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当前共找到 33724 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-12-05 |
Deciphering precursor cell dynamics in esophageal preneoplasia via genetic barcoding and single-cell transcriptomics
2025-Dec-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509534122
PMID:41337486
|
研究论文 | 本研究通过结合遗传条形码技术和单细胞RNA测序，追踪食管癌前病变细胞的谱系，揭示了一个具有高可塑性的前体样细胞群及其在肿瘤发生早期的作用 | 首次将遗传条形码与单细胞转录组学结合，用于追踪食管癌前病变细胞的起源和轨迹，并识别出高可塑性前体细胞及其分子标记 | NA | 阐明食管癌前病变中前体细胞的起源、轨迹和可塑性，以理解早期肿瘤发生机制 | 食管癌前病变细胞 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 242 | 2025-12-05 |
Comparing great apes reveals human-specific ZEB2 roles in neural development
2025-Dec-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf318
PMID:41340546
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研究论文 | 本研究通过比较人类、黑猩猩和猩猩的ZEB2转录因子调控差异，揭示了人类特异性神经发育调控网络 | 首次在可控细胞系统中检测到跨物种ZEB2调控差异，并发现人类ZEB2调控更多神经发育相关基因，特别是非编码基因的富集 | 研究主要使用B淋巴细胞样细胞系作为模型，虽验证于脑类器官，但仍需更多直接神经组织验证 | 探究人类与其他灵长类在转录调控层面的进化差异 | 人类、黑猩猩、猩猩的B淋巴细胞样细胞及脑类器官数据 | 基因组学与进化生物学 | NA | 转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、单细胞转录组数据 | 三种大猿物种的B淋巴细胞样细胞系（含生物学重复） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2025-12-05 |
Pericytes and Lung Vascular Remodeling
2025-Dec-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322518
PMID:41342143
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综述 | 本文综述了周细胞在肺血管重塑中的作用，特别是在肺动脉高压中的病理生物学机制 | 利用单细胞RNA测序技术识别了新的特异性周细胞标记物，揭示了周细胞亚型，并阐明了其在缺氧信号、TGF-β等机制下的表型转换 | 周细胞由于与其他壁细胞共享标记物和谱系关系，在单细胞数据集中存在识别重叠和代表性不足的问题 | 探讨周细胞在肺血管重塑和肺动脉高压病理生物学中的角色及潜在治疗靶点 | 周细胞（毛细血管壁细胞）及其在肺等器官中的功能 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2025-12-05 |
Endothelial ADAR1 Deficit Induces the NOCT-IRF7 Axis in Pulmonary Hypertension
2025-Dec-04, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326277
PMID:41342206
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的ADAR1缺乏通过上调NOCT表达，激活肺内皮细胞干扰素信号通路，导致细胞凋亡并促进肺动脉高压的发病机制 | 首次发现ADAR1通过RNA编辑调控NOCT基因表达，并建立了ADAR1-NOCT轴在肺动脉高压中的关键作用机制 | 研究主要基于体外细胞和动物模型，人类样本验证相对有限，且具体RNA编辑位点的功能机制需进一步阐明 | 阐明ADAR1依赖性RNA编辑在调控肺内皮细胞病理表型和肺动脉高压发病中的功能和靶点 | 肺内皮细胞、人类和小鼠肺动脉高压模型 | 分子生物学 | 肺动脉高压 | RNA测序、单细胞RNA测序、腺相关病毒表达 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | 人类肺动脉高压肺组织、缺氧PH小鼠模型、多种啮齿动物疾病模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2025-12-05 |
Identification of CD7 as a novel biomarker of embryonal hepatoblastoma
2025-Dec-04, Pediatric surgery international
IF:1.5Q3
DOI:10.1007/s00383-025-06255-9
PMID:41343061
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研究论文 | 本研究通过多种生物信息学分析和免疫组化染色，探讨了CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为新型生物标志物的潜力 | 首次将CD7鉴定为胚胎型肝母细胞瘤的新型生物标志物，并揭示其与肿瘤进展和不良临床结局的关联 | 研究主要基于回顾性分析，需要进一步的前瞻性验证和功能实验来确认CD7的生物学作用 | 研究CD7在肝母细胞瘤中的表达及其作为生物标志物的潜力 | 人类肝母细胞瘤样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学分析, 免疫组化染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2025-12-05 |
ScisTree2 enables large-scale inference of cell lineage trees and genotype calling using efficient local search
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280542.125
PMID:40903391
