单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-22	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种新的超图神经网络模型HGGEP，用于从组织学图像预测基因表达	HGGEP模型通过梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知，并利用注意力机制和多尺度特征关联来提高预测性能	NA	基于成本效益高的组织学图像预测基因表达	组织学图像和基因表达数据	数字病理学	癌症和肿瘤疾病	超图神经网络	HGGEP	图像	多个疾病样本数据集
242	2025-07-22	Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110715 PMID:39262791	研究论文	本研究利用GWAS数据探索冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病之间的遗传关系	通过统计遗传学方法识别CAD与多种自身免疫性疾病之间的相关性和因果性SNP，并利用单细胞RNA测序技术解析冠状动脉粥样硬化斑块中的细胞类型	未提及样本量具体数据，且可能受限于GWAS数据的覆盖范围	揭示CAD与自身免疫性疾病的遗传关联机制	冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病	遗传学	冠状动脉疾病	GWAS, CPASSOC, MR, COLOC, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
243	2025-07-22	NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma 2024-09-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023529 PMID:38875515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞，揭示了NK细胞在骨髓和外周血中的转录组变化及其与患者预后的关联	首次在多发性骨髓瘤患者中发现CD16/CD226Lo NK细胞的积累及其与不良预后的关联	样本量较小（10名患者和10名健康捐赠者），且部分分析基于回顾性队列	研究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的功能缺陷及其对预后的影响	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10名多发性骨髓瘤患者和10名健康捐赠者，以及177名患者的回顾性队列
244	2025-07-22	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增生性肿瘤（MPN）中作为免疫抑制机制的新途径，并提出了靶向该轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析虽涉及四个独立队列，但具体样本量未明确说明	探究致癌性CALRdel52对骨髓微环境的影响及其在免疫逃逸中的作用	骨髓增生性肿瘤（MPN）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	RNA测序数据、流式细胞术数据	四个独立患者队列（具体数量未说明）和小鼠模型
245	2025-07-22	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	research paper	该研究提出了一种新型非侵入性小鼠模型，用于模拟新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了发育延迟和运动缺陷与单核细胞炎症通路的激活	首次将母体免疫激活（MIA）与产后缺氧结合，创建了一种非侵入性HIE模型，揭示了炎症基因上调及微胶质细胞亚群的变化	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，而HIE在临床上具有异质性，可能导致不同的人类结果	开发一种新型非侵入性小鼠模型，用于研究HIE的发病机制及潜在治疗靶点	新生小鼠	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了新生小鼠作为研究对象
246	2025-07-22	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞克隆谱系的进化历史，包括体细胞高频突变和类别转换重组	TRIBAL算法首次同时考虑了体细胞高频突变和类别转换重组，相比现有方法能更全面、准确地重建B细胞谱系树	NA	改进B细胞谱系追踪，用于疫苗反应建模、疾病进展研究和治疗性抗体识别	B细胞克隆谱系	生物信息学	NA	scRNA-seq	TRIBAL算法	单细胞RNA测序数据	NA
247	2025-07-22	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序与空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路如何介导免疫反应并预测免疫治疗疗效	首次在MCC中识别出CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞作为免疫检查点阻断（ICB）反应的临床可操作生物标志物和治疗靶点	样本量虽为迄今最大但仍有限（116例患者），且需要进一步验证这些生物标志物的临床实用性	探索MCC中预测ICB疗效的生物标志物和免疫机制	默克尔细胞癌（MCC）患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116例患者的186份样本（包括14对ICB治疗前后匹配样本）
248	2025-07-22	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析验证了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物的作用	首次全面揭示了ZBP1在HNSCC中的预后价值和免疫治疗相关性	验证队列样本量较小(66例肿瘤样本和37例对照)	探索ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在功能	头颈部鳞状细胞癌患者	癌症基因组学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库数据+独立验证队列(66例肿瘤样本和37例对照)
249	2025-07-22	Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009160 PMID:39214650	研究论文	本研究探讨了eganelisib联合免疫检查点抑制剂疗法和化疗在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的作用，特别是对肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的影响	首次报告了eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的转化分析结果，包括配对肿瘤活检数据	样本量相对较小（n=11-18），且为II期临床试验结果，需要更大规模的验证	评估eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌治疗中的效果和机制	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	多重免疫荧光、GeoMx数字空间转录组分析、流式细胞术、多重细胞因子分析	NA	肿瘤活检组织、外周血样本	11-18例患者的配对肿瘤活检样本
250	2025-07-22	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	research paper	介绍了一种名为空间图傅里叶变换（SpaGFT）的方法，用于空间组学数据的表示和分析	提出了一种新的解释性图表示方法，能够识别空间可变基因并提高基因表达插补的准确性	未提及具体的数据规模或计算资源需求	探索组织生物学和功能的空间组学数据分析	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据	空间组学	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	NA	空间转录组数据、空间蛋白质组数据	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据
