单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24324 篇文献，本页显示第 2561 - 2580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2561 | 2024-11-04 |
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619991
PMID:39484401
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研究论文 | 研究通过单核转录组和染色质可及性分析，揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征 | 首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物 | NA | 探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用 | 小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞 |
| 2562 | 2024-11-04 |
Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619870
PMID:39484480
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研究论文 | 本文开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪肿瘤组织中T细胞的迁移模式 | 提出了ReMiTT方法，用于识别和分析T细胞在肿瘤微环境中的迁移路径，并发现了与迁移相关的关键基因和通路 | NA | 研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移及其对肿瘤免疫逃逸的影响 | T细胞在卵巢肿瘤样本中的迁移模式 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 卵巢肿瘤样本 |
| 2563 | 2024-11-04 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619644
PMID:39484551
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研究论文 | 本研究构建了首个特定于人类结肠上皮细胞的基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并利用该模型识别与炎症性肠病相关的代谢特征 | 首次构建了特定于人类结肠上皮细胞的基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并整合了单细胞RNA测序数据以预测代谢特征 | NA | 揭示人类结肠上皮细胞中的详细代谢活动，并识别与炎症性肠病相关的代谢特征 | 人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病中的代谢变化 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 基因组规模代谢模型 | 代谢网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2564 | 2024-11-04 |
SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies
2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009983
PMID:39455096
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研究论文 | 本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 首次揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的高表达与转移性病变的关系，并探讨了其在免疫治疗和抗血管生成治疗中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 胃癌组织中的SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤进展和治疗中的作用 | NA | 胃癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、多重荧光免疫组织化学、染色质免疫沉淀 | NA | 组织 | NA |
| 2565 | 2024-11-04 |
Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity
2024-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176527
PMID:39435662
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研究论文 | 开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型 | 通过busulfan预处理，成功构建了怀孕的人类免疫系统（HIS）小鼠模型，该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集 | NA | 研究人类母胎界面免疫的功能和特征 | 人类母胎界面免疫 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2566 | 2024-11-04 |
Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619319
PMID:39484437
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药机制 | 首次揭示了低或无雄激素受体表达的亚群在恩杂鲁胺耐药中的作用，并发现NAD+合成抑制剂可能成为治疗耐药前列腺癌的新策略 | 研究仅限于体外和异种移植模型，尚未在临床环境中验证 | 探讨前列腺癌细胞对恩杂鲁胺的耐药机制及潜在治疗策略 | 前列腺癌细胞系LNCaP及其对恩杂鲁胺的反应 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | LNCaP细胞系中的单细胞样本 |
| 2567 | 2024-11-04 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2024-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
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meta-analysis | 本文系统研究了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和COVID-19的单细胞转录组学研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性 | 开发了一种基于相对差异表达排名跨数据集可重复性的非参数元分析方法SumRank，显著提高了预测能力 | 本文未提及具体局限性 | 研究不同疾病中单细胞转录组学研究中差异表达基因的可重复性，并开发新的元分析方法 | 阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）和COVID-19的单细胞转录组学数据 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个已发表的研究数据集 |
| 2568 | 2024-11-04 |
High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection
2024-Oct-16, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009
PMID:39419342
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研究论文 | 研究通过高维免疫表型分析揭示了肾移植后不同类型排斥反应中T辅助细胞和B细胞的异质性 | 首次在单细胞分辨率下详细描述了肾移植后不同类型排斥反应中免疫亚群的多样性 | 研究样本量较小，且仅限于肾移植患者 | 探讨肾移植后排斥反应的免疫机制，并支持开发更特异的免疫抑制疗法 | 肾移植患者的CD4 T细胞和B细胞 | 免疫学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析 | NA | 单细胞RNA数据、血浆细胞因子数据 | 76名肾移植患者 |
| 2569 | 2024-11-04 |
The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine
2024-Oct-15, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420
PMID:39414025
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研究论文 | 研究探讨了人乳来源的肽在新生儿肠道中对巨噬细胞炎症反应的快速调节作用 | 首次发现人乳外泌体中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150能够快速调节巨噬细胞的炎症反应，并保护肠道免受坏死性小肠结肠炎（NEC）的损伤 | NA | 探索人乳中的肽在新生儿肠道健康和先天免疫稳态调节中的作用 | 人乳外泌体中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的影响 | NA | 新生儿疾病 | 免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析、共免疫沉淀（co-IP） | NA | RNA | 涉及大鼠坏死性小肠结肠炎（NEC）模型和骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs） |
| 2570 | 2024-11-04 |
Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins
2024-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203015
PMID:39465623
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研究论文 | 研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程 | 使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化 | NA | 探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本 |
