单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25621	2024-08-09	Kernel Differential Subgraph Analysis to Reveal the Key Period Affecting Glioblastoma 2020-02-17, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom10020318 PMID:32079293	研究论文	本文开发了一种探索核心差异子图（KDS）的标准（CKDS），并应用于模拟数据集和三个单细胞RNA测序数据集，以揭示影响胶质母细胞瘤发展的关键分化期。	提出了新的CKDS算法，考虑了KDS的连通性、规模、节点拓扑差异及基因功能相关性，并在模拟数据集上表现优于现有方法。	NA	探索胶质母细胞瘤的机制，并识别导致剧烈变化的核心差异子图（KDS）。	胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化过程。	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CKDS算法	基因网络数据	三个单细胞RNA测序数据集，包括胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化。
25622	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Human Retinal Degeneration Reveals Distinct Glial Cell Populations 2020-02-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9020438 PMID:32069977	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了一位70岁视网膜退化患者的视网膜组织，并与对照组进行比较，识别了不同的胶质细胞群。	首次在人类视网膜退化背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质细胞的独特转录组特征。	研究样本量较小，仅基于一位患者的视网膜组织进行分析。	探讨视网膜退化疾病中胶质细胞的分子特征。	视网膜退化患者的视网膜组织及对照组的视网膜组织。	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个样本（1个视网膜退化患者和4个对照患者）
25623	2024-08-09	Inferring TF activation order in time series scRNA-Seq studies 2020-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007644 PMID:32069291	研究论文	本文开发了一种名为CSHMM-TF的方法，该方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的概率建模和将转录因子（TFs）分配到模型中特定激活点的能力，以分析时间序列单细胞表达数据。	CSHMM-TF方法能够识别控制每条路径的TFs及其激活顺序，并改善了不利用TF-基因相互作用的先前方法。	NA	开发一种新的方法来分析时间序列单细胞表达数据，特别是利用转录因子和其目标信息。	时间序列单细胞RNA测序数据和转录因子在细胞过程中的激活顺序。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMM）	基因表达数据	多个小鼠和人类数据集
25624	2024-08-09	Single-cell analysis of human adipose tissue identifies depot and disease specific cell types 2020-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0152-6 PMID:32066997	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了肥胖个体的内脏和皮下脂肪组织，揭示了脂肪库特异性细胞类型的差异	首次展示了人体脂肪组织中脂肪库特异性细胞类型的差异，并识别了与代谢疾病状态相关的代谢活跃的脂肪驻留免疫细胞亚群	NA	研究人体脂肪组织中脂肪库特异性细胞类型与代谢疾病风险之间的关系	肥胖个体的内脏和皮下脂肪组织	数字病理学	代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自肥胖个体的脂肪组织样本
25625	2024-08-09	New Developments in Transcriptomic Analysis of Synovial Tissue 2020, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2020.00021 PMID:32083090	研究论文	本文探讨了转录组技术在类风湿性关节炎患者关节组织病理变化研究中的应用	介绍了单细胞测序技术在理解细胞亚群多样性和功能方面的新进展，以及未来高分辨率空间转录组技术的发展前景	NA	研究转录组技术在类风湿性关节炎病理机制和潜在治疗靶点发现中的应用	类风湿性关节炎患者的关节组织	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	转录组数据	NA
25626	2024-08-09	IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression 2019-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0127-7 PMID:32072135	research paper	本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用	首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制	IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用	NA	diet-induced obesity	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	组织特异性敲除小鼠
25627	2024-08-09	Glial cell diversity and methamphetamine-induced neuroinflammation in human cerebral organoids 2021-04, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-020-0676-x PMID:32051547	研究论文	本研究使用人脑类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了甲基苯丙胺（METH）对胎儿脑发育的影响	首次在单细胞分辨率下研究METH诱导的神经炎症，并识别了转录上不同的星形胶质细胞和少突胶质细胞亚群	NA	探究METH如何通过分子机制导致神经发育缺陷	人脑类器官中的胶质细胞多样性和METH诱导的神经炎症	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	分析了来自八个未处理和六个METH处理的人脑类器官的20,758个细胞
