单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 43167 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-09-09 |
Analyzing cell-type-specific isoform expression using IsoDiffR and long-read single-cell RNA sequencing
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf664
PMID:41400872
|
research paper | 介绍了IsoDiffR这一识别与基因或主要异构体表达模式不同的RNA异构体的工具，并在模拟和真实长读长单细胞RNA测序数据上进行了验证 | 开发了IsoDiffR，能够识别在细胞类型间与相应基因或主要异构体表达模式不同的RNA异构体，支持成对和多细胞类型比较，并揭示了传统方法无法检测到的细胞类型特异异构体 | 摘要未明确说明局限性 | 开发一种工具，利用长读长单细胞RNA测序数据识别细胞类型特异性的异构体表达，以提供单细胞水平上基因表达调控的新视角 | 长读长单细胞RNA测序数据，包括模拟数据、食蟹猴角膜缘和人额叶皮层样本 | 基因组学 | 不适用 | 长读长单细胞RNA测序 | 不适用 | 序列数据 | 不明确，但包括模拟数据、食蟹猴角膜缘和人额叶皮层样本 | 不明确 | 单细胞RNA测序 | 不明确 | 不适用 |
| 242 | 2026-09-09 |
scSurv: a deep generative model for single-cell survival analysis
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf671
PMID:41429574
|
研究论文 | 介绍了一种名为scSurv的深度生成模型，结合Cox比例风险模型分析单细胞转录组，以估计单个细胞对临床结果的贡献 | 首次在单细胞分辨率上揭示肿瘤内细胞异质性如何影响癌症患者生存，通过深度生成模型结合Cox模型识别预后相关细胞和基因 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于数据集的规模和适用性，以及模型对复杂微环境的解释能力 | 开发一种量化单个细胞对临床结果影响的框架，以应用于癌症和传染病研究 | 单细胞转录组数据，包括模拟和真实数据集，涉及黑色素瘤、肾细胞癌及多种癌症和传染病 | 机器学习 | 癌症（黑色素瘤、肾细胞癌等）及传染病 | 单细胞转录组测序和空间转录组学 | 深度生成模型结合Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | 文中未提供具体样本数量，但使用了模拟和真实数据集，包括黑色素瘤和肾细胞癌等 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 243 | 2026-09-09 |
CellCraft: an extensible visual programming application for gene regulatory network inference
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf684
PMID:41452748
|
研究论文 | 介绍CellCraft，一个用于基因调控网络推断的可扩展可视化编程应用程序 | 提供可视化编程接口，简化多步骤分析设计，模块化插件架构增强可扩展性 | 摘要中未提及具体限制 | 简化从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的工作流程 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2026-09-09 |
KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis
2026, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨KLHL17在宫颈癌中的表达、预后价值及作为治疗靶点的潜力 | 首次综合运用TCGA数据库、单细胞测序数据和qRT-PCR实验，系统分析KLHL17在宫颈癌中的表达及其与免疫浸润、免疫检查点基因、微卫星不稳定性和药物敏感性的关联 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验，缺乏独立数据集验证和深入的分子机制研究 | 阐明KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 宫颈癌患者样本数据及宫颈癌细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 生物信息分析、单细胞测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、临床数据 | TCGA宫颈癌数据集及GSE145372数据集（具体样本数未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2026-09-09 |
Identification of Drug-resistant Cell Subpopulations in Colorectal Cancer Through Single-cell Analysis and Exploration of Potential Therapeutic Strategies
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中耐奥沙利铂的上皮细胞亚群，并探索潜在的治疗策略。 | 首次通过单细胞分析识别出结直肠癌中特定的耐奥沙利铂上皮细胞亚群EpC2，并结合多组学和cMAP数据库预测潜在干预药物达沙替尼。 | 未提及明显的局限性。 | 揭示结直肠癌耐奥沙利铂的细胞异质性机制并寻找潜在治疗药物。 | 结直肠癌上皮细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自GEO数据库的结直肠癌单细胞RNA-seq数据，外部验证使用GSE76092和GSE179784数据集及TCGA队列。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2026-09-09 |
Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346974
PMID:42008502
|
研究论文 | 本研究整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制，并构建诊断模型 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，系统分析线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用，并建立高精度的诊断模型 | 研究主要基于公开数据集和动物模型，缺乏大规模临床样本验证，诊断模型的临床应用仍需进一步研究 | 探索线粒体自噬在溃疡性结肠炎中的作用机制，并建立诊断模型 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照的转录组数据、小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot | 逻辑回归 | 基因表达数据、单细胞表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2026-09-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346888
PMID:42008609
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术识别缺血再灌注损伤后iTBS相关的小胶质细胞状态变化 | 首次在单细胞水平上揭示iTBS对卒中大鼠模型中小胶质细胞状态和转录程序的影响 | 未明确iTBS作用的具体分子机制，且研究仅在动物模型中进行 | 阐明iTBS在细胞水平上如何缓解卒中后神经功能缺损 | 大鼠中脑动脉闭塞模型中的小胶质细胞及其他神经细胞亚型 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 未提供具体配置细节 |
| 248 | 2026-09-09 |
Long-Read Sequencing Reveals RNA Splicing Complexity in Human Diseases
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0052
PMID:42017050
|
综述 | 本文综述了长读长RNA测序技术在疾病研究中的应用，重点介绍了其在揭示RNA剪接复杂性方面的优势。 | 系统阐述了lrRNA-seq的技术原理和创新，并强调了其在疾病相关剪接失调和新型致病异构体发现中的独特作用。 | 未明确提及，但可能指出lrRNA-seq的高成本和低通量限制（基于综述内容推断） | 评估lrRNA-seq在转录组研究中的优势，并讨论其在疾病诊断和精准医学中的应用前景。 | 长读长RNA测序（lrRNA-seq）技术及其在疾病中的应用。 | 基因表达分析，长读长测序 | 多种疾病，包括与剪接失调相关的疾病 | 长读长RNA测序（lrRNA-seq） | 不适用 | RNA-seq数据 | 不适用（综述文章） | 不明确 | 长读长RNA测序 | 不明确 | 不明确 |
| 249 | 2026-09-09 |
A Ubiquitination-Related Gene Prognostic Signature and the Oncogenic Role of RNF149 in Nasopharyngeal Carcinoma: scRNAseq- Based Bioinformatics and Experimental Validation
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据的泛素化相关基因预后模型构建及RNF149在鼻咽癌中的致癌作用验证 | 首次利用单细胞RNA测序数据筛选泛素化相关基因并构建鼻咽癌预后风险模型，结合体外和体内实验验证RNF149的致癌功能 | 未提及具体局限性，可能缺乏临床样本的独立验证 | 探索泛素化相关基因在鼻咽癌免疫治疗中的预后价值及RNF149的致癌作用 | 鼻咽癌细胞、类器官和荷瘤小鼠模型 | 生物信息学、癌症基因组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序、LASSO算法、定量实时PCR、基因敲低实验 | LASSO回归模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 使用TCGA-HNSC样本和鼻咽癌细胞系（如HK-1、NP69） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 250 | 2026-09-09 |
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-12-26, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10720-0
PMID:41454180
|
综述 | 本文总结冠状动脉钙化30年的研究，涵盖病理机制、技术创新和临床管理，并提出从反应性治疗转向主动血管健康优化的策略 | 整合单细胞测序揭示内膜和 medial 两种CAC亚型及其不同驱动通路，并评估IVL和AI等新技术在临床应用中的创新进展 | 他汀类药物对钙化的双重效应尚不明确，亚型诊断存在空白，且IVL等先进工具在超过70%的资源有限设施中不可用 | 解码冠状动脉钙化的机制、创新和转化策略，以推动精准治疗和预防钙化性心血管疾病 | 冠状动脉钙化的病理过程、细胞亚型、技术干预和临床管理证据 | 心血管医学 | 冠状动脉钙化性心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 文本和文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 251 | 2026-09-09 |
Riemannian Metric Learning for Alignment of Spatial Multiomics
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693237
PMID:41427348
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为流形Gromov-Wasserstein（MGW）的度量学习框架，用于对齐空间多组学数据，能够处理不同模态之间的异构特征空间并整合空间信息。 | MGW框架创新地利用神经场推断模态特定的黎曼度量，并结合Gromov-Wasserstein最优传输进行距离对齐，无需超参数，且具有理论不变性，如对空间和特征域的正交变换及全局特征缩放的鲁棒性。 | 文中未明确提及局限性，但可能涉及计算复杂度高或依赖高质量空间数据。 | 开发一种无需超参数的方法，用于对齐来自不同模态的空间组学数据，同时考虑空间和特征信息，以提高多模态整合的准确性。 | 空间多组学数据，包括基因表达、表观基因组、蛋白质组、代谢组等。 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、空间代谢组学、神经场 | 神经网络（神经场）、Gromov-Wasserstein最优传输 | 空间组学数据（转录组、代谢组等） | 包括小鼠胚胎、结直肠癌、人类纹状体和肾癌样本，具体数量未详述。 | 10x Genomics, 其他未指定 | 空间转录组学, 空间代谢组学-转录组学联合分析 | Xenium, Visium | Stereo-Seq用于小鼠胚胎，Xenium和Visium用于结直肠癌，空间代谢组学-转录组学用于人类纹状体和肾癌。 |
| 252 | 2026-09-09 |
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
|
研究论文 | 介绍QuiCAT，一个用于映射合成序列的可扩展且灵活的计算框架，以分析单细胞和空间转录组学中的合成标签数据 | 开发了一个端到端的Python包，提供参考自由和参考基于两种工作流，在速度和准确性上优于现有工具，并兼容Python生态系统的下游分析 | 未在摘要中明确提及局限性 | 提供一个可扩展且灵活的工具，用于从测序数据中提取、聚类和分析合成标签，以满足大规模应用需求 | 合成细胞标签数据，涵盖群体水平、单细胞和空间转录组学数据集 | 生物信息学 | 不适用 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、合成标签测序 | 聚类算法 | 测序数据（单细胞和空间转录组学） | 未提供具体样本量 | 不适用 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 253 | 2026-09-09 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
|
研究论文 | 提出了FastSCODE，一种在众核处理器上加速SCODE算法的批量计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 通过批量计算和众核并行优化，实现了SCODE算法在GPU等众核处理器上的加速，性能提升达6000倍 | 原文未明确提及局限性 | 加速SCODE算法以高效处理大规模单细胞RNA测序数据 | 基因调控网络推断，基于单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 常微分方程模型 | 基因表达谱 | CeNGEN单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2026-09-09 |
scRegulate: single-cell regulatory-embedded variational inference of transcription factor activity from gene expression
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
|
研究论文 | 开发了scRegulate，一种基于变分推断的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，并构建基因调控网络 | 将实验验证的转录因子-靶基因关系与数据驱动的推断相结合，通过概率潜变量模型逐步适应输入数据，能够捕捉新颖、动态和上下文特异的调控相互作用 | 未明确提及局限性 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性及基因调控网络 | 单细胞转录组数据（包括公开实验数据集、合成数据集、Perturb-seq数据集及人类PBMC单细胞RNA测序数据） | 机器学习, 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分推断生成模型 | 基因表达数据（单细胞RNA测序数据） | 包含公开实验数据集、合成数据集、Perturb-seq数据集及人类PBMC数据，具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 255 | 2026-09-09 |
Guided co-clustering transfer across unpaired and paired single-cell multi-omics data
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf639
PMID:41325188
|
research paper | 介绍了一种名为GuidedCoC的新框架，用于将未配对的scRNA-seq数据中的结构知识转移到配对的scRNA-seq/scATAC-seq多组学数据上，以改进细胞聚类和特征对齐 | 首次提出通过信息论目标函数联合共聚类细胞和特征，在跨模态和跨域间转移结构知识，无需显式注释即可自动对齐细胞群体 | 文中未提及具体局限性 | 解决单细胞多组学数据整合中配对数据稀疏、技术噪声及高质量配对数据有限的问题，提升聚类准确性和生物学可解释性 | 配对的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据以及未配对的单细胞RNA-seq数据 | machine learning | NA | 单细胞多组学测序 | 共聚类模型 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 256 | 2026-09-09 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
|
研究论文 | 提出了一种新的单细胞组装工具Amaranth，通过对UMI读段和内部读段的判别性建模来提高单细胞转录本组装的准确性 | 首次发现UMI读段和内部读段在链特异性、5'/3'覆盖偏差和局部分布上存在显著不同的生物学和统计学特性，并基于此设计了新的启发式算法来分别处理这两类读段的偏差 | NA | 提高单细胞RNA测序中全长转录本重建的准确性，以促进亚型水平表达分析 | 单细胞转录本组装，特别是Smart-seq3数据中的UMI读段和内部读段 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自人类和小鼠的Smart-seq3数据集（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq3 | Smart-seq3协议结合了UMI连接的读段和内部读段 |
| 257 | 2026-09-09 |
ARCADIA Reveals Spatially Dependent Transcriptional Programs through Integration of scRNA-seq and Spatial Proteomics
2025-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.20.689521
PMID:41332705
|
研究论文 | ARCADIA通过整合单细胞RNA测序数据与空间蛋白质组学数据，揭示空间依赖的转录程序，无需细胞条形码配对或特征对应关系 | 提出基于原型聚类和双变分自编码器的跨模态整合框架，无需细胞级条形码配对或直接特征对应，通过原型对齐和跨模态几何正则化实现双向翻译 | 模型依赖半合成基准验证，在真实数据中可能存在细胞类型组成估计误差，且计算复杂度较高 | 开发一种无需先验配对信息的方法，整合单细胞转录组和空间蛋白质组数据，识别空间依赖的细胞状态和转录程序 | 人类扁桃体组织中的细胞，包括B细胞、T细胞等免疫细胞亚群 | 机器学习与生物信息学交叉 | 无特定疾病（健康扁桃体组织） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组学（CODEX） | 双变分自编码器（Dual VAEs） | 单细胞转录组数据、空间蛋白质组图像数据 | 人类扁桃体样本（具体数量未提及） | 未明确提及 | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 258 | 2026-09-09 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
|
综述 | 本文综述了自然语言处理中关于嵌入空间结构特性的理解如何为单细胞数据分析，特别是虚拟细胞模型的构建提供新思路 | 从高维几何角度切入，系统讨论语言模型和单细胞嵌入之间的类比，并提出将语言模型中的可解释性探针和上下文推理技术引入虚拟细胞模型的构建 | 未提供实验验证，仅局限于理论探讨和概念性框架 | 探讨语言模型中嵌入几何学的认识如何改进单细胞数据集的分析，并用于构建细胞图谱和虚拟细胞模型 | 自然语言嵌入和单细胞嵌入在高维空间中的几何结构及其共性 | 自然语言处理, 单细胞分析 | NA | 单细胞测序, 预训练模型 | 基础模型 | 文本, 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2026-09-09 |
PseudotimeDE-fast: fast testing of differential gene expression along cell pseudotime
2025-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf573
PMID:41117775
|
研究论文 | 介绍了一种可扩展的检测细胞拟时间差异表达基因的方法PseudotimeDE-fast，并验证其性能与计算效率 | 提供具有良好校准P值的可扩展方法，显著提升计算效率，同时保持与现有方法相当或更优的性能 | 仅关注沿拟时间的DE基因检测，未涉及其他生物学问题 | 开发一种可扩展的、P值校准的差异表达基因检测方法，以应对单细胞RNA测序数据规模增长带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计学模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2026-09-09 |
CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from single-cell omics data
2025-10-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528
PMID:40981522
|
研究论文 | 提出CLUEY框架，利用先验生物学知识引导单细胞组学数据的聚类和细胞类型检测 | 将先验生物知识整合到聚类过程中，指导最佳聚类数并提供可解释性结果 | 摘要未提及局限性 | 解决单细胞组学聚类中细胞类型数量不一致的问题 | 单细胞组学数据，包括scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、SHARE-seq | 生物信息学 | 不适用 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, CITE-seq, SHARE-seq | NA | NA |