251	2025-07-22	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞中识别细胞身份基因	SCIG方法利用遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未提及具体局限性	解析细胞身份基因以理解细胞分化、发育及与细胞身份失调相关的疾病	血管内皮细胞	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习	基因表达数据	人类内皮细胞图谱
252	2025-07-22	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	研究提出了一种通过吸入干细胞外泌体促进心肌梗死后心脏修复的非侵入性治疗方法	首次报道了通过吸入方式递送干细胞外泌体的治疗方法（SCENT），并揭示了内皮细胞CD36敲除对心脏损伤的改善作用	研究主要基于动物模型，尚未进行人体临床试验	探索心肌梗死后心脏修复的新型治疗方法	心肌梗死模型小鼠和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像	EC-Cd36fl/-条件性敲除小鼠模型	影像数据、基因表达数据	小鼠和猪的心肌梗死模型
253	2025-07-22	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤（ATI）严重程度相关的生物标志物	利用SomaScan蛋白质组学平台和多组学方法，首次在多个队列研究中鉴定出与ATI相关的156种血浆蛋白	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小	开发非侵入性生物标志物用于ATI早期检测和药物开发	肾小管损伤相关的血浆蛋白质	生物医学	肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学和蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	蛋白质组学数据、转录组学数据	434例经活检确诊的肾病患者（主要队列），KPMP研究44例，ARIC研究4610例，CHROME研究268例
254	2025-07-22	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本研究探讨了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用机制，并发现其通过不同方式调控OCT4和KLF4活性，影响细胞向有益或有害类型的转化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究Epsins蛋白在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关联	平滑肌细胞及其重编程过程	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本及人类冠状动脉疾病相关数据
255	2025-07-22	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	research paper	介绍了一个名为FUSION的基于网络的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的关联	开发了一个集成的网络工具，结合深度学习和可视化技术，用于分析空间组学数据及其相关的高分辨率组织学图像	未提及具体的技术验证或用户反馈数据	连接分子和组织病理学特征，提供一个统一的工作空间以促进生物学机制的深入理解	健康与病变组织的空间转录组数据（FFPE和冷冻制备样本）	digital pathology	NA	空间转录组学（ST）	deep learning-based algorithms	image, spatial -OMICS data	未明确提及具体样本数量，但包括FFPE和冷冻制备的健康与病变组织数据集
256	2025-07-22	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序整合流程，用于表征肿瘤发生过程中的肿瘤细胞状态转变	开发了一种半监督分析流程，用于研究胰腺上皮内瘤变（PanINs）向胰腺导管腺癌（PDAC）的转变过程，并利用空间转录组学技术揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在PanINs附近的定位及其在肿瘤进展中的作用	研究依赖于福尔马林固定和石蜡包埋（FFPE）样本，这可能限制了单细胞水平上对人类PanINs及其微环境的全面表征	解析胰腺癌发生过程中的细胞状态转变和微环境变化	胰腺上皮内瘤变（PanINs）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序、高维成像蛋白质组学和转录组学技术	半监督学习框架	空间多组学数据	一组匹配的低级别（LG）和高级别（HG）PanIN病变样本
257	2025-07-22	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	结合代谢组学、组织学和单细胞转录组学及多重成像方法，首次开发了基于机器学习的模型预测转移结果	样本量较小（49例胰腺癌患者和19例对照组），需要更大规模的研究验证	预测胰腺癌患者的转移风险和器官特异性转移	早期胰腺癌患者和对照组非癌性胰腺病变患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	组织样本、代谢组数据、转录组数据、图像数据	49例胰腺癌患者和19例对照组
258	2025-07-22	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫亚群	首次在活体患者中鉴定了与心肌炎和肌炎相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群，并发现IL1B+TNF+髓系细胞与更严重的毒性和不良临床结果相关	样本量较小（n=10心肌炎加肌炎患者，n=1单纯心肌炎患者，n=9对照组）	揭示免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制	接受免疫检查点疗法治疗并出现心肌炎和/或肌炎的癌症患者	免疫学	心肌炎和肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据和免疫组织化学数据	20例（10例心肌炎加肌炎患者，1例单纯心肌炎患者，9例对照组）
259	2025-07-22	A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.15.603542 PMID:39071399	研究论文	本研究探讨了小肠中一种罕见且独特的分泌细胞群CHEs的命运决定机制，揭示了Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用	首次发现Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用，用于区分CHEs与其他分泌细胞类型	研究主要基于大鼠模型，人类数据验证有限	阐明小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制	大鼠和人类小肠中的CHEs细胞	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序，伪时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
260	2025-07-22	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了甲状腺激素信号过度对小鼠视锥细胞光转导和线粒体生物能量学的损害及其诱导的细胞应激	首次使用单细胞RNA测序技术揭示甲状腺激素信号过度对视锥细胞转录组的影响，发现了光转导和氧化磷酸化受损及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究甲状腺激素信号过度诱导视锥细胞退化的分子机制	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	155,866个单细胞，其中视锥细胞占4.1%