25628	2024-08-09	Single-Cell Genomic Characterization Reveals the Cellular Reprogramming of the Gastric Tumor Microenvironment 2020-06-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3231 PMID:32060101	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌及其配对正常组织和外周血单个核细胞，揭示了胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素。	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析胃癌肿瘤微环境中的细胞重编程，揭示了细胞数量、转录状态和细胞间相互作用的变化。	NA	揭示胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素，为理解肿瘤生物学和识别新的治疗靶点提供依据。	胃癌患者的肿瘤组织、配对正常组织和外周血单个核细胞。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	56,167个细胞，包括32,407个胃癌细胞、18,657个配对正常组织细胞和5,103个外周血单个核细胞。
25629	2024-08-09	ZIAQ: a quantile regression method for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa098 PMID:32053182	研究论文	本文介绍了一种名为ZIAQ的分位数回归方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析	ZIAQ算法是首个同时考虑了dropout率和复杂单细胞RNA测序数据分布的方法	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据差异表达分析的敏感性和特异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	脑瘤	单细胞RNA测序	分位数回归	RNA测序数据	NA
25630	2024-08-09	Single cell RNA-seq reveals the landscape of tumor and infiltrating immune cells in nasopharyngeal carcinoma 2020-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2020.02.010 PMID:32061950	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了鼻咽癌肿瘤及其浸润免疫细胞的复杂景观	首次揭示了鼻咽癌肿瘤及其浸润免疫细胞的景观，并分析了肿瘤细胞和免疫细胞的异质性	NA	探讨鼻咽癌肿瘤清除机制及其对靶向和免疫治疗的影响	鼻咽癌肿瘤细胞及其浸润的免疫细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	序列数据	三个鼻咽癌肿瘤组织
25631	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomes Reveal Diverse Regulatory Strategies for Olfactory Receptor Expression and Axon Targeting 2020-04-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2020.01.049 PMID:32059767	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了果蝇嗅觉受体神经元（ORNs）的转录调控机制，揭示了不同ORN类型在嗅觉受体表达和轴突导向中的多样性调控策略	首次通过单细胞RNA测序技术，识别了33个ORNs的转录组集群，并将其与解剖学和生理学定义的ORN类型相对应，揭示了ORNs在生理和连接性协调中的复杂调控网络	NA	探究神经元如何协调其生理功能和连接性的调控机制	果蝇嗅觉受体神经元（ORNs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	33个转录组集群的ORNs
25632	2024-08-09	Extensive Clonal Branching Shapes the Evolutionary History of High-Risk Pediatric Cancers 2020-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-3468 PMID:32041836	研究论文	本文通过全基因组拷贝数和全外显子突变分析，重建了56个儿童原发性肿瘤的进化历史，揭示了高风险儿童癌症中广泛克隆分支的进化模式。	首次详细探讨了儿童癌症中肿瘤细胞的达尔文进化，特别是通过单细胞测序证实了分支进化的普遍性，并比较了高风险与临床有利肿瘤的遗传多样性。	研究主要集中在特定类型的儿童癌症，可能无法完全代表所有儿童癌症的进化模式。	探讨儿童癌症中肿瘤细胞的进化历史和遗传变异模式。	56个儿童原发性肿瘤，包括神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和横纹肌肉瘤。	数字病理学	儿童癌症	全基因组拷贝数分析、全外显子突变分析、单细胞测序	NA	基因组数据	56个肿瘤样本，547个单个癌细胞
25633	2024-08-09	Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasis-specific targets in a patient with small intestinal neuroendocrine cancer 2020-04, Cold Spring Harbor molecular case studies IF:1.8Q3 DOI:10.1101/mcs.a004978 PMID:32054662	研究论文	通过比较单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析小肠神经内分泌肿瘤原发灶与匹配的肝转移灶，探讨其对患者转移性疾病治疗的指导作用	首次通过比较单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌肿瘤肝转移灶的特定靶点，并展示了其在指导转移性疾病治疗中的潜在价值	在特定病例中，比较单细胞RNA测序并未改变治疗方案，且患者疾病进展涉及未被特征化的非肝转移灶	探讨比较单细胞RNA测序在指导小肠神经内分泌肿瘤患者转移性疾病治疗中的应用	小肠神经内分泌肿瘤的原发灶与肝转移灶	数字病理学	小肠神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	一个患者的原发小肠神经内分泌肿瘤及匹配的肝转移灶