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研究论文 | 本文介绍了ScisTree2，一种基于无限位点模型、用于大规模细胞谱系树推断和基因型调用的快速准确方法 | ScisTree2是首个能够处理数万或更多细胞数据集的基于模型的细胞谱系树推断和基因型调用方法，并采用高效局部搜索优化树结构 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞数据中准确推断细胞谱系树并进行基因型调用的计算方法 | 单细胞测序数据中的细胞谱系树和基因型 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 无限位点模型 | 单细胞测序数据 | 数万或更多细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2025-12-05 |
Label-free selection of marker genes in single-cell and spatial transcriptomics with geneCover
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280539.125
PMID:41224531
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为geneCover的无标签组合方法，用于在单细胞RNA测序和空间转录组学数据中选择最优的标记基因面板 | 提出了一种基于基因-基因相关性的无标签组合方法，能有效识别稀有细胞类型或微妙空间模式的标记基因，并具有出色的可扩展性 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一种无标签的标记基因选择方法，以捕获单细胞和空间转录组学数据中的细胞和空间异质性 | 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的标记基因面板 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 组合方法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 248 | 2025-12-05 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms with LLOKI
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280803.125
PMID:41233159
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LLOKI的新型框架，用于整合不同平台的空间转录组学数据，无需共享基因面板 | LLOKI通过最优传输引导的特征传播和基于图的插补技术，解决了跨平台ST数据整合中基因面板差异、数据稀疏性和技术变异性的挑战，并利用scGPT等单细胞基础模型生成统一特征 | 未在摘要中明确说明 | 开发一个能够整合不同平台空间转录组学数据的统一框架，以促进对组织结构和细胞相互作用的深入理解 | 小鼠脑组织样本和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | scGPT（单细胞基础模型），基于图的插补模型 | 空间转录组学数据，单细胞RNA测序数据 | 来自五种不同技术的小鼠脑样本，以及五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 249 | 2025-12-05 |
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280555.125
PMID:41249066
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SIID的算法，用于整合不同空间转录组学平台的数据，以进行基因表达的插补和解卷积 | SIID算法通过联合非负因子分解模型，结合空间对齐，能够同时处理基因表达缺失和细胞类型特异性表达推断，在模拟和真实数据中均表现出优于现有工具的性能 | NA | 整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现基因表达的准确插补和解卷积 | 空间转录组学数据，特别是来自10x Genomics Visium和Xenium平台的人类乳腺癌和结肠癌组织切片 | 空间转录组学 | 乳腺癌，结肠癌 | 空间转录组学 | 联合非负因子分解模型 | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium平台测量多细胞大小点的全转录组，10x Xenium平台在亚细胞分辨率下测量数百个基因 |
| 250 | 2025-12-05 |
Optimal marker genes for c-separated cell types with SepSolve
2025-Dec-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280637.125
PMID:41067889
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SepSolve的新方法，用于在单细胞RNA-seq研究中识别细胞类型，通过优化选择标记基因以实现细胞类型的c-分离 | 引入c-分离概念，并设计线性规划模型，在考虑细胞类型内表达变异的同时避免处理所有细胞对，从而高效计算最优标记基因集 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一种高效且稳定的标记基因选择方法，以准确区分单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型及其标记基因 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA-seq | 线性规划 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2025-12-05 |
Genome and Single-Cell Transcriptome Reveal the Evolution of Holoparasitic Plants: A Case Study of Cistanche deserticola
2025-Dec-03, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70464
PMID:41334776
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研究论文 | 本研究构建了肉苁蓉首个染色体级别基因组图谱，并结合单细胞转录组揭示了全寄生植物在基因组和细胞层面的进化机制 | 首次构建肉苁蓉染色体级别基因组图谱，通过单细胞转录组技术鉴定出寄生过程相关的细胞类型及其阶段特异性分化 | 研究主要聚焦于单一物种肉苁蓉，其进化机制在其他全寄生植物中的普适性有待进一步验证 | 探究全寄生植物在分子和细胞水平的进化机制 | 肉苁蓉（Cistanche deserticola），一种典型的濒危全寄生植物 | 植物基因组学与单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，基因组测序 | NA | 基因组序列数据，单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及肉苁蓉的基因组和单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 252 | 2025-12-05 |
IL-8-Induced Tumor Self-Rampart Spatially Confines Oncolytic Virotherapy in Glioblastoma
2025-Dec-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf276
PMID:41339296
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研究论文 | 本研究揭示了胶质母细胞瘤通过IL-8诱导的肿瘤自我壁垒（TSR）来空间限制溶瘤病毒疗法的机制，并提出了克服该耐药性的策略 | 首次发现并命名了肿瘤自我壁垒（TSR）这一空间防御结构，揭示了IL-8驱动的旁分泌信号在限制溶瘤病毒传播中的关键作用，并提出了IL-8作为药效学生物标志物和治疗靶点的双重功能 | 研究主要基于PDX模型和有限的患者样本，临床转化效果需进一步大规模试验验证 | 探究胶质母细胞瘤中限制溶瘤病毒持续复制和传播的分子与空间机制，并开发改善疗效的组合策略 | 胶质母细胞瘤、溶瘤腺病毒YSCH-01、患者来源异种移植（PDX）模型、肿瘤细胞 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学、全基因组CRISPR激活筛选、组织学分析 | NA | 空间转录组数据、组织图像数据 | PDX模型和患者肿瘤样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 253 | 2025-12-05 |
Single-cell multi-omic landscape reveals anatomical-specific immune features in adult and pediatric sepsis
2025-Dec-03, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02345-x
PMID:41339491
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析，揭示了成人和儿童脓毒症中解剖部位特异性和年龄特异性的免疫特征 | 首次整合单细胞转录组、T/B细胞受体测序、CITE-seq、bulk RNA测序和血浆蛋白质组学，系统描绘了不同感染部位（腹部、肺部、皮肤）和年龄（成人、儿童）脓毒症的免疫图谱，并鉴定出NR4A2中央记忆CD4 T细胞等关键细胞亚群及其功能 | 研究主要基于外周血样本，未直接分析感染局部组织；样本量虽较大但可能仍不足以覆盖所有脓毒症亚型；部分机制验证依赖于动物模型或体外实验 | 阐明不同解剖部位感染如何塑造脓毒症的免疫反应特征，并探索年龄相关的免疫差异 | 成人和儿童脓毒症患者及对照个体的外周血单个核细胞和血浆 | 单细胞多组学 | 脓毒症 | 单细胞转录组测序, 单细胞T/B细胞受体测序, CITE-seq, bulk RNA测序, 血浆蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 | 281名成人和儿童个体（脓毒症患者及对照），并在164名独立个体中验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 254 | 2025-12-05 |
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02811-9
PMID:41339526
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研究论文 | 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集，评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的性能，并提出了标准化操作流程和开源软件SpatialQM，以促进数据评估和可重复性 | 首次为成像空间转录组学技术建立了标准化评估指标和操作流程，并开发了开源软件SpatialQM，支持跨平台数据比较和细胞注释插补 | 研究仅基于Xenium和CosMx两个平台，可能未涵盖所有成像空间转录组学技术；样本类型和数量有限，可能影响通用性 | 评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能，并建立标准化指标以促进数据整合和分析 | 六种组织类型的空间转录组学数据，包括公共和新生成的Spatial Touchstone数据集 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学，原位杂交技术 | NA | 空间转录组学数据，图像数据 | 254个空间剖面，涵盖六种组织类型 | 10x Genomics, NanoString | 成像空间转录组学 | Xenium, CosMx | Xenium和CosMx平台，用于成像空间转录组学分析 |
| 255 | 2025-12-05 |
Multi-omics highlights the impacts of cryptorchidism history on immune microenvironment variation in TGCT
2025-Dec-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04176-6
PMID:41339568
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了隐睾病史对睾丸生殖细胞肿瘤免疫微环境的影响 | 首次结合转录组、DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，系统揭示了隐睾病史如何重塑TGCT的免疫微环境，并识别了关键的hub基因 | 研究样本可能有限，且未详细探讨成人隐睾样本中DNA甲基化变化较少的具体机制 | 探究隐睾病史对睾丸生殖细胞肿瘤生物学过程和免疫微环境的影响 | 正常睾丸组织、隐睾组织和睾丸生殖细胞肿瘤样本 | 数字病理学 | 睾丸生殖细胞肿瘤 | 转录组测序、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析、伪时间轨迹分析 | 转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据 | 包括正常、隐睾和TGCT样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2025-12-05 |
Single-cell sequencing in bladder cancer: new insights from tumor cell diversity to individualized treatment strategies
2025-Dec-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-04094-1
PMID:41339886
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在膀胱癌研究中的应用进展，及其在评估肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗耐药性方面带来的新见解 | 强调了单细胞测序技术相较于传统高通量测序在解析膀胱癌细胞异质性方面的显著优势，为未来研究提供了新的视角 | NA | 探讨单细胞测序技术如何为膀胱癌的个体化治疗策略提供新的见解 | 膀胱癌 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-12-05 |
Spatial transcriptomics analysis uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje cells underlying alcohol-induced cerebellar neurodegeneration in mice
2025-Dec-03, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02162-1
PMID:41339935
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺陷的Purkinje细胞中ER应激在酒精诱导的小鼠小脑神经退行性变中的作用 | 首次利用PC特异性MANF敲除小鼠模型，结合空间转录组学和高通量原位分析，揭示了MANF在酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的保护作用，并发现了性别特异性差异 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；性别差异的分子机制尚未完全阐明 | 探究MANF在保护Purkinje细胞免受酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的作用 | PC特异性MANF敲除小鼠模型，成年动物 | 数字病理学 | 酒精使用障碍 | 空间转录组学，高通量原位分析 | NA | 基因表达数据，空间转录组数据 | PC特异性MANF敲除小鼠，性别分组（雌性和雄性） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 高通量Xenium原位分析平台 |
| 258 | 2025-12-05 |
Integrative multi-omics identifies endoplasmic reticulum stress-related prognostic biomarkers and CD99-mediated cell-cell communication in lung adenocarcinoma
2025-Dec-03, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003888
PMID:41342545
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、批量RNA测序和空间转录组学数据，全面分析了内质网应激在肺腺癌中的异质性及其对肿瘤微环境重塑和细胞间通讯网络的影响 | 首次系统性地将内质网应激与肺腺癌的异质性、肿瘤微环境重塑及细胞间通讯网络联系起来，并识别出CD99介导的细胞间通讯作为关键调控机制 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限，且临床样本的多样性和规模可能影响结果的普适性 | 探究内质网应激对肺腺癌进展、免疫逃逸和耐药性的影响，并识别相关的预后生物标志物和治疗靶点 | 肺腺癌患者样本及相关基因表达数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, qPCR | 机器学习模型 | 转录组数据, 空间表达数据 | 未明确指定样本数量，但涉及肺腺癌患者病例 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2025-12-05 |
Ligustrazine attenuates ferroptosis in proximal straight tubule cells via IGF2BP1-Odc1 regulation in a CKD model
2025-Dec-03, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004073
PMID:41342566
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研究论文 | 本研究探讨了川芎嗪通过调控IGF2BP1-Odc1通路减轻慢性肾病模型中近端直小管细胞铁死亡的作用机制 | 首次将川芎嗪的作用靶点锁定为IGF2BP1，并揭示了其通过影响m6A修饰的Odc1 mRNA稳定性来抑制铁死亡的新机制 | 研究主要基于大鼠模型和原代细胞，临床转化仍需进一步验证；机制研究集中在IGF2BP1-Odc1轴，可能存在其他通路 | 评估川芎嗪治疗慢性肾病的有效性并阐明其分子机制 | 慢性肾病大鼠模型、原代近端直小管细胞 | 分子生物学与病理学 | 慢性肾病 | LC-MS/MS分析、单细胞测序、基因过表达与敲低 | 动物疾病模型、细胞损伤模型 | 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据、分子表达数据 | 大鼠模型（对照组、CKD组、川芎嗪干预组）及原代细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2025-12-05 |
Delta-like ligand 4 mediated myeloid-derived suppressor cell metabolic reprogramming promotes neoadjuvant therapy resistance in titin-inactivated triple-negative breast cancer
2025-Dec-02, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00372-6
PMID:41326912
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研究论文 | 本研究揭示了Titin失活通过DLL4-MCT4轴调控髓源性抑制细胞代谢重编程，促进三阴性乳腺癌新辅助治疗耐药的机制 | 首次定义了“Titin失活”状态，并发现其通过DLL4增强MDSCs的糖酵解功能，驱动肿瘤免疫逃逸和治疗抵抗 | 研究主要基于临床样本和动物模型，尚未在更大规模人群中验证，且机制细节需进一步探索 | 探究Titin失活如何调控免疫逃逸并影响三阴性乳腺癌的治疗抵抗 | 三阴性乳腺癌患者样本、基因编辑的TNBC细胞系、原位MCT4基因修饰小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 全外显子组测序、单细胞转录组测序、空间转录组测序、CRISPR-Cas9基因编辑、糖酵解相关分子实验 | 基因修饰小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及TNBC患者临床样本和多种细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、全外显子组测序 | NA | NA |