| 2571 | 2024-11-04 |
A Part-to-Whole Circular Cell Explorer
2024-Oct-14, ArXiv
PMID:39483344
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研究论文 | 设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能 | 提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能 | NA | 帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制 | 空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2572 | 2024-11-02 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-Oct, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖 | 首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物 | 研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌 | 探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本 |
| 2573 | 2024-11-04 |
scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083
PMID:39432561
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上 | scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类 | NA | 开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据 | 脓毒症患者和对照组的分类 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Transformer | RNA测序数据 | 单细胞测试集和七个批量RNA队列 |
| 2574 | 2024-11-04 |
Graph contrastive learning as a versatile foundation for advanced scRNA-seq data analysis
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae558
PMID:39487083
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研究论文 | 本文提出了一种基于图对比学习的新框架scSimGCL，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | scSimGCL结合了细胞-细胞图结构和对比学习，显著提升了细胞聚类的性能 | NA | 开发一种简单而有效的框架，用于生成高质量的表示，以实现稳健的细胞聚类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图对比学习 | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 2575 | 2024-11-04 |
NKG2C and NKG2A coexpression defines a highly functional antiviral NK population in spontaneous HIV control
2024-Sep-17, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182660
PMID:39288262
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研究论文 | 本研究全面分析了长期病毒控制下的HIV精英控制者（ECs）的NK细胞库，发现NKG2C+CD57+记忆样NK细胞在ECs中显著富集，并揭示了这些细胞在抗HIV感染中的关键作用 | 首次揭示了NKG2C和NKG2A共表达的记忆样NK细胞在HIV控制中的重要作用，并发现了这些细胞独特的转录特征 | 研究主要集中在NK细胞的功能和表型分析，未涉及其他免疫细胞的相互作用 | 探讨NK细胞在HIV精英控制者中的作用及其机制 | HIV精英控制者的NK细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | HIV精英控制者和未感染个体的NK细胞 |
| 2576 | 2024-11-04 |
Deciphering the Dysregulating IGF-1-SP1-CD248 Pathway in Fibroblast Functionality during Diabetic Wound Healing
2024-Sep-16, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.07.035
PMID:39293711
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研究论文 | 研究揭示了IGF-1-SP1-CD248通路在糖尿病伤口愈合中调节成纤维细胞功能的作用 | 首次揭示了IGF-1通过蛋白激酶B/mTOR信号通路和SP1转录因子调控CD248表达，并阐明了CD248在糖尿病伤口愈合中的关键作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据和免疫组化染色，缺乏体内功能验证 | 探讨CD248在糖尿病伤口愈合中的作用及其调控机制 | 糖尿病患者的皮肤伤口和糖尿病小鼠模型 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组分析、免疫组化染色 | NA | 单细胞转录组数据、组织样本 | 患者和糖尿病小鼠的皮肤伤口样本 |
| 2577 | 2024-11-04 |
Human breastmilk memory T cells throughout lactation manifest activated tissue-oriented profile with prominent regulation
2024-Sep-03, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181788
PMID:39435660
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研究论文 | 研究分析了母乳中记忆T细胞在哺乳期的特征及其在免疫调节中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术对母乳中的T细胞进行全面表征，揭示了其独特的组织适应性和免疫调节功能 | 研究主要集中在母乳T细胞的表型和功能分析，未深入探讨其在新生儿免疫支持中的具体机制 | 探讨母乳中不同免疫活性成分对新生儿免疫的贡献 | 母乳中的记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表面标记数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2578 | 2024-11-04 |
Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes
2024-May-02, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718
PMID:38315993
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研究论文 | 研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制 | 揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制 | 研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用 | 头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞 | NA | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞 |
| 2579 | 2024-11-04 |
Transfer Learning Reveals Cancer-Associated Fibroblasts Are Associated with Epithelial-Mesenchymal Transition and Inflammation in Cancer Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1660
PMID:38587552
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研究论文 | 研究使用转移学习方法，通过整合人类肿瘤的单细胞数据和人类类器官共培养实验，揭示了癌症相关成纤维细胞与胰腺导管腺癌中上皮-间质转化和炎症的关系 | 首次使用转移学习方法整合单细胞数据和类器官共培养实验，验证了癌症相关成纤维细胞对上皮细胞炎症和上皮-间质转化的调控作用 | NA | 研究癌症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌中的作用及其与上皮-间质转化和炎症的关系 | 胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 转移学习 | 转录组数据 | 人类肿瘤和类器官共培养实验中的单细胞数据 |
| 2580 | 2024-11-04 |
Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation
2024-Mar-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05706-9
PMID:38493095
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研究论文 | 提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应 | scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示 | NA | 加速在不同生物条件下系统差异的探索 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | NA |