25634	2024-08-09	Cancer-associated fibroblasts that restrain cancer progression: Hypotheses and perspectives 2020-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.14346 PMID:32060987	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAF）在癌症进展中的作用，特别是最近发现的具有抑制癌症作用的CAF（rCAF），并探讨了其与抑制纤维化疾病的成纤维细胞的相似性及其在开发新型抗癌疗法中的潜在应用	最近的研究揭示了特定亚群的CAF具有抑制癌症的作用，表明CAF在功能和分子水平上具有异质性	使用体外培养细胞进行实验可能导致转录和表观遗传变化，从而影响实验结果的解释	探讨CAF在癌症进展中的作用，特别是具有抑制癌症作用的CAF（rCAF），并讨论其在开发新型抗癌疗法中的应用	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在癌症进展中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
25635	2024-08-09	scCATCH: Automatic Annotation on Cell Types of Clusters from Single-Cell RNA Sequencing Data 2020-Mar-27, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.100882 PMID:32062421	研究论文	介绍了一种名为scCATCH的单细胞聚类自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释细胞类型	scCATCH通过基于证据的评分和组织特异性细胞注释策略，实现了高一致性的细胞类型注释，并优于现有的Seurat等方法	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和可重复性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	在六个来自不同组织的已发表的单细胞RNA测序数据集中，scCATCH准确注释了67%-100%的聚类（平均83%）
25636	2024-08-09	Epithelial Vegfa Specifies a Distinct Endothelial Population in the Mouse Lung 2020-03-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.009 PMID:32059772	研究论文	本文研究了小鼠肺部由上皮细胞VEGFA指定的一种特殊内皮细胞群体	首次揭示了上皮细胞VEGFA在小鼠肺部指定一种特殊内皮细胞群体中的作用	NA	探讨上皮细胞VEGFA在小鼠肺部内皮细胞分化中的作用	小鼠肺部的内皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	约15%的肺部内皮细胞
25637	2024-08-09	A Comparative Analysis of Single-Cell Transcriptome Identifies Reprogramming Driver Factors for Efficiency Improvement 2020-Mar-06, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2019.12.035 PMID:32045876	研究论文	本文通过比较分析单细胞转录组，识别出提高重编程效率的驱动因子	发现了在核移植2细胞和4细胞胚胎中不完全激活的途径，以及在正常发育的核移植胚胎中发育转录因子的显著表达变化	NA	阐明体细胞核移植重编程的潜在分子机制并提高其效率	体细胞核移植胚胎中的重编程过程	生物技术	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	涉及核移植2细胞和4细胞胚胎的多个样本
25638	2024-08-09	Occludin protects secretory cells from ER stress by facilitating SNARE-dependent apical protein exocytosis 2020-03-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1909731117 PMID:32051248	研究论文	本文研究了闭合蛋白通过促进SNARE依赖的顶端蛋白胞吐作用保护分泌细胞免受内质网压力的影响	首次揭示了闭合蛋白在保护乳汁产生细胞免受内质网压力中的作用，并提出其他紧密连接成分可能参与类似功能的可能性	NA	探讨闭合蛋白在乳腺生理中的作用及其对乳汁产生细胞内质网压力的影响	闭合蛋白在乳汁产生细胞中的功能及其对内质网压力的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	突变小鼠的乳腺组织
25639	2024-08-09	Origin and functional heterogeneity of fibroblasts 2020-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201903188R PMID:32037627	综述	本文综述了成纤维细胞的起源、功能异质性及其在疾病中的作用	探讨了成纤维细胞的发育起源、分子和功能定义、表观遗传控制及其免疫调节功能的演变	NA	探讨成纤维细胞的起源和功能异质性	成纤维细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因工程小鼠模型	NA
25640	2024-08-09	CellTagging: combinatorial indexing to simultaneously map lineage and identity at single-cell resolution 2020-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0247-2 PMID:32051617	研究论文	本文介绍了一种名为CellTagging的方法，通过组合细胞索引技术同时捕获细胞谱系信息和细胞身份	CellTagging方法能够与高通量单细胞RNA测序结合，通过连续的细胞标记构建多层次的谱系树	目前的单细胞方法在细胞处理过程中通常会丢失谱系关系	开发一种能够同时映射细胞谱系和身份的高通量单细胞技术	细胞谱系信息和细胞身份	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA