	NA	基因表达数据	多种人类多能干细胞系衍生的GABA能神经元类型
257	2024-12-18	Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq 2024-Dec-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313044 PMID:39684755	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序，并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分	首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序，并识别出一系列具有预测价值的代谢酶	研究仅限于肝母细胞瘤，未探讨其他类型的儿童肝癌	探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制	肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	Elasticnet	RNA	使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据，以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据
258	2024-12-18	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究通过实验性牙周炎模型探讨了中性粒细胞在性别二态性中的作用	首次揭示了中性粒细胞在性别特异性牙周炎进展中的机制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	通过阐明性别特异性机制来改善牙周疾病的治疗	男性和女性小鼠的牙周炎进展	NA	牙周疾病	流式细胞术，单细胞测序	NA	图像，免疫细胞数据	至少5只小鼠，以及人类牙周炎患者的单细胞测序数据
259	2024-12-18	Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.28.625773 PMID:39677817	研究论文	本研究探讨了大型语言模型（LLMs）在空间转录组数据分析和解释中的潜力，特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用	本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力，能够结合高级模式识别与广泛的知识整合，增强数据解释能力	目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性	探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用，以加速将空间转录组数据转化为生物学见解	小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组	LLM（大型语言模型）	基因表达数据	小鼠黑色素瘤肿瘤模型
260	2024-12-18	Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625263 PMID:39677722	研究论文	研究在移植后的小鼠和人类中，CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运	首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用，并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性	研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上，可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性	探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运	小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类样本